genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  70  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21745341--21745415	10	7.7	9	76	19	55	62	0	5	32	1.17
21745347--21745415	9	7.2	10	72	23	51	62	0	5	31	1.19
21745425--21745477	9	6.0	8	81	14	52	45	1	1	50	1.23
21745745--21745776	12	2.7	12	100	0	64	28	0	0	71	0.86
21745764--21745801	18	2.2	17	86	9	51	23	7	2	65	1.32
21748707--21748753	10	4.6	10	80	12	51	38	0	2	59	1.09
21750279--21750362	42	2.0	42	90	0	132	36	15	4	42	1.68
21756545--21756574	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
21756930--21756988	29	2.0	29	96	0	109	15	49	15	20	1.80
21762588--21762771	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
21762588--21762771	80	2.3	80	87	5	257	25	23	26	24	2.00
21770671--21770854	40	4.6	40	81	6	221	26	23	25	25	2.00
21774786--21774830	10	4.2	10	78	15	54	84	0	15	0	0.62
21774788--21774828	9	4.6	9	85	8	57	87	0	12	0	0.53
21776401--21776437	20	1.9	18	89	10	56	40	5	5	48	1.49
21781034--21781240	53	3.8	53	75	3	153	21	23	17	37	1.94
21795538--21795854	158	2.0	158	96	0	580	25	22	22	29	1.99
21799788--21799915	28	4.5	28	89	2	184	32	26	12	28	1.93
21799788--21799915	29	4.5	28	87	4	168	32	26	12	28	1.93
21799787--21799915	57	2.3	57	89	2	197	32	27	12	27	1.93
21807827--21807954	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
21807826--21807954	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21812993--21813024	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
21827047--21827078	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
21835171--21835241	36	2.0	36	88	5	108	23	22	16	36	1.94
21837490--21837519	15	2.0	15	93	0	51	50	0	6	43	1.28
21838769--21838809	7	5.9	7	91	0	64	41	17	2	39	1.62
21846008--21846173	46	3.6	46	73	8	147	30	27	18	24	1.98
21872193--21872217	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
21873966--21874122	43	3.7	42	79	11	158	24	18	24	32	1.97
21875793--21875830	14	2.5	15	91	8	60	2	15	0	81	0.80
21886150--21886213	28	2.3	28	94	0	110	43	9	12	34	1.75
21891086--21891119	17	2.1	16	89	10	52	44	5	0	50	1.26
21892040--21892097	29	1.9	31	83	13	77	22	8	10	58	1.58
21894198--21894253	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
21894310--21894356	21	2.3	20	80	16	53	29	4	2	63	1.25
21898479--21898515	15	2.5	16	87	12	53	27	24	5	43	1.76
21901376--21901542	40	4.2	40	87	5	225	26	27	22	23	1.99
21901376--21901542	79	2.1	80	85	6	225	26	27	22	23	1.99
21902676--21902799	52	2.4	53	95	1	223	16	20	9	54	1.70
21909358--21909581	79	2.8	78	81	6	254	25	27	21	25	2.00
21909358--21909581	40	5.7	40	85	6	253	25	27	21	25	2.00
21912395--21912577	40	4.6	40	88	0	231	26	27	21	24	1.99
21914861--21915084	79	2.8	79	83	6	283	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21914861--21915084	40	5.7	40	86	6	271	25	27	22	24	2.00
21917705--21917756	14	3.4	16	84	15	74	82	1	0	15	0.75
21918613--21919416	210	3.8	210	88	3	1067	30	18	21	29	1.97
21921019--21921074	22	2.5	22	80	11	69	39	1	3	55	1.28
21921315--21921364	12	4.0	12	87	10	73	32	2	2	64	1.16
21921315--21921364	26	1.9	26	95	0	91	32	2	2	64	1.16
21927365--21927461	48	2.0	48	97	0	185	46	2	17	34	1.60
21927722--21927860	43	3.3	42	78	3	147	30	15	23	30	1.95
21934942--21934998	25	2.3	25	84	0	78	24	36	7	31	1.82
21941495--21941564	35	2.0	35	97	0	131	34	22	18	24	1.96
21949307--21949451	37	3.9	37	93	0	236	24	31	20	22	1.98
21949570--21949930	47	7.6	47	93	1	580	29	29	8	33	1.86
21953273--21954399	577	2.0	576	96	0	2074	34	7	17	39	1.79
21960617--21960703	43	2.0	43	82	12	108	22	19	29	27	1.98
21964213--21964293	25	3.2	26	85	5	87	28	22	18	30	1.97
21964197--21964268	25	2.9	24	85	4	81	27	20	20	30	1.98
21967529--21967583	26	2.1	26	86	0	74	25	25	20	29	1.99
21969697--21969885	50	3.8	50	82	0	236	25	15	27	30	1.96
21969646--21969871	100	2.2	100	87	3	312	25	14	27	32	1.95
21973603--21973648	21	2.2	21	92	0	74	41	17	8	32	1.80
21973610--21973655	21	2.2	21	100	0	92	39	17	4	39	1.69
21974976--21975120	42	3.4	42	76	7	125	31	21	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21983880--21983975	42	2.3	42	87	3	131	33	19	13	33	1.91
21985289--21985323	18	1.9	18	88	11	54	34	11	8	45	1.71
21986721--21986773	3	18.0	3	96	3	99	33	0	0	66	0.92
21987747--21987836	37	2.5	35	78	5	108	23	17	13	45	1.84
21991721--21991774	20	2.5	21	76	11	56	46	14	7	31	1.73
21996247--21996382	66	2.1	66	97	0	254	25	5	13	55	1.59
22000916--22000961	24	1.9	24	86	0	65	56	13	6	23	1.60
22005014--22005095	27	3.1	26	85	3	101	30	14	23	31	1.94
22010003--22010046	22	2.0	22	86	4	63	54	0	0	45	0.99
22016104--22016217	33	3.5	32	81	9	131	33	23	10	32	1.89
22021305--22021365	17	3.6	17	75	14	63	27	1	3	67	1.16
22021329--22021376	25	2.0	24	83	4	60	29	0	6	64	1.18
22039596--22039657	31	2.0	31	100	0	124	41	29	3	25	1.71
22040106--22040209	39	2.7	39	90	0	154	45	19	2	32	1.65
22042094--22042278	39	4.7	39	82	0	208	45	20	4	29	1.70
22044043--22044090	25	2.0	25	87	4	71	35	18	27	18	1.95
22048067--22048235	48	3.6	47	79	6	189	27	19	30	23	1.98
22050882--22050927	23	2.0	23	91	0	74	58	10	10	19	1.61
22055077--22055260	40	4.6	39	80	9	203	24	22	28	25	1.99
22055132--22055293	79	2.1	79	83	6	204	25	20	27	25	1.99
22059221--22059254	17	2.0	17	88	0	50	26	5	11	55	1.58
22070411--22070493	31	2.7	31	92	3	134	30	26	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22070987--22071203	27	8.0	27	88	0	317	23	19	19	36	1.95
22071193--22071295	27	3.9	27	79	6	111	29	11	21	37	1.89
22071249--22071336	27	3.3	27	74	6	79	25	6	25	43	1.79
22071311--22071541	54	4.3	54	88	1	205	41	6	19	32	1.77
22071349--22071550	27	7.5	27	90	0	269	42	7	20	29	1.80
22071341--22071550	54	3.9	54	91	1	296	41	7	20	30	1.79
22071341--22071575	81	2.9	81	83	0	281	39	7	21	31	1.81
22073024--22073052	13	2.1	14	93	6	51	82	3	0	13	0.79
22073869--22073951	31	2.7	31	94	3	143	27	27	15	28	1.96
22074690--22074721	16	2.1	15	94	5	55	0	18	31	50	1.48
22076842--22076924	43	1.9	43	85	2	112	33	16	24	25	1.96
22076573--22077143	220	2.6	220	88	3	803	31	17	23	27	1.97
22077366--22077397	15	2.1	16	94	5	57	78	0	0	21	0.76
22078342--22078385	22	2.0	22	86	8	63	22	4	4	68	1.27
22078654--22078698	12	3.9	12	75	18	51	33	2	0	64	1.06
22078708--22078751	18	2.5	18	85	3	54	43	2	2	52	1.26
22078887--22078941	17	3.4	16	80	9	67	36	3	0	60	1.15
22083135--22083230	42	2.2	44	83	10	128	33	20	17	28	1.96
22084685--22084716	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
22086166--22086206	14	2.9	15	78	14	59	34	0	9	56	1.32
22098704--22098982	70	3.9	71	80	5	292	27	15	24	33	1.95
22099001--22099168	88	1.9	88	85	7	234	28	19	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22099146--22099172	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
22100153--22100184	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
22101629--22101672	14	3.1	15	74	12	56	34	4	9	52	1.54
22101988--22102081	35	2.8	31	78	15	89	34	7	4	54	1.48
22106867--22107057	43	4.5	42	72	7	136	28	25	16	29	1.97
22108637--22108690	27	2.0	27	100	0	108	22	29	14	33	1.94
22119970--22120073	54	1.9	54	82	0	127	24	25	29	21	1.99
22119990--22120096	54	2.0	54	83	0	133	23	28	28	19	1.98
22132002--22132146	40	3.6	40	87	1	184	24	20	27	26	1.99
22132002--22132173	80	2.2	80	80	3	186	23	19	27	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362