genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22444460--22444634	94	1.9	94	87	0	260	24	30	16	28	1.96
22444492--22444685	94	2.1	94	83	1	237	25	29	16	28	1.97
22446685--22446711	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
22451842--22452020	48	3.8	48	77	3	191	24	27	20	27	1.99
22455975--22456022	23	2.1	23	85	11	64	68	0	0	31	0.90
22456454--22456491	20	1.9	20	94	0	67	47	2	5	44	1.39
22456458--22456501	20	2.2	20	83	0	52	47	4	9	38	1.56
22458165--22458376	40	5.3	39	81	7	248	27	27	20	24	1.99
22458165--22458376	80	2.7	80	89	0	318	27	27	20	24	1.99
22466239--22466449	40	5.3	39	82	6	255	27	28	20	23	1.99
22466239--22466449	79	2.7	80	90	1	336	27	28	20	23	1.99
22471375--22471617	86	2.9	83	81	6	224	43	11	13	31	1.80
22471451--22471617	86	2.0	85	90	1	262	43	11	14	31	1.81
22471604--22471658	12	4.7	12	88	2	67	23	0	0	76	0.79
22471604--22471658	6	9.5	6	90	3	60	23	0	0	76	0.79
22471604--22471658	18	3.2	18	89	5	78	23	0	0	76	0.79
22475881--22475946	31	2.1	31	94	0	114	46	1	21	30	1.60
22496955--22497034	39	2.1	39	92	0	133	37	11	16	35	1.84
22498456--22498591	68	2.0	67	97	1	254	41	13	19	25	1.89
22501451--22501617	49	3.5	49	78	10	186	25	27	20	26	1.99
22501397--22501625	93	2.4	94	84	9	272	27	28	20	23	1.99
22501484--22501629	44	3.1	49	75	12	162	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22509325--22509589	46	5.7	46	86	7	385	21	20	27	29	1.98
22516954--22517126	46	3.7	46	75	13	183	21	20	26	30	1.98
22516951--22517121	93	1.8	93	92	0	288	21	21	27	29	1.98
22518755--22518859	42	2.5	42	79	11	117	36	14	21	27	1.92
22527275--22527483	53	3.9	53	78	1	220	21	24	16	37	1.93
22529979--22530030	24	2.3	22	83	9	61	28	21	7	42	1.80
22534785--22534929	53	2.7	55	81	2	177	20	24	17	36	1.94
22536329--22536373	22	2.0	22	100	0	90	51	22	13	13	1.75
22538719--22538889	92	1.9	92	96	0	315	28	29	21	21	1.98
22538712--22538886	46	3.8	46	80	11	214	29	29	21	20	1.98
22538720--22538905	46	4.0	46	73	18	145	28	29	20	21	1.98
22546243--22546414	92	1.9	92	96	0	317	27	29	21	20	1.98
22546236--22546410	46	3.8	46	80	11	214	29	29	21	20	1.98
22547699--22547807	43	2.5	43	85	8	143	31	27	17	23	1.97
22557132--22557161	15	1.9	16	93	6	53	60	23	0	16	1.36
22557132--22557170	16	2.5	15	87	4	51	58	25	0	15	1.37
22560340--22560489	27	5.6	27	84	2	169	32	22	6	38	1.79
22560346--22560489	54	2.7	53	84	5	191	33	23	5	37	1.78
22560476--22560632	27	5.8	27	84	4	192	42	20	7	29	1.78
22560476--22560688	54	3.9	54	78	7	180	42	18	7	31	1.77
22560476--22560631	81	1.9	81	86	2	224	42	19	7	30	1.78
22560640--22560695	27	2.1	26	87	9	78	41	12	8	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22561763--22561854	42	2.2	42	100	0	184	31	14	20	33	1.92
22561877--22561953	30	2.5	31	85	4	111	31	18	22	28	1.97
22563856--22563947	42	2.2	42	94	0	157	39	20	11	28	1.88
22564094--22564188	25	3.8	25	92	0	154	27	22	24	26	2.00
22564069--22564184	50	2.3	50	82	5	137	27	24	24	24	2.00
22565151--22565212	27	2.3	27	91	0	106	19	27	20	32	1.97
22565274--22565399	27	4.6	27	76	10	103	34	9	16	39	1.81
22565278--22565399	56	2.2	54	81	5	129	32	9	17	40	1.80
22565364--22565517	27	5.7	27	86	0	202	31	8	18	41	1.81
22565364--22565542	27	6.7	26	84	3	196	29	7	20	42	1.80
22565363--22565569	80	2.6	80	80	2	191	28	7	20	42	1.80
22565560--22565691	27	4.9	27	94	0	192	41	7	20	30	1.80
22566503--22566882	27	14.2	27	77	6	288	38	20	8	31	1.84
22566503--22566828	54	6.1	54	84	3	381	38	20	8	32	1.82
22566503--22566828	81	4.1	81	79	4	356	38	20	8	32	1.82
22566503--22566795	159	1.8	159	85	1	417	39	19	7	32	1.81
22566925--22567137	27	7.9	27	82	4	234	36	18	21	23	1.95
22566927--22567109	80	2.3	80	91	1	285	38	18	19	22	1.93
22567413--22567470	27	2.2	27	84	3	73	20	24	20	34	1.97
22567589--22567694	6	17.3	6	75	14	92	18	15	14	51	1.76
22567589--22567673	25	3.4	25	83	4	111	18	15	14	51	1.76
22569720--22569797	27	2.9	27	80	3	77	41	19	7	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22569763--22569855	27	3.4	27	75	11	98	41	18	8	31	1.80
22570788--22570950	26	6.3	26	82	3	197	27	19	23	28	1.98
22575483--22575531	25	2.0	25	87	0	71	34	22	14	28	1.93
22575566--22575632	20	3.3	20	87	4	100	32	10	19	37	1.86
22575577--22575632	11	5.5	11	73	16	57	32	10	19	37	1.86
22575576--22575624	9	5.0	9	79	16	53	30	8	20	40	1.81
22575682--22575779	25	3.8	26	91	2	146	26	21	23	28	1.99
22582085--22582263	27	6.7	26	78	6	162	43	21	7	27	1.80
22582138--22582326	27	6.9	27	76	7	94	42	17	7	31	1.78
22582380--22582456	27	2.9	28	81	11	90	33	18	23	24	1.96
22583254--22583323	25	2.8	24	89	4	95	25	27	22	24	2.00
22583254--22583336	25	3.4	24	85	8	87	28	24	22	24	1.99
22585842--22585984	27	5.3	27	85	5	182	27	25	9	37	1.86
22585842--22585984	53	2.7	54	89	3	200	27	25	9	37	1.86
22585828--22586104	80	3.5	78	78	6	236	34	22	9	33	1.86
22585856--22586129	54	5.1	54	80	7	184	35	22	8	33	1.84
22585983--22586224	27	8.9	27	75	7	186	39	20	9	30	1.83
22585986--22586138	81	1.9	81	90	2	245	42	20	7	28	1.80
22587129--22587196	25	2.8	24	86	4	82	26	29	23	20	1.99
22587346--22587437	42	2.2	42	96	0	166	32	15	19	32	1.93
22598844--22598922	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
22598828--22599213	47	8.1	47	92	3	628	31	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22598828--22599213	96	4.0	96	96	0	668	31	8	30	29	1.87
22598828--22599213	143	2.7	144	92	3	629	31	8	30	29	1.87
22599332--22599410	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22601333--22601419	45	1.9	45	95	0	156	25	13	26	34	1.93
22605970--22606003	18	1.9	18	88	5	52	52	8	23	14	1.69
22613930--22614117	49	3.8	49	88	1	241	26	18	26	28	1.98
22616340--22616381	13	2.9	14	80	13	50	52	2	0	45	1.13
22616345--22616374	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
22616418--22616464	19	2.8	17	81	12	53	51	0	0	48	1.00
22617353--22617408	20	2.8	19	86	7	85	50	1	0	48	1.11
22617406--22617449	22	2.0	23	86	4	63	68	0	0	31	0.90
22617394--22617454	31	1.9	32	93	3	106	68	0	0	31	0.89
22625970--22626011	19	2.2	19	87	8	59	61	0	2	35	1.09
22626021--22626092	36	2.0	36	100	0	144	47	22	5	25	1.73
22626770--22626942	60	2.9	59	84	5	206	22	15	12	49	1.77
22632285--22632335	23	2.3	22	79	3	57	39	5	1	52	1.37
22633075--22633113	14	2.8	14	92	0	60	46	0	12	41	1.42
22633096--22633139	18	2.3	20	80	7	56	38	0	9	52	1.33
22633096--22633142	19	2.5	18	80	16	51	38	0	10	51	1.37
22633571--22633622	15	3.2	15	73	19	50	42	1	1	53	1.23
22633622--22633665	19	2.3	19	96	0	79	43	2	4	50	1.35
22633674--22633710	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22633756--22633788	16	2.1	16	94	0	57	45	0	3	51	1.16
22636087--22636257	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
22636079--22636254	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
22643167--22643227	24	2.5	24	86	5	79	34	27	16	21	1.95
22646446--22646638	42	4.5	41	74	11	145	26	25	18	29	1.98
22646524--22646840	48	6.8	48	76	7	214	27	28	18	26	1.98
22646438--22646605	90	1.9	90	81	7	207	25	26	19	28	1.99
22646524--22646840	97	3.4	97	75	9	270	27	28	18	26	1.98
22653837--22654231	131	3.0	130	80	2	461	36	17	18	27	1.93
22655577--22655620	20	2.2	20	84	11	56	59	2	4	34	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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