genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45019257--45019393	53	2.6	53	79	1	139	31	8	18	40	1.82
45019240--45019392	80	1.9	80	83	2	200	31	8	20	39	1.82
45019395--45019476	27	3.0	27	87	0	110	40	8	21	29	1.83
45019489--45019551	27	2.3	27	83	5	83	31	7	20	39	1.81
45021149--45021251	42	2.4	43	79	4	111	30	20	23	26	1.99
45024839--45025038	99	2.0	99	97	0	373	29	14	20	36	1.92
45028524--45028617	42	2.2	43	84	5	129	30	20	21	27	1.98
45033784--45033808	13	1.9	13	100	0	50	48	0	28	24	1.52
45035397--45035487	45	2.0	45	95	0	164	15	31	7	45	1.74
45036411--45036457	17	2.6	18	77	19	53	34	6	0	59	1.23
45051421--45051529	40	2.7	40	87	5	166	24	22	28	24	1.99
45051788--45051831	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
45074244--45074333	28	3.2	28	85	0	108	26	32	14	26	1.95
45078940--45079069	28	4.6	28	86	0	152	26	36	13	23	1.92
45080800--45080919	42	2.8	42	80	5	143	32	24	17	25	1.97
45086196--45086802	47	12.7	47	95	1	1000	31	8	29	29	1.87
45086920--45086998	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
45093150--45093220	35	2.0	35	97	0	133	38	21	9	30	1.86
45093864--45093896	16	2.1	16	94	0	57	21	18	15	45	1.85
45095723--45095776	16	3.4	16	81	0	63	38	12	9	38	1.76
45095999--45096062	22	2.8	23	79	9	78	45	17	20	17	1.86
45096902--45096938	19	1.9	19	88	0	56	24	24	35	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45097118--45097430	27	11.7	27	76	8	169	40	21	10	27	1.86
45097118--45097377	27	9.8	26	79	8	247	40	22	9	27	1.85
45097118--45097377	81	3.2	80	90	3	373	40	22	9	27	1.85
45097334--45097736	27	15.0	27	86	4	501	35	17	20	27	1.95
45097171--45097740	81	7.1	82	84	6	327	36	18	17	27	1.93
45097968--45098030	27	2.3	26	83	5	81	19	19	22	39	1.92
45098060--45098261	98	2.1	98	92	0	332	18	18	28	34	1.95
45098283--45098355	27	2.7	27	87	4	94	21	24	17	35	1.95
45098535--45098570	18	2.1	18	89	5	56	16	13	13	55	1.69
45099228--45099263	18	2.0	18	88	0	54	38	8	5	47	1.57
45100604--45100783	60	3.0	60	96	0	324	36	11	26	25	1.90
45100894--45100978	44	1.9	44	95	0	152	23	15	28	32	1.95
45104086--45104255	46	3.7	45	80	10	218	29	30	20	20	1.97
45104094--45104264	93	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
45109571--45109995	48	8.9	48	97	0	769	35	6	27	30	1.82
45110131--45110221	37	2.4	37	88	1	137	26	17	28	27	1.98
45110131--45110238	37	2.9	37	85	1	108	26	17	26	28	1.98
45111517--45111715	40	5.0	40	85	0	245	21	19	30	28	1.98
45115086--45115210	46	2.7	46	92	0	196	20	22	28	29	1.98
45120577--45120651	36	2.1	35	83	9	91	26	30	17	25	1.97
45120769--45121321	47	11.6	47	87	8	787	29	29	8	32	1.86
45121180--45121286	56	1.9	57	90	5	173	30	28	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45129558--45129727	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
45129554--45129724	46	3.7	46	77	14	199	29	28	21	21	1.98
45135184--45135258	29	2.6	29	89	0	114	24	18	29	28	1.98
45137115--45137241	39	3.2	39	82	8	168	27	18	23	29	1.98
45140939--45141196	27	9.6	27	84	2	295	26	13	17	42	1.87
45140949--45141195	81	3.0	81	86	1	334	25	13	17	43	1.85
45141519--45141562	18	2.4	19	81	11	56	22	15	13	47	1.81
45144079--45144325	40	6.2	40	90	3	367	24	23	27	25	2.00
45150510--45150569	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
45152010--45152119	27	4.0	27	82	8	116	36	18	22	22	1.95
45152038--45152119	28	3.0	28	85	7	107	35	19	23	21	1.96
45158413--45158579	48	3.5	48	94	0	280	26	30	19	22	1.98
45172483--45172585	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
45172726--45173054	48	6.9	47	96	0	541	30	28	6	34	1.82
45176116--45176286	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
45176111--45176283	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
45176705--45176764	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
45183678--45183848	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
45183673--45183845	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
45184265--45184324	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
45192815--45192951	28	5.0	28	84	8	113	31	27	13	28	1.94
45192829--45192951	27	4.6	27	92	4	194	30	29	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45196899--45197043	47	3.1	47	88	2	213	32	11	29	26	1.92
45196926--45197001	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
45197002--45197147	50	3.0	50	92	4	235	37	8	23	30	1.84
45197296--45197440	37	3.9	37	93	0	245	24	19	30	25	1.98
45199666--45199694	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
45203640--45203683	22	2.0	22	86	8	63	38	0	6	54	1.27
45206917--45207064	43	3.4	43	78	5	165	29	16	22	31	1.96
45207612--45207659	24	1.9	24	87	8	69	16	4	27	52	1.62
45216079--45216124	23	2.1	21	84	8	56	52	19	6	21	1.69
45216859--45217025	43	3.9	42	75	11	144	31	25	19	23	1.98
45216861--45217025	85	1.9	85	83	9	212	31	25	18	24	1.98
45220394--45220509	43	2.7	43	81	5	128	22	18	25	32	1.97
45220811--45220853	18	2.4	18	88	0	68	30	16	13	39	1.87
45224968--45225161	47	4.1	47	89	1	282	33	11	28	26	1.91
45224997--45225068	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
45225042--45225117	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
45225363--45225471	37	2.9	37	87	0	164	24	18	29	27	1.98
45229905--45230075	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
45229900--45230072	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
45230493--45230552	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
45233694--45233754	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
45237909--45238173	131	2.0	130	93	5	455	32	20	5	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45245289--45245420	40	3.3	40	81	3	142	27	27	20	25	1.99
45249525--45249677	43	3.6	43	71	7	114	26	18	22	32	1.97
45252852--45252920	27	2.6	27	81	4	86	30	18	15	34	1.93
45260537--45260610	27	2.7	27	81	4	87	29	24	14	31	1.95
45267655--45267749	42	2.2	43	82	12	124	29	16	22	31	1.96
45267679--45267759	43	1.9	42	82	7	101	29	18	22	29	1.97
45272971--45273043	27	2.7	27	72	4	76	36	26	8	28	1.85
45273802--45273861	27	2.3	27	85	2	77	21	21	20	36	1.95
45278313--45278398	32	2.7	32	88	0	127	31	27	15	25	1.95
45281132--45281228	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
45282864--45282898	12	2.9	12	100	0	70	74	8	0	17	1.06
45283838--45283893	11	5.5	10	76	19	62	78	0	17	3	0.89
45283838--45283893	5	11.0	5	78	17	62	78	0	17	3	0.89
45283838--45283893	16	3.7	15	86	11	78	78	0	17	3	0.89
45283842--45283889	25	1.9	25	87	8	71	79	0	16	4	0.89
45283941--45283970	11	2.6	12	89	10	53	46	13	13	26	1.80
45283973--45283997	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
45283967--45284022	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
45283973--45284054	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
45286153--45286249	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
45305436--45305623	39	4.8	38	81	7	198	28	31	19	20	1.97
45306912--45306997	37	2.4	37	88	5	131	26	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45307135--45307375	48	5.0	48	92	5	389	31	27	6	34	1.82
45307135--45307375	97	2.5	93	91	5	383	31	27	6	34	1.82
45315073--45315329	79	3.3	78	81	4	266	25	20	28	25	1.99
45315073--45315294	40	5.6	40	86	4	254	24	20	27	26	1.99
45315073--45315294	119	1.9	119	82	7	281	24	20	27	26	1.99
45315073--45315329	119	2.2	119	79	7	265	25	20	28	25	1.99
45317184--45317274	28	3.2	28	75	10	87	31	30	12	25	1.92
45330863--45330930	36	1.9	35	82	8	84	27	10	13	48	1.74
45336386--45336513	39	3.3	39	78	8	136	24	25	17	32	1.96
45344407--45344527	39	3.1	38	89	4	188	20	28	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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