genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88771746--88771792	16	2.9	16	75	9	51	27	8	12	51	1.69
88773893--88774019	63	2.0	63	95	0	227	18	20	33	27	1.96
88774261--88774320	30	2.0	30	83	6	77	56	13	1	28	1.47
88775515--88775581	33	2.0	33	100	0	134	47	11	2	37	1.56
88775515--88775570	18	3.3	18	68	14	55	42	14	3	39	1.63
88775526--88775579	16	3.3	16	70	14	56	53	9	3	33	1.50
88775527--88775582	17	3.4	17	71	14	62	55	8	3	32	1.48
88777110--88777244	67	2.0	67	98	0	261	34	29	11	24	1.90
88778140--88778307	43	3.9	43	77	6	162	33	25	14	26	1.94
88778141--88778304	86	1.9	85	80	3	186	33	25	14	26	1.94
88781183--88781216	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
88785987--88786028	20	2.1	20	100	0	84	50	14	7	28	1.69
88793582--88793643	19	3.2	18	78	13	61	22	3	3	70	1.16
88793601--88793643	21	2.0	22	91	8	72	23	0	2	74	0.93
88794489--88794547	31	1.9	31	92	0	100	38	10	6	44	1.65
88798303--88798370	25	2.7	25	84	8	93	38	17	29	14	1.90
88799846--88799890	23	2.0	22	87	8	65	71	2	2	24	1.09
88799929--88800031	10	10.4	10	73	15	63	62	1	0	34	1.13
88800519--88800624	9	11.7	9	71	19	69	33	2	0	63	1.16
88800503--88800576	9	7.7	10	76	19	52	39	2	0	58	1.13
88800519--88800622	19	5.7	18	73	15	70	33	2	0	62	1.16
88800543--88800628	36	2.3	38	76	21	94	30	2	1	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88806767--88806810	22	2.0	22	82	8	54	56	2	2	38	1.24
88808000--88808064	21	3.2	21	68	12	64	13	27	20	38	1.90
88807982--88808082	39	2.6	39	91	0	166	14	26	21	36	1.93
88807982--88808084	18	5.4	18	67	13	62	15	26	22	35	1.94
88817305--88817398	24	3.9	24	76	14	86	28	1	5	64	1.22
88824318--88824572	91	2.8	87	77	11	237	43	14	7	33	1.74
88826539--88826593	27	2.0	27	100	0	110	41	21	10	25	1.86
88828718--88828796	39	2.1	38	84	15	96	31	1	2	64	1.15
88828721--88828797	20	3.8	20	74	8	68	32	1	2	63	1.16
88828800--88828856	23	2.5	22	76	15	62	33	1	0	64	1.04
88836108--88836270	38	4.2	38	86	4	211	21	22	25	30	1.98
88836108--88836271	76	2.1	78	86	5	235	21	22	25	30	1.99
88838127--88838235	54	2.0	54	100	0	218	35	16	5	42	1.72
88841491--88841757	138	1.9	137	81	2	320	37	25	19	17	1.93
88841333--88841788	69	6.6	69	73	4	274	36	25	19	18	1.94
88841861--88842007	57	2.6	57	82	1	170	38	17	12	31	1.88
88857902--88857959	28	2.1	27	84	6	82	53	1	25	18	1.54
88858975--88859071	50	1.9	50	89	0	149	38	15	15	30	1.89
88861144--88861244	53	1.9	53	82	8	125	57	4	5	31	1.44
88862922--88863339	44	9.7	45	67	14	162	28	24	18	28	1.98
88863579--88863883	88	3.5	87	83	4	389	29	20	20	29	1.98
88863704--88863847	44	3.3	44	68	9	114	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88863901--88864719	130	6.3	130	85	2	980	26	22	21	30	1.99
88863977--88864355	86	4.4	86	73	6	300	26	22	21	29	1.99
88864026--88864395	86	4.3	87	73	7	295	25	22	22	30	1.99
88863928--88864659	44	16.8	44	69	8	284	25	22	20	30	1.98
88863976--88864796	261	3.1	262	88	2	1098	25	23	20	30	1.99
88864586--88864701	44	2.6	44	79	5	119	25	25	20	28	1.99
88866002--88866044	19	2.2	19	87	4	59	2	11	0	86	0.67
88871482--88871562	29	2.8	28	81	9	81	58	2	3	35	1.29
88871750--88871812	25	2.5	25	73	19	67	60	4	4	30	1.38
88873177--88873218	18	2.5	17	81	11	50	45	2	4	47	1.36
88874726--88874763	12	3.2	12	81	7	51	52	0	0	47	1.00
88878512--88878816	46	6.5	46	76	11	214	23	30	18	27	1.98
88878409--88878819	94	4.4	94	74	14	328	24	29	18	27	1.98
88878409--88878816	47	8.7	47	72	16	251	24	29	18	27	1.98
88881837--88881866	10	2.8	11	90	10	53	36	0	10	53	1.35
88885820--88885844	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88888109--88888213	53	2.0	53	83	3	131	27	38	17	17	1.92
88892418--88892475	29	2.0	29	100	0	116	41	31	6	20	1.79
88894400--88894442	16	2.6	16	79	17	52	37	9	9	44	1.69
88907554--88907710	41	3.8	40	70	12	113	24	18	26	31	1.98
88910134--88910191	19	3.1	18	79	15	73	39	8	10	41	1.70
88910586--88910719	31	4.4	32	76	12	129	38	14	23	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88911355--88911484	66	2.0	66	83	6	165	13	25	17	43	1.86
88911932--88912321	194	2.0	194	97	0	744	38	17	10	33	1.84
88918231--88918283	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
88923902--88923941	21	1.9	21	89	0	62	50	10	12	27	1.72
88924618--88924665	25	1.9	25	91	0	78	35	18	29	16	1.93
88924686--88924736	21	2.4	21	96	0	93	45	1	33	19	1.62
88924828--88924993	42	4.0	39	78	12	113	28	17	19	34	1.94
88924838--88924979	42	3.4	41	82	9	155	28	16	19	35	1.93
88933871--88933955	34	2.4	34	82	13	100	43	1	2	52	1.21
88933871--88933947	36	2.0	40	85	9	108	42	1	2	53	1.23
88946163--88946515	46	7.6	46	71	20	229	28	17	29	24	1.97
88946163--88946622	47	9.8	47	73	13	249	28	17	28	25	1.98
88946163--88946427	93	2.9	91	87	4	347	28	18	29	24	1.98
88954618--88954830	46	4.6	46	77	10	195	30	18	27	23	1.97
88954595--88954837	94	2.6	93	83	7	273	31	18	27	23	1.97
88954853--88955031	47	3.7	47	76	13	177	27	18	29	24	1.98
88957361--88957643	50	5.6	50	81	5	302	24	17	26	31	1.97
88957412--88957593	101	1.8	101	91	2	303	24	19	26	30	1.98
88963349--88963507	27	5.8	27	82	5	176	28	28	15	27	1.96
88963349--88963507	55	2.9	55	81	6	187	28	28	15	27	1.96
88963349--88963506	82	1.9	83	85	6	223	29	28	15	27	1.96
88971485--88971662	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88971506--88971661	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
88975835--88975981	50	3.0	49	84	8	183	25	14	27	31	1.95
88978907--88978975	34	2.0	34	97	0	129	33	11	23	31	1.90
88981216--88981465	125	2.0	125	95	0	446	41	4	16	38	1.67
88982196--88982274	39	2.0	39	100	0	158	44	2	17	35	1.63
88988245--88988330	45	1.9	44	88	2	127	24	10	25	39	1.87
88990142--88990174	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
88995497--88995580	6	14.7	6	82	7	59	15	8	1	75	1.10
89005478--89005511	15	2.3	15	100	0	68	38	17	26	17	1.92
89009559--89009774	78	2.7	80	89	4	323	23	22	28	25	1.99
89009559--89009774	40	5.5	40	90	3	314	23	22	28	25	1.99
89017849--89018052	40	5.1	39	91	5	311	22	24	28	25	1.99
89023015--89023068	3	18.3	3	88	3	83	62	1	1	33	1.16
89023399--89023442	23	1.9	23	90	0	70	36	18	20	25	1.95
89028305--89028340	18	2.1	18	89	5	56	13	33	41	11	1.80
89031124--89031242	43	2.8	41	80	12	125	27	16	25	30	1.97
89042449--89043009	280	2.0	280	98	0	1095	26	16	26	31	1.96
89049187--89049226	19	2.2	19	86	4	55	55	15	5	25	1.60
89049181--89049342	17	9.4	17	76	10	132	46	9	11	31	1.73
89049519--89049565	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
89049776--89049841	27	2.6	24	73	7	60	65	4	3	27	1.27
89049931--89050007	10	8.6	9	78	16	72	0	18	0	81	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89049930--89050011	15	5.1	15	81	14	85	0	19	0	80	0.71
89049931--89050011	24	3.3	24	86	6	101	0	18	0	81	0.69
89050289--89050347	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
89050279--89050347	10	7.3	10	82	11	74	0	30	0	69	0.89
89050289--89050344	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
89050700--89050816	30	3.9	29	79	7	101	44	2	22	30	1.66
89050715--89050816	30	3.4	30	83	2	125	44	2	22	30	1.68
89051093--89051310	54	4.1	55	85	10	299	36	16	16	30	1.91
89051096--89051302	105	2.0	104	90	3	326	35	17	15	30	1.91
89051289--89051323	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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