genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30954854--30955076	49	4.7	48	73	14	176	27	19	26	26	1.99
30963909--30964118	39	5.3	40	86	6	241	23	20	27	28	1.99
30963910--30964118	79	2.7	78	82	6	235	23	21	27	28	1.99
30972012--30972222	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
30973661--30973877	49	4.5	49	69	12	128	29	19	27	24	1.98
30973787--30973883	49	2.0	49	85	2	131	25	20	31	21	1.98
30984108--30984283	46	3.8	46	81	10	214	22	21	27	28	1.99
30984105--30984275	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
30984499--30984536	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
31013289--31013518	49	4.7	49	75	12	186	30	24	17	28	1.97
31013339--31013516	98	1.8	98	85	2	250	31	23	16	28	1.96
31016415--31016444	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
31018348--31018528	40	4.5	40	77	12	174	23	27	22	26	1.99
31018345--31018529	80	2.3	81	81	9	209	24	27	22	25	2.00
31026462--31026646	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	25	2.00
31026462--31026646	40	4.7	40	80	6	207	24	27	22	25	2.00
31038250--31038427	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
31038251--31038406	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
31038247--31038427	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
31046196--31046373	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
31046197--31046352	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
31046193--31046373	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31051216--31051245	15	2.0	15	93	0	51	20	16	50	13	1.78
31078268--31078300	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
31087371--31087586	40	5.4	39	80	6	193	25	27	20	26	1.99
31087336--31087586	40	6.3	38	77	9	186	24	27	20	27	1.99
31087369--31087586	80	2.7	78	78	7	217	25	27	20	26	1.99
31090730--31090852	60	2.0	60	95	0	219	42	25	1	30	1.65
31090947--31091083	21	6.6	20	71	9	62	46	15	21	16	1.83
31093174--31093309	48	2.9	47	85	2	164	25	25	21	27	1.99
31097208--31097418	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
31100563--31100773	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
31105734--31105961	48	4.9	48	71	9	182	28	25	19	26	1.99
31109425--31109482	27	2.1	27	87	0	80	22	27	8	41	1.83
31109581--31109681	27	3.7	27	88	4	150	29	25	11	32	1.92
31110989--31111045	29	2.0	29	96	0	105	31	19	29	19	1.96
31115074--31115196	40	3.1	40	84	4	144	24	27	21	26	1.99
31115091--31115204	40	2.9	39	86	1	156	23	28	21	27	1.99
31123043--31123175	40	3.4	40	87	4	182	21	27	24	27	1.99
31123070--31123183	40	2.9	40	90	1	185	21	28	22	27	1.99
31126757--31126785	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
31128659--31128947	40	7.6	40	68	15	173	33	20	23	22	1.97
31128649--31128942	75	3.9	75	86	0	410	34	19	23	22	1.97
31128698--31128902	35	5.6	35	69	15	126	33	20	23	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31131666--31131886	53	4.1	52	73	5	163	19	23	17	39	1.92
31135841--31135945	29	3.7	29	79	9	92	28	32	12	26	1.92
31136035--31136072	19	2.0	19	89	0	58	15	31	18	34	1.92
31162372--31162459	6	14.3	6	73	17	74	48	15	17	18	1.81
31162372--31162459	19	4.8	18	72	18	74	48	15	17	18	1.81
31162381--31162459	31	2.5	31	89	0	122	49	15	17	17	1.80
31162824--31162887	27	2.4	28	76	12	71	39	26	17	17	1.91
31162871--31163026	53	2.9	54	88	4	219	26	21	17	34	1.95
31162868--31163034	80	2.1	81	85	3	221	26	20	17	35	1.95
31162868--31163034	27	6.2	27	87	1	219	26	20	17	35	1.95
31162992--31163117	27	4.7	27	82	3	121	24	7	23	43	1.80
31162989--31163158	27	6.3	27	78	1	117	28	8	22	40	1.84
31162991--31163158	54	3.1	54	77	4	142	27	8	22	41	1.83
31163137--31163374	27	8.8	27	88	0	341	40	8	21	29	1.83
31163137--31163401	27	9.8	27	86	0	323	38	9	21	30	1.85
31163352--31163413	27	2.3	27	82	0	79	30	8	20	40	1.82
31165513--31165550	11	3.5	11	86	13	53	42	0	10	47	1.38
31167585--31167694	43	2.6	42	80	5	132	30	16	24	28	1.96
31173032--31173142	27	4.1	27	78	5	100	36	20	23	18	1.95
31173032--31173142	54	2.1	53	82	1	132	36	20	23	18	1.95
31174330--31174362	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
31180760--31180870	27	4.2	26	83	5	132	36	21	26	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31182058--31182090	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
31182305--31182378	24	3.1	24	90	0	112	24	43	2	29	1.68
31185331--31185357	14	1.9	14	100	0	54	37	22	14	25	1.93
31190037--31190308	40	6.8	40	91	0	404	23	22	27	26	2.00
31199080--31199290	40	5.3	40	87	5	241	23	20	27	28	1.99
31199084--31199299	79	2.7	80	79	6	233	23	20	27	27	1.99
31202874--31202906	16	2.1	16	100	0	66	30	6	33	30	1.82
31207135--31207344	40	5.3	40	85	5	223	23	21	26	28	1.99
31208711--31209063	47	7.5	47	91	0	553	33	8	30	27	1.86
31209663--31209938	135	2.0	134	97	1	464	31	12	20	35	1.90
31210539--31210577	8	4.9	8	83	0	51	12	25	23	38	1.90
31211657--31211688	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
31216156--31216301	40	3.7	40	86	7	215	23	22	27	26	1.99
31216149--31216301	80	1.9	80	93	2	263	23	21	28	26	1.99
31223859--31224005	40	3.7	40	87	6	217	23	23	27	25	2.00
31223852--31224005	80	1.9	80	90	2	247	24	22	27	25	1.99
31223859--31224031	40	4.3	41	83	7	205	24	21	27	26	2.00
31225229--31225343	29	4.0	29	82	6	128	28	30	14	26	1.95
31225219--31225330	58	1.9	58	87	1	163	27	31	15	25	1.95
31229056--31229259	40	5.2	40	84	7	202	24	20	25	28	1.99
31233620--31233764	40	3.6	40	89	1	193	25	22	27	24	2.00
31237478--31237524	22	2.2	21	88	3	67	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31239854--31239897	19	2.3	18	85	11	61	27	2	18	52	1.57
31239914--31240002	42	2.1	42	93	0	151	26	5	15	51	1.66
31248188--31248310	61	2.0	61	98	0	237	29	13	18	39	1.88
31256946--31257057	43	2.6	43	89	0	179	31	31	25	12	1.92
31257055--31257251	38	5.1	38	89	2	295	30	25	22	21	1.99
31257055--31257251	78	2.6	76	86	3	286	30	25	22	21	1.99
31271263--31271295	15	2.2	15	94	0	57	57	6	12	24	1.57
31271474--31271550	40	1.9	40	83	0	100	48	23	12	15	1.80
31271500--31271550	20	2.5	20	87	0	75	45	27	11	15	1.81
31276085--31276113	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
31287360--31287463	29	3.6	30	74	7	90	25	30	15	27	1.96
31287536--31287572	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
31288936--31288968	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
31288989--31289142	42	3.7	41	82	3	191	30	24	13	31	1.93
31292238--31292351	43	2.7	42	75	2	129	33	22	13	30	1.92
31300417--31300610	95	2.0	96	97	1	372	37	4	7	51	1.49
31304053--31304123	36	1.9	37	91	2	117	28	30	18	22	1.97
31304273--31304407	50	2.7	50	96	2	245	31	25	6	37	1.82
31304378--31304612	47	5.1	48	88	7	321	25	28	12	33	1.92
31304487--31304565	23	3.4	23	66	27	67	27	26	10	35	1.89
31304378--31304612	92	2.6	92	88	4	341	25	28	12	33	1.92
31308224--31308368	67	2.1	68	88	5	213	31	28	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31308482--31308532	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
31308292--31308609	103	3.2	102	92	5	508	31	30	18	18	1.96
31308734--31308772	19	2.0	20	85	5	53	58	15	0	25	1.37
31308937--31309000	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
31308944--31309000	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
31310120--31310315	50	3.9	49	82	5	207	26	18	27	28	1.98
31311694--31311719	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
31314775--31314812	17	2.3	17	86	4	51	50	5	2	42	1.39
31314781--31314813	17	1.9	17	100	0	66	48	6	0	45	1.27
31318116--31318180	34	1.9	34	90	3	105	27	21	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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