genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9661320--9661354	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
9661373--9661480	7	15.1	7	71	11	67	20	0	37	41	1.59
9661699--9661739	7	5.7	7	82	5	55	19	0	36	43	1.51
9661699--9661740	15	2.9	14	79	6	57	21	0	35	42	1.53
9662007--9662044	20	1.9	19	94	5	67	65	5	5	23	1.34
9662011--9662054	20	2.2	20	88	4	63	65	6	4	22	1.35
9662049--9662085	19	1.9	19	94	0	65	72	2	5	18	1.15
9665972--9666116	40	3.6	40	83	4	175	22	25	24	26	2.00
9673998--9674165	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
9674021--9674165	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
9676253--9676299	23	2.0	23	95	0	85	17	8	14	59	1.59
9679727--9679906	43	4.2	43	86	2	238	22	16	32	28	1.96
9683882--9684153	138	2.0	138	92	1	456	48	14	9	26	1.75
9685772--9685796	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
9685795--9685831	14	2.6	14	86	4	56	21	0	2	75	0.92
9685804--9685829	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
9686255--9686296	15	2.9	15	82	3	50	40	30	0	28	1.57
9686316--9686359	7	6.3	7	86	0	61	31	52	0	15	1.44
9686567--9686653	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
9686879--9687139	41	6.4	41	88	2	357	18	23	22	36	1.95
9687144--9687169	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
9691387--9691467	10	7.9	10	74	15	76	64	2	12	20	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9691428--9691472	22	2.0	22	100	0	90	60	4	17	17	1.53
9701734--9701765	11	2.9	11	100	0	64	46	25	0	28	1.53
9705850--9705908	27	2.2	27	100	0	118	32	23	23	20	1.98
9710069--9710099	14	2.2	14	94	0	53	25	0	16	58	1.38
9710530--9710639	24	4.6	24	79	4	116	23	12	30	33	1.92
9710527--9710639	48	2.4	48	86	0	145	23	12	30	33	1.91
9714336--9714369	6	5.7	6	92	0	50	17	2	0	79	0.86
9717308--9717336	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
9726005--9726112	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
9734139--9734246	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
9735653--9735704	19	2.8	18	85	5	59	21	1	1	75	1.00
9739184--9739387	53	3.8	52	76	6	194	24	26	16	31	1.96
9751559--9751766	67	3.2	64	78	10	206	30	15	29	24	1.96
9754880--9754906	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
9761992--9762030	17	2.3	17	95	0	69	20	7	12	58	1.58
9763950--9764053	52	2.0	52	100	0	208	23	21	17	38	1.93
9783548--9783719	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
9783540--9783715	46	3.8	46	80	14	209	29	29	20	20	1.98
9793340--9793389	21	2.4	21	74	12	50	24	34	24	18	1.96
9801955--9802056	26	3.9	26	93	2	170	37	25	4	32	1.77
9802507--9802573	35	1.9	35	87	0	98	34	7	11	46	1.69
9803570--9803689	63	1.9	64	87	1	179	48	14	5	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9805481--9805621	27	5.2	27	82	11	182	35	24	23	17	1.95
9805481--9805621	54	2.6	54	93	2	239	35	24	23	17	1.95
9807234--9807341	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
9812606--9812712	27	4.0	27	87	6	164	36	23	24	15	1.94
9812602--9812738	54	2.5	54	89	2	204	36	22	23	17	1.95
9812602--9812738	27	5.1	26	79	7	130	36	22	23	17	1.95
9814360--9814441	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
9815911--9815942	15	2.1	15	94	0	55	43	3	0	53	1.16
9819004--9819059	28	2.0	28	100	0	112	53	14	3	28	1.57
9819335--9819499	75	2.2	75	83	4	208	36	18	17	26	1.93
9831471--9831578	27	4.0	27	77	5	112	37	20	21	20	1.94
9831701--9831752	27	1.9	27	84	7	70	36	17	23	23	1.95
9831736--9831794	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
9831902--9831984	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
9832209--9832488	81	3.5	81	81	1	310	28	17	16	37	1.92
9832209--9832457	27	9.2	27	84	0	300	27	18	16	36	1.93
9832442--9832755	27	11.7	27	78	6	289	29	9	21	39	1.85
9832252--9832484	108	2.2	108	88	1	333	28	16	17	37	1.91
9832252--9832755	135	3.8	133	82	5	385	28	12	19	38	1.89
9832925--9832958	17	1.9	18	94	5	61	17	29	29	23	1.97
9840332--9840395	30	2.1	31	94	2	112	43	3	3	50	1.33
9846000--9846116	6	19.0	6	73	15	96	46	15	20	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9846011--9846116	25	4.5	25	78	15	127	45	16	20	17	1.86
9846000--9846116	43	2.7	43	88	4	146	46	15	20	17	1.84
9846262--9846318	27	2.1	27	83	0	69	40	22	21	15	1.91
9846929--9847035	27	4.0	27	86	4	144	23	21	19	35	1.96
9846933--9847035	54	1.9	53	90	2	161	23	22	18	35	1.95
9846930--9847062	27	4.9	27	82	3	106	24	20	18	36	1.95
9846937--9847051	54	2.1	54	85	0	149	24	23	18	33	1.96
9846937--9847070	54	2.5	54	82	2	135	25	20	17	35	1.95
9857355--9857397	3	14.3	3	90	0	68	62	4	0	32	1.15
9859074--9859311	49	4.8	48	78	8	244	28	28	17	25	1.98
9859129--9859209	26	3.2	25	65	19	60	30	30	12	25	1.92
9859086--9859311	101	2.3	98	82	3	265	28	28	17	25	1.97
9864399--9864432	17	2.0	17	100	0	68	41	29	5	23	1.78
9866938--9867260	66	4.9	66	77	0	324	29	18	23	28	1.98
9869640--9869712	25	2.9	25	85	0	101	35	16	15	32	1.90
9871661--9871695	17	2.1	17	100	0	70	31	11	17	40	1.85
9876725--9876758	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
9881363--9881396	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
9893438--9893480	22	2.0	22	95	0	77	60	13	0	25	1.34
9896000--9896087	30	2.9	30	83	6	124	22	37	26	13	1.91
9900055--9900145	30	3.0	30	71	6	94	18	31	34	15	1.92
9900195--9900251	30	1.9	30	85	0	78	22	33	31	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9900378--9900429	5	10.2	5	76	19	54	25	0	1	73	0.94
9900378--9900429	21	2.6	19	82	14	68	25	0	1	73	0.94
9900438--9900507	27	2.6	27	84	11	81	27	4	0	68	1.08
9900469--9900537	15	4.4	17	67	25	53	24	2	0	72	0.98
9900463--9900552	27	3.4	26	78	7	92	23	2	0	74	0.93
9900482--9900552	20	3.7	19	74	12	65	22	1	0	76	0.87
9900458--9900549	44	2.1	44	91	4	150	25	2	0	72	0.95
9900633--9900661	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
9900633--9900659	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
9904442--9904470	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
9904696--9904724	12	2.4	12	100	0	58	31	24	17	27	1.97
9910993--9911047	25	2.2	25	93	3	92	47	9	20	23	1.78
9911000--9911048	25	2.0	25	100	0	98	42	12	20	24	1.86
9914582--9914621	20	2.0	21	90	5	64	27	12	27	32	1.93
9917855--9917912	28	2.1	28	96	0	107	20	22	0	56	1.42
9920664--9920717	23	2.3	24	90	3	83	31	27	0	40	1.57
9924863--9924898	15	2.4	15	90	9	56	22	30	27	19	1.98
9925791--9925871	36	2.2	37	91	8	130	24	18	11	45	1.82
9935703--9935756	26	2.1	26	100	0	108	33	11	16	38	1.84
9936225--9936288	32	2.0	32	96	0	119	29	17	18	34	1.94
9937249--9937294	18	2.3	21	85	10	62	28	23	23	23	2.00
9937259--9937302	18	2.4	18	100	0	88	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9948186--9948235	20	2.6	19	84	9	57	38	2	4	56	1.30
9958664--9958902	130	1.8	130	84	1	327	36	14	18	30	1.90
9961800--9961832	5	6.4	5	96	3	57	57	0	0	42	0.98
9962017--9962066	10	5.0	10	76	16	50	46	12	0	42	1.41
9966249--9966531	18	15.3	18	69	12	144	37	15	12	34	1.85
9966699--9966802	45	2.3	45	86	1	147	41	20	20	18	1.91
9968367--9968393	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
9984526--9984701	35	4.6	41	73	16	144	30	18	22	28	1.97
9984525--9984701	76	2.3	76	85	1	257	30	18	23	28	1.97
9989044--9989350	46	6.7	46	75	5	273	37	23	5	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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