genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96495755--96495788	18	1.9	18	88	5	52	44	11	29	14	1.81
96501181--96501240	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
96505305--96505413	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
96505618--96505809	47	4.1	47	89	1	271	26	28	11	33	1.91
96505709--96505784	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
96528219--96528303	42	2.0	42	84	8	111	28	12	28	30	1.93
96534363--96534420	28	2.1	27	81	15	66	41	0	24	34	1.55
96535856--96535931	37	2.1	37	84	0	98	28	31	17	22	1.96
96536050--96536578	47	11.1	47	93	2	860	28	30	8	32	1.88
96536050--96536578	96	5.5	96	93	2	886	28	30	8	32	1.88
96536050--96536578	143	3.7	142	93	1	880	28	30	8	32	1.88
96540031--96540220	39	4.9	39	88	5	271	25	28	21	24	1.99
96540044--96540338	39	7.6	40	82	8	231	24	28	22	25	2.00
96540031--96540258	79	2.9	78	83	8	281	24	28	21	24	1.99
96540044--96540338	79	3.8	78	81	10	254	24	28	22	25	2.00
96540645--96540723	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
96540705--96540807	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
96544234--96544411	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96544235--96544390	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
96544231--96544411	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96553219--96553342	28	4.6	27	91	4	187	33	28	12	25	1.93
96553219--96553342	55	2.3	54	91	4	196	33	28	12	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96558701--96558785	19	4.5	19	68	11	57	24	23	22	29	1.99
96561143--96561167	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
96572470--96572508	20	2.0	19	85	5	51	28	23	5	43	1.75
96578516--96578545	13	2.2	14	94	5	53	23	33	33	10	1.88
96579895--96580079	28	6.6	28	82	2	219	25	31	15	27	1.96
96584234--96584428	26	7.5	26	74	0	129	37	26	13	22	1.92
96584250--96584448	26	7.7	26	70	8	109	36	25	15	23	1.93
96584233--96584448	52	4.2	52	73	5	159	36	25	14	23	1.93
96589181--96589263	41	2.0	41	100	0	166	42	16	12	28	1.84
96590530--96590582	21	2.4	21	78	6	52	35	5	1	56	1.34
96594937--96595140	32	6.3	32	80	5	223	34	20	13	31	1.91
96594937--96595140	96	2.1	96	83	2	248	34	20	13	31	1.91
96601771--96601878	32	3.3	32	84	6	128	29	24	13	32	1.94
96603934--96603976	19	2.3	19	95	0	77	27	32	20	18	1.96
96620901--96620932	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
96622186--96622226	20	2.0	20	86	9	57	39	0	0	60	0.96
96622102--96622259	9	16.7	9	66	19	56	33	3	1	61	1.22
96622363--96622578	80	2.6	81	78	7	231	33	10	16	39	1.82
96622578--96622625	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
96623272--96623352	40	2.0	40	100	0	162	18	19	29	32	1.96
96623889--96623913	11	2.3	11	100	0	50	32	28	0	40	1.57
96623752--96624106	178	2.0	175	93	2	613	28	27	3	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96624083--96624139	20	3.0	20	74	10	55	19	26	0	54	1.44
96625706--96625765	26	2.5	23	79	15	59	30	3	13	53	1.56
96625726--96625772	24	2.0	24	83	8	60	34	4	8	53	1.51
96626490--96626551	29	2.1	31	90	6	101	35	1	0	62	1.05
96626519--96626571	22	2.4	22	81	12	63	37	1	0	60	1.08
96629204--96629237	16	2.1	16	100	0	68	32	26	17	23	1.97
96632260--96632403	46	3.1	46	72	14	134	29	28	20	22	1.98
96634766--96634854	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
96634766--96634845	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
96634777--96634854	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
96637793--96637962	93	1.8	93	91	2	279	28	29	20	21	1.98
96637785--96637959	46	3.8	45	77	10	192	29	29	19	21	1.98
96637790--96637979	46	4.1	44	70	21	113	29	28	20	21	1.98
96640808--96640892	44	1.9	44	92	4	145	32	30	17	18	1.95
96656759--96657289	263	2.0	255	88	7	771	38	7	19	34	1.80
96666836--96666876	7	5.9	7	97	0	64	14	51	0	34	1.43
96685771--96685864	49	1.9	49	84	0	125	26	20	24	28	1.99
96692417--96692546	40	3.3	39	84	2	152	32	25	16	25	1.96
96693985--96694140	43	3.6	43	78	1	170	39	21	16	23	1.92
96693895--96694151	86	3.0	87	77	6	229	41	20	15	22	1.90
96693909--96694154	43	5.7	43	73	1	161	40	21	16	21	1.91
96696964--96697149	93	2.0	93	90	2	293	32	11	14	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96703090--96703158	34	2.0	34	97	0	129	40	15	11	31	1.84
96706484--96706570	44	2.0	43	84	6	113	32	16	12	39	1.86
96707427--96707470	21	2.0	22	86	4	63	50	0	2	47	1.13
96707574--96707622	24	2.0	24	100	0	98	34	12	0	53	1.39
96708840--96708893	22	2.5	22	84	0	72	18	38	16	25	1.92
96716897--96716941	20	2.2	21	84	4	56	48	24	2	24	1.62
96716956--96716982	13	2.1	13	100	0	54	22	7	22	48	1.75
96720478--96720636	27	5.9	27	80	10	173	34	21	24	19	1.96
96720478--96720639	54	3.0	54	89	2	229	34	21	24	19	1.96
96720732--96720784	26	2.1	26	85	3	72	37	15	20	26	1.92
96720740--96720815	26	2.8	27	88	4	100	31	13	21	34	1.91
96722258--96722365	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
96735396--96735590	40	4.9	40	91	0	302	24	27	22	26	1.99
96735370--96735583	80	2.7	80	86	2	299	23	28	21	26	1.99
96753163--96753207	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
96758811--96758850	17	2.4	17	87	8	55	30	20	12	37	1.89
96761397--96761445	17	2.9	17	81	0	53	65	0	4	30	1.11
96763311--96763367	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
96782620--96782659	21	2.0	20	90	5	62	10	37	30	22	1.87
96791429--96791640	113	1.9	113	92	2	354	28	15	12	43	1.83
96807128--96807233	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
96807367--96807438	37	1.9	37	97	0	135	23	20	33	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96809933--96810139	53	3.8	54	78	1	218	20	25	18	35	1.95
96812881--96812937	30	1.9	30	89	7	89	26	31	28	14	1.94
96817058--96817104	6	7.8	6	100	0	94	14	0	0	85	0.61
96817299--96817355	28	2.0	28	100	0	114	19	14	17	49	1.80
96818684--96818728	6	7.7	6	85	5	56	15	0	6	77	0.96
96824477--96824516	21	1.9	21	90	10	64	55	10	12	22	1.67
96827116--96827190	29	2.5	29	86	4	96	46	13	14	25	1.81
96828507--96828584	33	2.4	33	79	12	88	28	20	15	35	1.93
96828891--96828949	31	1.9	31	100	0	118	38	10	5	45	1.60
96830043--96830140	39	2.6	37	77	4	99	31	4	6	58	1.42
96830126--96830173	8	5.4	9	82	9	55	27	2	0	70	0.98
96830136--96830188	18	2.6	21	88	11	76	20	0	3	75	0.96
96830136--96830196	10	6.3	9	78	15	52	21	1	3	73	1.06
96858995--96859021	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
96861321--96861388	35	1.9	35	93	0	118	44	8	4	42	1.55
96874458--96874930	237	2.0	238	90	2	745	44	17	13	24	1.85
96876912--96876947	12	3.1	12	88	4	56	30	0	0	69	0.89
96877048--96877106	30	2.0	30	93	0	100	59	8	1	30	1.37
96877658--96877721	26	2.4	27	70	21	62	59	7	9	23	1.54
96880234--96880360	42	3.0	42	81	4	150	29	24	13	33	1.93
96880467--96880615	31	4.8	31	92	0	235	26	28	18	26	1.98
96880591--96880719	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96883506--96883583	31	2.5	32	85	8	108	33	7	10	48	1.66
96884122--96884168	21	2.3	21	81	3	60	23	2	4	70	1.16
96884291--96884327	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
96888674--96888727	27	2.0	27	100	0	108	55	3	3	37	1.35
96888828--96888874	25	1.9	24	82	4	58	55	2	2	40	1.24
96891375--96891492	21	5.6	21	71	2	58	15	22	17	44	1.86
96904165--96904516	48	7.6	45	73	10	160	28	17	25	27	1.98
96921457--96921502	23	2.1	23	84	8	60	43	6	2	47	1.41
96922720--96922753	17	1.9	18	88	5	52	11	8	8	70	1.34
96925649--96925704	29	1.9	29	89	7	87	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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