genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38826254--38826479	27	8.4	27	81	4	242	36	17	18	27	1.93
38826240--38826479	81	3.0	81	81	6	272	36	18	17	27	1.94
38826653--38826715	27	2.3	27	83	0	81	22	22	19	36	1.95
38826863--38826928	33	2.0	34	90	3	107	28	22	24	24	1.99
38831097--38831151	22	2.6	21	76	2	56	21	25	29	23	1.99
38831995--38832034	21	1.9	21	84	0	53	37	17	2	42	1.63
38839832--38839870	20	1.9	21	84	5	53	23	5	23	48	1.70
38841263--38841352	21	5.1	17	72	21	69	30	4	1	64	1.20
38853726--38853853	44	2.9	44	80	1	148	31	13	26	28	1.94
38853840--38854391	89	6.2	87	74	11	405	31	18	22	27	1.97
38854081--38854207	44	2.9	44	83	1	137	32	13	24	29	1.93
38853705--38854515	354	2.3	353	89	1	1241	30	17	23	28	1.97
38854432--38854622	44	4.3	44	88	0	283	29	14	28	28	1.95
38854440--38854648	88	2.4	88	86	2	285	31	14	28	25	1.95
38857624--38857673	12	4.2	12	81	0	64	30	0	0	70	0.88
38857624--38857690	24	2.7	23	77	11	62	31	0	1	67	1.00
38859608--38859851	122	2.0	122	80	7	273	32	26	13	27	1.94
38861924--38862090	46	3.6	47	78	4	178	28	17	28	24	1.98
38868578--38868698	46	2.6	48	88	2	165	30	18	28	23	1.97
38868583--38868894	142	2.2	142	81	6	357	28	18	28	25	1.98
38871602--38871680	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
38871799--38872401	47	12.7	47	94	2	1014	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38878758--38878833	38	2.0	38	100	0	152	23	21	21	34	1.97
38883112--38883148	6	5.8	6	93	6	56	81	5	0	13	0.86
38899699--38899739	22	1.9	22	95	5	75	21	29	39	9	1.86
38900944--38901157	46	4.6	45	78	11	193	24	27	19	29	1.98
38916039--38916066	12	2.3	12	100	0	56	7	21	42	28	1.79
38920658--38920703	21	2.2	21	96	0	83	32	17	13	36	1.88
38924572--38924631	30	2.0	30	87	6	86	23	35	23	18	1.96
38928673--38928733	20	3.0	20	80	0	68	40	21	27	9	1.85
38928765--38929201	217	2.0	217	94	0	768	34	17	11	35	1.87
38941020--38941073	22	2.5	22	84	6	65	31	24	25	18	1.97
38941499--38941883	27	14.2	27	81	3	283	30	7	20	41	1.79
38946282--38946307	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
38947346--38947549	53	3.8	54	76	1	203	20	24	18	36	1.95
38947356--38947552	109	1.8	109	86	1	288	19	23	19	38	1.94
38957054--38957209	43	3.6	43	76	6	163	30	21	17	30	1.96
38976892--38977408	258	2.0	258	98	0	998	32	19	16	31	1.94
38978127--38978180	26	2.0	27	85	3	74	27	31	16	24	1.96
38978154--38978232	32	2.5	32	81	6	97	30	27	16	25	1.97
38979840--38979918	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
38980036--38980354	47	6.7	47	95	1	530	30	29	9	31	1.88
38980216--38980294	25	3.3	25	63	10	65	32	27	6	32	1.82
38985708--38985768	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38991573--38991657	32	2.6	33	83	10	113	28	27	18	25	1.98
38999140--38999392	47	5.4	47	91	0	380	28	30	7	33	1.86
39008094--39008286	55	3.6	53	76	3	163	21	21	20	37	1.95
39011892--39012123	101	2.3	101	83	2	279	27	18	24	29	1.98
39011796--39012131	151	2.2	151	95	0	600	26	18	24	30	1.98
39012052--39012125	24	3.0	24	64	21	62	28	16	25	29	1.97
39011790--39012125	50	6.7	50	78	3	325	26	18	25	30	1.98
39012334--39012365	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
39019347--39019451	53	2.0	53	84	0	138	20	25	16	37	1.93
39020386--39020456	33	2.2	33	97	0	133	15	38	26	19	1.92
39025153--39025314	40	4.1	40	83	3	209	28	27	20	22	1.99
39025153--39025314	80	2.0	80	87	2	236	28	27	20	22	1.99
39028988--39029215	46	5.0	46	88	2	316	21	24	15	38	1.92
39029923--39029960	17	2.2	18	95	4	69	23	31	31	13	1.93
39030214--39030353	27	5.2	27	86	0	183	35	15	21	27	1.94
39031137--39031267	6	21.3	6	72	16	99	20	19	12	47	1.82
39031137--39031247	31	3.6	31	76	13	120	20	20	12	45	1.83
39031140--39031235	19	4.8	19	76	12	93	19	21	13	44	1.85
39031429--39031454	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
39034008--39034049	14	3.0	14	80	19	52	64	0	2	33	1.07
39035991--39036106	34	3.4	34	83	5	137	24	25	25	25	2.00
39040835--39040959	29	4.3	29	91	2	189	28	32	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39040842--39040956	59	2.0	57	91	3	185	26	33	15	24	1.95
39045368--39045455	45	2.0	45	100	0	176	29	30	18	21	1.97
39046262--39046332	15	4.7	15	80	5	81	11	18	11	59	1.61
39046253--39046332	30	2.7	30	78	7	90	11	17	13	57	1.65
39048696--39048872	46	3.8	46	75	6	169	20	19	29	30	1.97
39050252--39050423	46	3.7	46	76	14	192	22	21	26	29	1.99
39050249--39050418	92	1.8	93	93	1	297	22	21	27	28	1.99
39053389--39053432	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
39055830--39056002	46	3.7	46	72	14	149	24	21	24	28	1.99
39055827--39055997	93	1.8	93	87	2	254	24	21	25	28	1.99
39065804--39065855	27	1.9	27	84	7	70	36	11	19	32	1.87
39086387--39086820	210	2.1	210	98	0	845	40	11	13	34	1.80
39087558--39087617	31	1.9	32	89	3	95	30	15	28	26	1.96
39087593--39087726	56	2.4	56	88	0	196	29	13	23	33	1.93
39087591--39087756	56	3.0	54	76	11	156	27	14	25	32	1.95
39091722--39091826	27	3.9	27	85	9	126	34	20	24	20	1.96
39092091--39092139	20	2.5	20	100	0	98	18	34	20	26	1.95
39092263--39092292	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
39093467--39093573	26	4.2	26	90	1	171	37	24	6	31	1.81
39097570--39097680	40	2.8	39	82	5	116	25	21	28	24	1.99
39105434--39105544	40	2.8	39	82	5	116	25	21	28	24	1.99
39109210--39109368	27	5.9	27	79	11	148	34	22	23	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39109228--39109368	54	2.6	54	87	2	203	34	23	23	18	1.96
39110979--39111086	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
39113263--39113379	6	18.8	6	69	19	62	48	14	17	19	1.81
39113265--39113379	37	3.2	37	84	8	134	48	14	16	20	1.81
39113263--39113379	31	3.5	32	81	14	130	48	14	17	19	1.81
39113519--39113617	27	3.7	26	85	5	117	37	21	22	19	1.94
39113776--39113840	22	3.0	22	77	8	69	35	21	23	20	1.96
39114266--39114487	27	8.3	27	83	0	257	25	19	19	35	1.95
39114345--39114516	81	2.1	79	80	6	193	27	16	19	36	1.93
39114526--39114866	27	12.6	27	85	1	373	31	8	21	39	1.84
39118906--39119049	43	3.3	43	95	0	252	31	15	20	31	1.94
39132613--39132725	42	2.7	43	76	5	113	29	19	23	28	1.98
39132623--39132726	43	2.5	42	73	10	95	28	20	24	26	1.99
39135754--39135852	48	2.1	48	96	0	180	32	10	17	40	1.83
39136828--39137010	86	2.1	86	81	8	203	31	15	22	31	1.95
39136883--39137033	43	3.5	43	95	1	259	31	14	21	32	1.93
39145335--39145382	6	7.5	6	84	9	51	79	0	12	8	0.94
39149253--39149349	40	2.4	41	85	10	121	25	28	17	27	1.98
39150108--39150140	16	2.1	16	88	5	50	27	12	0	60	1.32
39156705--39156799	40	2.4	40	80	7	104	28	27	16	27	1.97
39175125--39175164	19	2.1	19	100	0	80	25	0	12	62	1.30
39175284--39175450	43	3.9	42	79	6	167	29	14	23	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39182161--39182363	54	3.8	54	81	4	230	36	16	23	23	1.94
39184880--39185103	47	4.8	47	82	8	253	27	20	29	22	1.98
39184880--39185093	46	4.6	47	83	8	242	28	19	29	22	1.98
39184879--39185104	93	2.4	94	82	8	273	28	19	29	22	1.98
39187183--39187391	38	5.0	38	74	18	157	30	23	15	30	1.96
39187228--39187361	48	2.8	48	90	3	209	30	22	15	31	1.95
39189966--39190003	18	2.1	19	90	5	60	42	2	15	39	1.61
39193992--39194059	28	2.4	29	92	2	111	22	13	35	29	1.92
39194358--39194424	26	2.5	27	90	4	109	44	25	5	23	1.76
39203691--39203732	11	3.7	11	81	15	50	14	7	0	78	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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