genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  82  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25705903--25706082	85	2.1	86	84	5	231	28	15	23	32	1.95
25709978--25710166	27	7.0	26	88	4	204	29	13	17	39	1.88
25709953--25710112	54	3.0	54	83	5	146	31	15	16	36	1.90
25709978--25710220	81	3.0	81	83	10	248	30	11	18	39	1.86
25709982--25710246	54	4.9	53	82	10	206	30	10	19	40	1.85
25709983--25710247	27	9.9	27	83	7	165	30	10	19	40	1.85
25709983--25710247	81	3.3	80	82	7	245	30	10	19	40	1.85
25716434--25716462	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
25716980--25717010	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
25719157--25719231	28	2.7	28	85	0	105	28	32	17	22	1.96
25719449--25719480	16	2.0	16	93	0	55	12	21	18	46	1.82
25724243--25724293	25	2.0	25	84	0	66	31	23	17	27	1.97
25724334--25724372	10	3.8	10	86	6	51	35	20	12	30	1.90
25724333--25724372	21	1.9	21	89	0	62	37	20	12	30	1.89
25724419--25724489	25	2.8	25	89	0	115	23	25	23	26	2.00
25732268--25732306	10	3.8	10	90	6	60	33	20	15	30	1.94
25732267--25732306	21	1.9	21	94	0	71	35	20	15	30	1.93
25732343--25732398	25	2.3	25	84	9	80	26	17	26	28	1.98
25735752--25735809	28	2.2	26	84	6	71	43	1	3	51	1.28
25739260--25739293	7	4.9	7	100	0	68	14	55	0	29	1.40
25739260--25739300	14	2.9	14	92	0	55	17	51	0	31	1.46
25739260--25739300	21	2.0	21	90	0	64	17	51	0	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25739795--25739826	14	2.3	14	94	0	55	15	25	28	31	1.96
25745387--25745488	43	2.4	43	80	3	116	30	25	14	29	1.95
25745488--25745663	50	3.6	50	75	11	177	23	30	17	28	1.97
25748702--25748789	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
25754874--25755044	43	4.0	43	77	6	166	30	25	16	26	1.97
25758052--25758134	31	2.7	31	90	3	134	28	25	16	28	1.97
25758354--25758423	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
25758628--25758826	27	7.4	27	86	1	265	24	21	18	35	1.95
25758674--25758849	81	2.2	81	85	4	230	26	18	17	37	1.93
25758630--25758849	54	4.1	52	82	6	190	26	20	17	35	1.94
25758804--25759013	27	7.8	27	83	8	180	30	9	20	39	1.85
25758699--25758876	81	2.2	81	83	6	218	26	16	19	37	1.93
25758804--25759013	81	2.6	81	80	1	233	30	9	20	39	1.85
25758915--25759120	27	7.6	27	80	5	132	32	7	21	38	1.82
25758804--25759013	54	3.9	54	84	2	226	30	9	20	39	1.85
25762004--25762475	47	10.1	47	95	0	795	31	9	30	28	1.88
25762594--25762672	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25764519--25764707	43	4.4	43	99	0	369	22	14	35	26	1.93
25764689--25764760	29	2.5	29	86	4	92	27	13	31	26	1.94
25765072--25765228	40	3.9	40	77	10	133	26	23	26	23	2.00
25768627--25768911	47	6.1	47	92	0	437	31	9	30	28	1.89
25769030--25769108	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25772820--25772949	48	2.7	48	81	0	152	30	24	17	27	1.97
25783571--25783727	43	3.7	42	82	4	154	25	19	23	31	1.98
25783607--25783727	43	2.8	43	86	5	156	26	19	23	30	1.98
25784831--25784916	29	3.0	29	86	3	104	27	34	13	23	1.93
25785910--25785934	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
25787704--25787769	33	2.0	33	96	0	123	50	18	0	31	1.47
25788736--25788826	29	3.2	29	81	6	107	27	32	13	26	1.93
25790960--25791038	31	2.5	31	89	0	122	30	25	16	27	1.97
25791062--25791153	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
25791298--25791421	26	4.8	26	87	1	160	29	20	22	27	1.99
25791471--25791545	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
25791471--25791526	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
25791488--25791544	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
25792245--25792321	27	2.9	26	88	5	109	22	24	20	32	1.98
25792390--25792475	27	3.1	27	79	14	95	36	9	15	39	1.79
25792478--25792603	27	4.7	27	85	2	173	28	8	22	40	1.83
25792478--25792636	54	2.9	54	78	5	187	28	10	20	40	1.85
25792484--25792636	81	1.9	81	82	8	195	29	10	18	41	1.84
25792478--25792636	27	5.9	27	78	7	153	28	10	20	40	1.85
25792635--25792832	27	7.3	27	80	6	213	38	8	25	27	1.85
25792635--25792832	81	2.4	82	85	5	260	38	8	25	27	1.85
25792678--25792852	81	2.2	81	84	2	226	37	9	23	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25797060--25797129	20	3.5	20	82	7	79	37	15	7	40	1.75
25797080--25797145	20	3.3	20	80	16	75	39	13	10	36	1.80
25797302--25797358	24	2.3	25	82	11	82	35	12	21	31	1.90
25797363--25797415	23	2.3	23	83	0	61	30	22	22	24	1.99
25797374--25797425	23	2.3	23	82	0	68	26	23	26	23	2.00
25797883--25797926	18	2.4	18	84	0	52	59	9	4	27	1.48
25798819--25798893	29	2.6	29	86	0	105	30	30	14	24	1.95
25798809--25798908	29	3.5	28	77	9	103	33	28	11	28	1.91
25799119--25799167	16	3.1	17	77	14	59	14	20	18	46	1.83
25805563--25805707	50	3.0	49	82	4	177	31	24	17	26	1.97
25806793--25806817	8	3.1	8	100	0	50	36	28	12	24	1.91
25808363--25808426	30	2.1	30	91	0	101	26	21	14	37	1.92
25811663--25811691	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
25822737--25822767	11	2.9	11	95	4	55	35	0	0	64	0.94
25826829--25826866	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25827096--25827266	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
25827091--25827263	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
25833369--25833406	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
25833483--25833654	46	3.7	48	78	14	164	30	28	18	22	1.97
25833483--25833654	93	1.8	93	88	0	263	30	28	18	22	1.97
25837103--25837136	14	2.4	14	90	0	50	14	26	23	35	1.94
25843551--25843647	40	2.4	41	83	6	119	26	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25853315--25853344	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
25857255--25857501	40	6.2	39	84	5	259	23	23	27	24	2.00
25857295--25857501	79	2.6	79	83	3	256	23	23	28	25	2.00
25863527--25863596	29	2.4	29	92	0	113	28	31	15	24	1.96
25865130--25865163	17	2.0	17	94	0	59	8	5	29	55	1.54
25876594--25876950	180	2.0	180	84	2	475	33	19	8	39	1.82
25877257--25877855	299	2.0	299	96	0	1108	30	23	11	34	1.90
25877817--25877949	49	2.7	50	92	2	223	28	26	19	25	1.99
25877808--25877972	50	3.3	50	87	1	224	28	25	18	27	1.98
25879748--25879934	41	4.6	40	85	4	232	25	23	25	25	2.00
25879748--25879934	81	2.3	82	83	6	238	25	23	25	25	2.00
25887551--25887885	180	1.9	180	89	2	530	30	21	9	38	1.85
25896874--25896967	40	2.3	40	85	7	120	28	29	17	24	1.97
25899540--25899776	35	6.7	34	73	13	142	26	22	17	33	1.96
25899494--25899757	144	1.8	144	84	4	363	26	23	17	32	1.96
25901895--25902022	47	2.7	47	83	0	139	34	28	13	24	1.93
25904582--25904802	40	5.6	40	77	3	196	26	26	22	24	2.00
25909116--25909152	17	2.2	17	100	0	74	24	29	24	21	1.99
25911672--25911750	34	2.3	34	86	0	104	21	25	26	26	1.99
25911687--25911753	34	2.0	34	93	0	116	22	23	28	25	1.99
25918575--25918657	34	2.4	34	89	0	130	24	25	21	28	1.99
25933505--25933722	40	5.5	39	88	3	287	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25934648--25934681	14	2.4	14	100	0	68	52	11	11	23	1.70
25941552--25941769	40	5.5	40	89	2	298	24	22	27	25	1.99
25943916--25944045	50	2.6	49	86	1	170	29	28	18	23	1.98
25950817--25950999	101	1.8	101	85	2	260	28	24	19	26	1.99
25950768--25950997	50	4.6	50	76	7	189	29	25	19	25	1.98
25952288--25952349	29	2.1	29	96	0	115	12	37	12	37	1.82
25957379--25957548	51	3.4	51	87	4	229	27	28	15	28	1.96
25968494--25968637	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
25974570--25974603	13	2.6	13	95	0	59	14	17	50	17	1.79
25981117--25981153	18	2.1	18	94	0	65	18	13	16	51	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362