genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  221  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74625572--74625622	21	2.4	22	86	3	68	17	37	31	13	1.89
74635172--74635209	20	1.9	20	88	0	58	28	34	10	26	1.90
74644109--74644156	21	2.3	20	75	10	51	39	2	6	52	1.39
74645972--74646074	6	16.3	6	71	20	59	73	2	3	19	1.11
74645957--74646054	45	2.2	46	83	9	121	75	2	3	19	1.03
74645950--74646054	17	6.2	17	74	17	78	74	2	2	20	1.08
74645957--74646029	22	3.3	22	81	12	87	76	2	1	19	0.98
74646032--74646283	3	84.7	3	71	7	174	59	3	5	30	1.37
74647637--74647788	44	3.5	43	74	8	121	26	21	21	29	1.99
74647671--74648461	44	17.8	44	68	12	213	29	22	18	29	1.97
74647670--74647922	88	2.9	87	77	10	246	28	22	20	28	1.98
74647914--74648164	134	1.9	136	84	1	344	33	20	15	30	1.94
74648156--74648461	89	3.4	89	80	3	355	27	23	19	29	1.98
74654708--74654811	6	16.3	6	70	21	52	73	3	2	20	1.13
74654720--74654753	12	2.8	12	100	0	68	70	8	0	20	1.13
74654763--74654907	3	47.3	3	77	4	121	62	3	4	30	1.31
74654745--74654826	42	2.0	42	83	9	105	69	2	4	23	1.20
74654766--74654884	33	3.6	32	85	4	148	63	3	5	27	1.31
74655557--74655589	13	2.5	13	86	13	50	87	0	12	0	0.53
74656481--74656542	25	2.4	27	81	8	74	38	0	1	59	1.07
74657235--74657299	25	2.6	25	97	0	121	44	9	20	26	1.81
74660587--74660743	56	2.8	56	91	1	244	33	6	14	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74662157--74662228	29	2.5	29	81	2	83	62	12	6	18	1.51
74662561--74662646	17	4.9	18	74	16	74	16	1	15	67	1.30
74662613--74662640	13	2.2	13	100	0	56	21	0	14	64	1.29
74662575--74662649	16	4.5	16	74	19	73	18	1	16	64	1.37
74662561--74662640	36	2.3	33	81	12	99	16	1	15	67	1.30
74669132--74669196	13	4.8	13	78	15	60	26	1	1	70	1.04
74669160--74669196	12	3.0	12	84	7	56	24	0	0	75	0.80
74669312--74669346	12	2.9	12	91	0	61	22	0	0	77	0.78
74669108--74670205	148	7.6	147	84	10	1296	27	5	8	58	1.52
74669732--74669995	130	2.0	130	93	2	449	26	6	9	57	1.54
74670328--74670352	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
74670797--74670859	3	22.0	3	75	15	62	1	33	0	65	1.03
74670788--74670859	20	3.8	18	83	16	92	1	34	0	63	1.03
74670787--74670859	17	3.9	17	79	20	83	1	35	0	63	1.04
74680176--74680273	27	3.5	28	91	2	144	27	13	27	31	1.94
74680176--74680286	27	4.0	27	85	4	98	29	12	25	32	1.93
74680176--74680287	28	4.0	27	87	4	107	29	12	25	33	1.92
74687093--74687122	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
74687930--74688146	46	4.7	46	78	10	219	23	29	18	27	1.98
74687976--74688149	94	1.9	92	85	7	244	24	29	18	27	1.98
74689817--74689907	46	2.0	46	95	0	164	31	10	15	41	1.82
74690150--74690276	49	2.6	49	93	0	209	31	17	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74690824--74690850	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
74691585--74691635	25	2.0	26	84	3	68	39	1	3	54	1.30
74691705--74691739	11	3.2	11	87	0	52	34	0	2	62	1.10
74691649--74691734	20	3.8	21	72	21	59	33	1	8	56	1.36
74691578--74692038	24	19.8	24	66	19	135	34	3	6	55	1.42
74691676--74691841	23	6.8	24	69	21	69	33	4	4	57	1.41
74691665--74691841	49	3.6	47	76	14	155	32	5	4	57	1.41
74691871--74691911	21	2.0	20	85	4	55	34	2	7	56	1.40
74691990--74692057	28	2.6	25	76	13	73	32	4	4	58	1.37
74692094--74692191	25	3.7	27	78	11	105	33	6	4	56	1.43
74692169--74692212	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
74694045--74694074	13	2.2	13	94	5	51	86	0	0	13	0.57
74696237--74696277	21	2.0	21	90	0	64	14	26	4	53	1.61
74712582--74712637	2	27.5	2	92	3	94	50	0	48	1	1.11
74712866--74712985	33	3.2	37	63	23	95	40	9	3	47	1.52
74712857--74713006	77	2.0	73	92	5	246	38	9	6	46	1.61
74715467--74715499	14	2.3	15	85	15	52	60	0	0	39	0.97
74717260--74717478	46	4.7	45	75	13	178	24	29	18	27	1.98
74724947--74725068	47	2.6	47	78	17	128	23	27	18	29	1.98
74728821--74729044	40	5.6	40	83	5	281	24	24	25	25	2.00
74728825--74729045	83	2.7	81	85	6	290	23	24	26	25	2.00
74736713--74736936	40	5.6	40	84	5	290	23	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74736717--74736936	83	2.7	81	86	5	295	23	25	26	25	2.00
74738445--74738601	78	2.0	78	97	0	296	40	10	15	32	1.82
74739648--74739681	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
74744658--74744692	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
74752528--74752579	16	3.3	15	76	7	50	65	3	0	30	1.10
74757736--74757769	16	2.1	16	94	0	59	14	8	35	41	1.77
74763278--74763509	49	4.7	49	83	3	302	29	27	18	25	1.98
74763278--74763503	101	2.3	98	86	2	299	29	27	17	25	1.98
74766271--74766303	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
74769472--74769549	22	3.3	22	65	25	59	30	30	15	23	1.95
74769400--74769633	50	4.7	50	90	1	326	28	27	18	25	1.98
74771131--74771160	14	2.1	14	100	0	60	20	20	6	53	1.67
74781806--74781861	28	2.0	28	92	0	94	26	16	19	37	1.92
74783859--74783991	21	6.3	21	83	0	140	45	15	20	18	1.85
74790747--74790817	37	1.9	37	91	5	117	36	8	16	38	1.80
74791070--74791192	21	6.0	21	81	3	133	45	16	21	17	1.85
74791094--74791192	40	2.4	42	84	3	130	46	18	20	15	1.84
74791343--74791377	17	2.0	18	88	5	54	51	14	0	34	1.42
74795611--74795639	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
74798573--74798609	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
74799168--74799340	46	3.7	46	75	14	185	21	19	29	30	1.97
74799162--74799332	93	1.8	93	89	2	272	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74801882--74801945	28	2.3	28	91	0	101	18	45	20	15	1.86
74802943--74803146	46	4.4	45	83	5	180	24	27	19	28	1.98
74802979--74803146	92	1.8	92	85	5	241	23	27	20	29	1.99
74802983--74803171	92	2.1	92	79	6	195	25	28	18	27	1.98
74803479--74803536	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
74806205--74806267	29	2.3	28	86	8	85	0	30	0	69	0.88
74823565--74823679	18	6.4	17	74	9	61	40	18	5	35	1.73
74823627--74823718	36	2.6	36	79	6	98	39	14	13	33	1.84
74823655--74823736	18	4.6	18	78	6	85	34	13	15	36	1.87
74823661--74823730	36	1.9	36	85	0	95	35	12	17	34	1.88
74823843--74823872	6	5.0	6	95	0	51	46	16	20	16	1.84
74823857--74823975	51	2.3	53	83	4	143	39	19	22	18	1.92
74824587--74824620	17	2.1	15	89	10	50	2	32	0	64	1.08
74826729--74826889	27	6.0	27	88	2	200	27	18	18	36	1.93
74826883--74826957	26	2.8	26	91	2	123	36	13	13	37	1.84
74826824--74827075	27	9.4	27	84	6	196	30	13	20	35	1.91
74826944--74827141	54	3.6	54	89	2	263	30	9	20	39	1.84
74826935--74827141	27	7.6	27	83	3	236	29	9	20	40	1.84
74827132--74827262	27	4.9	27	91	0	181	40	8	22	29	1.83
74827133--74827287	81	1.9	81	85	0	211	38	8	22	30	1.84
74827124--74827300	81	2.2	81	78	2	194	36	8	21	33	1.84
74829687--74829756	25	2.8	25	97	0	131	27	22	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74829959--74830199	27	9.0	27	84	2	274	25	19	19	36	1.95
74830188--74830367	27	6.7	27	80	1	166	30	8	20	41	1.82
74830227--74830367	53	2.6	54	86	1	167	29	8	19	42	1.81
74830270--74830534	27	9.9	27	77	8	119	33	8	21	36	1.84
74830358--74830489	54	2.4	54	87	0	192	37	8	23	30	1.84
74830331--74830489	54	2.9	54	83	0	183	36	8	22	32	1.84
74833260--74833340	39	2.1	39	92	0	135	35	9	17	37	1.83
74836056--74836320	50	5.5	50	76	10	234	23	29	19	27	1.98
74841741--74841824	30	2.8	30	98	0	159	35	22	16	25	1.95
74842183--74842222	21	2.0	20	90	5	62	20	22	40	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362