genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61483431--61483461	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
61493397--61493637	43	5.6	43	94	0	428	31	34	23	9	1.88
61493630--61493714	38	2.2	38	91	0	134	30	27	21	21	1.98
61496673--61496774	44	2.3	45	86	3	134	30	22	12	34	1.92
61496692--61496780	46	2.0	44	88	4	133	29	25	12	32	1.92
61499895--61499998	48	2.2	48	82	6	122	19	29	20	30	1.97
61501540--61501591	27	1.9	27	96	0	95	36	34	19	9	1.84
61501575--61501608	17	2.0	17	100	0	68	35	35	11	17	1.87
61501552--61501635	44	1.9	44	95	0	150	36	34	16	11	1.86
61501610--61501799	43	4.4	43	91	0	308	32	32	25	10	1.89
61501797--61501899	38	2.7	38	86	0	125	27	23	24	25	2.00
61507346--61507411	24	2.7	24	79	11	62	28	18	21	31	1.96
61512708--61512916	53	3.9	53	77	1	229	20	23	16	39	1.92
61520305--61520461	68	2.3	68	83	3	192	42	18	14	25	1.88
61523874--61523991	44	2.7	43	82	4	128	36	31	12	19	1.89
61526537--61526599	15	4.1	15	81	2	72	30	17	11	41	1.84
61527961--61528122	35	4.6	35	76	15	147	38	17	17	26	1.91
61527961--61528122	70	2.3	69	83	7	211	38	17	17	26	1.91
61528768--61528792	13	1.9	13	100	0	50	12	16	40	32	1.84
61530180--61530214	16	2.2	16	100	0	70	22	0	25	51	1.48
61535059--61535153	20	4.8	20	79	5	102	9	32	23	34	1.87
61535062--61535153	40	2.3	40	83	10	125	9	33	23	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61540061--61540122	27	2.3	27	94	0	106	37	14	8	40	1.76
61540289--61540338	20	2.3	22	86	10	68	26	4	12	58	1.51
61541161--61542570	704	2.0	704	99	0	2759	29	16	22	30	1.96
61547877--61547946	36	1.9	36	94	0	122	30	14	15	40	1.87
61554366--61554429	32	2.1	29	85	8	83	34	6	6	53	1.51
61556468--61556561	34	2.7	34	80	4	109	26	20	20	32	1.97
61556545--61556598	18	3.0	18	76	10	65	40	16	18	24	1.90
61556855--61556910	23	2.4	24	80	14	64	41	21	12	25	1.88
61556947--61557061	27	4.3	27	85	2	124	19	20	19	41	1.90
61557053--61557230	27	6.6	27	89	1	259	37	15	15	32	1.88
61557053--61557233	80	2.2	81	90	3	276	37	14	16	32	1.89
61560147--61560260	34	3.4	34	85	2	140	23	19	22	34	1.97
61560250--61560308	18	3.3	18	73	0	64	35	15	20	28	1.93
61560556--61560605	23	2.2	23	86	13	68	42	16	14	28	1.86
61560640--61560758	27	4.4	27	81	2	123	20	20	21	37	1.94
61560642--61560758	54	2.2	54	82	3	146	20	20	21	37	1.94
61560684--61560793	27	4.1	27	83	6	98	26	17	21	34	1.95
61560748--61561091	27	12.8	27	84	3	433	36	14	14	34	1.87
61564100--61564245	41	3.7	40	89	6	208	23	20	26	28	1.99
61564099--61564308	39	5.3	40	85	7	225	23	20	27	28	1.99
61572218--61572430	40	5.3	40	85	5	225	22	21	27	28	1.99
61572222--61572430	81	2.6	80	79	6	217	22	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61579894--61579962	34	2.0	34	97	0	129	46	23	10	20	1.80
61588441--61588669	20	11.4	20	68	10	128	16	32	16	34	1.91
61588445--61588748	40	7.6	40	87	0	383	16	31	16	36	1.90
61591836--61591902	25	2.7	25	83	0	71	31	19	23	25	1.98
61592418--61592448	16	1.9	16	100	0	62	83	0	3	12	0.75
61594829--61594854	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
61595201--61595225	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
61607795--61607904	48	2.3	50	77	6	118	28	24	14	32	1.94
61607801--61607937	49	2.8	49	80	1	141	28	24	16	31	1.96
61607829--61607962	49	2.8	49	81	3	128	29	25	14	30	1.95
61607943--61608075	49	2.7	48	80	6	151	25	21	17	35	1.95
61608127--61608159	16	1.9	18	88	11	52	45	18	6	30	1.73
61610374--61610418	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
61618207--61618384	47	3.8	47	80	12	199	23	27	20	29	1.99
61631761--61632027	46	5.7	47	79	9	253	23	30	18	26	1.98
61631761--61632028	94	2.9	93	76	16	261	23	30	18	26	1.98
61639458--61639534	33	2.3	33	80	6	84	29	23	20	25	1.99
61641335--61641511	27	6.5	27	79	5	153	28	28	16	25	1.97
61641335--61641512	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
61641356--61641511	82	1.9	81	85	1	213	27	28	17	26	1.98
61649398--61649575	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
61649398--61649575	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61649419--61649574	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
61652402--61652449	25	1.9	25	95	0	87	31	29	27	12	1.93
61652502--61652550	24	2.0	25	92	4	82	28	32	24	14	1.94
61652266--61652628	102	3.6	101	89	5	520	30	28	20	20	1.97
61655908--61656130	40	5.7	40	85	7	262	24	22	27	25	2.00
61655908--61656128	79	2.8	79	83	8	281	24	22	27	24	2.00
61655908--61656163	79	3.3	78	80	9	229	25	21	27	24	1.99
61663846--61664069	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
61663846--61664069	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
61669445--61669540	22	4.3	23	82	6	108	23	23	19	32	1.98
61671892--61671981	45	2.0	44	91	2	144	27	12	22	37	1.90
61676428--61676467	19	2.1	19	100	0	80	47	0	15	37	1.45
61678103--61678249	71	2.1	71	100	0	294	40	12	17	29	1.85
61678839--61678872	17	2.0	17	88	0	50	11	5	11	70	1.32
61680586--61680610	13	1.9	13	100	0	50	80	8	12	0	0.92
61682519--61682626	44	2.5	44	78	0	135	34	20	15	29	1.94
61684305--61684356	24	2.2	24	89	0	77	44	7	0	48	1.31
61685307--61685360	26	2.0	26	82	3	63	48	7	20	24	1.75
61685532--61685565	16	2.1	16	100	0	68	50	5	20	23	1.70
61687123--61687192	35	2.0	34	83	10	88	25	31	20	22	1.98
61688492--61688521	13	2.3	13	94	0	51	43	33	16	6	1.74
61690192--61690458	44	6.0	44	80	9	274	30	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61690243--61690450	89	2.3	89	94	1	364	30	28	17	23	1.97
61690646--61691253	301	2.0	303	96	0	1112	37	21	9	31	1.86
61692915--61693021	53	2.0	53	100	0	214	41	11	13	34	1.79
61693589--61693627	20	2.0	20	89	0	60	35	15	10	38	1.81
61693828--61693960	23	5.8	23	74	10	121	33	16	21	27	1.95
61693829--61693892	22	2.8	23	85	4	85	35	15	18	29	1.92
61693895--61693958	24	2.7	23	83	7	67	32	18	23	25	1.97
61701548--61701811	46	5.7	46	74	7	203	23	27	18	29	1.98
61701548--61701803	140	1.8	140	84	3	354	23	27	19	29	1.98
61708840--61708897	30	1.9	30	89	0	89	27	27	13	31	1.94
61709723--61709819	20	4.8	19	80	7	86	39	14	9	37	1.78
61709724--61709819	40	2.4	40	82	8	115	39	14	9	36	1.79
61709999--61710086	22	3.9	23	82	8	110	36	17	20	26	1.94
61709999--61710086	44	2.0	45	88	6	135	36	17	20	26	1.94
61710103--61710156	26	2.2	26	86	6	76	37	18	20	24	1.94
61717727--61717812	43	2.0	43	95	2	156	30	19	19	30	1.97
61719983--61720028	16	2.9	16	78	15	60	15	4	2	78	1.01
61719989--61720047	6	10.2	6	77	3	59	15	5	3	76	1.10
61719980--61720035	22	2.6	20	83	10	67	14	3	3	78	1.02
61719983--61720067	17	5.3	15	75	15	57	17	4	2	75	1.08
61722942--61722974	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
61725236--61725379	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61733048--61733224	27	6.5	27	79	5	153	28	28	16	25	1.97
61733048--61733225	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
61733069--61733224	82	1.9	81	85	1	213	27	28	17	26	1.98
61742244--61742321	34	2.3	35	86	8	108	29	21	21	26	1.99
61754095--61754285	47	4.1	47	93	0	292	32	11	30	25	1.91
61754259--61754395	46	3.0	46	89	0	211	35	9	30	24	1.87
61778574--61778640	11	6.0	11	77	3	55	14	2	2	79	0.98
61778577--61778660	12	7.9	10	73	20	57	17	3	2	76	1.04
61778576--61778660	17	5.3	15	78	13	73	17	3	2	76	1.04
61778572--61778640	6	11.8	6	80	9	72	15	2	2	78	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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