genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50614729--50614802	30	2.5	30	76	8	87	31	16	24	28	1.96
50615783--50615821	17	2.3	17	95	0	69	35	5	17	41	1.72
50618129--50618185	21	2.8	21	83	2	71	43	21	21	14	1.87
50622798--50622859	16	3.6	16	73	18	54	4	19	0	75	0.97
50622795--50622836	13	3.0	14	86	6	59	7	19	0	73	1.05
50622810--50622925	15	7.7	15	71	17	62	6	18	0	74	1.08
50622824--50622884	24	2.5	25	84	12	65	4	19	1	73	1.10
50622801--50622903	20	4.8	21	72	24	74	5	20	0	72	1.10
50622801--50622929	43	3.0	41	72	18	95	6	20	0	72	1.13
50625291--50625335	10	4.4	10	83	5	54	48	22	15	13	1.79
50625291--50625335	21	2.2	20	84	4	54	48	22	15	13	1.79
50625625--50625664	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
50628721--50628763	17	2.5	17	79	20	54	23	27	9	39	1.85
50629159--50629255	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
50633368--50633669	150	2.0	150	98	0	586	24	24	18	32	1.97
50634192--50634276	30	2.9	30	77	11	86	30	22	14	32	1.93
50636825--50636866	5	8.0	5	85	15	50	76	0	16	7	1.00
50636938--50636981	12	3.8	12	82	5	56	63	0	22	13	1.29
50636937--50636986	24	2.2	22	85	7	64	58	0	22	20	1.40
50636992--50637030	19	2.1	18	90	4	60	69	2	20	7	1.26
50639138--50639182	20	2.2	21	84	11	58	26	28	13	31	1.94
50639208--50639295	30	2.9	30	78	6	88	29	22	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50642095--50642124	11	2.7	11	100	0	60	13	0	6	80	0.91
50643399--50643495	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
50646037--50646099	6	12.0	5	79	18	51	74	3	17	4	1.12
50646168--50646249	30	2.7	31	83	5	105	65	0	21	12	1.25
50646173--50646242	24	2.9	24	74	6	61	62	0	24	12	1.30
50648358--50648454	30	3.2	31	76	5	110	28	28	14	27	1.95
50649989--50650048	27	2.3	26	85	8	77	43	16	10	30	1.81
50656303--50656335	17	1.9	17	100	0	66	30	18	6	45	1.73
50673072--50673220	48	3.1	48	98	0	280	30	27	6	36	1.81
50677294--50677403	31	3.5	31	88	0	175	29	23	18	29	1.98
50677427--50677518	42	2.2	42	96	0	166	33	20	14	31	1.92
50677666--50677735	25	2.8	25	86	4	97	25	24	25	24	2.00
50678566--50678617	27	1.9	28	84	7	72	17	19	23	40	1.91
50678662--50678759	27	3.6	27	81	10	108	33	9	17	39	1.81
50678711--50678848	27	5.1	27	77	7	111	30	8	20	40	1.82
50678659--50678840	54	3.3	54	77	6	179	32	10	17	39	1.84
50678746--50678888	27	5.3	26	70	14	85	30	12	20	36	1.90
50678880--50679158	27	10.3	27	87	1	353	38	6	24	29	1.81
50678880--50679158	81	3.4	81	90	1	425	38	6	24	29	1.81
50681500--50681540	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
50683823--50683929	34	3.1	34	87	0	151	29	23	20	26	1.99
50697809--50697837	13	2.2	13	100	0	58	20	13	13	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50697889--50697950	5	12.4	5	77	19	67	1	17	1	79	0.90
50697890--50697950	16	4.0	15	80	8	61	1	16	1	80	0.88
50697889--50697954	15	4.2	16	79	11	75	1	18	1	78	0.90
50698858--50698895	10	3.7	10	93	6	67	15	0	7	76	1.01
50698857--50698895	11	3.6	11	93	6	71	15	0	7	76	0.99
50700571--50700658	30	2.9	30	78	9	90	28	17	25	29	1.97
50703211--50703415	35	5.9	35	78	4	189	41	20	9	28	1.83
50703213--50703415	105	1.9	103	79	9	223	42	20	8	28	1.82
50707118--50707181	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
50707375--50707592	25	9.0	24	89	5	271	26	23	22	27	1.99
50707650--50707706	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
50707638--50707708	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
50707643--50707697	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
50708958--50709033	27	2.8	27	88	4	82	23	25	19	31	1.98
50708975--50709053	27	2.9	27	88	3	106	20	24	21	34	1.97
50709180--50709284	27	3.9	27	75	8	99	30	8	20	40	1.83
50709276--50709433	27	5.9	27	85	1	165	39	6	22	30	1.80
50709320--50709460	54	2.6	54	80	0	129	36	8	25	29	1.86
50710470--50710721	48	5.1	48	82	5	256	28	14	26	30	1.95
50710721--50710809	42	2.1	42	85	4	117	31	14	24	29	1.95
50713763--50713793	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
50714043--50714104	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50714058--50714107	26	1.9	26	100	0	100	36	26	10	28	1.88
50714211--50714321	27	4.1	26	82	3	114	23	24	18	33	1.97
50714211--50714321	55	2.1	53	83	6	134	23	24	18	33	1.97
50717660--50717797	42	3.2	43	76	9	138	30	25	17	26	1.97
50722740--50722940	70	2.9	70	81	5	194	42	19	10	26	1.84
50722796--50722953	35	4.5	35	84	4	101	43	21	8	25	1.81
50722750--50722953	105	1.9	104	79	7	225	43	20	9	26	1.82
50726977--50727073	30	3.2	30	74	8	99	28	15	27	27	1.96
50729187--50729269	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
50729220--50729275	18	3.1	18	76	5	51	7	19	1	71	1.18
50729245--50729269	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
50730259--50730312	21	2.6	21	91	2	83	16	3	7	72	1.22
50730259--50730312	10	5.1	11	78	13	60	16	3	7	72	1.22
50733908--50734463	48	11.6	48	93	0	905	34	6	28	30	1.83
50734508--50734610	37	2.8	37	95	0	188	22	21	32	24	1.98
50736573--50736939	40	9.2	40	90	0	556	25	20	26	26	1.99
50738024--50738072	18	2.7	18	100	0	98	20	20	12	46	1.82
50739070--50739117	25	1.9	25	95	0	87	29	12	20	37	1.90
50740398--50740471	34	2.2	34	82	0	94	29	21	18	29	1.97
50743531--50743635	27	3.8	27	82	10	115	19	23	20	36	1.95
50751368--50751429	28	2.2	28	85	5	81	17	22	24	35	1.95
50758446--50758483	18	2.1	18	90	0	58	44	13	21	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50759992--50760048	30	1.9	30	85	0	78	26	24	17	31	1.97
50762545--50762616	21	3.4	21	75	22	62	77	4	16	1	0.99
50762556--50762618	5	12.0	5	79	15	58	77	3	17	1	0.97
50762545--50762616	16	4.5	16	79	10	67	77	4	16	1	0.99
50762556--50762616	21	2.8	21	82	5	77	78	3	16	1	0.96
50762666--50762696	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
50762709--50762769	30	2.0	31	87	9	90	57	0	22	19	1.41
50764882--50764978	30	3.2	31	75	5	101	27	27	15	28	1.96
50767540--50767707	82	2.0	82	100	0	336	42	3	25	28	1.72
50774235--50774500	93	2.9	94	83	4	369	30	28	18	22	1.97
50774228--50774496	46	5.8	46	68	16	153	31	28	17	22	1.97
50777228--50777284	30	1.9	29	92	3	96	56	15	15	12	1.68
50780242--50780507	93	2.9	93	91	1	435	28	28	20	22	1.99
50780288--50780451	47	3.5	47	77	8	199	28	27	20	23	1.99
50780235--50780499	46	5.7	46	75	12	256	28	28	20	22	1.99
50785454--50785582	46	2.8	46	91	0	204	30	29	21	18	1.97
50785462--50785601	46	3.0	45	85	4	131	29	29	21	20	1.98
50788631--50788792	40	4.1	40	88	6	215	21	23	29	25	1.99
50790823--50790888	28	2.4	28	84	5	89	30	28	13	27	1.94
50798667--50798733	28	2.4	28	82	5	82	31	28	14	25	1.95
50802749--50802862	35	3.3	35	80	4	140	42	21	9	27	1.84
50813777--50813921	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50816651--50816709	29	2.0	30	93	3	102	32	13	28	25	1.94
50816696--50816796	30	3.5	29	81	6	109	29	16	30	22	1.96
50819251--50819347	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
50820246--50820476	35	6.6	34	72	9	119	41	20	10	26	1.85
50821764--50821860	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
50835943--50836231	49	6.0	49	81	7	293	30	25	17	26	1.97
50840738--50840775	19	2.0	20	85	15	53	39	26	0	34	1.57
50841000--50841172	46	3.7	46	76	10	163	32	27	18	21	1.97
50841005--50841175	93	1.8	93	87	0	252	31	28	18	21	1.97
50848285--50848322	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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