genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20268684--20269003	143	2.2	144	83	2	412	27	19	30	22	1.98
20270511--20270552	17	2.4	18	80	8	50	40	16	7	35	1.76
20272767--20272891	28	4.5	28	82	8	148	32	26	12	28	1.92
20280376--20280405	16	1.9	16	93	6	53	40	3	30	26	1.72
20286404--20286513	24	4.5	24	80	4	114	27	29	18	25	1.98
20286404--20286513	49	2.3	48	84	4	132	27	29	18	25	1.98
20287772--20287811	20	2.0	20	85	4	55	15	17	0	67	1.23
20291083--20291238	47	3.3	46	84	2	186	31	32	15	21	1.94
20293443--20293764	161	2.0	161	100	0	644	34	11	16	37	1.85
20318085--20318572	47	10.4	47	94	0	769	27	30	9	32	1.88
20327236--20327281	23	2.0	23	100	0	92	26	0	30	43	1.55
20327190--20327329	71	2.0	71	98	0	271	33	4	27	34	1.77
20327259--20327638	48	8.1	48	89	6	582	36	5	26	32	1.79
20327352--20327412	17	3.4	17	68	24	52	36	1	26	36	1.66
20327339--20327415	38	2.0	38	100	0	154	33	2	28	35	1.71
20327259--20327638	134	2.7	141	90	4	576	36	5	26	32	1.79
20327377--20327638	98	2.7	96	92	2	443	35	5	25	32	1.80
20327839--20327866	13	2.2	13	100	0	56	25	14	39	21	1.91
20327802--20327903	50	2.0	50	100	0	204	24	17	34	23	1.96
20327853--20327943	37	2.5	37	94	0	155	23	17	30	28	1.97
20338155--20338195	18	2.3	18	91	0	64	24	41	0	34	1.55
20349080--20349120	18	2.3	18	91	0	64	24	41	0	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20353819--20354018	40	5.0	40	85	3	262	23	24	27	25	2.00
20362037--20362239	40	5.1	40	85	5	252	22	24	28	24	1.99
20364902--20364939	17	2.2	17	86	9	51	10	18	44	26	1.82
20369223--20369292	28	2.5	28	86	4	97	28	12	25	32	1.93
20372955--20373100	67	2.2	67	83	7	185	32	15	29	22	1.94
20375557--20375737	79	2.3	79	80	7	206	27	25	19	27	1.99
20375590--20375774	40	4.7	40	80	8	164	27	27	21	24	1.99
20375590--20375774	79	2.3	80	80	7	198	27	27	21	24	1.99
20389529--20389579	25	2.0	25	100	0	102	29	19	15	35	1.93
20406727--20406899	49	3.6	47	75	9	154	31	19	24	24	1.98
20419339--20419373	17	2.1	17	100	0	70	54	17	0	28	1.43
20423144--20423169	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
20423807--20423840	14	2.4	14	90	5	50	29	2	5	61	1.34
20430550--20430662	49	2.3	49	95	0	199	27	30	15	26	1.96
20430898--20430952	27	2.0	27	85	0	74	38	14	7	40	1.74
20446158--20446339	79	2.3	81	83	7	230	24	21	28	25	1.99
20446158--20446339	40	4.6	40	83	9	212	24	21	28	25	1.99
20446208--20446372	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
20454109--20454293	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
20454110--20454293	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
20454162--20454326	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
20470124--20470150	8	3.4	8	100	0	54	25	25	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20480196--20480315	49	2.4	49	81	2	134	21	26	19	32	1.97
20483408--20483449	22	2.0	21	90	4	66	9	38	26	26	1.87
20493618--20493806	50	3.8	49	86	1	243	26	18	26	28	1.98
20526331--20526506	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
20526328--20526499	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
20532012--20532133	59	2.0	63	92	7	209	40	13	18	27	1.88
20533720--20533894	46	3.8	46	79	13	207	20	20	29	29	1.98
20536123--20536165	16	2.7	15	92	3	59	58	4	2	34	1.32
20536131--20536165	16	2.2	16	100	0	70	57	5	0	37	1.23
20536818--20536905	46	2.0	42	82	8	104	20	15	26	37	1.93
20544768--20544941	45	3.8	46	78	14	198	20	20	29	29	1.98
20544765--20544934	93	1.8	92	93	2	297	21	21	29	28	1.98
20548443--20548618	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20548440--20548611	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20555970--20556145	46	3.8	46	80	12	225	20	20	29	29	1.98
20555967--20556138	93	1.8	93	97	0	326	20	20	29	28	1.98
20558425--20558467	16	2.7	15	92	3	59	58	4	2	34	1.32
20558433--20558467	16	2.2	16	100	0	70	57	5	0	37	1.23
20559123--20559210	46	2.0	42	82	8	104	20	15	26	37	1.93
20569509--20569682	46	3.8	45	80	12	212	20	20	29	29	1.98
20577047--20577222	46	3.8	45	77	12	178	20	20	28	30	1.98
20577044--20577215	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20578977--20579146	43	4.0	43	73	14	154	31	13	22	32	1.93
20580989--20581051	24	2.6	24	82	5	74	34	30	14	20	1.92
20591348--20591531	43	4.3	43	91	0	224	28	25	17	28	1.98
20591348--20591554	86	2.4	86	87	0	281	28	25	17	28	1.97
20595423--20595450	13	2.2	13	100	0	56	7	39	7	46	1.59
20607373--20607428	4	14.0	4	92	0	94	26	23	0	50	1.50
20609441--20609467	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
20609998--20610057	30	2.0	30	100	0	120	36	23	3	36	1.71
20611488--20611670	48	3.9	48	74	9	180	25	19	26	28	1.98
20613697--20613730	14	2.4	14	90	5	50	17	2	11	67	1.34
20619606--20619828	46	4.8	46	83	4	252	30	24	20	24	1.99
20619659--20619828	92	1.8	92	92	0	286	29	24	21	24	1.99
20621342--20621367	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
20625986--20626168	40	4.6	40	92	2	289	24	22	27	26	2.00
20636188--20636231	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
20636179--20636230	10	5.1	10	84	11	52	59	5	0	34	1.21
20637419--20637481	30	2.1	30	100	0	126	39	12	7	39	1.73
20639285--20639327	22	2.0	22	86	9	61	62	0	18	18	1.32
20642829--20642866	18	2.1	18	85	9	51	0	42	2	55	1.14
20643311--20643497	104	1.8	103	82	5	243	25	19	27	27	1.99
20645312--20645543	48	4.9	48	75	7	170	28	21	22	27	1.99
20646940--20646979	21	1.9	21	84	0	53	30	15	10	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20650171--20650308	56	2.4	56	82	1	159	23	25	25	26	2.00
20651434--20651487	25	2.2	24	90	3	81	31	14	29	24	1.95
20653815--20653868	26	2.1	26	100	0	108	18	18	20	42	1.89
20655050--20655112	29	2.2	29	97	0	117	31	9	7	50	1.64
20655272--20655331	29	2.1	29	100	0	120	40	21	13	25	1.89
20656932--20656983	20	2.5	20	81	9	61	23	5	1	69	1.20
20659660--20659695	12	2.9	12	91	4	54	22	0	0	77	0.76
20659660--20659695	17	2.1	18	89	5	56	22	0	0	77	0.76
20661459--20661532	27	2.7	26	83	6	85	41	18	22	16	1.89
20667973--20667999	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
20668019--20668095	9	8.6	9	85	5	111	25	9	18	46	1.78
20671661--20671742	3	27.7	3	76	14	73	28	4	2	64	1.26
20671705--20671751	15	3.3	15	81	18	57	27	0	4	68	1.08
20672431--20672466	18	2.0	18	100	0	72	33	0	5	61	1.19
20676220--20676264	22	2.1	22	84	8	58	53	2	0	44	1.13
20676873--20676911	14	2.8	14	92	0	60	30	15	10	43	1.80
20683677--20683742	32	2.0	33	82	8	82	12	31	31	24	1.92
20689938--20690159	40	5.6	40	89	1	313	28	25	22	23	1.99
20689938--20690159	80	2.8	80	92	0	347	28	25	22	23	1.99
20695767--20696177	46	8.7	48	71	12	203	28	19	28	23	1.99
20695951--20696177	48	4.7	50	79	8	202	26	19	29	24	1.98
20698086--20698291	40	5.2	40	94	1	353	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20709492--20709676	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
20709493--20709676	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
20709545--20709709	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
20735797--20736025	40	5.8	40	90	4	306	26	27	22	23	1.99
20743832--20744076	40	6.2	40	87	4	309	26	27	21	24	1.99
20752386--20752624	118	2.0	118	97	0	451	31	19	17	31	1.95
20754453--20754574	43	2.8	42	85	4	138	31	25	17	26	1.97
20760947--20761092	51	2.9	50	82	3	186	28	26	20	25	1.99
20761899--20761957	30	2.0	29	83	3	73	28	20	6	44	1.77
20762540--20762600	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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