genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32773552--32773687	27	5.0	27	81	12	172	18	25	22	33	1.96
32773552--32773687	54	2.5	54	93	2	229	18	25	22	33	1.96
32773552--32773709	81	2.0	80	82	8	196	19	25	21	33	1.97
32776059--32776087	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
32776989--32777058	21	3.3	21	85	0	77	17	22	40	20	1.92
32784618--32784666	11	4.3	11	75	10	53	36	2	2	59	1.21
32784586--32784665	27	3.0	27	70	18	76	40	1	3	55	1.26
32784613--32784668	24	2.3	24	81	3	67	39	1	1	57	1.20
32786788--32787129	46	7.9	39	84	13	283	37	15	24	22	1.93
32786831--32787163	46	7.4	46	88	6	425	39	14	24	21	1.91
32786778--32787163	92	4.4	85	85	8	465	38	14	24	22	1.92
32786792--32787163	138	2.9	130	84	7	431	38	15	24	21	1.92
32787998--32788139	71	2.0	71	95	0	257	40	11	11	35	1.78
32790126--32790174	22	2.3	21	82	10	55	57	8	2	32	1.40
32793278--32793322	23	2.0	23	95	0	81	33	2	0	64	1.06
32795017--32795060	17	2.5	17	81	3	52	29	2	4	63	1.26
32795224--32795269	23	2.0	23	95	0	83	26	6	52	15	1.67
32801345--32801515	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
32801337--32801512	46	3.8	46	77	12	207	28	27	21	22	1.99
32808394--32808568	46	3.8	46	76	13	196	29	28	20	21	1.98
32808402--32808572	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
32813539--32813806	56	4.8	56	86	3	362	35	24	13	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32813539--32813806	111	2.4	112	89	2	407	35	24	13	26	1.92
32819742--32820008	56	4.8	55	87	2	327	33	23	16	26	1.96
32819745--32820008	112	2.4	111	92	1	420	33	24	15	26	1.95
32821302--32821333	15	2.0	17	88	11	50	65	9	0	25	1.22
32823367--32823486	59	2.0	59	93	0	204	20	16	32	30	1.95
32823661--32823712	24	2.2	24	86	6	70	19	3	26	50	1.65
32828011--32828148	40	3.5	40	83	0	168	30	13	20	36	1.90
32828113--32828264	78	1.9	78	90	2	243	32	14	20	32	1.93
32830876--32830988	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32830920--32830977	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32830887--32830988	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32831359--32831423	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32831869--32831932	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32832895--32833007	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32832939--32832996	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32832906--32833007	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32833378--32833442	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32833888--32833951	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32834914--32835026	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32834958--32835015	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32834925--32835026	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32835397--32835461	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32835907--32835970	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32836933--32837045	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32836977--32837034	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32836944--32837045	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32837416--32837480	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32837926--32837989	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32838952--32839064	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32838996--32839053	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32838963--32839064	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32839435--32839499	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32839945--32840008	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32840971--32841083	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32841015--32841072	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32840982--32841083	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32841454--32841518	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32841964--32842027	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32842990--32843102	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32843034--32843091	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32843001--32843102	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32843473--32843537	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32843983--32844046	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32845009--32845121	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32845053--32845110	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32845020--32845121	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32845492--32845556	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32846001--32846064	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32847027--32847139	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32847071--32847128	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32847038--32847139	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32847510--32847574	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32848020--32848083	27	2.4	27	83	0	74	23	21	20	34	1.97
32849046--32849158	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32849090--32849147	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32849057--32849158	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32849529--32849593	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32850039--32850102	27	2.4	27	81	0	65	21	21	21	34	1.97
32851064--32851176	6	18.3	6	68	21	65	48	15	16	19	1.81
32851108--32851165	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
32851075--32851176	31	3.3	31	91	2	152	49	14	16	19	1.80
32851547--32851611	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32852057--32852522	27	17.3	27	87	0	610	24	20	19	36	1.95
32852552--32852698	54	2.7	51	81	14	179	33	10	19	37	1.85
32852515--32852698	81	2.3	80	79	4	183	34	9	19	36	1.84
32852579--32852698	27	4.5	27	95	1	206	35	10	17	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32852569--32852719	27	5.7	26	91	1	113	30	10	21	37	1.87
32853960--32854079	47	2.6	45	78	13	120	28	20	28	23	1.99
32861662--32861691	14	2.1	14	100	0	60	20	6	13	60	1.55
32867002--32867051	18	2.6	19	77	22	52	46	0	2	52	1.12
32867065--32867106	13	3.2	13	78	15	50	52	0	0	47	1.00
32867656--32867686	14	2.1	15	94	5	55	38	12	12	35	1.82
32873237--32873277	21	2.0	21	85	0	55	31	24	17	26	1.97
32874393--32874460	20	3.4	21	83	16	83	57	1	2	38	1.23
32874501--32874579	23	3.4	23	82	0	95	36	15	24	24	1.93
32879356--32879530	46	3.8	46	77	10	176	30	28	18	22	1.97
32883882--32883930	25	2.0	25	84	4	64	46	6	4	42	1.47
32884038--32884154	62	1.9	59	84	5	153	48	4	3	43	1.39
32884591--32884621	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
32889424--32889465	22	1.9	22	90	0	66	21	11	28	38	1.89
32896642--32896675	18	1.9	17	88	5	50	11	23	44	20	1.84
32899461--32899520	30	2.0	31	83	3	77	55	0	5	40	1.22
32901062--32901206	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
32903127--32903327	62	3.2	59	74	16	163	42	4	4	48	1.43
32915743--32915885	49	2.9	48	83	3	196	25	20	26	26	1.99
32919172--32919481	27	11.5	26	80	6	284	40	19	9	30	1.84
32919172--32919481	54	5.8	54	81	4	324	40	19	9	30	1.84
32919172--32919481	81	3.9	81	81	4	369	40	19	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32919493--32919635	27	5.3	27	86	0	196	30	23	7	37	1.83
32919401--32919705	54	5.7	54	76	8	199	34	21	9	34	1.85
32919401--32919701	108	2.8	108	72	4	277	35	21	8	33	1.85
32919172--32919752	27	21.7	26	77	6	171	37	20	9	32	1.84
32919745--32920039	27	11.0	27	87	1	407	33	20	22	24	1.97
32920465--32920524	22	2.7	23	80	14	65	18	25	20	36	1.94
32920682--32920756	27	2.8	27	85	2	98	20	24	20	36	1.95
32920896--32921101	31	6.4	31	87	8	259	19	16	16	47	1.83
32920916--32921070	37	4.5	37	79	17	197	20	17	16	45	1.85
32920893--32921101	6	33.5	6	70	17	115	19	16	15	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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