genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67367622--67367907	27	10.6	27	84	0	365	39	19	9	31	1.83
67367622--67367969	81	4.3	80	81	6	317	38	19	9	32	1.84
67367622--67368017	27	14.7	27	76	7	268	39	19	8	32	1.83
67368009--67368302	27	10.9	27	89	0	410	33	19	22	25	1.97
67368953--67369054	27	3.8	27	81	5	98	20	22	19	37	1.95
67369191--67369334	6	23.3	6	74	16	116	20	16	13	48	1.80
67369191--67369271	31	2.6	31	92	2	126	20	14	14	49	1.79
67369215--67369314	37	2.7	37	88	0	137	21	18	14	47	1.83
67370548--67370947	203	2.0	204	85	4	549	36	13	18	31	1.90
67371035--67371118	42	2.0	42	100	0	168	40	14	23	21	1.90
67379345--67379384	21	1.9	21	85	10	55	20	2	45	32	1.64
67389181--67389351	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
67389173--67389348	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
67389773--67389832	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
67396732--67396900	93	1.8	91	94	2	302	28	28	20	21	1.98
67396726--67396909	46	4.0	46	73	17	150	28	29	19	22	1.98
67402707--67402763	29	1.9	30	85	3	80	17	3	22	56	1.56
67403995--67404043	16	2.9	16	82	11	55	16	6	0	77	0.96
67412029--67412091	26	2.5	26	84	2	83	14	23	23	38	1.92
67412141--67412188	24	2.0	24	91	0	78	14	22	22	39	1.91
67418151--67418196	23	2.0	23	95	0	83	21	15	17	45	1.85
67423844--67423905	30	2.1	30	87	0	88	20	24	32	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67433484--67433603	43	2.8	42	83	7	170	28	23	16	31	1.96
67439655--67439973	48	6.7	47	73	11	190	23	30	18	26	1.98
67443504--67443864	46	7.6	49	76	12	224	23	28	19	28	1.98
67443504--67443819	96	3.3	94	79	13	278	23	28	19	27	1.99
67443504--67443872	94	3.9	93	76	12	294	24	28	19	27	1.98
67450271--67450331	30	2.0	30	87	0	86	40	6	24	27	1.80
67450991--67451163	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
67451137--67451270	50	2.7	50	87	1	198	26	16	27	29	1.97
67457676--67457817	24	6.0	24	85	0	178	19	25	17	37	1.94
67457988--67458094	20	5.4	19	80	9	97	34	5	18	41	1.74
67457985--67458103	20	5.9	20	77	12	91	36	5	18	40	1.73
67461049--67461181	47	2.8	49	77	14	170	29	27	20	22	1.98
67461057--67461197	46	3.0	45	73	18	121	29	27	19	23	1.98
67463563--67463610	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
67467584--67467646	15	4.2	15	86	8	92	58	14	14	12	1.63
67467583--67467642	29	2.0	30	90	3	95	60	15	13	11	1.60
67469299--67469385	1	87.0	1	95	0	156	1	0	1	97	0.18
67474920--67475103	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
67474883--67475103	80	2.8	80	78	7	193	26	27	21	24	1.99
67474923--67475103	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
67482266--67482678	47	8.8	48	76	10	272	28	19	28	23	1.98
67483763--67483801	21	1.9	21	89	5	62	17	35	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67484501--67484627	46	2.7	48	82	3	123	34	17	18	29	1.94
67484543--67484679	49	2.8	49	82	0	148	35	16	18	29	1.93
67484593--67484754	44	3.5	44	77	5	144	33	16	18	32	1.93
67493490--67493690	40	5.1	40	80	10	202	25	22	27	24	2.00
67493490--67493671	39	4.7	40	80	10	207	25	22	27	24	2.00
67493491--67493671	38	4.6	39	80	10	192	25	22	27	24	2.00
67493543--67493704	79	2.1	77	84	4	209	27	20	27	24	1.99
67495158--67495378	47	4.7	48	76	10	208	28	17	30	23	1.97
67495158--67495380	94	2.4	94	81	6	247	27	17	30	23	1.97
67496492--67496531	21	1.9	21	89	0	62	12	42	27	17	1.85
67496871--67496913	19	2.3	19	79	0	50	18	2	0	79	0.85
67497596--67497621	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
67497866--67497903	20	1.9	20	89	10	60	15	5	5	73	1.19
67498264--67498298	16	2.2	16	95	5	63	42	0	0	57	0.99
67509865--67509899	17	2.1	17	100	0	70	48	11	17	22	1.79
67513007--67513092	45	1.9	45	90	0	136	22	15	26	36	1.93
67521691--67521799	42	2.5	43	75	7	105	28	14	22	33	1.94
67528659--67528717	29	2.0	29	83	6	75	44	1	20	33	1.62
67529230--67529356	42	3.0	42	75	12	125	28	18	22	30	1.97
67529222--67529374	43	3.6	42	73	11	141	27	18	24	29	1.98
67532274--67532319	22	2.1	22	88	4	67	26	6	17	50	1.70
67534132--67534163	16	1.9	17	93	6	57	40	0	15	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67534135--67534230	46	2.1	46	98	0	183	29	6	21	42	1.77
67537839--67537881	19	2.3	19	87	0	59	20	20	23	34	1.96
67540701--67540782	42	2.0	42	95	0	146	39	10	23	26	1.88
67542216--67542296	21	3.9	21	95	1	146	22	28	38	11	1.88
67543422--67543639	46	4.7	45	79	9	199	24	30	19	26	1.98
67543421--67543688	94	2.9	89	76	15	242	24	29	19	26	1.98
67552983--67553021	21	1.9	20	84	5	51	23	25	38	12	1.90
67554183--67554411	46	4.9	44	74	12	165	22	27	20	28	1.99
67556210--67556255	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
67556341--67556397	28	2.0	28	90	6	89	35	1	1	61	1.17
67556341--67556388	16	3.2	16	75	19	50	39	2	0	58	1.10
67559509--67559557	26	1.9	26	83	4	64	40	4	12	42	1.61
67565111--67566039	47	19.6	47	92	1	1273	27	29	10	33	1.89
67567481--67567656	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
67576093--67576270	39	4.6	39	97	0	329	23	30	24	21	1.99
67581993--67582150	39	4.1	39	94	0	280	24	30	24	20	1.99
67585457--67585732	48	5.9	48	77	8	235	28	25	19	26	1.99
67595664--67595689	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
67601105--67601175	24	3.0	24	78	12	67	18	14	35	32	1.90
67601115--67601185	24	3.0	24	82	0	79	19	12	33	33	1.90
67609059--67609129	24	3.0	24	82	12	76	19	14	33	32	1.92
67609069--67609139	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67616280--67616382	51	2.0	51	100	0	206	27	13	19	39	1.89
67623865--67623897	15	2.2	15	100	0	66	36	6	30	27	1.81
67623823--67623939	58	2.0	58	89	0	180	33	17	24	24	1.96
67623871--67623956	43	2.0	44	86	6	122	31	18	25	24	1.98
67625212--67625267	25	2.2	24	79	17	69	35	1	0	62	1.06
67630755--67630807	26	2.0	26	85	7	72	35	1	16	45	1.59
67638143--67638398	55	4.8	54	78	11	246	36	16	25	22	1.94
67638151--67638351	108	1.8	110	87	4	300	34	16	25	23	1.95
67638595--67638625	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
67641368--67641420	26	2.0	26	82	13	65	37	1	15	45	1.57
67644366--67644462	48	2.0	48	83	0	122	28	24	17	28	1.97
67653969--67654012	23	1.9	23	95	0	79	45	9	0	45	1.35
67656111--67656232	46	2.6	46	83	10	151	31	17	27	23	1.97
67656245--67656374	48	2.7	47	77	9	127	26	18	28	26	1.98
67662868--67663039	49	3.6	47	77	11	170	29	18	27	24	1.98
67665856--67666031	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
67665853--67666024	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
67673428--67673603	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
67673425--67673596	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
67680324--67680434	27	4.1	27	86	5	145	36	23	23	16	1.94
67696284--67696325	21	2.0	21	90	4	68	33	7	9	50	1.62
67753431--67753469	20	2.0	20	89	0	60	56	0	12	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67762929--67762956	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
67767592--67767672	40	2.1	39	83	6	101	41	24	13	19	1.88
67770173--67770306	29	4.6	30	74	13	120	29	29	17	23	1.97
67770170--67770338	58	2.9	57	91	2	259	29	28	18	23	1.97
67770234--67770335	29	3.5	29	75	10	109	30	27	19	22	1.98
67775201--67775324	29	4.3	29	81	7	146	30	30	14	24	1.95
67787680--67787901	40	5.6	40	90	1	340	28	25	22	23	1.99
67790176--67790345	46	3.7	46	73	13	159	30	30	19	20	1.97
67790183--67790355	93	1.9	93	87	0	256	28	29	20	21	1.98
67792749--67792804	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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