genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77122000--77122036	16	2.3	16	95	0	65	35	37	18	8	1.81
77125591--77125647	30	1.9	30	88	0	87	33	12	26	28	1.92
77126018--77126182	46	3.6	45	80	9	147	27	20	29	23	1.99
77129697--77129726	15	2.0	15	100	0	60	40	20	20	20	1.92
77135490--77135568	27	2.9	27	90	0	122	26	20	17	35	1.95
77141137--77141198	31	2.0	31	83	3	79	37	20	20	20	1.95
77141933--77142032	27	3.7	27	86	0	137	29	18	17	36	1.93
77152812--77152912	29	3.5	29	89	1	141	30	28	13	26	1.94
77160831--77160931	29	3.5	29	87	1	141	29	27	14	27	1.96
77164240--77164297	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
77166673--77166775	53	1.9	53	92	0	170	36	18	25	19	1.94
77175619--77175764	39	3.7	40	83	6	127	25	27	21	25	2.00
77175625--77175844	79	2.8	78	80	6	228	26	27	20	25	1.99
77175665--77175781	39	3.0	38	87	6	162	28	28	20	23	1.99
77175661--77175844	40	4.6	39	80	9	185	27	27	20	23	1.99
77183458--77183603	39	3.7	40	83	6	127	25	27	21	25	2.00
77183464--77183683	79	2.8	78	80	6	228	26	27	20	25	1.99
77183504--77183620	39	3.0	38	87	6	162	28	28	20	23	1.99
77183500--77183683	40	4.6	39	80	9	185	27	27	20	23	1.99
77189503--77189529	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
77198174--77198344	46	3.7	46	79	9	168	29	18	28	23	1.98
77198174--77198298	47	2.7	46	82	7	153	31	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77200180--77200307	27	4.7	27	79	0	139	39	21	9	29	1.85
77200174--77200307	54	2.5	54	81	0	178	38	22	8	30	1.85
77200287--77200402	54	2.1	54	85	3	162	36	17	20	25	1.94
77200287--77200402	27	4.3	27	84	4	144	36	17	20	25	1.94
77200818--77200904	6	14.3	6	71	15	63	20	18	13	47	1.83
77202871--77203006	27	5.0	27	83	2	157	40	22	6	30	1.80
77202874--77203007	54	2.5	54	90	0	214	40	23	6	29	1.80
77202997--77203099	27	3.9	27	85	1	127	34	16	23	25	1.95
77202987--77203104	54	2.2	54	80	3	148	37	17	20	24	1.94
77202987--77203103	27	4.3	26	82	10	119	36	17	20	24	1.94
77203347--77203396	26	1.9	26	84	8	66	16	26	20	38	1.92
77203328--77203480	67	2.3	66	90	1	243	16	26	22	33	1.96
77203583--77203651	6	11.3	6	76	14	70	21	14	14	49	1.79
77217141--77217171	7	4.4	7	91	0	53	32	0	51	16	1.44
77219375--77219434	29	2.1	29	100	0	120	30	23	6	40	1.80
77224489--77224615	43	3.0	43	77	6	116	27	19	24	28	1.99
77231529--77231753	40	5.6	40	85	2	290	25	24	27	23	2.00
77239968--77240066	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
77247973--77248071	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
77250794--77251018	40	5.6	40	81	2	254	26	23	26	24	2.00
77250794--77251054	80	3.3	79	79	5	249	26	23	26	24	2.00
77250794--77251018	120	1.9	121	82	4	285	26	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77261285--77261604	48	6.7	48	89	1	453	25	17	28	28	1.98
77264172--77264269	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
77264200--77264283	27	3.0	27	84	5	78	30	11	23	33	1.91
77268832--77268892	24	2.5	24	86	5	79	34	31	14	19	1.92
77272372--77272539	40	4.2	40	83	3	205	23	22	26	26	2.00
77272372--77272539	80	2.1	80	86	3	232	23	22	26	26	2.00
77274280--77274329	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
77283028--77283062	18	1.9	18	88	11	54	40	17	0	42	1.49
77285291--77285368	40	2.0	40	97	0	147	39	8	28	23	1.84
77285742--77286080	50	6.9	50	82	6	370	29	17	28	23	1.97
77285742--77286125	145	2.6	145	82	7	402	28	18	28	24	1.98
77291496--77291758	40	6.6	40	92	1	404	26	28	22	22	1.99
77291461--77291758	80	3.7	80	89	2	422	26	27	22	23	1.99
77291461--77291758	120	2.5	119	89	2	438	26	27	22	23	1.99
77300004--77300215	40	5.3	40	86	6	234	23	20	27	29	1.99
77302872--77302964	31	3.0	29	78	17	91	63	0	32	4	1.14
77302881--77302937	25	2.3	25	82	8	64	63	0	31	5	1.17
77303620--77303656	15	2.5	15	100	0	74	10	27	27	35	1.90
77309188--77310946	878	2.0	878	92	0	2894	35	17	15	31	1.91
77311136--77311193	30	1.9	30	83	13	75	18	27	29	24	1.98
77315303--77315359	26	2.2	26	96	0	105	19	14	38	28	1.90
77315986--77316019	18	2.0	17	88	11	52	61	0	38	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77317619--77317786	45	3.8	45	75	7	146	45	13	17	23	1.84
77317673--77317834	45	3.6	44	77	7	168	45	13	16	24	1.84
77319335--77319549	46	4.7	46	88	1	288	21	24	14	39	1.91
77323012--77323234	40	5.6	40	88	1	304	23	21	27	26	1.99
77323051--77323255	80	2.6	81	85	3	281	24	21	27	26	1.99
77324985--77325033	3	16.3	3	76	23	50	67	0	4	28	1.09
77324991--77325029	11	3.5	11	85	0	60	66	0	5	28	1.12
77325019--77325078	21	2.8	21	80	10	68	56	8	0	35	1.29
77329468--77329540	25	2.9	25	81	0	83	35	21	19	23	1.96
77336537--77336568	5	6.2	5	96	3	55	0	18	0	81	0.70
77337576--77337607	5	6.2	5	96	3	55	0	18	0	81	0.70
77338778--77338809	15	2.1	15	100	0	64	62	0	12	25	1.30
77348820--77349000	48	3.8	48	91	1	283	28	27	18	26	1.98
77348980--77349062	37	2.2	37	91	4	132	27	25	18	28	1.98
77353438--77353592	43	3.7	42	85	2	204	31	13	23	30	1.93
77353439--77353592	85	1.8	83	84	2	209	31	12	24	31	1.93
77361025--77361473	53	8.5	53	81	5	444	22	23	16	36	1.94
77361198--77361535	100	3.3	101	77	9	403	25	23	15	36	1.93
77361090--77361535	209	2.1	208	92	0	739	24	23	15	36	1.94
77361507--77361669	45	3.5	44	74	10	146	21	25	18	34	1.96
77362614--77362649	16	2.2	16	95	0	63	27	13	22	36	1.92
77362624--77362658	16	2.2	16	89	0	52	31	8	20	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77368280--77368402	65	1.9	65	94	0	219	32	6	25	35	1.82
77369268--77369338	16	4.4	16	92	0	115	32	26	7	33	1.83
77379187--77379276	44	2.0	44	84	0	117	45	5	10	38	1.61
77379243--77379277	18	2.0	18	88	5	54	57	5	2	34	1.37
77388491--77388736	49	4.9	50	79	8	259	26	17	26	28	1.98
77400799--77400858	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
77407766--77407799	16	2.0	17	88	11	52	29	29	35	5	1.81
77410371--77410422	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
77410199--77410454	103	2.4	105	94	1	444	19	21	29	29	1.98
77417677--77417942	104	2.6	104	93	1	446	18	21	30	30	1.96
77421891--77422112	40	5.6	40	88	1	322	27	25	22	24	2.00
77423529--77423571	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
77423529--77423567	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
77424461--77424512	25	2.1	25	100	0	104	23	23	30	23	1.99
77427583--77427638	28	2.0	29	85	3	78	19	44	19	16	1.87
77434693--77434829	60	2.3	60	83	8	163	27	25	19	27	1.99
77435502--77435532	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
77435780--77435838	29	2.0	29	90	0	91	18	35	11	33	1.88
77437723--77437756	16	2.0	18	88	11	54	52	17	11	17	1.73
77440784--77440881	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
77440812--77440895	27	3.0	27	84	5	78	30	11	23	33	1.91
77447391--77447446	28	2.0	28	96	0	103	25	3	19	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77449391--77449469	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
77449375--77449896	47	11.1	47	95	1	893	32	9	29	28	1.88
77450015--77450092	36	2.1	37	86	6	106	25	19	29	25	1.98
77451957--77452102	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
77452084--77452157	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77452547--77452703	40	3.9	40	91	0	242	26	22	26	24	2.00
77452468--77452697	80	2.9	80	82	5	234	26	23	26	23	2.00
77452468--77452698	120	1.9	120	83	5	297	25	23	26	24	2.00
77453941--77453972	15	2.1	15	100	0	64	37	0	25	37	1.56
77455922--77456000	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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