genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62825092--62825516	54	7.9	53	74	7	201	37	20	8	32	1.84
62825549--62825640	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
62826650--62826713	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
62826700--62826727	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
62835156--62835415	46	5.6	46	72	14	169	28	18	28	24	1.98
62835158--62835415	140	1.8	140	82	4	333	29	18	28	24	1.98
62837563--62837698	48	2.8	48	85	2	157	27	17	27	27	1.98
62850684--62850780	40	2.4	41	83	6	119	27	14	28	28	1.95
62859691--62859815	44	2.9	42	83	5	151	31	14	25	28	1.95
62868624--62868729	42	2.5	42	77	13	119	30	26	21	21	1.99
62870906--62871107	27	7.4	27	85	4	244	30	27	15	27	1.96
62870906--62871107	55	3.7	54	81	5	244	30	27	15	27	1.96
62870956--62871106	82	1.8	83	90	2	225	29	27	16	26	1.97
62879061--62879261	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
62886031--62886077	20	2.3	20	77	0	58	25	21	17	36	1.94
62886058--62886101	22	2.0	22	90	0	70	20	29	15	34	1.94
62895599--62895641	22	1.9	23	85	4	61	30	0	13	55	1.39
62898019--62898061	18	2.4	18	100	0	86	30	20	4	44	1.72
62908284--62908343	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
62936160--62936383	40	5.7	40	81	7	233	26	21	27	25	1.99
62936160--62936383	79	2.8	78	81	6	254	26	21	27	25	1.99
62936240--62936416	79	2.3	79	81	4	189	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62937782--62937871	45	2.0	45	95	0	162	41	16	13	28	1.86
62947648--62947775	29	4.5	29	78	3	136	33	28	14	24	1.94
62950713--62950802	44	2.0	44	100	0	180	36	26	8	27	1.86
62958585--62958699	43	2.7	43	86	9	164	26	26	20	26	1.99
62958938--62958989	25	2.1	25	85	7	70	44	17	17	21	1.87
62962890--62963014	49	2.6	48	74	3	124	27	19	29	24	1.98
62963953--62963978	10	2.6	10	100	0	52	30	0	15	53	1.42
62977372--62977431	31	1.9	31	93	0	102	25	21	16	36	1.94
62977644--62977727	24	3.5	24	85	9	84	34	16	21	27	1.95
62977644--62977764	47	2.6	47	91	0	161	33	19	19	28	1.95
62977644--62977764	23	5.1	24	88	4	174	33	19	19	28	1.95
62977813--62977879	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
62980075--62980247	79	2.2	79	82	10	219	26	26	21	26	1.99
62980098--62980279	40	4.6	40	83	6	219	26	28	20	24	1.99
62980098--62980279	79	2.3	78	81	10	199	26	28	20	24	1.99
62988163--62988343	79	2.3	80	83	8	226	25	28	21	24	1.99
62988142--62988345	40	5.1	40	81	8	238	25	27	21	24	1.99
62996327--62996503	40	4.4	40	82	4	225	23	22	27	26	1.99
62999805--62999978	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
62999822--62999977	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
63001695--63001915	47	4.7	46	78	12	227	27	21	30	20	1.98
63001694--63001915	91	2.4	96	82	9	280	27	21	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63003409--63003469	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
63005688--63005872	50	3.7	49	82	7	194	25	19	27	27	1.99
63011942--63011967	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
63016333--63016385	18	2.9	18	82	0	70	45	13	20	20	1.84
63016712--63016803	27	3.4	27	83	7	116	40	18	13	28	1.88
63027229--63027369	40	3.5	40	83	8	162	29	26	19	24	1.98
63027219--63027385	40	4.2	40	83	3	151	29	25	19	25	1.99
63030373--63030586	107	2.0	107	100	0	428	28	11	25	34	1.90
63047276--63047313	20	1.9	19	89	5	58	36	7	7	47	1.62
63050499--63050575	32	2.4	32	78	6	86	28	20	23	27	1.99
63054932--63055006	37	2.0	37	94	0	132	30	9	17	42	1.80
63056344--63056446	40	2.6	41	84	3	120	24	15	26	33	1.95
63056436--63056515	26	2.9	27	87	7	108	26	11	30	32	1.91
63059251--63059426	47	3.6	47	71	15	158	36	13	23	25	1.92
63059251--63059481	101	2.3	101	90	3	358	37	13	23	25	1.92
63059413--63059709	108	2.7	108	91	0	459	35	18	23	22	1.95
63059405--63059709	55	5.7	53	80	7	319	36	17	23	22	1.95
63064020--63064089	34	2.1	33	89	7	106	25	22	24	27	2.00
63064627--63064671	17	2.6	17	92	0	72	20	37	33	8	1.83
63072194--63072324	40	3.3	40	85	4	151	25	25	22	26	2.00
63072222--63072331	39	2.8	40	84	6	136	25	24	20	29	1.99
63079985--63080167	39	4.7	39	83	9	221	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63083511--63083607	46	2.1	48	90	3	153	29	23	13	32	1.93
63091284--63091453	93	1.8	93	89	0	268	22	19	27	30	1.98
63091288--63091461	46	3.8	46	73	13	176	22	19	26	31	1.98
63094063--63094191	46	2.8	45	84	5	168	27	20	30	21	1.98
63094063--63094227	46	3.5	46	79	9	133	26	20	30	23	1.98
63097701--63097827	46	2.8	46	92	0	209	21	20	28	29	1.98
63103750--63103907	42	3.8	41	78	11	135	25	20	25	27	1.99
63103750--63103907	85	1.9	84	81	9	196	25	20	25	27	1.99
63105608--63105765	43	3.7	43	77	12	173	25	17	26	31	1.97
63110181--63110218	16	2.3	17	86	4	51	44	39	5	10	1.61
63111546--63111659	28	4.0	28	80	2	111	29	15	28	25	1.96
63111582--63111668	28	3.1	28	77	9	104	26	14	33	25	1.95
63111561--63111668	57	1.9	57	88	0	162	28	16	30	24	1.96
63115771--63115847	29	2.7	29	91	0	118	24	16	29	28	1.97
63116730--63116782	18	2.8	18	74	5	52	30	5	3	60	1.37
63117845--63117973	64	2.0	64	98	0	249	34	19	10	35	1.87
63150613--63150699	39	2.2	39	91	0	138	22	25	24	27	2.00
63158760--63158846	39	2.2	39	93	0	147	22	22	26	27	2.00
63165712--63165840	46	2.8	45	92	2	204	20	20	27	31	1.97
63173234--63173406	46	3.8	46	76	13	178	21	19	29	29	1.98
63173231--63173398	91	1.8	93	92	2	286	22	20	29	28	1.98
63188362--63188549	95	2.0	95	93	0	322	30	13	28	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63190475--63190638	46	3.5	45	78	9	150	26	19	31	23	1.98
63190508--63190640	47	2.8	46	80	11	137	25	21	31	21	1.98
63191749--63191810	22	2.9	21	83	11	74	12	38	27	20	1.90
63194414--63194497	44	1.9	43	90	7	134	25	15	29	29	1.96
63196548--63196641	43	2.2	43	88	0	134	34	18	13	34	1.90
63204015--63204122	38	2.9	38	97	1	200	25	20	12	40	1.88
63204038--63204139	31	3.1	31	85	9	114	25	20	13	40	1.89
63204366--63204439	27	2.8	27	93	2	132	21	22	27	28	1.99
63204488--63204554	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
63206157--63206372	24	9.0	24	87	1	299	28	22	20	28	1.98
63206423--63206488	20	3.3	20	91	0	105	33	21	10	34	1.88
63206525--63206572	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
63214317--63214532	24	9.0	24	87	1	272	28	22	19	29	1.98
63214584--63214648	20	3.2	20	82	0	85	29	23	15	32	1.95
63214685--63214732	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63220671--63220769	38	2.6	38	95	0	171	29	19	10	41	1.84
63220723--63220786	31	2.1	31	93	0	110	25	21	14	39	1.91
63221013--63221086	27	2.8	26	89	2	103	25	21	24	28	1.99
63221136--63221202	20	3.3	20	87	4	91	32	19	11	35	1.88
63222713--63222755	21	2.0	21	100	0	86	20	41	9	27	1.83
63232724--63232828	43	2.4	43	87	0	129	29	19	17	34	1.94
63236236--63236286	25	2.0	25	100	0	102	31	7	23	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63238586--63238626	21	2.0	21	85	9	57	24	7	17	51	1.70
63239696--63239813	42	2.8	43	81	1	139	24	15	27	33	1.95
63239708--63239808	43	2.4	42	81	1	112	27	16	24	30	1.97
63239956--63240028	35	2.1	35	97	0	137	41	9	13	35	1.77
63246561--63246648	40	2.2	40	93	0	149	31	29	22	15	1.95
63247433--63247764	48	6.9	48	79	5	321	27	27	18	26	1.98
63247431--63247763	144	2.3	144	84	2	461	27	27	18	26	1.98
63249713--63249760	21	2.2	22	77	3	53	43	6	22	27	1.77
63249555--63249785	115	2.0	115	97	0	435	32	10	23	33	1.89
63253348--63253529	40	4.6	40	93	2	287	24	23	25	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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