genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44052881--44053194	136	2.3	136	87	1	432	27	15	27	29	1.96
44055747--44055889	56	2.5	54	74	13	130	32	19	22	25	1.97
44058034--44058095	28	2.2	28	79	0	70	32	4	33	29	1.78
44060989--44061061	35	2.1	35	94	0	128	39	17	5	36	1.73
44093675--44093926	126	2.0	126	98	0	486	34	7	21	36	1.81
44099630--44099712	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
44099925--44099977	26	2.1	26	92	3	90	26	18	20	33	1.96
44099932--44099986	26	2.2	26	90	3	85	27	21	23	27	1.99
44099938--44100002	25	2.6	25	82	7	69	26	24	20	29	1.99
44100926--44101022	26	3.6	26	76	12	79	32	10	17	39	1.84
44101013--44101111	27	3.7	27	85	4	146	28	7	23	41	1.80
44100911--44101091	54	3.3	53	76	8	159	32	9	17	40	1.83
44101143--44101234	27	3.4	27	89	0	130	42	7	21	28	1.80
44109293--44109324	15	2.1	15	100	0	64	31	21	21	25	1.98
44109602--44109770	55	3.1	54	78	5	189	23	24	15	36	1.93
44109963--44110046	44	1.9	44	80	4	98	26	26	10	36	1.89
44110586--44110643	30	1.9	31	85	3	82	31	24	6	37	1.82
44112486--44112528	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
44113259--44113418	43	3.7	42	75	11	128	34	26	15	23	1.95
44115273--44115388	57	2.0	57	88	0	169	40	8	16	34	1.79
44117053--44117267	48	4.5	48	70	13	167	28	19	24	27	1.98
44124690--44124865	46	3.8	46	76	11	180	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44132050--44132102	22	2.4	22	87	6	72	16	16	41	24	1.89
44140561--44140585	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
44143786--44143947	67	2.5	66	79	6	177	28	14	32	25	1.94
44147928--44148099	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
44147952--44148135	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
44151511--44151672	65	2.5	65	76	9	159	29	14	31	25	1.94
44159255--44159416	67	2.5	66	79	6	177	28	14	32	25	1.94
44163451--44163634	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
44165635--44165701	34	2.0	34	96	0	125	47	13	8	29	1.73
44166764--44166851	6	14.7	6	87	10	119	81	1	0	17	0.75
44166764--44166851	28	2.9	29	90	10	133	81	1	0	17	0.75
44172982--44173059	38	2.1	38	100	0	156	17	14	25	42	1.87
44175329--44175483	27	5.7	27	88	0	220	36	20	20	22	1.96
44175330--44175483	81	1.9	81	93	0	263	36	20	20	22	1.95
44175333--44175501	81	2.1	81	88	0	248	36	20	19	24	1.95
44175333--44175502	54	3.2	53	83	8	200	36	20	19	24	1.95
44182889--44183088	27	7.4	27	84	0	247	36	17	20	26	1.94
44182889--44183088	54	3.7	54	86	0	292	36	17	20	26	1.94
44191462--44191577	42	2.7	43	81	6	130	23	22	28	25	1.99
44193801--44193984	40	4.7	39	84	8	230	26	28	21	23	1.99
44193803--44193982	78	2.3	80	84	6	233	25	28	21	24	1.99
44196074--44196117	23	1.9	23	85	0	61	54	11	2	31	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44199374--44199499	28	4.5	28	86	0	153	37	20	24	17	1.94
44204361--44204434	37	1.9	39	94	5	134	27	6	6	59	1.48
44216894--44216977	26	3.4	25	83	9	93	29	23	20	26	1.99
44217025--44217071	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
44222659--44222883	40	5.7	40	82	6	242	25	28	21	25	1.99
44222815--44222892	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
44230585--44230804	40	5.7	38	75	16	150	25	27	22	24	2.00
44230736--44230813	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
44234670--44234733	30	2.1	30	94	0	110	48	17	12	21	1.80
44236795--44237010	73	2.8	76	80	7	242	25	27	20	25	1.99
44236795--44236963	39	4.5	39	81	11	190	25	27	20	26	1.99
44236942--44237019	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
44244689--44244913	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
44244656--44244913	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
44244845--44244922	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
44253057--44253081	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
44262145--44262356	28	7.6	28	82	3	239	30	19	26	23	1.98
44262146--44262356	56	3.8	56	89	2	291	30	19	26	23	1.98
44262161--44262381	111	2.0	112	80	6	252	31	19	24	24	1.98
44263430--44263469	21	1.9	21	90	10	64	47	5	10	37	1.59
44265177--44265236	23	2.6	23	97	0	111	20	31	33	15	1.93
44266627--44266708	43	1.9	43	87	0	119	29	30	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44266643--44266741	42	2.3	43	79	5	112	28	33	20	18	1.96
44268685--44268840	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
44268684--44268837	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
44268685--44268840	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
44268677--44268861	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
44268677--44268861	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
44276802--44276957	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
44276801--44276977	55	3.3	52	79	10	178	26	16	28	28	1.97
44276802--44276957	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
44276883--44276977	27	3.5	26	80	8	93	24	15	30	29	1.96
44284887--44285151	48	5.5	46	72	11	151	29	20	27	22	1.98
44284884--44285057	48	3.7	46	75	6	152	29	19	28	22	1.98
44284884--44285057	94	1.8	95	86	6	255	29	19	28	22	1.98
44285029--44285153	49	2.5	49	81	8	139	28	23	26	21	1.99
44288275--44288480	27	7.6	27	85	3	243	29	28	15	27	1.96
44288275--44288480	82	2.5	81	84	3	261	29	28	15	27	1.96
44288275--44288479	109	1.9	109	89	2	322	29	28	15	26	1.96
44291730--44291947	49	4.5	49	92	3	347	28	30	7	33	1.84
44291815--44291897	27	3.3	27	63	27	72	32	30	4	32	1.79
44291730--44291947	96	2.3	95	91	6	343	28	30	7	33	1.84
44295023--44295221	46	4.2	46	78	8	190	31	17	26	25	1.97
44295023--44295287	94	2.9	94	87	3	360	30	17	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44295018--44295287	46	5.9	45	71	14	183	31	17	27	23	1.97
44295289--44295348	30	2.0	30	100	0	120	33	16	26	23	1.96
44306673--44306732	25	2.4	25	97	0	111	38	16	10	35	1.82
44308928--44308973	19	2.5	19	85	3	58	67	4	6	21	1.32
44308941--44308979	19	2.1	19	85	0	51	69	0	10	20	1.17
44310339--44310367	11	2.5	12	88	11	51	24	0	6	68	1.13
44310868--44310908	19	2.2	19	86	4	57	26	2	2	68	1.15
44314348--44314388	20	2.0	20	86	13	57	48	21	0	29	1.50
44318032--44318133	21	4.7	22	91	2	118	30	21	27	20	1.98
44319799--44319909	28	4.0	27	89	3	116	32	26	12	28	1.93
44319812--44319934	28	4.4	28	89	2	167	32	28	13	26	1.93
44321815--44321892	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
44322011--44322313	47	6.4	47	93	0	489	28	29	8	33	1.87
44326166--44326252	27	3.2	26	80	15	88	33	12	12	41	1.81
44326179--44326361	27	6.9	25	75	11	109	34	10	14	40	1.80
44326177--44326361	54	3.5	53	76	8	151	34	10	14	40	1.81
44329080--44329154	37	2.0	37	86	0	105	28	32	17	22	1.96
44329273--44329542	47	5.7	47	93	0	450	29	30	7	32	1.85
44334798--44334914	27	4.3	27	76	8	87	29	12	17	40	1.87
44334870--44334932	27	2.3	27	91	0	99	28	9	23	38	1.86
44334924--44334958	13	2.7	13	95	0	61	22	0	22	54	1.45
44339531--44339722	27	7.1	27	76	4	129	29	12	20	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44339531--44339715	54	3.4	55	77	8	148	30	12	19	37	1.89
44343802--44343878	36	2.1	36	88	4	111	24	31	19	24	1.98
44343997--44344567	47	12.1	47	94	3	986	29	29	8	32	1.87
44343997--44344567	96	6.0	94	96	1	986	29	29	8	32	1.87
44343997--44344567	143	4.0	142	94	2	990	29	29	8	32	1.87
44348008--44348180	39	4.4	38	79	7	161	23	26	23	26	2.00
44347991--44348146	79	2.0	79	82	5	190	23	25	23	27	2.00
44348489--44348567	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
44348549--44348651	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
44350501--44350578	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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