genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56572462--56572553	30	3.2	28	79	13	98	2	7	6	83	0.87
56583397--56583440	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
56583523--56583547	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
56583693--56583811	24	4.8	25	68	17	79	58	0	7	33	1.26
56590047--56590116	34	2.1	33	86	7	97	28	24	20	27	1.99
56592970--56593299	47	7.1	47	93	2	522	31	9	30	28	1.88
56592970--56593299	93	3.5	94	92	2	522	31	9	30	28	1.88
56593418--56593496	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56616372--56616476	44	2.4	43	87	6	142	27	18	24	29	1.98
56616372--56616485	42	2.7	43	84	5	142	26	17	25	30	1.97
56623185--56623437	68	3.9	64	75	8	190	28	15	29	25	1.96
56624439--56624468	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
56625872--56625904	15	2.1	16	88	5	50	33	15	21	30	1.94
56633613--56633667	27	2.0	27	85	0	74	40	16	21	21	1.91
56633808--56634241	27	15.7	27	80	4	463	25	21	19	33	1.97
56634072--56634146	36	2.1	36	97	0	141	22	21	22	33	1.97
56634041--56634166	63	2.0	63	92	0	207	23	21	22	32	1.98
56634018--56634194	90	2.0	90	91	0	291	24	22	20	32	1.98
56633963--56634299	144	2.3	146	87	3	464	25	22	19	32	1.97
56634202--56634283	40	2.0	40	85	0	110	26	20	21	30	1.98
56634242--56634299	27	2.1	27	96	0	107	25	22	17	34	1.96
56634175--56634300	67	1.9	67	81	3	155	26	23	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56635604--56635629	12	2.2	12	100	0	52	65	0	34	0	0.93
56641387--56641456	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
56641387--56641484	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
56649671--56649740	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
56649671--56649768	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
56650215--56650241	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
56652292--56652443	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
56652292--56652463	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
56660375--56660526	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
56660375--56660546	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
56663166--56663240	27	2.8	27	91	0	123	28	16	16	40	1.89
56663166--56663260	27	3.5	27	86	0	100	27	14	16	41	1.88
56675187--56675232	21	2.2	21	84	7	58	34	19	26	19	1.96
56681015--56681080	35	1.9	33	85	14	89	65	0	27	7	1.20
56683656--56683701	21	2.2	21	84	7	58	34	17	26	21	1.95
56685296--56685857	138	4.1	139	89	3	821	44	5	8	41	1.56
56685465--56685816	67	5.1	67	62	21	163	45	5	7	42	1.53
56689057--56689203	40	3.7	40	88	3	224	25	27	23	24	2.00
56689023--56689199	80	2.2	80	85	5	225	24	27	23	24	2.00
56693684--56693736	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
56696249--56696551	27	11.2	27	80	3	277	37	21	10	30	1.87
56696249--56696555	54	5.7	54	77	4	305	37	21	10	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56696249--56696567	81	3.9	81	79	3	311	38	21	10	30	1.86
56696256--56696463	108	1.9	108	95	0	371	39	20	10	29	1.85
56696587--56696753	27	6.2	27	82	0	172	37	16	17	29	1.91
56696587--56696737	54	2.8	54	85	0	194	37	17	17	28	1.92
56696585--56696753	81	2.1	81	85	0	230	37	15	17	28	1.91
56696960--56697029	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
56696959--56697042	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
56696960--56697054	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
56698328--56698362	17	2.0	18	88	5	54	20	22	37	20	1.95
56698419--56698531	29	3.9	29	91	3	176	27	12	30	29	1.93
56699484--56699576	46	2.0	46	100	0	186	30	10	25	33	1.90
56699803--56699931	45	2.9	45	82	6	163	24	14	11	49	1.76
56699880--56700220	171	2.0	171	95	0	610	41	19	6	32	1.78
56702456--56702507	27	1.9	27	84	7	70	32	17	17	32	1.93
56710677--56710861	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
56710677--56710859	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
56710678--56710894	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
56721715--56721752	20	1.9	20	88	0	58	36	2	10	50	1.51
56722383--56722412	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
56724392--56724538	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
56724438--56724618	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
56724435--56724618	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56725627--56725651	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
56734698--56734821	39	3.2	39	92	0	203	20	20	30	27	1.98
56734698--56734855	39	4.1	39	86	1	192	21	21	29	27	1.99
56737785--56737889	53	2.0	53	83	3	131	38	18	23	20	1.93
56739767--56739916	41	3.6	41	86	2	185	24	17	28	29	1.97
56739767--56739920	83	1.9	82	84	4	211	25	16	28	28	1.97
56744486--56744522	19	1.9	19	100	0	74	43	32	2	21	1.67
56745364--56745422	30	2.0	30	93	0	100	44	20	18	16	1.87
56749562--56749662	28	3.6	28	90	0	148	27	34	12	24	1.92
56754136--56754206	28	2.5	28	83	2	97	23	32	16	26	1.96
56757458--56757517	28	2.1	28	87	3	84	30	13	20	36	1.90
56757474--56757536	29	2.2	29	82	0	72	36	14	17	31	1.90
56760050--56760115	20	3.3	20	64	8	53	18	19	25	36	1.94
56760045--56760235	40	4.8	40	84	0	202	24	19	23	32	1.97
56760070--56760133	20	3.2	20	68	0	65	25	20	21	32	1.97
56760064--56760167	20	5.2	20	65	0	64	22	22	24	31	1.98
56767242--56767278	10	3.7	10	88	0	56	43	27	18	10	1.83
56769055--56769137	18	4.5	19	73	11	57	8	24	1	66	1.27
56769103--56769176	19	3.7	20	72	22	66	5	22	1	70	1.16
56769105--56769159	25	2.2	25	83	6	67	3	20	1	74	1.06
56771122--56771176	28	2.0	28	92	0	92	29	18	23	29	1.98
56771585--56771618	10	3.4	10	91	0	50	47	20	20	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56780519--56780556	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
56786294--56786363	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
56786294--56786388	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
56794473--56794595	28	4.4	28	92	2	185	33	27	12	26	1.92
56799577--56799614	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
56799890--56800013	46	2.8	46	93	6	227	32	27	19	20	1.97
56799893--56800032	46	3.1	45	85	8	144	30	28	19	21	1.97
56800435--56800494	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
56803728--56803775	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
56803887--56803958	24	3.0	24	84	11	94	30	20	19	29	1.97
56812216--56812688	47	10.1	47	95	0	804	32	9	29	28	1.88
56812807--56812885	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56814738--56814883	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
56814865--56814938	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56815253--56815349	40	2.4	41	78	10	119	23	23	27	24	2.00
56815332--56815408	40	1.9	40	83	0	100	27	24	25	22	2.00
56818749--56819315	47	12.1	47	95	0	938	32	9	29	28	1.88
56819434--56819512	37	2.1	37	88	4	115	24	20	31	24	1.98
56822291--56822466	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
56822288--56822459	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
56824713--56824760	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
56824808--56824863	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56824797--56824863	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
56824912--56824959	24	2.0	24	95	0	87	27	25	20	27	1.99
56831489--56831623	70	1.9	70	92	0	225	31	13	18	37	1.89
56832398--56832568	43	4.0	43	83	3	202	26	18	29	24	1.98
56838264--56838398	70	1.9	70	89	0	207	30	11	20	37	1.89
56839851--56840010	41	3.9	40	77	11	155	21	22	28	26	1.99
56839851--56840032	41	4.5	41	75	15	153	21	21	30	25	1.99
56841575--56841791	40	5.5	40	88	3	289	24	28	23	23	1.99
56850610--56850769	41	3.9	40	74	11	137	23	22	27	26	1.99
56852545--56852695	43	3.3	43	74	13	149	22	18	31	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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