genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27974259--27974421	43	3.8	42	69	11	116	26	16	24	32	1.96
27977732--27977857	46	2.7	46	95	0	216	21	22	26	29	1.99
27984667--27984706	13	3.1	13	100	0	80	15	22	25	37	1.93
27984894--27984926	13	2.5	13	100	0	66	39	33	21	6	1.78
27987488--27987530	21	2.0	21	95	0	77	41	25	13	18	1.88
27988505--27988535	15	2.1	15	100	0	62	35	0	6	58	1.24
27996367--27996395	15	1.9	15	100	0	58	34	0	6	58	1.25
28001982--28002034	27	2.0	27	100	0	106	22	37	3	35	1.72
28005644--28005710	34	2.0	34	93	0	116	38	20	19	20	1.93
28006745--28006782	15	2.4	17	86	8	53	31	5	0	63	1.17
28011625--28011652	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
28011782--28011853	8	8.4	8	76	19	65	22	1	4	72	1.10
28014674--28014732	12	4.9	12	85	4	75	57	0	18	23	1.40
28015090--28015122	9	3.7	9	91	0	57	30	18	12	39	1.87
28015088--28015122	18	1.9	18	100	0	70	31	17	11	40	1.85
28033908--28034065	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
28033942--28034139	68	2.9	67	84	10	185	33	15	30	21	1.94
28037528--28037608	42	1.9	43	89	2	128	27	13	27	32	1.94
28037530--28037636	43	2.5	42	80	3	115	28	14	25	30	1.95
28044809--28044907	43	2.3	42	82	1	126	28	18	23	30	1.97
28044995--28045037	20	2.2	20	86	0	59	32	2	27	37	1.70
28065359--28065394	17	2.1	17	89	0	54	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28068978--28069016	20	2.0	19	85	5	51	38	7	10	43	1.67
28069299--28069323	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28077119--28077174	26	2.2	26	100	0	112	21	21	10	46	1.81
28082420--28082449	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
28083517--28083576	28	2.1	28	81	6	68	33	26	28	11	1.91
28097006--28097123	42	2.8	42	85	0	164	26	30	31	11	1.92
28098189--28098218	15	2.0	15	93	0	51	0	16	20	63	1.31
28101877--28102141	38	7.0	37	86	4	341	14	15	25	44	1.85
28101878--28102136	114	2.3	114	91	1	421	14	15	25	44	1.84
28107800--28107824	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
28107960--28108004	21	2.1	21	91	0	72	24	17	11	46	1.81
28112555--28112621	21	3.2	21	70	16	57	31	22	11	34	1.90
28124155--28124315	72	2.2	72	84	4	200	22	14	28	34	1.93
28130000--28130207	67	3.2	64	77	10	197	31	17	28	22	1.96
28140171--28140217	23	2.0	23	95	0	85	31	8	19	40	1.81
28144647--28144682	13	2.8	13	100	0	72	47	13	0	38	1.44
28147717--28147798	43	2.0	43	85	4	114	29	28	15	26	1.96
28166547--28166611	30	2.2	30	91	0	103	40	15	20	24	1.91
28169903--28169969	33	2.0	33	94	0	116	40	17	5	35	1.75
28180414--28180537	59	2.0	60	92	6	205	32	19	9	38	1.84
28181933--28181984	24	2.1	25	92	3	88	25	25	15	34	1.95
28181941--28181997	25	2.3	24	85	8	71	31	22	14	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28190950--28191132	79	2.3	80	85	7	239	25	27	22	24	2.00
28190948--28191132	40	4.7	40	84	7	243	25	28	22	23	1.99
28195035--28195137	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
28195277--28195769	48	10.3	48	94	0	828	30	27	6	35	1.83
28195277--28195769	191	2.6	192	92	1	830	30	27	6	35	1.83
28199270--28199395	39	3.2	40	86	6	179	25	26	23	24	2.00
28207511--28207678	40	4.2	40	90	2	259	26	27	22	23	2.00
28210725--28210754	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
28215920--28215973	11	4.7	11	81	6	63	3	1	31	62	1.23
28215920--28215974	23	2.4	24	81	9	69	3	1	30	63	1.22
28219348--28219468	20	6.1	20	67	21	76	38	22	27	11	1.88
28219354--28219468	39	2.9	39	78	8	126	40	22	25	12	1.88
28219354--28219455	39	2.6	40	82	6	127	38	23	27	10	1.88
28219351--28219488	40	3.5	40	79	8	149	41	21	26	10	1.86
28230370--28230415	20	2.3	20	88	0	65	45	21	23	8	1.80
28234216--28234296	30	2.7	30	78	1	92	56	18	3	20	1.56
28236006--28236082	38	2.0	38	92	0	127	20	15	19	44	1.87
28238168--28238192	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
28249691--28249754	31	2.1	31	96	0	119	45	15	10	28	1.80
28256796--28256830	16	2.1	17	94	5	63	68	5	0	25	1.11
28257811--28257869	5	11.2	5	83	16	75	38	0	0	61	0.96
28257814--28257863	3	18.0	3	77	22	56	38	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28257814--28257867	11	5.0	10	77	22	56	38	0	0	61	0.96
28257878--28257973	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
28259333--28259469	39	3.5	39	73	13	111	22	20	28	28	1.99
28260889--28260923	15	2.3	15	90	0	52	48	31	0	20	1.50
28261070--28261149	38	2.1	39	85	2	108	22	0	25	52	1.47
28263386--28263571	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
28270811--28270994	78	2.3	81	86	6	252	26	27	22	23	2.00
28270792--28270994	40	5.1	40	85	7	254	25	27	22	24	2.00
28273393--28273510	35	3.3	35	81	5	139	45	29	12	11	1.78
28275869--28275929	27	2.2	30	80	11	76	31	3	21	44	1.68
28278692--28278733	21	2.0	21	95	0	75	73	0	26	0	0.83
28280663--28280926	46	5.7	46	92	0	395	39	14	23	21	1.91
28283105--28283146	11	3.6	11	81	12	57	61	4	0	33	1.17
28288290--28288325	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
28288458--28288691	39	6.0	39	94	2	364	31	28	20	19	1.97
28295938--28295993	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
28311495--28311520	6	4.3	6	100	0	52	15	0	15	69	1.20
28313025--28313115	43	2.1	43	87	2	130	34	10	10	43	1.75
28313775--28313856	43	1.9	43	82	5	103	31	6	23	39	1.79
28314686--28314729	21	2.1	21	95	0	79	34	27	9	29	1.87
28320698--28320770	27	2.7	27	77	22	73	54	1	4	39	1.28
28321743--28321823	21	4.1	20	70	10	58	34	13	9	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28321745--28321811	21	3.3	20	79	4	64	31	16	8	43	1.79
28321897--28321926	15	2.0	15	100	0	60	33	13	0	53	1.40
28324012--28324062	20	2.5	20	80	0	57	29	9	13	47	1.75
28345156--28345267	42	2.7	43	87	5	158	22	32	23	22	1.98
28361895--28361951	22	2.6	22	94	0	105	29	19	26	24	1.98
28362306--28362367	27	2.3	27	88	5	90	32	20	11	35	1.88
28362349--28362557	27	7.8	27	82	3	208	33	6	17	43	1.74
28362344--28362557	54	4.0	54	81	4	245	33	6	17	42	1.75
28362349--28362557	81	2.6	80	81	6	262	33	6	17	43	1.74
28370468--28370497	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
28373696--28373746	25	2.0	26	96	3	95	37	7	7	47	1.62
28374521--28374599	36	2.2	36	86	2	104	37	27	13	20	1.91
28376283--28376366	38	2.2	38	82	4	107	39	13	15	32	1.86
28381004--28381461	47	9.7	47	91	1	736	27	29	8	33	1.87
28381004--28381463	143	3.2	141	93	1	776	28	29	8	33	1.87
28381004--28381461	190	2.4	190	96	0	844	27	29	8	33	1.87
28385649--28385746	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
28385677--28385759	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
28385649--28385760	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
28388466--28388725	130	2.0	130	99	0	511	28	23	28	20	1.98
28388914--28389080	83	2.0	83	97	0	316	20	26	14	37	1.92
28394060--28394157	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28394088--28394170	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
28394060--28394171	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
28397978--28398015	15	2.5	16	83	12	53	73	5	5	15	1.19
28398986--28399055	25	2.8	25	80	0	77	27	21	20	31	1.98
28401365--28401408	22	1.9	23	81	9	54	31	2	6	59	1.36
28405665--28405695	16	1.9	16	93	0	53	35	0	6	58	1.24
28407977--28408013	19	1.9	19	94	0	65	45	18	5	29	1.72
28407984--28408025	19	2.2	19	86	4	57	50	11	9	28	1.70
28408071--28408110	19	2.2	19	86	4	55	45	12	5	37	1.64
28409482--28409537	28	2.0	28	86	10	78	23	46	16	14	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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