genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16139386--16139425	20	2.0	20	85	9	55	42	0	15	42	1.46
16139691--16139763	38	1.9	38	83	5	94	21	19	27	31	1.97
16150317--16150467	74	2.0	74	98	0	293	30	21	14	33	1.93
16150734--16150779	6	7.5	6	85	4	65	4	19	0	76	0.96
16150734--16150779	18	2.5	19	92	3	76	4	19	0	76	0.96
16150732--16150798	12	5.2	12	76	18	55	4	22	1	71	1.12
16158906--16158959	28	2.0	27	82	10	65	25	24	27	22	2.00
16165996--16166230	49	4.8	50	74	12	175	34	14	22	28	1.93
16166835--16166899	26	2.5	26	92	0	103	29	4	24	41	1.75
16167418--16167556	45	3.1	45	92	0	224	20	17	19	41	1.90
16167418--16167595	45	3.7	50	84	5	169	20	17	20	42	1.90
16167418--16167601	90	2.0	87	81	12	203	20	17	19	41	1.90
16167429--16167652	96	2.4	90	76	8	214	21	17	17	43	1.88
16167632--16167675	6	7.2	6	79	5	52	20	20	13	45	1.85
16167413--16167652	45	5.2	45	77	7	133	21	17	17	42	1.89
16167632--16167673	18	2.3	19	87	4	59	21	21	14	42	1.88
16169789--16169829	17	2.3	19	83	8	59	53	0	0	46	1.00
16178597--16178846	53	4.6	54	85	7	330	21	24	18	35	1.95
16178597--16178846	108	2.3	107	88	3	360	21	24	18	35	1.95
16178825--16178946	47	2.6	47	96	0	217	25	23	13	36	1.92
16179085--16179168	44	1.9	44	82	4	107	28	20	11	39	1.88
16180558--16180598	15	2.9	15	82	10	50	19	7	0	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16180830--16180867	11	3.3	12	85	10	53	63	0	0	36	0.95
16186849--16186911	32	2.0	32	100	0	126	47	15	25	11	1.79
16194219--16194333	60	1.9	60	96	0	212	30	25	20	23	1.99
16205641--16205672	15	2.1	15	94	0	55	78	0	3	18	0.89
16205616--16205678	21	2.8	22	78	9	65	73	1	3	22	1.07
16206052--16206079	14	2.0	14	100	0	56	7	28	21	42	1.79
16219480--16219521	21	2.0	20	82	13	50	33	16	2	47	1.60
16222535--16222702	43	3.9	43	73	16	127	33	22	17	26	1.96
16223821--16223845	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
16230838--16230883	20	2.3	20	88	0	65	50	2	10	36	1.50
16232718--16232766	21	2.3	21	92	0	80	12	34	34	18	1.88
16235281--16235308	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
16244467--16244498	16	2.1	15	94	5	55	43	15	0	40	1.47
16250957--16251044	29	3.0	29	77	1	95	40	3	19	36	1.68
16258379--16258405	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
16259527--16259583	28	2.0	28	96	0	105	26	21	12	40	1.88
16260634--16260677	13	3.3	13	82	14	54	61	0	0	38	0.96
16262123--16262147	13	1.9	13	100	0	50	28	40	24	8	1.83
16271029--16271113	40	2.1	40	97	0	161	31	21	18	28	1.97
16271645--16271686	22	1.9	22	90	9	68	52	23	2	21	1.59
16275050--16275076	12	2.2	12	100	0	54	37	7	7	48	1.59
16275948--16276084	27	5.1	27	81	11	165	19	25	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16275945--16276084	54	2.6	54	93	2	228	19	25	20	34	1.96
16283325--16283366	21	2.0	21	95	0	75	35	19	11	33	1.88
16286671--16287832	590	2.0	591	93	1	1972	34	15	17	31	1.92
16295793--16295830	18	2.1	18	95	0	67	42	2	15	39	1.61
16300816--16300867	24	2.2	24	85	0	68	34	3	11	50	1.57
16305169--16305220	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
16305169--16305232	24	2.7	24	85	4	76	35	3	12	48	1.57
16305523--16305629	28	3.7	29	80	8	103	62	6	2	28	1.34
16305647--16305698	19	2.7	19	96	3	95	51	5	5	36	1.50
16308487--16308646	3	53.3	3	72	15	100	64	2	5	28	1.27
16308546--16308574	11	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
16308711--16308790	29	2.7	30	81	11	85	61	1	10	27	1.36
16308771--16308805	15	2.3	15	95	0	61	62	0	5	31	1.18
16310534--16310627	45	2.1	45	84	2	127	25	17	20	37	1.93
16322457--16322594	3	47.0	3	71	18	87	64	2	5	28	1.26
16322733--16322778	15	2.9	15	87	6	65	67	0	8	23	1.18
16322733--16322793	15	4.1	14	80	16	63	67	0	8	24	1.18
16327474--16327513	15	2.9	15	75	24	52	47	7	0	45	1.31
16335539--16335583	17	2.9	15	78	12	54	53	0	4	42	1.21
16336599--16336643	21	2.2	21	84	11	58	66	8	11	13	1.44
16340082--16340111	15	2.0	15	100	0	60	0	40	0	60	0.97
16340167--16340208	21	2.0	21	95	0	75	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16340242--16340310	31	2.3	31	85	7	88	21	8	20	49	1.76
16341016--16341047	10	3.3	10	95	4	57	56	0	0	43	0.99
16342323--16342366	21	2.1	21	86	0	61	18	6	0	75	1.02
16348814--16348838	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
16348811--16348883	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
16348818--16348889	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
16356669--16356757	32	2.8	32	75	13	83	29	6	24	39	1.81
16356896--16356990	27	3.6	27	78	2	120	28	14	26	30	1.95
16356896--16357013	27	4.5	26	75	3	101	27	12	27	32	1.93
16356896--16357041	53	2.8	53	88	2	213	28	13	26	32	1.93
16361036--16361195	8	19.0	8	70	23	82	32	0	66	0	1.01
16361036--16361199	14	12.4	14	77	13	152	32	0	66	0	1.01
16361047--16361207	26	6.1	26	76	16	134	33	0	65	0	1.02
16361197--16361250	4	13.5	4	92	0	90	50	0	46	3	1.19
16361060--16361250	8	23.9	8	80	2	141	37	0	60	1	1.11
16361060--16361250	6	31.8	6	83	2	141	37	0	60	1	1.11
16361836--16361895	27	2.2	27	85	11	79	51	0	8	40	1.32
16367187--16367216	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
16370233--16370275	22	2.0	22	90	9	70	41	27	9	20	1.83
16370628--16370709	26	3.2	26	92	0	128	34	7	21	36	1.82
16372303--16372446	54	2.7	54	93	2	236	18	24	22	34	1.96
16372306--16372463	27	5.9	27	81	11	173	19	24	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16372306--16372463	81	2.0	80	82	8	196	19	24	20	34	1.96
16384049--16384400	51	6.9	50	87	3	438	29	26	13	29	1.94
16384049--16384400	152	2.3	153	86	2	467	29	26	13	29	1.94
16384424--16384518	28	3.5	28	84	11	135	26	23	14	35	1.93
16385123--16385150	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
16386415--16386469	23	2.5	22	80	11	60	47	27	1	23	1.62
16395074--16395191	57	2.1	58	98	1	229	44	27	4	23	1.71
16396272--16396386	44	2.6	44	82	4	153	30	26	18	25	1.98
16398577--16398663	15	6.0	14	79	12	79	27	8	0	64	1.21
16398577--16398663	29	3.0	28	73	21	81	27	8	0	64	1.21
16398574--16398694	44	2.8	43	83	13	133	28	8	0	63	1.23
16398597--16398690	31	3.1	31	75	15	81	27	7	0	64	1.20
16398794--16398963	3	56.7	3	79	11	145	30	4	2	62	1.28
16399275--16399326	3	17.0	3	80	11	61	34	3	0	61	1.14
16404053--16404094	13	3.3	13	78	15	52	85	4	9	0	0.72
16405445--16405631	44	4.2	44	70	5	153	28	21	23	26	1.99
16405397--16406073	132	5.1	132	88	1	980	30	20	22	26	1.98
16406040--16406349	44	7.0	44	71	7	200	29	20	23	27	1.98
16405963--16406339	177	2.1	177	90	1	596	30	19	22	27	1.98
16407339--16407367	15	1.9	15	100	0	58	24	6	0	68	1.13
16407328--16407369	21	2.0	20	86	4	57	23	9	0	66	1.21
16407445--16407623	3	58.7	3	80	11	179	30	5	1	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16407519--16407626	37	2.9	39	90	4	145	33	3	0	62	1.12
16408868--16408919	23	2.3	23	96	0	95	38	15	7	38	1.76
16410957--16411083	57	2.2	57	79	8	143	31	18	21	28	1.97
16416371--16416413	23	1.9	22	85	4	59	72	0	11	16	1.13
16416349--16416413	23	3.0	22	72	18	55	70	3	9	16	1.26
16416571--16416623	5	10.8	5	77	18	58	79	0	0	20	0.74
16416571--16416622	19	2.7	19	82	14	70	78	0	0	21	0.74
16416548--16416618	24	3.0	23	80	12	74	77	0	2	19	0.89
16421002--16421041	19	2.1	19	100	0	80	22	5	32	40	1.76
16423341--16423453	39	2.9	39	98	0	217	18	23	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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