genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13591237--13591294	15	3.9	15	77	8	57	39	3	15	41	1.64
13595276--13595307	15	2.1	16	88	11	50	62	6	12	18	1.50
13599570--13599745	46	3.8	46	78	14	200	20	21	29	28	1.98
13599567--13599738	93	1.8	93	93	2	301	20	21	29	27	1.98
13608892--13609001	33	3.3	33	88	0	148	30	22	21	25	1.99
13608932--13609015	33	2.9	28	79	17	98	25	27	25	22	2.00
13609385--13609467	27	3.1	26	81	6	94	24	21	20	33	1.97
13609483--13609560	27	2.9	27	79	11	88	34	12	16	35	1.87
13610728--13610763	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
13611143--13611292	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
13611167--13611350	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
13613133--13613369	27	8.9	27	79	5	169	31	8	19	40	1.80
13613139--13613345	54	3.8	54	77	4	195	29	7	19	42	1.79
13613352--13613433	27	3.1	26	82	5	92	31	21	17	29	1.96
13617625--13617672	18	2.7	18	81	12	62	39	18	10	31	1.85
13617754--13617802	22	2.3	22	82	3	64	32	10	8	48	1.66
13623568--13623632	26	2.5	25	78	19	62	38	16	4	40	1.70
13627005--13627112	49	2.2	49	84	0	135	23	29	17	29	1.97
13627086--13627287	44	4.6	44	91	0	314	31	36	14	18	1.91
13627037--13627287	132	1.9	137	86	4	368	29	34	14	20	1.93
13628838--13628877	19	2.1	19	100	0	80	10	20	5	65	1.42
13628968--13629007	19	2.0	22	85	14	59	30	7	15	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13633342--13633515	46	3.8	46	77	14	196	22	20	26	30	1.98
13633339--13633510	93	1.8	93	92	2	292	23	20	27	29	1.99
13638509--13638916	47	8.6	47	91	2	618	32	8	29	29	1.87
13638509--13638916	96	4.3	94	91	1	618	32	8	29	29	1.87
13648427--13648462	18	2.1	18	89	5	56	30	13	11	44	1.79
13649709--13649782	28	2.6	28	86	2	103	29	32	13	24	1.93
13649709--13649799	29	3.2	28	80	9	80	29	34	13	23	1.92
13653204--13653375	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
13653196--13653371	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
13655752--13655840	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
13655752--13655831	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
13655763--13655840	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
13658772--13658943	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
13658764--13658939	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
13664540--13664592	26	2.0	26	88	0	79	15	0	7	77	0.98
13664996--13665090	43	2.2	45	88	3	140	29	25	14	30	1.95
13665174--13665269	43	2.2	45	82	12	119	28	25	16	30	1.97
13664837--13665865	176	5.8	177	89	2	1484	26	24	18	30	1.98
13666724--13666767	21	2.1	21	95	0	79	56	13	9	20	1.64
13667010--13667169	60	2.6	64	80	10	172	14	23	18	43	1.86
13670211--13670321	42	2.6	42	84	5	127	17	21	14	46	1.83
13670245--13670343	42	2.4	42	84	3	110	15	24	14	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13670907--13670953	25	2.0	24	84	16	62	31	0	25	42	1.55
13672369--13672789	141	3.0	141	93	0	707	31	5	23	38	1.78
13674006--13674065	32	2.0	31	81	12	72	35	5	13	46	1.65
13675375--13675447	24	3.0	23	82	7	74	54	1	1	42	1.17
13675803--13675848	2	23.5	2	95	4	85	0	50	0	50	1.00
13684328--13684581	49	5.1	49	77	7	260	43	16	18	21	1.88
13684332--13684581	100	2.5	100	88	0	347	43	16	18	21	1.88
13684787--13684814	7	4.0	7	100	0	56	57	0	42	0	0.99
13692810--13692903	48	2.0	48	81	8	111	39	27	11	21	1.88
13695318--13695411	48	2.0	48	85	8	129	40	27	11	20	1.87
13697408--13697463	26	2.1	28	83	6	71	48	5	1	44	1.36
13697475--13697518	23	1.9	23	86	9	63	45	4	0	50	1.22
13699443--13699479	18	2.0	19	89	5	58	32	29	0	37	1.58
13704130--13704172	6	6.8	6	97	2	68	20	30	0	48	1.50
13704159--13704262	45	2.4	45	83	6	124	27	20	6	45	1.76
13716517--13716736	48	4.5	48	79	2	235	27	18	28	25	1.98
13716517--13716751	96	2.4	98	87	2	332	28	17	28	25	1.98
13720523--13720648	25	5.3	25	64	24	83	33	11	27	27	1.91
13720497--13720669	47	3.7	47	97	0	319	34	12	28	25	1.92
13720505--13720623	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
13720871--13720977	37	2.9	37	92	1	171	23	17	31	27	1.97
13724259--13724742	48	10.0	48	95	0	851	34	6	27	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13724883--13724985	37	2.8	37	90	0	170	24	19	31	25	1.98
13728505--13728544	13	2.9	13	82	13	53	7	12	0	80	0.91
13728548--13728603	29	2.0	27	82	6	67	12	12	3	71	1.27
13728932--13728976	22	2.0	22	87	8	65	6	6	6	80	1.04
13733725--13733778	21	2.6	19	72	16	54	18	25	38	16	1.92
13733847--13733876	13	2.3	13	94	0	51	13	36	26	23	1.92
13752598--13752799	47	4.3	47	90	1	296	32	8	30	27	1.87
13752918--13752996	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
13755562--13755878	48	6.6	48	85	3	379	26	30	18	24	1.98
13755562--13755877	144	2.2	143	86	4	429	26	30	18	24	1.98
13760125--13760181	27	2.1	27	93	0	96	56	12	0	31	1.36
13760140--13760181	12	3.1	14	74	19	52	59	11	0	28	1.33
13764980--13765087	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
13766572--13766624	26	2.0	25	82	13	63	35	22	15	26	1.93
13772063--13772170	26	4.2	26	91	0	180	32	7	23	37	1.82
13776582--13776611	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
13781818--13781942	43	2.9	43	90	3	198	24	28	22	25	2.00
13783133--13783257	43	2.9	43	90	1	196	24	28	22	25	2.00
13784417--13784566	43	3.5	43	85	7	198	26	27	21	25	1.99
13784703--13784749	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
13788967--13789074	7	15.1	7	70	14	60	36	43	0	20	1.52
13789117--13789201	21	3.9	21	75	11	89	44	25	1	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13789101--13789190	46	2.0	46	97	0	171	42	25	2	30	1.67
13789156--13789209	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
13789373--13789609	81	2.9	81	87	3	309	19	23	21	35	1.96
13789360--13789619	41	6.4	41	87	3	348	18	22	22	36	1.95
13789360--13789649	41	7.1	41	84	6	172	18	21	22	36	1.95
13789849--13789956	26	4.2	26	91	0	171	37	23	7	32	1.82
13795716--13795767	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
13795728--13795878	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
13795797--13796020	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
13799685--13799792	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
13802279--13802341	31	2.0	31	100	0	126	31	15	7	44	1.76
13803723--13803785	30	2.1	30	93	0	108	28	15	12	42	1.84
13821926--13822012	16	5.4	16	79	5	95	36	33	8	21	1.83
13821917--13822012	32	3.0	32	78	0	111	38	33	7	20	1.81
13825644--13825697	22	2.5	22	87	0	72	40	22	25	11	1.87
13830080--13830143	19	3.3	19	75	16	69	64	0	6	29	1.18
13830073--13830143	27	2.6	27	72	16	67	64	0	5	29	1.16
13831701--13832026	90	3.6	90	88	0	463	27	27	13	30	1.94
13831721--13832026	45	6.8	45	70	9	221	28	27	13	30	1.94
13831721--13832360	180	3.6	179	83	6	883	28	26	14	31	1.95
13831955--13832103	77	1.9	77	90	0	235	25	24	14	35	1.94
13832032--13832331	45	6.7	45	70	9	200	27	24	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13832032--13832359	90	3.6	90	90	0	512	27	25	15	32	1.96
13831776--13832269	257	1.9	257	89	0	765	27	25	14	31	1.95
13831701--13832365	347	1.9	347	90	1	1073	27	26	14	31	1.95
13841404--13841494	46	2.0	47	97	2	175	36	27	15	20	1.93
13843984--13844038	23	2.3	24	81	12	60	50	1	1	45	1.22
13844158--13844221	20	3.2	20	76	12	69	64	0	6	29	1.18
13844153--13844221	19	3.5	21	77	13	67	65	0	5	28	1.16
13851665--13851716	24	2.3	23	83	12	63	63	13	1	21	1.39
13855753--13855840	43	2.0	43	95	0	158	32	18	20	28	1.96
13861034--13861156	48	2.6	47	92	2	210	36	11	25	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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