genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19796779--19796804	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
19805211--19805325	18	6.1	18	67	19	56	42	13	6	37	1.71
19805217--19805341	38	3.3	37	75	6	133	43	14	7	35	1.73
19805451--19805480	7	4.3	7	100	0	60	43	26	0	30	1.55
19811882--19812236	46	7.5	46	75	10	245	29	20	27	23	1.99
19811882--19812093	94	2.3	94	87	0	289	30	18	28	23	1.97
19811971--19812238	49	5.6	49	76	9	175	28	20	27	22	1.99
19819692--19819754	31	2.1	31	88	8	94	25	4	9	60	1.47
19822786--19822872	43	2.0	43	86	8	124	24	16	29	29	1.96
19827134--19827190	20	2.8	20	91	0	87	22	28	0	49	1.50
19832013--19832066	27	2.0	27	96	0	99	29	35	11	24	1.90
19833817--19833851	17	2.0	18	94	5	63	57	5	2	34	1.37
19835355--19835391	15	2.4	16	86	9	58	45	2	45	5	1.40
19843994--19844029	17	2.1	18	94	5	65	50	5	5	38	1.49
19847425--19847468	19	2.3	19	84	0	52	9	36	0	54	1.32
19855130--19855396	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
19857695--19857880	40	4.7	40	89	4	234	25	21	26	26	1.99
19857695--19857913	40	5.5	40	86	4	214	26	21	26	26	1.99
19862571--19862753	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
19862572--19862755	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19862624--19862788	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
19867419--19867530	43	2.6	43	94	0	188	32	20	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19868069--19868113	21	2.1	21	83	0	54	35	22	0	42	1.54
19872779--19872854	40	1.9	40	94	0	134	28	19	15	35	1.93
19881014--19881118	52	2.0	52	98	0	201	28	22	9	39	1.86
19881022--19881102	25	3.2	25	65	13	65	32	20	9	37	1.86
19889672--19889785	42	2.7	42	80	0	129	28	11	28	32	1.91
19889999--19890055	30	1.9	30	96	0	105	33	19	15	31	1.93
19900228--19900353	48	2.6	48	84	1	153	24	16	30	27	1.97
19900228--19900398	48	3.5	48	82	4	148	25	16	28	29	1.97
19900361--19900438	40	2.0	40	84	0	102	26	11	26	34	1.91
19900606--19900646	21	1.9	22	90	5	66	41	0	29	29	1.56
19913662--19913837	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
19913658--19913828	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
19916840--19916903	25	2.7	23	90	9	110	4	1	23	70	1.15
19917760--19918379	72	8.5	72	89	3	936	30	21	17	30	1.96
19917760--19918387	221	2.8	221	94	0	1080	31	21	17	30	1.96
19932312--19932388	39	2.0	37	85	9	102	19	19	10	50	1.76
19948555--19948603	21	2.3	21	78	0	62	30	24	20	24	1.98
19953008--19953067	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
19966570--19966666	37	2.6	37	83	3	115	40	27	10	21	1.86
19966600--19966691	37	2.5	37	83	0	112	40	27	10	21	1.87
19983331--19983422	40	2.3	38	83	10	105	30	15	22	31	1.95
19985740--19985870	55	2.4	56	84	2	167	28	13	25	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19991329--19991442	42	2.7	42	74	9	106	32	24	18	24	1.97
20002141--20002192	24	2.2	24	89	0	77	17	19	38	25	1.93
20002141--20002192	12	4.3	12	85	0	68	17	19	38	25	1.93
20004751--20004802	22	2.4	22	77	6	52	69	3	5	21	1.26
20014362--20014389	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
20014491--20014526	16	2.2	16	90	9	56	52	19	22	5	1.66
20014737--20014860	29	4.3	29	90	1	196	24	13	31	30	1.94
20021673--20021771	39	2.5	39	80	3	110	41	21	9	28	1.83
20023383--20023445	27	2.4	26	84	7	74	19	25	22	33	1.97
20023459--20023547	24	3.7	24	71	8	65	20	15	19	44	1.86
20039905--20039969	33	2.0	33	84	0	85	56	7	20	15	1.63
20048311--20048351	21	2.0	21	85	9	57	43	2	0	53	1.13
20049461--20049523	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
20051029--20051066	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
20051289--20051461	46	3.7	46	77	10	190	29	27	20	21	1.98
20051294--20051464	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
20051884--20051944	30	2.0	30	87	3	86	32	24	4	37	1.77
20054508--20054560	14	3.8	14	80	14	56	43	0	0	56	0.99
20073377--20073552	56	3.1	56	98	0	334	45	9	22	22	1.80
20074681--20074905	40	5.7	40	85	5	278	24	21	28	26	1.99
20074681--20074938	119	2.2	119	80	6	274	25	20	27	25	1.99
20077061--20077105	21	2.2	20	84	4	54	42	2	15	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20080998--20081027	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
20082090--20082177	39	2.2	40	85	2	115	35	21	20	22	1.96
20082318--20082411	40	2.4	40	80	7	104	27	21	18	32	1.96
20082679--20082826	49	3.0	49	97	0	287	39	2	11	46	1.51
20082955--20083017	29	2.2	29	82	0	72	20	0	34	44	1.52
20084715--20084937	40	5.6	40	83	5	229	26	28	20	24	1.99
20091844--20092028	43	4.3	43	95	0	316	21	20	31	26	1.98
20100873--20100907	3	11.7	3	93	0	61	68	2	0	28	1.04
20103969--20104002	17	1.9	18	88	5	52	50	14	14	20	1.78
20108619--20108670	20	2.6	20	76	11	61	23	34	28	13	1.92
20119075--20119102	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
20123687--20124429	371	2.0	371	98	0	1432	26	20	19	34	1.96
20126508--20126538	16	1.9	16	100	0	62	25	6	41	25	1.79
20132477--20132574	42	2.3	42	78	3	117	29	11	24	34	1.90
20134800--20134829	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
20135557--20135745	30	6.2	30	87	4	263	49	13	16	20	1.79
20135557--20135745	91	2.1	91	93	0	324	49	13	16	20	1.79
20135557--20135724	6	27.8	6	76	14	150	50	13	16	20	1.78
20135866--20135931	27	2.5	26	87	7	96	37	21	22	18	1.94
20135890--20135947	27	2.1	27	81	6	64	36	27	18	17	1.94
20136104--20136162	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20136250--20136332	27	3.1	26	82	5	94	38	19	21	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20136531--20136726	27	7.3	27	84	0	248	26	19	19	34	1.96
20136731--20137302	27	21.2	27	84	5	690	41	9	21	26	1.84
20139399--20139600	39	5.2	39	93	0	332	27	29	20	22	1.99
20148953--20149034	28	2.9	28	87	0	119	13	31	21	32	1.92
20154527--20154672	40	3.7	40	86	2	161	28	26	20	23	1.99
20154550--20154672	40	3.1	39	89	2	174	29	26	20	23	1.99
20162481--20162665	40	4.7	40	80	6	207	25	26	22	25	2.00
20162481--20162665	79	2.3	82	81	7	211	25	26	22	25	2.00
20170782--20170988	41	5.1	41	91	1	292	36	22	19	21	1.95
20188807--20189020	41	5.3	41	78	2	243	23	21	26	28	1.99
20188807--20188994	40	4.7	40	79	2	196	23	21	26	27	1.99
20188815--20189020	81	2.5	80	92	2	331	23	21	25	29	1.99
20195697--20195910	41	5.3	41	79	2	252	22	21	27	28	1.99
20195710--20195910	81	2.5	81	92	0	339	22	21	26	28	1.99
20201604--20201661	25	2.3	25	82	5	73	29	22	15	32	1.95
20202068--20202200	44	3.0	45	93	2	223	21	18	6	53	1.66
20212079--20212108	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
20214095--20214125	16	1.9	16	93	0	53	45	9	16	29	1.79
20216806--20216889	43	2.0	43	90	0	132	34	26	14	25	1.94
20223779--20223819	5	8.2	5	86	8	57	19	0	4	75	0.98
20223780--20223810	14	2.2	14	94	0	53	19	0	3	77	0.90
20226745--20226792	20	2.4	20	96	0	87	33	33	18	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20231777--20231987	40	5.3	39	82	6	255	27	28	20	23	1.99
20231777--20231987	79	2.7	80	90	1	336	27	28	20	23	1.99
20239841--20240051	40	5.3	39	81	6	246	27	28	19	23	1.99
20239841--20240051	79	2.7	80	90	1	327	27	28	19	23	1.99
20249412--20249674	39	6.6	39	87	7	327	25	27	23	23	2.00
20255055--20255083	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
20257872--20257912	20	2.0	20	100	0	82	31	24	29	14	1.95
20260228--20260449	40	5.6	40	92	1	358	25	26	22	24	2.00
20268684--20269003	48	6.7	48	77	6	292	27	19	30	22	1.98
20268728--20269005	95	2.9	95	82	2	333	28	18	30	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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