genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28410475--28410828	46	7.5	47	77	11	252	23	29	18	28	1.98
28410475--28410831	94	3.8	93	75	13	281	23	29	19	28	1.98
28414809--28414869	27	2.3	27	83	13	81	34	4	0	60	1.18
28415193--28415259	32	2.1	32	94	5	118	16	23	11	47	1.80
28419583--28419798	46	4.7	45	76	15	153	28	19	29	21	1.98
28419577--28419845	47	5.8	47	74	17	181	28	18	29	23	1.98
28419583--28419837	140	1.8	140	84	6	356	29	18	29	22	1.98
28422491--28422633	49	2.8	51	83	11	195	27	22	22	27	1.99
28422885--28422938	27	2.0	27	88	0	81	38	12	5	42	1.67
28426399--28426457	30	2.0	30	86	6	84	40	6	25	27	1.80
28433937--28433996	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
28437227--28437263	18	2.1	18	89	0	56	27	24	8	40	1.83
28438656--28438689	12	2.9	12	91	4	52	0	23	0	76	0.79
28439803--28439844	22	1.9	22	90	0	66	33	21	14	30	1.93
28444338--28444697	179	2.0	178	89	2	553	35	8	20	35	1.84
28449848--28449917	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
28449793--28449944	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
28449794--28449949	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
28456039--28456073	18	2.0	18	88	5	54	20	25	40	14	1.90
28464728--28465045	46	6.8	48	81	9	297	26	18	30	24	1.98
28464731--28465046	143	2.3	139	84	10	396	26	18	30	24	1.98
28466030--28466085	28	2.0	28	86	10	78	16	21	44	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28471379--28471508	40	3.3	39	77	8	136	31	20	20	27	1.97
28471553--28471696	40	3.6	40	85	1	182	30	21	20	27	1.98
28472008--28472163	7	22.1	7	70	3	53	23	0	30	46	1.57
28472008--28472163	14	11.1	14	66	6	64	23	0	30	46	1.57
28472052--28472118	28	2.4	28	82	2	80	26	0	26	46	1.53
28472066--28472139	21	3.5	22	71	15	66	21	0	33	44	1.53
28478687--28478829	43	3.4	43	79	9	143	25	16	27	29	1.97
28480086--28480297	46	4.6	45	76	10	171	28	19	28	23	1.98
28482139--28482275	46	3.0	45	86	4	184	26	32	8	33	1.85
28482249--28482537	47	6.1	47	89	3	416	26	29	11	31	1.92
28482279--28482539	145	1.8	141	90	3	378	26	29	11	31	1.92
28485836--28485946	43	2.6	43	77	7	102	28	19	23	27	1.98
28495264--28495438	49	3.5	49	86	3	269	25	17	26	30	1.97
28495259--28495451	100	1.9	100	93	0	332	25	18	25	30	1.98
28497503--28497561	21	2.8	21	94	0	100	30	10	33	25	1.89
28497818--28497856	19	2.1	19	100	0	78	33	0	0	66	0.92
28497817--28497854	9	4.0	10	83	10	53	34	0	0	65	0.93
28503959--28504083	41	3.1	41	80	11	143	28	27	18	26	1.98
28503992--28504138	40	3.7	40	80	8	156	27	27	21	23	1.99
28506615--28506711	50	1.9	50	97	0	185	31	13	20	34	1.91
28520988--28522017	343	3.0	343	96	0	1882	32	13	22	32	1.92
28527433--28527554	43	2.9	42	78	9	149	28	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28527637--28527683	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
28533036--28533168	24	5.5	25	75	12	109	39	19	24	15	1.91
28533888--28533932	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
28537238--28537287	25	2.0	25	100	0	100	20	8	20	52	1.71
28541751--28541943	48	4.0	48	91	0	323	35	6	26	32	1.81
28542076--28542185	37	3.0	37	93	0	193	23	19	31	25	1.98
28543882--28544183	43	7.1	43	94	1	527	13	23	31	31	1.93
28543882--28544183	127	2.4	129	94	1	545	13	23	31	31	1.93
28544340--28544441	29	3.5	29	72	10	91	23	19	27	29	1.98
28544362--28544501	29	4.9	28	72	11	104	23	17	29	30	1.97
28544369--28544523	29	5.4	28	69	9	80	21	16	31	29	1.96
28544337--28544505	58	2.9	58	89	2	252	22	17	30	29	1.97
28547897--28548100	48	4.2	48	89	2	318	36	6	25	31	1.81
28547899--28548092	98	2.0	98	94	0	343	36	6	25	30	1.82
28548233--28548341	37	3.0	37	89	1	175	22	18	32	26	1.97
28555481--28555613	40	3.3	40	95	2	232	24	21	27	27	1.99
28558483--28558512	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
28559048--28559118	28	2.6	26	80	12	65	32	5	4	57	1.41
28559072--28559133	27	2.3	27	83	8	81	29	3	6	61	1.37
28560474--28560518	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
28567723--28567748	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
28567990--28568021	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28568572--28568612	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
28580727--28580821	43	2.2	44	84	1	129	27	21	25	26	1.99
28581345--28581462	41	2.9	42	88	3	186	29	17	22	29	1.97
28583054--28583082	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93
28583051--28583084	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
28583050--28583084	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
28585490--28585517	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
28588068--28588097	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
28595129--28595183	23	2.4	23	87	3	76	38	1	10	49	1.49
28597845--28597919	34	2.2	34	80	4	89	37	18	4	40	1.70
28612422--28612474	26	2.0	26	100	0	106	37	20	22	18	1.94
28616274--28616366	41	2.3	41	92	0	150	20	23	21	34	1.97
28617044--28617073	6	4.8	6	95	4	51	80	0	0	20	0.72
28625273--28625412	53	2.6	55	83	6	171	22	24	19	33	1.97
28625278--28625474	55	3.6	55	80	6	206	21	23	17	37	1.94
28626485--28626614	66	1.9	69	81	10	160	34	16	29	19	1.94
28627899--28627985	44	2.0	44	88	4	131	24	25	13	36	1.92
28630137--28631113	489	2.0	489	99	0	1918	35	19	9	35	1.85
28634687--28634855	55	3.1	54	77	10	193	23	24	13	38	1.91
28635044--28635130	44	2.0	44	84	4	113	24	26	14	34	1.94
28640518--28640628	55	2.0	55	96	0	204	20	4	33	41	1.73
28648344--28648495	40	3.8	40	95	1	261	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28654838--28654862	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
28655108--28655157	20	2.5	20	78	12	57	28	2	22	48	1.62
28659710--28659769	28	2.3	26	84	15	88	20	5	23	51	1.66
28665722--28665760	14	2.8	14	96	0	69	53	12	7	25	1.65
28667963--28668069	44	2.5	42	83	6	126	23	17	26	32	1.97
28667963--28668088	42	2.9	43	77	14	127	23	16	26	33	1.96
28667961--28668119	43	3.7	43	73	10	146	24	17	26	31	1.97
28669627--28669664	12	3.3	12	85	10	53	63	0	7	28	1.23
28676338--28676376	18	2.0	21	85	14	57	35	2	25	35	1.70
28685384--28685577	55	3.6	54	81	2	237	20	22	17	39	1.93
28687455--28687530	5	13.6	5	74	20	62	21	1	1	76	0.94
28687565--28687604	18	2.3	18	95	4	73	22	2	5	70	1.19
28689236--28689490	55	4.8	55	80	8	235	22	25	17	34	1.96
28692825--28692987	47	3.5	47	71	17	158	31	30	18	20	1.96
28692872--28693041	46	3.7	45	70	13	139	32	27	18	21	1.97
28692779--28693043	93	2.8	93	86	1	370	30	29	18	21	1.97
28700444--28700514	29	2.5	29	86	4	92	50	16	11	21	1.76
28704602--28704746	37	3.9	37	79	1	166	37	34	10	17	1.84
28705605--28705674	36	1.9	36	94	0	122	50	4	24	21	1.67
28711132--28711215	29	2.9	29	90	0	132	19	22	33	25	1.97
28711124--28711231	29	3.7	29	82	2	99	22	25	32	20	1.98
28712113--28712233	37	3.3	37	75	13	113	38	29	13	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28713542--28713576	16	2.2	16	89	0	52	51	5	8	34	1.56
28714202--28714299	39	2.5	39	88	0	151	43	22	5	28	1.74
28718089--28718236	46	3.2	46	89	0	224	33	16	25	24	1.96
28718588--28718825	44	5.2	45	73	11	158	30	21	22	26	1.99
28718871--28719283	44	9.0	44	68	14	163	30	20	22	26	1.98
28718587--28719332	142	5.3	143	85	3	956	31	20	21	26	1.98
28718587--28719332	285	2.6	283	85	2	984	31	20	21	26	1.98
28720153--28720208	27	2.0	28	82	3	69	16	1	7	75	1.11
28722846--28722915	10	6.6	10	72	15	52	32	7	1	58	1.34
28722841--28722906	20	3.2	19	77	14	60	36	9	0	54	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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