genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68554372--68554544	81	2.2	80	77	5	179	41	21	7	29	1.81
68554372--68554546	54	3.3	53	77	7	158	40	21	8	29	1.82
68554523--68554960	27	16.2	27	85	1	495	30	20	7	42	1.78
68554469--68554960	81	6.1	81	81	4	490	31	20	7	41	1.79
68554523--68554960	108	4.1	108	89	1	590	30	20	7	42	1.78
68555468--68555549	6	13.3	6	73	19	71	18	18	15	47	1.83
68555468--68555540	31	2.4	31	92	0	119	17	19	15	47	1.82
68557063--68557190	49	2.6	49	87	4	170	22	29	20	27	1.98
68557013--68557190	98	1.8	97	84	3	241	23	29	20	26	1.99
68559749--68559775	13	2.1	13	100	0	54	40	0	14	44	1.46
68575378--68575534	39	4.0	39	94	0	269	24	30	23	21	1.99
68581065--68581260	39	5.0	39	92	0	329	25	29	23	21	1.99
68583052--68583089	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
68585321--68585503	40	4.6	40	82	8	212	25	22	26	25	2.00
68592567--68592750	40	4.6	40	82	5	210	25	23	25	25	2.00
68605699--68605794	44	2.2	42	80	10	97	28	19	21	30	1.98
68608114--68608219	31	3.4	31	94	0	176	30	26	16	27	1.96
68609291--68609355	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
68609399--68609456	27	2.1	27	83	0	71	36	13	17	32	1.89
68609409--68609542	27	5.0	27	83	1	135	31	9	19	39	1.84
68609407--68609566	54	3.0	54	79	0	158	31	9	20	39	1.84
68609415--68609599	81	2.3	81	83	3	221	29	9	20	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68609406--68609599	27	7.2	27	78	4	131	30	10	19	39	1.85
68609598--68609768	54	3.2	53	86	6	236	40	5	22	30	1.76
68609602--68609768	27	6.2	27	85	0	199	40	4	23	31	1.75
68609615--68609787	54	3.2	54	83	6	208	39	5	21	34	1.76
68639825--68639864	20	2.0	20	90	0	62	30	15	20	35	1.93
68641918--68642005	27	3.3	27	80	3	88	39	19	22	18	1.92
68642110--68642171	26	2.3	27	91	2	99	29	6	24	40	1.80
68643877--68643905	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
68645877--68645944	28	2.5	28	85	7	86	39	20	22	17	1.92
68650036--68650060	8	3.1	8	100	0	50	40	12	24	24	1.88
68650063--68650107	19	2.3	20	81	7	58	40	11	17	31	1.85
68661965--68662035	27	2.6	26	82	8	88	30	18	22	28	1.97
68662030--68662207	27	6.6	27	82	1	162	41	23	7	28	1.81
68662011--68662125	54	2.1	54	82	3	133	40	22	10	26	1.86
68662165--68662278	27	4.2	27	82	8	81	35	23	7	34	1.82
68662176--68662359	81	2.3	81	84	0	233	29	22	8	38	1.84
68662203--68662362	81	2.0	81	89	0	248	28	21	8	41	1.83
68662203--68662362	27	5.9	27	89	1	214	28	21	8	41	1.83
68665206--68665443	47	5.1	47	87	3	309	34	10	28	26	1.89
68665325--68665400	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
68665206--68665443	94	2.5	94	87	1	343	34	10	28	26	1.89
68665417--68665553	46	3.0	46	89	2	195	35	8	31	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68667057--68667321	40	6.6	40	92	0	413	25	21	27	25	2.00
68667496--68667548	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
68671266--68671597	47	7.1	47	90	0	477	34	11	28	25	1.91
68671339--68671507	22	7.3	21	63	27	58	33	14	27	24	1.94
68671479--68671554	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
68671577--68671707	46	2.8	46	89	0	199	35	9	31	24	1.87
68673267--68673354	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
68673267--68673345	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
68682732--68682906	46	3.8	46	76	13	178	21	21	28	28	1.99
68682727--68682898	93	1.8	93	89	0	272	21	22	29	26	1.99
68685384--68685428	23	2.0	23	82	8	56	46	24	4	24	1.71
68690856--68690883	9	3.1	9	100	0	56	42	0	35	21	1.53
68695154--68695281	46	2.8	46	91	0	202	21	20	28	30	1.98
68698111--68698160	24	2.2	23	82	13	59	34	8	32	26	1.85
68703101--68703231	6	21.3	6	68	16	72	48	14	18	19	1.82
68703122--68703231	31	3.5	31	81	7	118	47	14	19	19	1.83
68703110--68703231	37	3.5	35	78	13	126	48	13	18	18	1.81
68703741--68704203	27	17.2	27	89	0	577	41	7	20	30	1.80
68704180--68704349	54	3.2	53	78	7	173	29	8	21	40	1.82
68704181--68704355	81	2.2	80	79	3	199	30	8	22	39	1.83
68704195--68704349	27	5.8	27	80	8	147	29	9	22	39	1.85
68712078--68712117	19	2.2	18	90	4	62	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68712083--68712136	19	2.9	18	82	15	56	33	0	3	62	1.12
68714235--68714307	34	2.1	34	85	5	94	30	23	20	26	1.99
68714917--68714943	6	4.5	6	100	0	54	66	18	14	0	1.25
68724815--68724882	23	2.8	24	82	6	75	35	16	23	25	1.95
68724826--68724919	24	3.9	24	79	6	84	35	15	22	26	1.94
68727966--68728096	47	2.8	47	84	2	165	33	27	16	22	1.95
68730917--68730990	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
68739062--68739135	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
68742321--68742425	44	2.4	43	81	9	106	35	26	14	23	1.93
68745708--68745819	43	2.6	43	84	4	138	21	16	33	28	1.95
68761272--68761534	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
68761311--68761569	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
68769207--68769469	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
68769246--68769504	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
68776603--68776883	50	5.6	50	74	6	210	32	23	16	27	1.96
68779727--68779770	20	2.2	20	87	0	61	43	18	2	36	1.63
68779941--68780000	26	2.4	26	86	5	88	33	16	26	23	1.96
68796380--68796542	40	4.1	40	91	1	256	22	21	28	26	1.99
68804463--68804623	80	2.0	80	89	2	243	24	23	25	26	2.00
68804461--68804602	40	3.5	40	91	0	230	23	23	26	26	2.00
68815593--68815617	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
68839179--68839222	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68840244--68840351	57	2.0	56	82	10	134	4	32	0	62	1.22
68844521--68844563	22	2.0	22	90	0	68	74	2	2	20	1.04
68844881--68844945	14	4.6	14	75	9	53	63	0	3	33	1.10
68846627--68847177	206	2.7	206	89	1	809	29	22	16	31	1.96
68858927--68858988	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
68859012--68859052	21	2.0	21	90	0	64	73	2	2	21	1.07
68859368--68859432	14	4.6	14	75	9	53	63	0	3	33	1.10
68872555--68872684	3	43.7	3	70	10	79	57	3	6	32	1.41
68872541--68872588	21	2.5	20	83	12	64	64	4	4	27	1.30
68872725--68872785	24	2.6	23	73	17	61	62	3	9	24	1.41
68873085--68873134	3	16.7	3	83	8	66	60	0	6	34	1.21
68873102--68873161	20	2.9	20	77	5	57	53	1	13	31	1.50
68873361--68873498	3	45.7	3	68	11	52	58	3	7	30	1.42
68873719--68873757	21	1.9	21	94	5	71	69	12	7	10	1.37
68875160--68875649	44	11.3	44	68	12	253	19	25	21	33	1.97
68875198--68875853	43	15.1	43	65	11	250	20	24	21	33	1.97
68874976--68875853	87	10.1	87	83	3	1052	20	24	21	33	1.97
68878809--68878961	44	3.5	44	70	17	147	18	23	24	33	1.97
68878804--68879008	87	2.4	88	89	2	333	18	21	24	35	1.96
68878853--68879010	43	3.7	43	71	20	139	18	20	25	34	1.96
68879081--68879204	64	1.9	64	95	0	221	37	12	17	33	1.87
68883794--68883834	5	8.4	5	82	15	50	46	14	19	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68883785--68883834	24	2.1	24	85	7	66	48	14	18	20	1.82
68885983--68886072	15	6.4	14	76	13	53	64	5	4	25	1.34
68885997--68886079	3	27.7	3	79	4	87	65	4	3	26	1.30
68885997--68886079	21	4.0	21	82	6	105	65	4	3	26	1.30
68885983--68886069	42	2.2	40	91	6	140	64	5	4	25	1.35
68885997--68886080	15	5.8	15	81	8	111	64	5	3	26	1.33
68886990--68887031	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
68887483--68887510	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
68892875--68893003	28	4.5	28	76	12	127	24	20	29	25	1.99
68892891--68893014	59	2.1	60	84	3	160	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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