genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20761819--20763737	641	3.0	640	95	0	3415	32	20	11	35	1.88
20763181--20763241	30	2.0	30	83	0	77	27	22	9	39	1.86
20765696--20765731	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
20766422--20766448	13	2.1	13	100	0	54	7	14	7	70	1.32
20772551--20772735	79	2.3	81	81	7	209	25	22	27	24	2.00
20772551--20772735	40	4.7	40	81	6	207	25	22	27	24	2.00
20772604--20772768	79	2.1	79	82	6	192	27	20	27	24	1.99
20779005--20779031	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
20779092--20779209	45	2.6	45	82	2	139	48	16	15	20	1.81
20779187--20779360	45	3.9	45	80	1	161	39	17	18	23	1.92
20784067--20784136	13	5.6	13	81	10	74	41	41	1	15	1.56
20784295--20784355	9	6.7	9	86	3	86	45	31	0	22	1.53
20784295--20784355	18	3.3	18	88	4	95	45	31	0	22	1.53
20784288--20784355	28	2.5	28	87	2	102	45	30	0	23	1.53
20787060--20787159	40	2.6	38	76	6	110	37	34	14	15	1.87
20787537--20787570	17	2.0	17	88	11	52	17	44	26	11	1.83
20794649--20794783	51	2.7	50	83	3	191	29	25	17	26	1.98
20797554--20797586	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
20800454--20800703	68	3.8	64	77	12	233	29	16	29	24	1.97
20803868--20804002	51	2.7	50	79	3	164	28	23	19	28	1.98
20807169--20807232	31	2.1	30	88	2	92	25	21	14	39	1.91
20807447--20807552	47	2.3	47	91	3	169	33	19	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20807440--20807551	24	4.7	24	86	4	156	32	21	16	29	1.96
20807644--20807762	24	5.0	24	85	5	161	29	22	19	28	1.98
20807334--20807761	218	2.0	218	97	0	811	30	28	15	25	1.96
20807669--20807761	47	2.0	47	93	4	161	31	22	19	26	1.98
20807812--20807878	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
20807812--20807867	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
20815424--20815487	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
20815680--20815796	23	5.0	24	84	9	152	30	21	19	28	1.98
20815845--20815911	20	3.3	20	93	0	116	34	19	11	34	1.88
20815845--20815900	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
20815948--20815995	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
20820861--20820892	9	3.6	9	95	0	55	31	9	12	46	1.73
20822423--20822466	20	2.2	20	87	0	61	18	20	40	20	1.91
20823016--20823085	34	2.1	34	94	0	122	30	24	24	21	1.99
20824340--20824399	27	2.2	27	85	5	77	38	25	10	26	1.87
20824366--20824455	27	3.3	27	71	0	81	37	23	7	31	1.83
20824442--20824792	27	13.0	27	87	1	445	36	19	20	23	1.95
20825064--20825123	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
20825022--20825236	98	2.2	98	94	0	376	20	26	20	32	1.97
20825162--20825221	27	2.3	26	82	2	66	21	25	18	35	1.96
20825340--20825576	6	38.3	6	68	18	121	20	17	13	48	1.81
20825362--20825444	37	2.2	37	82	0	103	20	16	15	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20825341--20825544	62	3.3	62	90	2	311	20	18	13	47	1.82
20825340--20825550	25	8.7	25	74	12	117	20	18	13	47	1.82
20827423--20827598	46	3.8	46	75	10	169	19	20	28	30	1.97
20827419--20827591	93	1.9	93	88	0	265	20	20	29	29	1.98
20841852--20841881	15	2.1	15	93	6	53	36	6	6	50	1.55
20878858--20878964	40	2.7	40	82	5	110	26	27	19	27	1.99
20878901--20879084	40	4.6	40	83	7	169	27	27	21	23	1.99
20878904--20879084	80	2.3	80	82	9	201	26	27	22	23	1.99
20886683--20886789	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
20886689--20886909	80	2.8	80	79	7	193	27	27	20	25	1.99
20886729--20886909	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
20886726--20886909	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
20889264--20889390	49	2.6	49	82	2	157	30	20	25	22	1.98
20893634--20894358	48	15.2	48	95	0	1231	36	5	26	31	1.80
20898228--20898280	25	2.1	25	92	0	88	30	3	22	43	1.71
20899600--20899647	23	2.1	23	100	0	96	35	12	27	25	1.92
20909436--20909492	27	2.2	26	80	3	60	33	22	24	19	1.97
20918221--20918298	39	2.0	39	97	0	147	28	21	21	28	1.99
20922132--20922171	21	1.9	21	89	0	62	20	25	40	15	1.90
20923884--20923973	27	3.3	27	78	3	92	40	15	8	35	1.79
20923930--20923982	27	2.0	27	85	7	72	37	18	11	32	1.87
20923979--20924162	27	6.8	27	85	0	215	28	22	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20923987--20924162	81	2.2	81	87	2	246	28	20	8	42	1.81
20924087--20924363	27	10.2	27	75	8	89	37	19	8	35	1.82
20923979--20924163	54	3.4	54	85	0	244	28	22	8	41	1.83
20924076--20924244	54	3.1	54	78	1	142	33	19	8	38	1.83
20924006--20924189	81	2.3	81	80	1	190	29	20	8	40	1.82
20924141--20924279	54	2.6	54	84	5	183	38	21	7	32	1.82
20924204--20924305	53	1.9	54	82	6	127	40	19	7	32	1.80
20924154--20924370	27	8.0	27	79	7	152	39	18	9	32	1.83
20924423--20924514	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
20925268--20925361	42	2.2	44	90	3	147	29	13	21	35	1.92
20925385--20925491	31	3.6	30	82	7	121	28	18	26	26	1.98
20925385--20925458	31	2.4	31	90	2	123	28	17	27	27	1.98
20926611--20926922	47	6.6	48	74	9	223	25	29	17	28	1.97
20926614--20926922	140	2.2	142	81	7	353	25	29	17	28	1.97
20926759--20926939	94	1.9	94	96	0	335	24	28	17	29	1.97
20928693--20928851	39	4.1	39	94	0	264	27	20	23	28	1.99
20933908--20934178	92	3.0	92	81	3	271	38	13	24	23	1.91
20933954--20934178	46	4.9	46	90	1	308	39	12	24	23	1.90
20933954--20934023	21	3.1	21	63	21	52	38	10	25	25	1.87
20934757--20934819	26	2.5	24	76	5	63	55	1	19	23	1.51
20936572--20936641	30	2.3	31	80	2	79	45	4	20	30	1.70
20942391--20942584	43	4.5	44	78	5	182	28	12	24	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20942392--20942549	86	1.8	86	82	2	201	25	12	25	36	1.90
20954509--20954680	46	3.7	46	79	6	186	21	29	19	30	1.97
20954418--20954680	47	5.6	45	75	10	176	22	29	18	29	1.97
20954418--20954679	140	1.9	140	83	4	341	22	29	18	29	1.97
20956446--20956853	205	2.0	204	84	3	525	26	16	22	34	1.95
20957254--20957303	25	2.0	25	84	0	64	18	20	20	42	1.90
20963378--20963533	43	3.6	44	86	3	201	28	14	24	33	1.94
20965323--20965373	24	2.1	24	100	0	102	25	27	23	23	2.00
20965352--20965464	49	2.3	49	83	6	140	27	17	28	26	1.98
20966363--20966390	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
20969174--20969460	141	2.0	141	95	0	520	27	15	26	31	1.96
20974185--20974309	39	3.2	39	84	0	169	24	24	18	32	1.97
20976306--20976403	40	2.3	41	82	8	117	28	16	26	28	1.97
20979097--20979396	51	5.9	51	89	0	458	30	25	13	31	1.93
20979420--20979522	28	3.7	28	90	2	154	26	26	12	34	1.92
20984087--20984113	12	2.2	12	100	0	54	40	11	7	40	1.69
20989678--20989707	15	2.0	15	93	0	51	36	0	20	43	1.52
21001165--21001203	16	2.4	16	86	0	60	48	23	20	7	1.75
21005327--21005352	12	2.2	12	100	0	52	26	7	42	23	1.81
21007358--21007469	29	3.9	29	84	3	129	26	15	32	25	1.95
21009891--21009968	41	1.9	41	84	5	104	21	17	29	30	1.97
21024708--21024947	49	4.8	49	80	5	259	25	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21024711--21024953	100	2.4	98	82	3	290	25	18	25	30	1.98
21032428--21032603	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
21032424--21032595	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
21036017--21036146	28	4.6	28	92	0	215	25	14	28	31	1.95
21041226--21041386	40	4.0	40	85	3	225	19	19	31	29	1.97
21041226--21041376	80	1.9	80	91	2	250	21	19	29	29	1.97
21041375--21041517	43	3.3	43	83	0	160	13	20	30	34	1.92
21041636--21041690	25	2.2	25	87	6	76	29	12	32	25	1.93
21041674--21041768	28	3.4	28	73	5	102	22	18	28	30	1.97
21041674--21041799	56	2.2	56	94	0	216	21	19	30	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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