genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39209293--39209507	71	3.1	71	64	22	175	37	7	6	48	1.56
39209185--39209604	136	3.1	136	88	3	626	40	7	5	46	1.56
39212396--39212421	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
39230237--39230268	12	2.7	12	95	0	55	31	43	18	6	1.75
39236198--39236240	20	2.1	21	87	12	63	34	2	20	41	1.65
39240196--39240238	23	1.9	22	86	13	61	16	2	27	53	1.55
39242461--39242518	19	3.2	19	78	9	59	53	0	1	44	1.10
39242482--39242532	26	2.0	26	84	7	68	52	1	1	43	1.23
39242726--39242801	32	2.4	32	86	8	102	34	7	22	35	1.83
39249526--39249693	90	1.9	91	84	3	232	30	10	20	38	1.85
39263144--39263343	51	3.9	51	88	3	287	31	25	12	31	1.93
39265704--39265970	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
39267388--39267534	24	6.0	24	76	10	136	27	18	13	40	1.88
39267397--39267539	76	1.9	76	91	0	232	28	19	11	39	1.87
39269112--39269142	11	2.8	11	95	0	53	25	3	25	45	1.69
39274215--39274261	24	2.0	24	100	0	94	29	6	17	46	1.72
39293439--39293694	40	6.5	40	89	4	360	25	28	21	24	1.99
39293439--39293694	79	3.2	80	90	4	369	25	28	21	24	1.99
39293472--39293698	119	1.9	119	90	3	368	26	28	21	23	1.99
39295218--39295264	25	2.0	22	88	12	67	38	23	12	25	1.90
39301632--39301858	40	5.7	40	91	3	350	26	26	22	25	2.00
39316877--39316933	25	2.3	25	100	0	114	21	24	3	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39317846--39317909	26	2.4	27	82	10	87	37	25	9	28	1.87
39318013--39318120	27	4.0	28	86	2	132	22	23	19	35	1.96
39318015--39318120	55	1.9	54	84	5	142	22	22	19	34	1.96
39321977--39322076	27	3.7	26	80	12	105	23	25	20	32	1.98
39335745--39335835	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
39335944--39336005	28	2.2	28	91	0	97	32	8	27	32	1.86
39336849--39336927	39	2.0	39	100	0	158	26	12	27	32	1.93
39343587--39343677	28	3.2	28	87	4	130	31	21	24	21	1.98
39343783--39343847	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
39369852--39369989	40	3.5	40	97	0	258	24	23	26	26	2.00
39369852--39370016	80	2.1	80	88	2	242	24	23	25	26	2.00
39380496--39380873	50	7.5	50	77	5	323	26	17	25	31	1.97
39380496--39380835	101	3.4	101	85	0	410	25	17	25	31	1.97
39381083--39381114	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
39381443--39381768	180	1.8	180	87	2	485	40	8	18	32	1.81
39384582--39384625	15	2.9	15	87	9	63	13	22	13	50	1.77
39384582--39384640	30	2.0	30	82	0	73	13	22	13	50	1.76
39387202--39387238	19	1.9	19	88	0	56	27	0	21	51	1.48
39387599--39388028	151	2.8	150	84	3	522	26	17	24	31	1.97
39387597--39388036	50	8.7	50	75	5	278	26	18	24	30	1.98
39388099--39388130	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
39391764--39391841	34	2.3	34	78	10	97	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39400106--39400140	16	2.1	17	94	5	63	5	22	14	57	1.59
39403135--39403234	6	16.3	6	74	15	89	49	17	17	17	1.81
39403135--39403234	31	3.3	31	81	6	116	49	17	17	17	1.81
39403628--39404094	27	17.3	27	79	6	414	24	19	18	37	1.94
39403646--39404093	54	8.3	54	86	2	567	24	19	18	37	1.94
39404051--39404181	27	4.9	26	81	5	109	29	12	21	37	1.89
39403644--39404095	81	5.6	81	86	2	620	24	19	18	37	1.94
39404105--39404230	54	2.3	54	79	2	137	29	7	24	38	1.82
39404078--39404256	27	6.6	27	77	7	116	30	8	22	37	1.85
39404078--39404256	81	2.2	81	81	5	193	30	8	22	37	1.85
39406765--39406793	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
39406833--39406908	39	1.9	39	100	0	152	43	7	18	30	1.78
39407959--39408088	43	3.0	43	83	6	174	23	21	25	29	1.99
39411094--39411231	39	3.5	39	92	0	213	45	21	4	28	1.70
39414973--39415028	16	3.7	15	76	9	51	30	21	7	41	1.80
39417305--39417344	19	2.1	19	90	0	62	40	12	12	35	1.81
39421373--39421650	48	5.8	48	86	1	360	27	15	29	28	1.96
39422708--39422765	27	2.1	27	93	0	98	17	22	5	55	1.62
39428248--39428418	23	7.4	23	75	12	136	33	20	20	25	1.97
39428261--39428418	68	2.3	68	82	6	185	34	19	20	24	1.96
39432774--39432855	22	3.7	22	79	14	96	35	19	21	23	1.96
39432793--39432896	45	2.3	45	85	5	129	34	21	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39452792--39452963	93	1.8	93	91	2	283	30	28	20	20	1.98
39452785--39452960	46	3.8	45	76	12	162	31	28	19	20	1.97
39452829--39452979	46	3.2	46	72	14	141	31	27	17	23	1.97
39454332--39454465	52	2.6	52	86	6	193	26	30	15	26	1.96
39460425--39460495	21	3.3	21	65	18	56	50	16	4	28	1.64
39460404--39460507	43	2.5	43	93	3	185	50	18	6	25	1.71
39466447--39466484	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
39466530--39466598	25	2.8	25	86	0	102	24	20	26	28	1.99
39474313--39474350	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
39474396--39474464	25	2.8	25	95	0	120	24	23	24	27	2.00
39483505--39483661	43	3.7	43	75	8	151	28	26	19	26	1.99
39484605--39484699	25	3.8	25	83	5	120	26	22	24	27	2.00
39484605--39484699	50	1.9	50	88	0	145	26	22	24	27	2.00
39484901--39485091	27	7.0	27	85	0	247	26	20	17	35	1.95
39485094--39485286	54	3.6	53	81	6	203	29	9	20	40	1.84
39485094--39485285	81	2.4	81	83	4	228	29	9	20	40	1.85
39485079--39485286	27	7.8	27	80	5	174	28	10	21	39	1.85
39485296--39485662	27	13.6	27	88	1	502	39	8	22	28	1.84
39488682--39488941	40	6.5	40	88	4	341	26	28	23	22	1.99
39496939--39497012	24	3.1	24	79	13	82	25	5	0	68	1.10
39496940--39497042	48	2.1	48	80	7	111	28	6	1	63	1.31
39506563--39506718	42	3.7	42	77	5	145	32	23	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39511225--39511286	26	2.3	27	78	10	74	37	24	8	30	1.84
39511400--39511470	27	2.6	27	86	2	88	25	28	12	33	1.92
39525308--39525532	40	5.6	40	81	5	240	26	24	26	23	2.00
39525308--39525568	80	3.3	80	82	3	294	26	24	25	23	2.00
39525308--39525568	120	2.2	120	82	7	318	26	24	25	23	2.00
39539644--39539682	10	3.9	10	83	9	53	82	0	17	0	0.68
39540940--39541157	40	5.5	40	90	2	298	21	23	29	25	1.99
39547727--39547765	10	3.9	10	83	9	53	82	0	17	0	0.68
39549022--39549238	40	5.5	40	90	3	298	21	23	29	24	1.99
39549022--39549238	79	2.7	80	87	4	298	21	23	29	24	1.99
39553126--39553238	23	4.9	23	72	15	72	37	15	17	30	1.91
39555770--39555907	41	3.2	43	78	12	133	29	25	18	26	1.98
39563064--39563158	39	2.5	39	81	5	104	26	30	23	20	1.98
39563097--39563248	78	1.9	78	81	5	182	27	29	20	22	1.98
39563141--39563256	39	3.0	39	92	0	178	28	28	19	23	1.98
39569405--39569460	29	1.9	29	88	0	85	17	5	3	73	1.17
39571069--39571136	26	2.6	27	75	11	70	20	4	7	67	1.33
39575337--39575370	17	1.9	18	88	5	52	47	0	2	50	1.16
39575442--39575521	39	2.1	39	100	0	160	37	10	2	50	1.50
39587123--39587192	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
39590537--39590593	30	1.9	30	88	0	87	42	7	24	26	1.80
39602049--39602091	21	2.0	21	100	0	86	41	11	4	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39607437--39607572	50	2.7	50	86	7	179	24	16	28	30	1.96
39612786--39612890	46	2.2	49	86	6	144	36	14	23	25	1.93
39619222--39619319	42	2.3	42	86	8	137	30	11	22	35	1.89
39620562--39620615	27	2.0	27	96	0	99	37	12	16	33	1.87
39623649--39623751	37	2.8	37	93	0	170	26	32	18	23	1.97
39623898--39624418	48	10.9	48	94	1	886	31	26	6	36	1.81
39623898--39624418	190	2.7	191	94	1	929	31	26	6	36	1.81
39624279--39624376	47	2.4	39	78	20	101	32	25	6	35	1.81
39629915--39629967	27	2.0	27	84	0	70	39	7	13	39	1.73
39630215--39630446	50	4.7	50	80	3	272	25	18	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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