genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26668125--26668309	101	1.8	101	85	0	262	30	25	17	25	1.97
26672887--26672942	28	2.0	28	100	0	112	39	21	3	35	1.71
26675778--26675907	40	3.3	39	88	3	179	25	21	27	25	1.99
26681190--26681240	18	2.9	17	82	8	57	62	0	1	35	1.06
26682008--26682042	15	2.3	15	100	0	70	34	0	0	65	0.93
26685434--26685467	17	2.1	16	89	10	52	70	0	5	23	1.09
26686213--26686261	25	2.0	25	87	0	71	40	0	14	44	1.45
26687634--26687693	24	2.5	24	91	0	93	21	16	21	40	1.92
26688749--26688785	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
26695259--26695553	43	6.9	44	86	5	345	29	27	16	27	1.97
26695272--26695553	86	3.3	86	88	1	386	29	26	17	27	1.97
26696849--26696877	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
26703072--26703127	26	2.1	28	86	6	80	57	3	5	33	1.39
26703134--26703218	17	4.6	18	79	16	84	61	0	3	35	1.13
26703122--26703218	29	3.4	28	80	9	106	59	0	5	35	1.19
26703150--26703202	7	7.7	7	73	26	51	58	0	1	39	1.09
26703150--26703191	12	3.4	12	84	15	59	57	0	2	40	1.12
26703122--26703202	41	2.0	41	83	9	103	58	0	4	37	1.20
26703133--26703203	19	3.7	20	77	17	78	60	0	2	36	1.11
26703120--26703203	10	8.3	11	71	18	67	59	0	4	35	1.19
26704780--26705405	44	14.2	44	90	0	766	29	26	13	30	1.94
26706236--26706340	53	2.0	53	81	3	122	19	26	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26717404--26717488	17	4.6	18	81	16	93	61	0	2	36	1.09
26717392--26717488	29	3.4	28	80	9	106	59	0	4	36	1.16
26717420--26717488	12	5.9	12	79	19	67	60	0	1	37	1.06
26729898--26730070	47	3.7	47	74	13	185	28	27	19	23	1.98
26729851--26730066	93	2.3	93	90	0	324	28	27	20	23	1.99
26729844--26730019	46	3.8	46	74	10	160	27	27	21	22	1.99
26736299--26736465	47	3.6	47	72	13	164	29	25	18	26	1.98
26736253--26736462	93	2.3	93	88	0	312	31	25	19	24	1.98
26742205--26742292	43	2.0	43	100	0	176	37	13	17	31	1.88
26742351--26742395	11	4.2	10	81	13	54	82	2	11	4	0.91
26742352--26742393	22	2.0	21	90	4	66	85	2	7	4	0.80
26746700--26746785	43	2.0	43	95	0	154	52	2	22	23	1.59
26751181--26751277	49	2.0	49	91	0	158	45	7	22	24	1.78
26762211--26762268	30	1.9	30	85	0	80	41	5	22	31	1.76
26762979--26763154	67	2.6	66	81	7	178	31	15	28	23	1.96
26763003--26763187	67	2.9	63	79	8	194	29	16	29	24	1.96
26799081--26799194	39	2.9	39	94	0	192	27	29	21	21	1.98
26802298--26802340	20	2.1	20	82	4	50	25	25	27	20	1.99
26809007--26809148	50	2.8	51	80	2	160	25	16	26	31	1.97
26812198--26812245	15	3.1	16	75	22	57	8	14	16	60	1.57
26814350--26814537	99	1.9	101	83	2	245	23	18	26	31	1.97
26826454--26826503	13	3.9	12	77	12	55	36	28	8	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26829632--26829818	50	3.8	49	82	7	207	25	19	28	27	1.99
26831273--26831305	13	2.5	13	100	0	66	18	33	42	6	1.75
26836566--26836705	72	1.9	72	95	0	253	32	17	20	30	1.95
26848825--26848873	19	2.6	19	81	12	64	16	36	30	16	1.91
26860997--26861086	46	2.0	46	84	6	121	17	28	7	45	1.76
26867015--26867210	67	3.0	67	76	12	208	22	28	18	30	1.97
26877831--26878076	49	4.9	50	83	2	289	25	18	26	28	1.98
26877834--26878076	100	2.4	98	82	2	297	25	18	26	29	1.98
26882586--26882769	101	1.8	99	86	4	262	26	17	26	30	1.97
26882586--26882769	50	3.7	49	81	4	192	26	17	26	30	1.97
26883855--26883906	26	2.0	26	100	0	104	23	7	23	46	1.78
26884720--26884760	22	1.9	21	85	5	55	17	29	39	14	1.89
26888798--26888929	47	2.7	50	87	10	193	25	30	17	27	1.97
26888899--26889015	46	2.6	45	82	8	139	24	28	18	28	1.98
26890668--26890785	46	2.6	46	85	6	152	30	21	24	23	1.99
26898519--26898601	41	2.0	41	92	0	139	37	18	20	24	1.94
26907221--26907376	43	3.7	42	74	9	102	24	16	28	31	1.96
26914070--26914094	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
26915206--26915372	43	3.9	43	83	5	214	23	17	28	30	1.97
26915206--26915372	85	2.0	85	89	7	259	23	17	28	30	1.97
26923397--26923449	15	3.5	15	76	5	54	11	15	13	60	1.59
26946534--26946711	46	3.8	46	77	5	189	29	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26946542--26946713	93	1.8	93	88	2	265	29	29	19	22	1.98
26946585--26946728	46	3.1	44	70	21	107	30	28	18	22	1.97
26948096--26948212	42	2.8	42	81	6	130	28	15	25	30	1.96
26949062--26949111	26	1.9	26	84	8	66	8	20	40	32	1.81
26953079--26953346	47	5.7	46	76	8	213	27	18	29	24	1.98
26953084--26953341	140	1.8	140	80	4	315	27	17	29	25	1.98
26958853--26958890	18	2.1	18	90	0	58	76	0	15	7	1.01
26961278--26961315	7	5.4	7	87	0	58	73	2	23	0	0.95
26968708--26968883	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
26968705--26968876	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
26984723--26984759	17	2.2	17	90	4	58	32	16	2	48	1.60
26990757--26990900	46	3.1	44	69	21	107	29	27	20	22	1.99
26993252--26993332	15	5.6	15	81	11	98	59	12	17	11	1.61
26993252--26993334	44	1.9	42	87	4	121	57	14	16	10	1.64
26993249--26993341	15	6.4	15	78	10	88	58	13	17	10	1.63
26998183--26998223	20	2.1	20	95	4	75	63	12	9	14	1.52
27003681--27003730	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
27009650--27009705	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
27013348--27013528	40	4.6	40	88	2	249	24	22	25	27	2.00
27016101--27016130	15	2.0	15	93	0	51	60	13	10	16	1.59
27016895--27016921	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
27021323--27021436	27	4.2	27	87	6	160	19	23	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27021323--27021454	27	4.9	26	86	9	133	20	24	21	34	1.97
27023781--27023954	39	4.5	39	90	1	269	22	21	27	29	1.99
27023777--27023979	78	2.6	78	88	0	235	22	20	26	30	1.98
27031564--27031777	39	5.5	39	92	1	340	21	20	26	32	1.97
27031564--27031777	77	2.8	77	91	0	338	21	20	26	32	1.97
27031564--27031777	116	1.8	117	90	1	349	21	20	26	32	1.97
27031564--27031806	116	2.1	117	85	2	337	21	19	26	32	1.97
27040046--27040132	27	3.2	27	82	9	115	17	24	25	33	1.96
27046845--27046971	46	2.8	44	80	8	141	21	29	20	28	1.98
27048876--27048917	3	14.0	3	94	0	75	0	30	0	69	0.89
27053907--27054034	46	2.8	46	92	0	211	28	29	21	19	1.98
27063296--27063336	20	2.2	18	86	8	55	58	0	2	39	1.11
27065355--27065379	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27065881--27066201	87	3.7	86	70	15	250	27	19	18	33	1.96
27078434--27078474	20	2.2	20	86	8	59	58	0	2	39	1.11
27082879--27083255	131	2.9	130	82	3	409	36	18	18	25	1.94
27086707--27086736	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
27088514--27088571	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
27092539--27092587	23	2.1	23	96	0	89	38	8	6	46	1.58
27101419--27101579	41	3.9	41	79	7	157	34	21	21	23	1.97
27101749--27101797	7	7.0	7	78	0	53	26	0	28	44	1.54
27101744--27101797	14	3.9	14	80	0	63	27	0	25	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27101833--27101940	7	15.1	7	70	9	67	22	0	40	37	1.54
27105252--27105324	36	2.0	36	97	0	137	43	19	12	24	1.85
27106423--27106456	16	2.2	16	89	5	52	52	8	11	26	1.67
27107693--27107745	22	2.4	22	87	6	72	28	5	22	43	1.76
27107820--27107845	7	3.7	7	100	0	52	30	11	15	42	1.82
27108673--27108710	20	1.9	20	88	0	58	42	21	21	15	1.89
27115455--27115484	16	1.9	16	93	6	53	30	6	10	53	1.60
27119515--27119540	7	3.7	7	100	0	52	30	11	0	57	1.34
27124780--27124889	47	2.4	47	87	4	152	25	19	23	31	1.98
27126936--27127280	49	6.9	50	81	2	417	26	17	26	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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