genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49009168--49009283	40	2.9	41	90	2	198	23	21	28	26	1.99
49011001--49011029	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
49012723--49012888	79	2.1	79	94	0	287	49	13	16	20	1.79
49012715--49012870	6	25.8	6	74	15	126	50	12	16	20	1.77
49013397--49013479	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
49013679--49013873	27	7.2	27	82	2	212	26	18	18	35	1.94
49013680--49013873	81	2.4	81	85	1	255	26	19	18	36	1.94
49013883--49014635	27	27.9	27	86	5	929	39	9	23	27	1.85
49016655--49016841	30	6.4	30	79	11	208	50	12	17	20	1.77
49016661--49016841	85	2.1	85	92	0	299	50	12	17	19	1.78
49016655--49016816	6	26.8	6	75	15	138	50	12	16	20	1.78
49017197--49017255	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
49017343--49017419	27	2.9	26	86	5	100	36	20	22	20	1.95
49017626--49017784	27	5.9	27	80	4	142	25	18	18	37	1.94
49017640--49017792	81	1.9	81	84	2	209	26	16	19	37	1.92
49017656--49017792	54	2.5	54	82	2	168	26	16	18	38	1.92
49017656--49017792	27	5.1	27	83	1	150	26	16	18	38	1.92
49017797--49018626	27	30.9	27	85	5	978	40	10	22	27	1.86
49020639--49020807	6	27.8	6	77	15	170	48	13	17	20	1.81
49020925--49020998	27	2.8	27	76	17	75	35	21	24	18	1.96
49021163--49021221	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
49021309--49021391	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49021590--49021784	27	7.3	27	85	1	230	25	19	18	35	1.95
49021794--49022188	52	7.5	52	88	7	531	40	9	23	26	1.86
49021789--49022188	27	15.2	27	83	9	506	40	10	22	26	1.86
49021777--49022178	79	5.1	77	80	12	385	40	10	22	26	1.86
49027261--49027382	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
49027127--49027382	95	2.7	92	77	8	221	34	18	24	23	1.96
49027361--49027524	55	3.0	53	83	5	195	34	15	26	22	1.95
49027369--49027556	55	3.5	54	80	3	191	34	18	26	21	1.96
49027671--49027703	16	2.0	17	88	5	50	42	3	15	39	1.62
49029387--49029547	80	2.0	81	98	1	315	40	6	21	31	1.78
49030998--49031035	19	2.0	19	100	0	76	36	5	15	42	1.70
49033386--49033506	47	2.6	46	89	2	179	38	12	23	25	1.90
49033485--49033590	54	1.9	55	88	1	160	38	16	20	24	1.92
49033505--49033711	108	1.9	109	82	6	260	37	17	23	21	1.94
49033910--49033953	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
49034025--49034187	43	3.8	43	89	0	236	29	31	16	22	1.96
49037580--49037616	14	2.6	14	91	0	56	35	40	0	24	1.55
49037572--49037648	21	3.7	21	75	3	66	37	40	0	22	1.54
49038754--49038888	40	3.4	38	78	8	126	20	20	20	37	1.94
49038773--49038889	40	2.9	41	82	3	141	23	21	19	35	1.96
49041070--49041106	15	2.5	16	83	16	53	37	0	16	45	1.47
49043175--49043280	55	1.9	55	94	0	185	20	29	31	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49043232--49043319	39	2.3	39	90	2	133	21	27	28	22	1.99
49043232--49043327	38	2.5	39	87	1	140	19	26	30	23	1.98
49069574--49069612	16	2.4	18	76	24	50	76	7	15	0	0.99
49070414--49070499	40	2.1	41	91	6	140	25	12	34	26	1.92
49070425--49070520	40	2.4	40	82	6	97	26	15	29	29	1.96
49075023--49075052	14	2.1	14	93	0	51	10	6	6	76	1.15
49075241--49075290	19	2.5	20	84	12	68	78	6	16	0	0.95
49075951--49076031	41	2.0	41	87	4	119	25	16	28	29	1.96
49086763--49086814	25	2.1	24	82	3	59	42	21	19	17	1.89
49094001--49094086	31	2.8	31	91	1	147	24	25	17	32	1.97
49094308--49094374	26	2.6	25	90	4	107	25	22	26	25	2.00
49094291--49094375	25	3.4	24	83	12	100	25	23	23	27	2.00
49096785--49096955	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
49096777--49096952	46	3.8	46	77	10	196	28	27	21	22	1.99
49100864--49100909	16	2.8	17	83	6	58	19	8	2	69	1.25
49102000--49102107	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
49103729--49103923	27	7.2	26	80	6	210	17	21	23	37	1.94
49103729--49103923	54	3.6	54	90	1	302	17	21	23	37	1.94
49110487--49110643	43	3.6	44	77	10	173	26	19	24	29	1.98
49131582--49131832	40	6.3	40	85	5	321	23	19	28	27	1.99
49131582--49131832	119	2.1	120	90	1	407	23	19	28	27	1.99
49133471--49133500	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49135998--49136081	31	2.7	31	96	1	152	27	25	17	29	1.98
49136105--49136196	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
49137188--49137271	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
49137333--49137386	28	1.9	28	92	7	92	33	12	11	42	1.79
49137422--49137656	81	2.9	81	89	1	339	28	8	21	41	1.81
49137311--49137656	27	12.7	27	77	4	248	30	9	19	40	1.83
49137647--49137741	27	3.5	27	88	2	129	42	5	20	32	1.74
49140363--49140861	47	10.6	47	95	0	863	33	8	29	29	1.86
49143025--49143241	47	4.7	45	77	12	190	23	29	19	27	1.98
49143021--49143241	93	2.4	92	80	9	252	23	29	19	27	1.98
49147918--49148021	43	2.4	43	82	1	120	25	17	25	31	1.97
49154443--49154711	48	5.6	48	85	3	328	25	17	29	27	1.97
49154443--49154711	144	1.9	144	85	5	382	25	17	29	27	1.97
49154443--49154759	96	3.3	96	80	8	335	25	17	29	27	1.97
49162355--49162657	49	6.0	51	76	3	256	28	26	19	26	1.99
49162415--49162648	100	2.3	99	89	2	351	27	26	19	26	1.99
49164778--49164870	27	3.4	27	79	5	107	36	16	21	25	1.94
49164781--49164854	28	2.7	28	81	4	89	37	18	18	24	1.94
49164781--49164884	27	3.8	27	78	3	84	34	17	20	27	1.95
49164781--49164884	54	1.9	54	84	5	138	34	17	20	27	1.95
49167742--49167785	23	1.9	23	86	9	63	61	0	27	11	1.30
49170208--49170272	27	2.4	27	82	2	69	16	23	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49170228--49170301	27	2.8	27	77	2	69	20	21	17	40	1.91
49175848--49175965	27	4.4	27	94	0	191	33	18	23	24	1.97
49176322--49176381	28	2.2	27	82	8	68	25	20	23	31	1.98
49180356--49180492	39	3.5	39	79	8	163	28	24	19	27	1.99
49180348--49180492	79	1.8	78	89	4	229	28	23	18	28	1.98
49187997--49188156	39	4.1	39	75	10	128	30	23	19	26	1.98
49188027--49188160	39	3.4	39	81	7	173	30	22	18	28	1.97
49188016--49188160	79	1.8	78	91	1	236	31	22	17	28	1.97
49192515--49192793	151	1.9	147	87	7	411	42	5	10	41	1.62
49194523--49194621	45	2.2	45	80	3	110	27	19	26	27	1.99
49201627--49201756	45	2.9	45	84	0	152	23	17	26	32	1.97
49203692--49203737	16	2.8	17	83	6	58	19	10	2	67	1.31
49203692--49203743	16	3.2	16	83	8	52	19	9	3	67	1.35
49211117--49211199	31	2.7	31	88	3	134	28	25	15	30	1.96
49211419--49211487	25	2.8	25	88	2	95	26	23	23	27	2.00
49212288--49212365	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
49212406--49212491	27	3.1	27	73	20	79	36	6	16	40	1.75
49212469--49212592	27	4.6	27	82	6	135	29	5	20	44	1.74
49212391--49212584	54	3.6	54	76	8	185	31	7	18	42	1.78
49212470--49212625	81	1.9	81	85	5	217	30	8	18	42	1.81
49212612--49212691	27	3.0	26	78	12	74	42	10	21	26	1.84
49212628--49212715	27	3.3	27	86	0	113	38	7	25	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49215308--49215376	24	2.8	25	88	4	104	24	23	24	27	2.00
49216173--49216250	27	2.9	26	76	14	86	20	19	21	38	1.94
49216291--49216342	27	1.9	27	92	7	88	34	11	11	42	1.77
49216381--49216475	26	3.6	26	82	4	120	28	7	21	43	1.79
49216495--49216573	27	3.0	26	83	9	88	40	11	21	26	1.87
49216378--49216530	79	1.9	80	82	4	193	30	10	20	39	1.86
49216507--49216573	27	2.5	27	92	0	107	41	8	23	25	1.83
49217410--49217465	28	2.0	28	100	0	112	17	32	10	39	1.84
49222394--49222504	43	2.7	41	79	8	134	23	31	20	24	1.98
49222482--49222586	40	2.5	42	86	8	146	30	26	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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