genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  197  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66171335--66171429	24	4.0	24	83	6	122	30	22	18	28	1.97
66171356--66171428	23	3.1	23	88	2	110	32	20	17	28	1.96
66171479--66171543	20	3.2	20	88	0	103	30	21	13	33	1.92
66171479--66171532	11	5.3	11	74	17	62	29	20	14	35	1.93
66173783--66173816	11	3.1	11	100	0	68	52	0	0	47	1.00
66173884--66173927	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
66175128--66175284	39	4.0	39	77	6	115	21	21	28	29	1.98
66181692--66181817	39	3.2	39	93	0	198	23	21	28	26	1.99
66181692--66181835	78	1.8	78	83	2	191	22	22	28	25	1.99
66181692--66181835	39	3.7	39	89	1	146	22	22	28	25	1.99
66181692--66181855	78	2.1	78	82	5	190	22	22	28	26	1.99
66184765--66184821	28	2.0	28	93	3	96	28	5	5	61	1.39
66187638--66187842	27	7.6	27	84	4	209	26	15	29	29	1.96
66187639--66187815	53	3.3	54	81	8	198	26	15	28	28	1.96
66187639--66187787	80	1.9	80	87	2	219	27	16	28	27	1.97
66195732--66195933	27	7.6	27	82	6	214	26	14	28	29	1.95
66203851--66204055	27	7.6	27	83	4	216	26	15	28	29	1.96
66203852--66204055	54	3.8	54	82	5	241	26	15	28	29	1.96
66209384--66209583	50	4.0	50	78	2	222	29	25	18	27	1.98
66209810--66209863	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
66215936--66215992	30	1.9	29	89	3	87	14	15	15	54	1.72
66220234--66220407	46	3.7	46	79	8	167	25	30	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66222464--66222529	32	2.1	32	100	0	132	27	0	31	40	1.56
66222472--66222523	16	3.2	16	68	10	52	25	0	32	42	1.55
66226213--66226269	24	2.4	24	96	0	105	24	38	17	19	1.93
66227053--66227092	12	3.3	12	89	0	53	77	0	22	0	0.77
66233909--66233965	27	2.1	27	90	6	89	26	14	24	35	1.93
66235362--66235445	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
66235469--66235560	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
66235708--66235777	25	2.8	25	91	4	106	25	22	25	25	2.00
66236572--66236655	27	3.1	27	89	3	125	19	26	23	30	1.98
66236694--66237080	27	14.3	27	75	7	176	32	9	19	38	1.84
66236807--66237053	54	4.6	53	77	4	208	30	8	20	40	1.82
66236804--66237011	81	2.6	81	88	2	303	30	9	19	40	1.83
66236962--66237125	54	3.1	54	80	4	163	37	7	20	35	1.80
66237031--66237161	27	4.9	27	89	0	190	41	9	21	28	1.83
66236989--66237199	81	2.6	81	73	0	215	36	8	21	34	1.83
66237382--66237407	9	2.9	9	100	0	52	23	34	23	19	1.96
66245099--66245143	20	2.2	20	88	0	63	51	2	11	35	1.50
66247367--66247531	43	3.9	43	71	15	130	32	26	15	25	1.96
66247362--66247521	84	1.9	83	86	6	225	31	26	16	25	1.97
66251925--66252153	47	4.9	48	73	10	163	22	27	19	29	1.98
66252023--66252190	46	3.6	45	75	6	165	23	27	20	29	1.99
66271272--66271315	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66271263--66271314	10	5.1	10	84	11	52	59	5	0	34	1.21
66279864--66279900	16	2.3	16	95	0	65	48	24	21	5	1.71
66280104--66280159	29	2.0	29	96	3	105	23	14	32	30	1.94
66284036--66284227	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
66293308--66293355	22	2.2	22	96	0	87	25	31	29	14	1.95
66297671--66297790	43	2.8	42	77	7	143	31	15	25	27	1.96
66300078--66300509	54	7.9	54	74	10	209	36	18	9	35	1.83
66300083--66300509	27	15.7	27	78	8	181	37	18	9	34	1.83
66300124--66300344	81	2.7	82	77	2	241	33	20	9	37	1.84
66300286--66300536	81	3.1	80	71	11	188	39	19	8	32	1.82
66300556--66300629	27	2.7	27	78	12	80	36	21	20	21	1.95
66301793--66301840	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66301877--66301947	20	3.5	20	88	0	106	36	11	22	29	1.89
66301994--66302185	23	8.0	24	90	5	259	27	21	22	27	1.99
66302377--66302440	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
66315180--66315294	34	3.4	34	82	1	140	28	18	21	31	1.97
66316974--66317034	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
66329087--66329215	47	2.7	47	84	0	150	23	16	27	33	1.95
66335488--66335588	29	3.6	29	81	9	118	26	28	15	28	1.96
66337094--66337138	16	2.8	16	89	0	63	11	4	28	55	1.54
66342569--66342598	4	7.5	4	92	0	51	50	20	0	30	1.49
66342569--66342605	12	3.1	12	92	0	56	48	16	0	35	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66342497--66342774	139	2.0	135	97	2	520	39	18	13	28	1.89
66343548--66343585	17	2.1	19	90	9	62	31	18	10	39	1.85
66345552--66345582	16	1.9	16	100	0	62	67	0	0	32	0.91
66345524--66345634	53	2.1	53	83	5	143	55	0	1	41	1.16
66357313--66357462	40	3.8	40	76	5	108	32	26	22	18	1.97
66365278--66365682	47	8.6	47	94	1	675	33	7	29	29	1.86
66368564--66368712	46	3.2	44	77	11	147	23	28	18	30	1.97
66368754--66368816	31	2.0	31	96	0	117	26	25	11	36	1.90
66372351--66372399	21	2.3	21	89	0	71	18	16	12	53	1.73
66376707--66376863	76	2.1	76	98	0	305	28	15	22	33	1.95
66379798--66379982	47	3.9	47	92	0	280	34	11	28	25	1.91
66379963--66380099	46	3.0	46	85	0	184	35	8	29	27	1.85
66383537--66383570	18	1.9	17	88	5	50	55	5	0	38	1.24
66383596--66383660	5	13.0	5	100	0	130	40	0	0	60	0.97
66384464--66384520	30	1.9	30	92	0	96	28	1	10	59	1.40
66386650--66386687	19	2.0	20	84	5	51	34	0	18	47	1.49
66392558--66392595	19	2.0	20	89	5	60	76	2	2	18	1.02
66401281--66401456	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
66401278--66401449	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
66408862--66409037	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
66408859--66409030	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
66412219--66412385	46	3.6	45	80	9	160	23	29	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66415308--66415412	44	2.5	40	84	11	147	52	2	20	24	1.60
66415308--66415434	43	3.0	42	85	7	168	49	3	21	25	1.66
66423726--66423833	40	2.7	40	84	2	119	23	23	27	25	2.00
66430056--66430116	30	2.0	30	83	0	77	32	27	6	32	1.83
66430493--66431824	682	2.0	680	94	0	2344	33	10	18	38	1.84
66465878--66465922	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
66471530--66471743	40	5.4	39	83	3	221	25	27	21	26	1.99
66471494--66471743	80	3.2	80	82	3	274	25	27	21	25	1.99
66471519--66471743	120	1.9	119	82	6	285	25	27	21	25	1.99
66479258--66479347	34	2.6	34	82	6	110	27	24	22	25	2.00
66479629--66479690	26	2.4	26	97	0	115	22	9	22	45	1.81
66484280--66484319	21	2.0	20	90	5	62	15	27	42	15	1.86
66485454--66485574	47	2.6	47	84	6	156	26	28	19	26	1.98
66490680--66490719	21	2.0	20	90	5	62	17	27	40	15	1.89
66491951--66492070	46	2.6	44	85	7	152	24	31	19	25	1.98
66493252--66493310	23	2.5	23	83	5	64	49	8	25	16	1.74
66501868--66501989	46	2.6	46	81	5	136	25	22	14	37	1.92
66508589--66508710	46	2.6	46	82	5	136	26	22	14	36	1.93
66520525--66520695	93	1.8	93	92	0	288	30	29	18	21	1.97
66520520--66520692	46	3.7	46	76	13	192	31	28	18	21	1.97
66527196--66527247	22	2.4	22	83	6	61	42	21	21	15	1.89
66527641--66527754	41	2.8	41	87	0	165	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66527992--66528380	27	14.4	27	76	11	246	30	8	20	40	1.82
66528020--66528311	55	5.4	54	78	8	245	29	8	19	42	1.82
66532918--66532987	32	2.2	32	94	2	124	41	5	1	51	1.34
66535836--66535980	27	5.4	27	83	1	166	36	15	20	27	1.93
66536620--66536671	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
66536687--66536750	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
66536712--66536771	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
66537534--66537656	41	3.0	41	86	0	174	26	26	21	25	2.00
66537893--66538280	27	14.4	27	80	3	271	31	7	20	40	1.81
66545349--66545518	40	4.2	40	87	0	223	25	19	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362