genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80801755--80801814	30	2.0	30	90	0	93	28	23	10	38	1.87
80804157--80804219	15	4.2	15	72	0	54	49	15	19	15	1.80
80811187--80811366	86	2.1	86	96	0	333	30	29	22	17	1.97
80816729--80816772	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
80816947--80817012	19	3.5	19	73	8	71	30	3	3	63	1.24
80816927--80817007	38	2.1	38	93	0	135	32	2	2	62	1.21
80821154--80821531	126	3.0	126	89	1	555	28	16	16	38	1.90
80821632--80821771	24	5.5	24	82	13	147	42	19	2	36	1.63
80821657--80821795	54	2.5	56	80	8	176	43	18	1	36	1.59
80821592--80821772	78	2.3	79	82	7	213	41	19	1	37	1.61
80821713--80821771	25	2.4	24	85	5	73	40	18	1	38	1.61
80821681--80821895	34	7.2	31	68	23	124	42	20	1	36	1.61
80821681--80821884	88	2.3	87	86	6	286	42	19	1	36	1.61
80821810--80821878	35	2.1	34	84	13	90	44	20	1	33	1.60
80821833--80821912	41	1.9	42	85	10	110	45	21	1	32	1.60
80821833--80821927	41	2.2	41	81	10	102	46	22	1	30	1.59
80822729--80822776	24	2.0	24	100	0	96	50	4	8	37	1.52
80822942--80822988	17	2.8	17	78	15	53	55	0	0	44	0.99
80824238--80824262	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
80828044--80828143	50	2.0	50	98	0	191	39	16	15	30	1.88
80831802--80831857	29	1.9	29	82	7	69	23	25	28	23	1.99
80837050--80837089	21	2.0	21	85	9	57	25	17	42	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80841074--80841170	34	2.8	35	76	6	90	29	21	24	23	1.99
80851475--80851545	5	13.8	5	80	16	58	78	0	2	18	0.86
80851502--80851545	6	7.7	6	94	5	74	84	0	0	15	0.63
80851502--80851545	11	3.9	11	85	14	63	84	0	0	15	0.63
80851502--80851545	16	2.6	16	92	7	70	84	0	0	15	0.63
80851475--80851556	22	3.9	21	77	13	80	76	2	2	18	1.00
80853549--80853605	28	2.0	28	100	0	114	35	14	24	26	1.93
80859778--80859955	48	3.7	48	84	8	211	25	29	19	25	1.98
80859775--80860053	95	3.0	96	80	12	280	25	29	18	25	1.98
80859778--80860045	46	5.7	48	79	10	238	25	29	19	26	1.98
80877900--80878026	46	2.7	46	85	7	150	25	33	13	28	1.93
80877751--80878017	138	1.9	144	83	6	359	26	31	16	26	1.97
80881743--80881780	15	2.6	15	91	4	60	55	0	5	39	1.23
80887126--80887225	39	2.6	39	75	0	101	41	14	8	37	1.75
80890315--80890576	40	6.6	40	92	1	429	26	27	22	23	2.00
80898283--80898544	40	6.6	40	95	1	456	26	27	23	23	2.00
80903046--80903226	46	3.9	47	76	8	183	28	17	29	24	1.97
80908840--80908874	17	2.1	17	89	5	54	42	5	0	51	1.25
80910326--80910359	13	2.6	13	90	0	50	26	47	23	2	1.66
80911311--80911429	43	2.8	41	80	7	130	27	28	15	27	1.97
80915259--80915480	47	4.8	47	74	11	147	27	19	28	24	1.98
80915216--80915425	46	4.5	44	75	12	156	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80920812--80920856	24	1.9	23	86	4	63	55	4	0	40	1.20
80922070--80922182	52	2.2	52	80	6	122	39	9	5	45	1.60
80922378--80922460	40	2.1	40	93	0	139	38	9	19	32	1.84
80922682--80922728	21	2.2	22	81	11	53	42	0	19	38	1.51
80930803--80930966	42	3.9	42	79	1	175	30	13	25	30	1.94
80933175--80933209	15	2.3	15	90	0	52	31	37	25	5	1.80
80935219--80935270	17	2.9	17	81	10	68	26	13	17	42	1.86
80942845--80943096	41	6.0	41	77	13	201	34	17	27	20	1.95
80942872--80942966	48	2.0	48	100	0	190	33	18	26	21	1.96
80962307--80962379	24	3.1	23	77	11	76	36	23	24	15	1.93
80962422--80962508	26	3.4	26	79	6	90	35	21	21	20	1.96
80962433--80962518	26	3.4	25	79	7	84	36	22	22	19	1.96
80962986--80963030	21	2.2	20	84	4	54	44	20	0	35	1.51
80972851--80973110	46	5.6	46	71	15	203	30	28	19	22	1.98
80972905--80973067	47	3.5	47	77	11	199	29	27	20	22	1.98
80972860--80973110	93	2.7	93	91	0	403	29	27	19	22	1.98
80977332--80977394	31	2.0	32	96	3	119	46	0	19	34	1.50
80988487--80988622	48	2.8	48	86	0	173	30	22	20	26	1.98
80988394--80988622	91	2.4	94	82	5	250	27	20	23	29	1.98
80995187--80995558	48	7.8	48	85	6	443	25	17	29	27	1.98
80996813--80996868	22	2.5	22	100	0	112	10	30	33	25	1.90
81000627--81000652	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81005787--81005963	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
81014788--81015012	40	5.7	39	89	3	299	25	28	23	22	1.99
81017189--81017365	40	4.4	40	84	4	225	25	27	23	23	2.00
81020882--81021019	40	3.5	40	89	3	190	23	28	23	24	2.00
81025736--81025760	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
81029140--81029232	46	2.0	46	89	0	141	22	25	13	37	1.92
81031149--81031273	43	2.9	43	81	5	139	20	18	31	29	1.96
81043373--81043453	40	2.0	41	85	9	112	14	39	23	22	1.91
81051587--81051654	33	2.1	33	88	5	102	27	33	14	23	1.94
81053943--81053980	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
81054064--81054172	39	2.7	42	73	15	120	30	23	15	30	1.96
81066580--81066614	7	5.0	7	100	0	70	28	14	0	57	1.38
81066601--81066664	31	2.1	31	84	0	83	25	23	14	37	1.92
81066872--81066930	24	2.4	24	94	2	100	28	22	18	30	1.97
81066982--81067045	20	3.2	20	93	0	110	32	20	12	34	1.90
81066982--81067034	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
81067082--81067129	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
81074654--81074717	31	2.1	31	84	0	83	23	21	15	39	1.92
81074925--81075030	24	4.4	24	92	3	178	30	21	19	28	1.98
81074925--81075028	47	2.2	48	92	3	174	29	22	20	27	1.98
81075079--81075137	20	3.0	20	94	0	100	35	22	11	30	1.90
81077040--81077206	43	3.9	44	78	10	186	32	25	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81077040--81077206	86	2.0	85	82	8	205	32	25	14	28	1.94
81080562--81080611	24	2.1	24	84	0	64	30	30	18	22	1.97
81082513--81082557	21	2.2	20	81	11	56	60	0	0	40	0.97
81085622--81085810	48	3.9	48	89	1	272	33	28	19	19	1.96
81088664--81088698	16	2.2	16	94	0	61	48	20	22	8	1.76
81088931--81089030	29	3.5	29	81	1	130	27	15	29	29	1.96
81088934--81089047	57	2.0	58	84	3	151	29	13	28	28	1.94
81089746--81089785	19	2.1	19	95	0	71	27	2	10	60	1.42
81092845--81093148	153	2.0	153	96	0	563	26	21	28	22	1.99
81093290--81093403	29	4.0	29	83	6	135	27	15	28	28	1.96
81100268--81100329	31	2.0	31	96	0	115	29	24	9	37	1.87
81105960--81105999	21	1.9	21	84	0	53	37	12	12	37	1.81
81113994--81114051	24	2.3	26	79	5	66	13	46	1	37	1.54
81117290--81117726	216	2.0	217	95	0	786	31	17	18	33	1.94
81126136--81126279	49	2.9	51	81	2	175	27	21	25	26	1.99
81128277--81128432	48	3.2	48	80	7	156	40	24	16	19	1.91
81129835--81129869	17	2.1	17	88	0	52	54	2	2	40	1.30
81132313--81132346	16	2.1	17	88	5	52	32	0	14	52	1.42
81132964--81132997	17	1.9	17	88	5	50	29	14	11	44	1.81
81141764--81141871	26	4.2	26	90	2	164	33	8	23	35	1.85
81143313--81143387	27	2.7	28	77	8	73	34	21	10	33	1.88
81143493--81143633	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81143493--81143651	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
81147448--81147542	40	2.4	40	87	3	129	37	25	15	21	1.93
81148107--81148157	22	2.3	24	71	28	58	25	1	27	45	1.64
81148173--81148222	21	2.4	21	82	0	55	18	2	44	36	1.61
81148435--81148474	21	1.9	21	89	0	62	27	0	25	47	1.52
81148554--81148607	23	2.3	23	83	6	63	46	5	1	46	1.37
81148945--81148970	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
81148945--81148986	15	2.7	15	85	10	50	73	2	2	21	1.06
81149878--81149938	26	2.4	26	83	2	70	40	21	4	32	1.74
81149897--81149951	26	2.2	26	83	9	69	41	20	7	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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