genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93207679--93208040	96	3.8	96	94	2	579	29	30	7	33	1.85
93207679--93208040	143	2.5	141	91	4	564	29	30	7	33	1.85
93215105--93215287	63	2.8	63	75	12	174	28	17	30	22	1.97
93219471--93219729	68	3.9	64	74	14	231	30	16	28	24	1.96
93224042--93224096	27	2.0	27	96	0	101	30	18	12	38	1.88
93233231--93233271	20	2.0	20	85	4	55	14	12	7	65	1.45
93241922--93241981	29	2.1	29	90	0	93	23	13	35	28	1.92
93256461--93256510	25	2.0	26	84	4	66	16	8	12	64	1.49
93262362--93262473	55	2.0	55	83	6	138	37	15	24	23	1.93
93262501--93262594	49	1.9	49	88	0	143	36	17	25	21	1.94
93262784--93262814	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
93268495--93268555	17	3.7	16	79	10	61	14	3	4	77	1.07
93268495--93268555	22	3.0	21	75	15	56	14	3	4	77	1.07
93268495--93268550	10	5.6	10	76	16	53	14	1	5	78	1.00
93268495--93268550	18	3.4	17	85	7	62	14	1	5	78	1.00
93278899--93279088	40	4.8	40	87	1	247	24	27	21	25	1.99
93282210--93282252	19	2.4	17	78	14	50	20	2	16	60	1.46
93290870--93291080	27	7.8	27	80	3	192	40	19	9	30	1.84
93290870--93291078	81	2.6	81	80	4	217	40	19	9	30	1.83
93293800--93294014	102	2.1	102	92	0	358	25	6	26	41	1.79
93302001--93302151	27	5.7	26	72	12	110	39	23	8	29	1.84
93302022--93302400	54	7.0	54	72	7	189	37	21	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93302022--93302169	27	5.5	26	76	10	120	37	20	8	32	1.84
93302147--93302238	27	3.4	27	79	5	105	29	21	7	41	1.81
93302001--93302477	81	5.9	81	70	4	282	38	20	8	32	1.83
93302270--93302368	27	3.7	27	91	4	164	41	24	6	28	1.78
93302270--93302389	27	4.4	28	88	4	140	44	21	5	28	1.75
93302270--93302478	27	7.7	27	76	8	136	41	20	6	31	1.77
93302497--93302570	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
93303384--93303453	25	2.8	24	82	8	79	24	21	24	30	1.99
93303409--93303480	25	3.0	23	80	10	63	27	19	23	29	1.98
93303601--93303730	42	3.1	42	96	0	233	33	13	17	35	1.90
93303758--93303903	31	4.7	31	95	0	258	28	16	26	29	1.97
93305889--93306053	75	2.2	75	84	4	224	34	22	20	22	1.97
93305901--93306032	40	3.4	40	72	10	121	37	21	21	20	1.95
93307001--93307029	10	2.7	11	89	10	51	72	0	10	17	1.11
93313768--93313927	75	2.1	75	83	2	205	33	20	19	26	1.97
93317321--93317455	39	3.4	39	74	8	114	25	20	26	27	1.99
93319034--93319061	12	2.3	12	100	0	56	25	42	25	7	1.80
93321307--93321937	36	17.3	36	80	3	649	35	20	15	28	1.93
93321307--93321937	73	8.6	73	80	4	691	35	20	15	28	1.93
93321307--93321929	219	2.8	219	93	2	1011	35	20	15	28	1.93
93321319--93322048	36	19.7	39	80	3	284	34	20	15	29	1.93
93321319--93322048	73	9.9	78	78	5	255	34	20	15	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93324526--93324608	25	3.3	25	71	6	60	30	18	18	33	1.94
93341781--93341874	46	2.0	46	95	0	170	31	7	20	40	1.80
93345145--93345192	16	3.1	16	77	14	55	22	4	0	72	1.01
93345746--93345827	28	3.0	28	72	1	85	12	21	48	17	1.79
93345746--93345880	55	2.5	54	88	1	198	14	24	43	17	1.86
93345963--93346000	19	2.0	20	89	5	60	68	0	31	0	0.90
93346106--93346159	23	2.3	23	87	0	81	44	5	7	42	1.55
93350952--93350990	17	2.3	17	86	8	53	30	10	12	46	1.75
93353570--93353885	138	2.3	139	94	0	553	28	8	7	56	1.56
93353885--93353987	12	8.2	12	69	16	66	17	5	2	73	1.15
93353864--93353995	24	5.5	24	71	11	74	21	5	2	71	1.17
93353887--93353996	37	3.0	36	75	16	118	18	6	2	72	1.18
93353918--93353988	17	4.1	18	78	12	78	14	7	4	74	1.18
93353916--93353985	32	2.2	32	80	17	83	15	7	4	72	1.22
93353934--93354001	15	4.3	16	85	9	95	14	7	1	76	1.07
93353935--93354001	32	2.2	31	89	5	100	14	7	1	76	1.08
93354306--93354339	11	3.1	11	91	0	50	61	11	0	26	1.30
93354479--93354517	14	2.7	15	80	11	55	0	38	0	61	0.96
93354680--93354724	22	2.0	22	95	0	81	6	17	2	73	1.15
93354698--93354733	17	2.0	19	89	10	58	5	16	5	72	1.23
93354890--93354919	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
93357909--93357974	33	2.0	33	96	0	123	34	1	18	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93359519--93359579	15	3.7	15	70	19	50	49	11	9	29	1.71
93359505--93359574	35	2.0	35	100	0	140	45	11	8	34	1.71
93359505--93359560	20	3.0	20	68	21	59	42	10	8	37	1.71
93360642--93360681	20	1.9	20	85	10	53	60	15	2	22	1.47
93363916--93364001	45	1.9	44	90	2	136	24	13	25	36	1.93
93365434--93365472	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
93367315--93367356	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
93367315--93367356	19	2.2	18	87	12	57	30	4	0	64	1.14
93367467--93367576	41	2.7	39	76	16	109	31	4	0	62	1.21
93367542--93367614	19	4.1	16	73	20	56	36	5	0	57	1.22
93390779--93390826	20	2.4	20	92	0	78	29	29	16	25	1.97
93410236--93410281	24	1.9	24	95	0	83	15	26	13	45	1.82
93419502--93419630	43	3.0	43	87	2	152	22	19	27	31	1.98
93419702--93419784	31	2.6	31	80	3	85	59	21	6	13	1.56
93420019--93420094	21	3.6	21	83	0	98	3	50	17	28	1.64
93425728--93426138	9	46.4	9	80	4	424	37	1	12	47	1.53
93425737--93426138	44	8.9	44	84	6	493	37	1	12	48	1.53
93425727--93426138	97	4.1	99	83	5	433	37	1	12	47	1.53
93426251--93426335	15	5.8	15	72	25	83	54	1	1	43	1.15
93426262--93426335	29	2.6	29	93	0	121	52	1	1	44	1.17
93426509--93426579	24	3.0	24	91	0	115	46	8	16	28	1.76
93426627--93426758	64	2.1	63	95	2	239	46	3	12	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93429564--93429611	24	2.0	24	84	11	64	50	10	10	29	1.70
93429735--93429761	6	4.5	6	100	0	54	33	33	33	0	1.58
93430609--93430687	6	12.8	6	72	15	63	48	12	20	18	1.81
93430621--93430687	25	2.7	25	90	0	107	46	13	20	19	1.83
93430805--93430912	27	4.0	26	86	5	135	36	21	23	19	1.95
93431476--93431607	27	4.9	27	87	1	122	25	21	20	33	1.97
93431505--93431617	27	4.2	27	91	0	163	27	19	16	36	1.93
93431602--93431726	27	4.6	26	75	9	90	28	8	22	40	1.84
93431656--93431807	27	5.7	27	84	3	139	28	9	20	42	1.83
93431682--93431833	54	2.8	53	78	5	155	30	9	19	40	1.83
93432900--93433366	187	2.5	187	91	0	763	30	16	18	34	1.93
93433148--93433316	75	2.3	74	82	10	195	33	14	18	33	1.91
93433615--93433667	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
93433824--93433853	14	2.1	14	93	0	51	46	6	0	46	1.29
93433908--93433970	22	2.9	22	79	6	58	22	1	22	53	1.54
93433950--93434013	14	4.4	15	71	15	62	28	1	18	51	1.55
93437646--93437688	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
93440624--93440671	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
93448444--93448667	126	1.8	123	87	9	339	41	4	8	46	1.52
93448444--93448672	124	1.9	120	85	13	317	41	4	7	46	1.53
93448687--93448720	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
93450489--93450598	54	2.0	54	92	0	184	24	10	29	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93464444--93464508	31	2.1	31	91	0	103	23	21	15	40	1.91
93464723--93464865	23	6.1	23	95	2	250	30	20	20	28	1.98
93464723--93464865	70	2.0	70	97	0	268	30	20	20	28	1.98
93464716--93464866	47	3.2	47	94	3	259	29	21	20	29	1.98
93464920--93464982	20	3.2	20	93	0	108	31	20	12	34	1.90
93468059--93468105	23	2.0	23	95	0	85	36	2	17	44	1.60
93469301--93469335	13	2.7	13	100	0	70	54	8	0	37	1.31
93469358--93469400	23	1.9	22	85	4	59	62	18	6	11	1.50
93474256--93474283	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
93491094--93491149	15	3.8	14	75	13	51	12	19	17	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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