genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  223  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75152080--75152187	27	3.9	27	79	13	112	40	19	8	31	1.81
75153114--75153183	25	2.8	24	86	4	86	25	25	22	25	2.00
75153331--75153424	42	2.2	42	98	0	179	30	14	20	34	1.93
75153446--75153560	31	3.7	31	96	1	205	27	16	26	28	1.97
75173123--75173156	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
75173413--75173471	30	2.0	30	90	3	93	50	11	6	30	1.65
75176037--75176061	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
75176034--75176102	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
75190056--75190952	334	2.7	333	83	3	1095	31	14	16	37	1.89
75192293--75192342	21	2.3	20	83	12	64	56	2	0	42	1.11
75196589--75196615	14	1.9	14	100	0	54	44	29	18	7	1.77
75196611--75196865	99	2.6	98	83	3	271	33	18	19	28	1.95
75202127--75202152	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
75202290--75202327	16	2.2	18	86	9	53	50	5	0	44	1.24
75202323--75202386	24	2.7	23	71	17	60	60	4	0	34	1.17
75223511--75223641	47	2.8	47	87	2	174	32	28	16	23	1.96
75230548--75230603	26	2.2	26	93	0	94	28	19	26	25	1.99
75231864--75231907	21	2.1	21	87	8	63	15	36	15	31	1.90
75232504--75232543	20	2.0	20	100	0	80	25	5	30	40	1.77
75236752--75236860	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
75237008--75237142	50	2.7	50	91	2	218	31	25	5	37	1.80
75237113--75237304	47	4.1	47	91	1	280	27	29	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75237204--75237279	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
75240805--75240859	29	1.9	29	92	3	94	20	38	21	20	1.94
75248279--75248324	21	2.2	21	96	0	83	15	26	30	28	1.96
75249180--75249384	6	33.3	6	72	17	145	48	15	17	18	1.81
75249201--75249356	31	4.8	31	72	17	129	48	16	17	16	1.81
75249243--75249384	25	5.7	25	77	12	125	48	15	17	18	1.81
75249206--75249346	62	2.3	62	91	4	239	48	16	17	17	1.81
75249268--75249383	37	3.1	37	92	0	178	50	15	17	17	1.79
75249201--75249384	37	5.5	31	72	20	133	48	15	17	17	1.81
75249893--75250089	54	3.6	54	80	4	141	26	18	20	35	1.95
75249920--75250120	27	7.4	27	85	2	260	24	19	19	36	1.95
75250108--75250262	27	5.7	27	71	6	89	31	9	21	37	1.85
75267360--75267861	47	10.6	47	92	2	801	32	8	29	29	1.86
75267360--75267861	96	5.3	96	91	4	808	32	8	29	29	1.86
75267360--75267861	143	3.5	143	93	2	832	32	8	29	29	1.86
75272057--75272627	48	11.9	48	90	1	869	37	6	25	30	1.81
75272768--75272870	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
75274166--75274433	40	6.7	40	92	1	396	21	21	29	27	1.98
75274439--75274741	29	10.6	28	73	9	200	22	16	29	32	1.96
75274471--75274753	86	3.3	86	82	3	311	22	16	28	32	1.95
75274439--75274778	143	2.4	143	94	1	601	22	16	28	31	1.96
75274439--75274771	57	5.8	56	83	4	276	22	16	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75277374--75277999	48	13.0	48	91	0	957	37	6	24	30	1.82
75277374--75277999	192	3.3	192	94	0	1056	37	6	24	30	1.82
75278140--75278242	37	2.8	37	92	0	170	23	18	32	26	1.97
75280536--75280586	27	1.9	26	96	4	93	23	21	35	19	1.96
75282019--75282239	39	5.7	39	79	11	188	24	21	28	25	1.99
75289594--75289759	39	4.3	38	84	8	187	24	21	29	25	1.99
75289541--75289759	78	2.8	75	77	11	192	24	21	28	25	1.99
75297286--75297644	47	7.5	47	92	3	583	32	8	30	29	1.87
75300480--75300618	43	3.3	43	80	7	167	25	15	25	33	1.95
75301691--75301726	12	3.0	12	91	0	63	16	27	41	13	1.87
75304439--75304883	27	16.6	28	80	9	400	38	20	9	31	1.85
75304439--75304883	54	8.3	55	82	7	452	38	20	9	31	1.85
75304439--75304884	80	5.6	80	82	5	490	38	20	9	31	1.85
75305420--75305445	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
75307794--75307856	28	2.2	28	94	0	117	23	19	33	23	1.97
75308171--75308644	27	17.6	28	77	8	407	39	21	10	28	1.86
75308171--75308645	54	8.8	54	81	2	490	39	21	10	28	1.86
75308171--75308645	81	5.9	81	79	2	472	39	21	10	28	1.86
75320820--75320968	43	3.5	42	79	5	165	30	25	16	26	1.97
75321683--75321725	23	2.0	23	86	9	63	48	20	9	20	1.77
75327098--75327211	6	18.3	6	71	22	76	50	15	15	17	1.78
75327107--75327211	31	3.6	29	80	18	103	51	15	16	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75327112--75327208	25	3.8	25	82	10	101	50	16	16	16	1.78
75327348--75327449	27	3.8	26	82	7	98	35	22	21	20	1.96
75327608--75327671	22	2.9	22	79	9	76	34	23	23	18	1.96
75328117--75328320	27	7.6	27	90	0	291	23	21	21	33	1.97
75328304--75328590	27	10.7	27	78	5	156	31	8	21	38	1.83
75328413--75328590	54	3.3	54	87	3	200	30	8	20	39	1.82
75328359--75328590	81	2.9	81	85	3	272	30	8	21	39	1.83
75328441--75328606	53	3.1	52	85	4	206	31	7	20	40	1.80
75343917--75344100	49	3.7	49	80	5	226	28	25	21	25	1.99
75343918--75344105	100	1.9	100	94	0	331	28	25	21	24	1.99
75349206--75349263	30	1.9	30	89	6	91	22	37	27	12	1.89
75355551--75355891	44	7.6	44	70	9	152	29	21	18	31	1.97
75361396--75361423	14	2.0	14	100	0	56	7	28	7	57	1.52
75362536--75362578	22	2.0	22	81	9	52	58	6	11	23	1.57
75366728--75366873	42	3.5	42	78	9	136	17	21	17	43	1.88
75366791--75366850	21	2.9	21	75	9	77	15	23	20	41	1.89
75368204--75368258	28	2.0	28	100	0	110	47	10	14	27	1.78
75376657--75376877	47	4.7	46	77	15	161	27	18	29	24	1.98
75376657--75376873	94	2.3	95	79	12	234	27	17	29	25	1.97
75379526--75379568	23	2.0	22	86	13	63	48	0	9	41	1.35
75384112--75384270	42	3.7	43	81	9	191	30	27	18	23	1.98
75385640--75385680	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75397563--75397734	46	3.7	46	76	14	183	28	27	20	22	1.99
75397568--75397738	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	22	1.99
75401213--75401243	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
75401210--75401249	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
75404252--75404330	37	2.1	37	95	0	140	24	32	18	24	1.97
75404449--75404762	47	6.7	47	94	1	517	29	30	8	31	1.87
75404449--75404762	93	3.4	93	94	0	522	29	30	8	31	1.87
75404449--75404762	140	2.2	140	92	1	524	29	30	8	31	1.87
75408550--75408772	40	5.6	40	92	2	331	26	27	21	24	1.99
75409080--75409158	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75410466--75410542	37	2.1	37	95	0	136	24	33	18	23	1.96
75410661--75410976	47	6.7	47	92	2	494	29	30	8	32	1.86
75410661--75410976	140	2.2	142	91	2	514	29	30	8	32	1.86
75418070--75418324	55	4.8	53	78	9	229	35	16	25	22	1.95
75418077--75418279	108	1.9	110	86	4	295	33	17	25	24	1.96
75423952--75424592	47	13.5	47	95	2	1138	32	8	29	29	1.87
75425964--75426349	40	9.8	40	93	2	658	24	21	27	25	1.99
75425964--75426349	118	3.3	119	95	1	670	24	21	27	25	1.99
75425964--75426349	158	2.5	158	93	2	654	24	21	27	25	1.99
75430055--75430683	47	13.3	47	95	2	1095	32	8	29	29	1.86
75430055--75430683	143	4.4	141	96	2	1095	32	8	29	29	1.86
75436952--75437050	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75440782--75440907	55	2.4	49	85	7	153	21	24	18	35	1.95
75455499--75455639	51	2.8	49	80	4	165	26	24	20	28	1.99
75457184--75457238	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
75458186--75458276	28	3.4	28	80	4	107	17	23	20	38	1.93
75486337--75486377	17	2.4	17	100	0	82	17	31	36	14	1.90
75490257--75490311	28	2.0	28	92	7	94	18	18	41	21	1.90
75493530--75493576	19	2.6	18	80	12	51	40	0	10	48	1.38
75505030--75505157	46	2.8	46	93	1	213	29	28	21	20	1.98
75505038--75505176	46	3.0	45	87	5	149	28	28	20	21	1.98
75512459--75512632	45	3.8	45	76	9	172	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362