genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14379636--14379911	96	2.9	96	84	2	358	27	19	29	23	1.98
14379636--14379908	144	1.9	144	81	3	334	27	19	30	23	1.98
14380152--14380188	18	2.0	20	84	10	51	35	8	18	37	1.81
14380547--14380607	30	2.0	32	84	12	83	11	3	32	52	1.54
14381271--14381314	22	2.0	22	100	0	88	40	22	0	36	1.54
14381834--14381901	34	2.0	34	100	0	136	32	11	11	44	1.77
14382332--14382500	43	4.0	43	79	6	182	34	24	12	28	1.92
14382339--14382496	86	1.8	86	83	2	210	34	23	12	29	1.92
14385378--14385522	40	3.6	40	87	0	200	20	29	15	34	1.93
14387555--14387724	43	4.0	42	78	9	173	30	30	13	25	1.94
14387563--14387723	86	1.9	86	85	0	223	31	30	13	25	1.93
14389115--14389168	21	2.5	22	84	3	65	18	37	31	12	1.89
14390592--14390836	49	4.9	49	80	3	274	28	26	20	25	1.99
14390609--14390836	100	2.3	98	82	3	285	28	26	19	24	1.99
14396823--14397005	40	4.6	38	78	8	152	25	21	27	25	1.99
14404785--14404915	39	3.3	40	82	7	135	25	20	29	25	1.99
14408288--14408488	47	4.3	47	93	0	348	28	30	7	33	1.86
14413432--14413596	9	18.6	9	71	14	85	33	1	16	47	1.55
14413476--14413596	61	1.9	61	86	6	170	33	0	16	48	1.52
14413388--14413648	99	2.7	99	69	17	245	32	3	14	49	1.60
14413620--14413686	35	1.9	35	93	0	116	35	7	11	44	1.70
14413674--14413725	26	2.0	26	100	0	104	34	7	3	53	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14413713--14413739	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
14414649--14414846	71	2.7	74	77	7	210	45	13	5	35	1.66
14414630--14414873	72	3.4	72	72	10	201	45	12	6	35	1.67
14415524--14415569	22	2.1	22	100	0	92	50	8	23	17	1.74
14418741--14418784	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
14428693--14428742	20	2.4	21	86	6	75	30	28	26	16	1.96
14436749--14437120	200	1.9	200	80	2	442	37	16	20	26	1.93
14436735--14437123	100	3.9	100	73	5	329	36	16	20	26	1.94
14437090--14437151	27	2.3	27	91	0	97	35	20	25	17	1.95
14441321--14441383	28	2.3	27	83	5	81	19	23	17	39	1.92
14441332--14441394	28	2.2	28	83	5	74	19	22	15	42	1.88
14442713--14442754	21	2.0	21	95	0	75	38	4	11	45	1.62
14449722--14449957	39	6.1	39	87	1	339	22	24	29	24	1.99
14449722--14449965	116	2.1	117	88	2	357	23	23	28	24	1.99
14472460--14472541	26	3.2	26	89	0	128	31	7	23	37	1.82
14472744--14472795	20	2.5	20	96	3	95	15	15	17	51	1.76
14474159--14474317	27	5.9	27	82	10	184	18	25	22	33	1.96
14474157--14474317	54	3.0	54	91	2	245	18	25	21	34	1.96
14474159--14474317	81	2.0	80	83	6	205	18	25	22	33	1.96
14476193--14476281	27	3.3	26	77	16	92	16	21	21	40	1.91
14476175--14476287	55	2.1	54	83	8	140	17	21	23	38	1.94
14509582--14509626	21	2.2	21	88	7	67	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14509694--14509758	27	2.4	27	89	0	103	15	30	35	18	1.92
14511959--14512141	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
14511959--14512143	40	4.6	41	84	7	231	23	22	28	25	2.00
14517179--14517245	12	5.6	12	75	7	73	1	41	34	22	1.63
14519929--14520003	3	24.7	3	84	8	89	0	34	0	65	0.93
14534030--14534181	43	3.5	43	89	0	223	11	23	32	32	1.91
14538390--14538434	23	2.0	23	81	0	54	46	22	2	28	1.63
14539827--14539871	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
14541955--14542068	43	2.7	43	82	9	119	30	27	17	24	1.97
14550549--14550658	26	4.2	26	92	2	186	35	4	23	36	1.76
14552284--14552419	27	5.0	27	86	6	168	19	24	22	34	1.96
14554435--14554476	14	3.1	13	81	18	50	47	9	4	38	1.57
14554481--14554554	23	3.0	23	67	17	58	31	28	14	25	1.95
14555782--14555841	24	2.5	24	77	2	66	73	3	1	21	1.07
14557103--14557277	86	2.0	89	89	3	275	43	4	7	45	1.50
14566214--14566429	38	5.6	37	79	8	200	24	20	23	31	1.98
14566214--14566440	76	2.9	76	82	5	258	23	19	24	32	1.98
14572862--14573019	38	4.1	38	82	1	163	23	18	23	34	1.96
14575622--14575767	43	3.5	42	78	3	132	28	15	23	32	1.95
14580667--14580812	44	3.4	43	75	10	138	25	17	26	31	1.97
14581543--14581595	22	2.5	20	82	8	70	16	1	30	50	1.56
14581543--14581595	10	5.1	10	84	8	70	16	1	30	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14584472--14584633	43	3.8	42	76	8	139	24	14	27	33	1.94
14586660--14586817	41	3.8	41	84	5	203	22	24	15	37	1.93
14586660--14586825	83	2.0	83	84	6	221	22	24	16	36	1.94
14590650--14590822	46	3.8	46	90	0	265	36	9	30	22	1.87
14593652--14593680	14	2.1	14	100	0	58	44	27	6	20	1.77
14607254--14607368	40	2.9	39	80	7	133	19	26	20	34	1.96
14608943--14608983	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
14609658--14609698	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
14613379--14613540	43	3.8	41	79	11	157	32	25	18	23	1.97
14615295--14615380	6	15.6	5	75	17	50	22	2	5	69	1.21
14615327--14615390	9	7.4	8	77	18	58	25	3	3	68	1.18
14615296--14615390	44	2.2	43	79	9	104	22	3	5	69	1.23
14615311--14615363	26	2.0	28	85	7	74	24	1	5	67	1.22
14617186--14617227	12	3.5	12	93	0	75	2	30	33	33	1.71
14619577--14619608	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
14623310--14623334	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
14637290--14637475	27	6.9	26	82	6	86	39	20	9	30	1.84
14637297--14637474	54	3.3	54	85	3	209	40	20	8	29	1.83
14637375--14637562	54	3.5	54	77	5	184	41	23	6	28	1.79
14637349--14637500	81	1.9	81	83	2	198	41	21	7	28	1.81
14637458--14637555	27	3.6	27	87	0	133	44	25	4	25	1.71
14637458--14637608	27	5.6	27	77	6	108	41	23	4	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14637601--14637735	27	5.0	27	87	1	182	32	18	22	25	1.97
14638519--14638628	6	18.0	6	78	14	118	17	19	15	48	1.82
14638519--14638628	49	2.2	49	90	3	168	17	19	15	48	1.82
14650683--14650897	45	4.8	45	82	5	265	26	20	17	35	1.95
14650681--14650897	90	2.4	90	86	4	296	25	20	17	35	1.95
14652789--14652911	47	2.6	47	81	1	138	32	28	16	22	1.96
14653025--14653074	21	2.3	22	83	10	59	36	20	12	32	1.89
14656196--14656343	43	3.5	42	79	7	136	30	22	16	31	1.95
14656624--14656670	21	2.2	22	84	3	60	46	21	0	31	1.51
14662682--14662715	13	2.5	14	85	9	52	44	20	0	35	1.52
14663371--14663462	47	2.0	47	85	8	125	32	26	14	27	1.94
14664574--14664604	15	2.1	15	100	0	62	12	22	12	51	1.74
14666963--14667038	37	2.1	37	100	0	152	21	10	5	63	1.46
14670526--14670553	13	2.2	13	100	0	56	46	7	32	14	1.71
14672391--14672424	18	1.9	18	88	5	52	35	20	0	44	1.52
14674438--14674655	46	4.7	46	74	5	179	32	27	17	22	1.96
14674446--14674616	93	1.8	93	87	0	252	30	28	19	22	1.98
14700542--14700585	22	2.0	22	86	0	61	38	0	4	56	1.20
14706646--14706712	34	2.0	35	82	11	86	8	34	1	55	1.40
14713673--14713747	23	3.1	25	88	9	120	26	20	21	32	1.97
14713805--14713861	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
14713801--14713863	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14720751--14720785	17	2.1	17	94	0	61	31	14	17	37	1.89
14732647--14732793	40	3.7	40	82	5	120	25	26	22	25	2.00
14732653--14732820	80	2.1	80	82	5	198	27	26	20	25	1.99
14732690--14732873	40	4.6	39	80	8	176	28	26	20	23	1.99
14732693--14732873	80	2.3	80	82	9	201	28	27	20	23	1.99
14743251--14743325	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
14743223--14743430	47	4.4	47	92	2	303	27	31	8	32	1.87
14769103--14769185	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
14769392--14769464	25	3.0	25	78	6	69	28	19	21	30	1.98
14769411--14769474	25	2.5	26	82	5	69	26	23	20	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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