genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  264  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89051382--89051414	16	2.1	16	94	0	57	72	9	6	12	1.26
89051411--89051658	85	2.8	86	81	12	290	35	18	18	26	1.94
89051571--89051604	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
89051412--89051665	91	2.9	88	83	9	313	36	18	18	26	1.94
89051588--89051920	121	2.7	121	92	3	533	38	20	13	27	1.90
89051744--89052357	190	3.2	195	92	4	1077	36	19	13	30	1.90
89064023--89064166	17	8.4	17	77	8	130	47	10	11	30	1.74
89063938--89064062	36	3.3	38	72	17	107	40	12	10	36	1.77
89064023--89064185	35	4.7	35	79	6	170	47	10	12	30	1.74
89064768--89064841	10	7.7	10	80	11	66	0	20	0	79	0.73
89064786--89064844	9	6.6	9	79	12	68	0	15	0	84	0.62
89064770--89064847	24	3.3	23	83	5	102	0	17	0	82	0.68
89065127--89065185	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
89065115--89065185	10	7.7	10	80	13	73	0	29	0	70	0.88
89065540--89065656	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
89065555--89065656	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
89070413--89070440	6	4.7	6	100	0	56	32	17	35	14	1.90
89078808--89078973	82	2.0	82	97	0	314	34	9	13	42	1.76
89079187--89079341	66	2.3	67	84	1	186	32	16	30	20	1.94
89081187--89081277	30	3.0	30	95	0	164	38	16	17	27	1.91
89086372--89086462	47	1.9	48	86	2	130	20	25	17	36	1.94
89092263--89092307	18	2.5	19	82	13	51	51	4	0	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89092295--89092341	20	2.3	20	85	0	58	65	6	0	27	1.16
89098960--89099083	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
89098960--89099157	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
89099046--89099184	37	3.8	37	95	0	233	25	21	13	38	1.90
89102181--89102412	114	2.0	114	90	1	367	29	15	15	40	1.87
89109154--89109223	21	3.4	21	68	18	65	52	12	8	25	1.67
89112579--89112642	31	2.0	32	81	3	76	50	6	7	35	1.57
89112610--89112738	24	5.2	24	72	20	70	53	6	8	31	1.56
89112806--89112941	2	73.0	2	70	21	73	55	2	2	38	1.27
89112806--89112898	17	5.5	17	82	10	95	56	0	3	39	1.15
89112806--89112968	13	12.8	13	71	19	112	55	3	2	38	1.31
89112838--89112946	22	4.9	23	70	20	88	56	2	1	38	1.24
89113017--89113073	16	3.7	15	78	15	55	64	0	5	29	1.15
89113087--89113117	16	1.9	16	100	0	62	51	12	0	35	1.40
89113119--89113281	3	53.7	3	67	18	70	59	3	6	31	1.37
89118503--89118541	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
89118522--89118567	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
89124936--89124975	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
89129861--89129966	49	2.2	49	83	6	126	31	18	26	23	1.98
89134675--89134740	29	2.2	30	78	10	73	28	22	7	40	1.81
89137757--89137785	10	2.9	10	100	0	58	51	10	6	31	1.62
89139657--89140415	378	2.0	377	94	0	1322	25	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89141160--89141216	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
89142304--89142335	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
89145113--89145180	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
89145002--89145329	174	1.9	174	94	0	575	31	24	14	30	1.94
89145282--89145360	29	2.7	30	78	13	101	30	29	13	26	1.94
89151636--89151806	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
89151631--89151803	46	3.7	46	80	10	217	29	27	20	22	1.99
89153946--89153989	22	2.1	20	84	16	54	54	20	0	25	1.45
89158170--89158354	41	4.5	41	87	0	271	20	22	27	30	1.98
89158697--89158747	22	2.3	23	77	16	63	27	1	25	45	1.64
89158996--89159037	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
89159230--89159270	21	1.9	22	90	5	66	24	0	36	39	1.56
89159615--89159661	23	2.0	23	92	8	78	65	4	0	29	1.11
89159664--89159748	39	2.2	39	85	4	109	37	18	22	21	1.94
89160527--89160608	38	2.2	38	88	0	119	20	14	8	56	1.65
89164571--89164755	43	4.3	43	85	6	241	22	18	32	26	1.97
89164571--89164755	86	2.2	86	87	5	268	22	18	32	26	1.97
89166378--89166470	5	17.6	5	73	22	75	76	0	2	21	0.89
89166393--89166458	7	8.9	7	82	14	71	74	0	1	24	0.91
89166379--89166459	32	2.5	32	95	2	144	75	0	1	23	0.88
89166378--89166470	22	4.4	20	75	16	82	76	0	2	21	0.89
89170063--89170111	10	4.9	10	82	9	64	67	0	10	22	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89189912--89189953	21	2.0	22	86	13	61	33	16	9	40	1.81
89194496--89194658	39	4.2	39	85	3	195	33	18	24	23	1.97
89194876--89194933	2	29.0	2	96	0	107	1	0	48	50	1.11
89197983--89198041	28	2.2	26	85	11	75	40	1	3	54	1.27
89197987--89198066	27	2.8	28	79	14	83	42	1	2	53	1.22
89198051--89198080	8	3.8	8	100	0	60	46	0	0	53	1.00
89199817--89199859	14	3.1	14	86	10	61	53	0	0	46	1.00
89200667--89200735	29	2.3	29	82	5	75	56	8	7	27	1.56
89211520--89211692	46	3.7	46	79	10	208	22	20	27	30	1.98
89211517--89211687	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
89218265--89218290	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
89229890--89229951	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
89229942--89229974	10	3.4	10	95	4	59	21	15	9	54	1.68
89230163--89230227	24	2.6	26	77	18	75	30	24	21	23	1.99
89234143--89234254	4	28.2	4	67	8	50	21	11	2	64	1.39
89234143--89234229	41	2.1	41	85	8	115	20	13	2	63	1.41
89234566--89234599	6	5.3	6	89	6	50	17	2	0	79	0.86
89234566--89234599	13	2.7	12	83	16	50	17	2	0	79	0.86
89235931--89235970	7	5.7	7	100	0	80	27	0	0	72	0.85
89242530--89242566	19	1.9	19	94	0	65	48	5	13	32	1.65
89249701--89249819	43	2.8	42	82	5	141	31	24	15	29	1.95
89259047--89259270	40	5.6	40	84	6	292	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89259047--89259270	83	2.8	80	86	5	301	25	26	23	24	2.00
89261809--89261833	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89263215--89263648	47	9.4	47	90	4	659	32	8	29	29	1.87
89263229--89263586	93	3.9	90	92	4	553	32	8	29	29	1.87
89263215--89263648	140	3.1	141	92	2	686	32	8	29	29	1.87
89263766--89263842	36	2.1	36	88	4	111	25	19	28	25	1.99
89266409--89266563	78	2.0	78	92	0	256	32	16	25	25	1.96
89267237--89267999	44	16.9	44	72	10	439	31	17	21	30	1.96
89267518--89267937	227	1.9	227	87	2	619	31	16	21	30	1.96
89267377--89267982	271	2.2	271	82	4	670	30	17	21	30	1.96
89270682--89270770	23	3.9	23	84	8	103	22	21	19	37	1.95
89270695--89270770	22	3.4	22	87	7	100	23	22	19	34	1.97
89278031--89278295	40	6.7	40	90	4	432	24	27	22	26	2.00
89286117--89286417	40	7.6	40	91	1	446	23	26	23	25	2.00
89289076--89289108	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
89296617--89296649	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
89304706--89304848	12	11.3	12	66	14	58	23	12	2	61	1.44
89305130--89305172	15	2.7	16	89	7	61	13	2	0	83	0.74
89305130--89305189	22	2.6	22	84	10	68	18	3	0	78	0.89
89305132--89305175	10	4.2	10	80	8	52	15	2	0	81	0.78
89305129--89305191	13	4.8	13	78	18	60	20	3	0	76	0.93
89305132--89305186	16	3.3	16	83	16	60	18	3	0	78	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89307260--89307298	20	2.0	20	100	0	78	41	5	15	38	1.69
89309429--89309464	18	2.0	18	100	0	72	33	0	33	33	1.58
89314670--89314695	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
89316397--89316431	13	2.8	12	91	4	52	22	2	0	74	0.95
89316440--89316550	44	2.5	44	86	4	159	42	0	7	50	1.30
89316453--89316526	23	3.3	23	68	21	75	37	0	8	54	1.30
89316554--89316627	21	3.6	20	84	10	96	36	4	1	58	1.26
89316735--89316790	24	2.3	24	84	9	69	39	0	1	58	1.08
89316825--89316859	13	2.8	13	91	8	56	42	0	0	57	0.99
89316580--89316887	134	2.3	133	79	9	365	39	3	2	54	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362