genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54649453--54649517	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
54649475--54649526	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
54649547--54649826	27	10.3	26	77	6	175	31	8	20	39	1.83
54649635--54649784	81	1.9	81	84	5	205	29	6	21	42	1.78
54649634--54649826	81	2.4	81	77	9	198	29	8	21	40	1.83
54649816--54649907	27	3.4	27	85	5	123	38	6	25	30	1.81
54649796--54649932	54	2.5	53	75	10	125	33	8	24	33	1.85
54651438--54651661	48	4.7	47	77	7	155	23	27	20	28	1.99
54651639--54651678	21	1.9	21	94	0	71	25	25	20	30	1.99
54651660--54651778	47	2.5	47	82	4	141	24	27	18	29	1.98
54653892--54654027	49	2.8	50	85	2	177	33	22	16	27	1.95
54654094--54654134	18	2.3	18	80	12	50	53	0	2	43	1.13
54661303--54661375	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
54661322--54661375	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
54662797--54662868	36	2.0	36	100	0	144	22	11	22	44	1.84
54664595--54664884	27	10.7	27	84	1	314	38	21	8	30	1.84
54664595--54664935	27	12.6	27	78	6	185	38	21	8	31	1.84
54664920--54665176	27	9.5	27	87	0	352	35	20	20	23	1.96
54665500--54665607	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
54668656--54668720	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
54668901--54668980	27	3.0	26	83	3	97	21	22	21	35	1.96
54669125--54669188	31	2.1	31	91	5	103	26	15	9	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54669146--54669216	25	2.8	25	82	0	97	25	19	8	46	1.78
54669247--54669295	24	2.0	24	84	7	64	28	16	26	28	1.97
54681508--54681777	46	5.7	47	75	15	209	22	31	18	27	1.97
54681511--54681778	138	1.9	145	81	9	340	23	30	18	27	1.97
54690680--54690952	101	2.7	101	85	2	370	30	24	19	25	1.98
54690609--54690957	151	2.3	150	80	4	378	29	25	18	26	1.98
54690609--54691003	50	7.8	50	77	5	305	30	25	18	26	1.98
54691592--54691650	30	2.0	30	82	0	73	25	25	8	40	1.83
54693781--54693805	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
54699379--54699883	47	10.7	47	93	4	826	32	8	29	30	1.86
54699400--54699883	96	5.1	96	92	5	821	32	8	29	30	1.86
54700002--54700080	37	2.1	37	83	4	97	25	16	30	27	1.97
54701931--54702138	46	4.5	43	78	13	179	22	29	20	27	1.99
54701884--54702138	93	2.7	91	74	14	234	23	28	20	27	1.99
54712389--54712729	48	7.1	48	94	0	574	37	5	26	30	1.80
54712876--54713021	37	3.9	37	89	1	195	25	17	28	28	1.98
54714279--54714676	40	10.0	40	87	0	546	22	20	29	27	1.98
54714840--54714890	25	2.0	25	81	7	59	33	13	33	19	1.91
54714887--54714977	28	3.2	28	75	9	94	21	16	29	31	1.95
54718296--54718684	48	8.1	48	94	0	661	36	6	26	30	1.82
54718820--54718958	37	3.8	36	91	5	199	27	19	28	24	1.98
54718832--54718976	37	3.9	36	88	3	193	25	19	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54727498--54727766	94	2.9	91	78	10	269	22	29	18	28	1.98
54727595--54727776	46	3.9	46	78	11	181	22	30	19	28	1.98
54741316--54741428	6	18.3	6	73	15	88	46	15	18	19	1.83
54741316--54741396	19	4.4	18	69	17	58	46	16	18	18	1.84
54741321--54741391	25	2.8	25	91	0	115	46	16	19	16	1.84
54741349--54741451	31	3.3	31	94	1	179	50	13	15	20	1.77
54741352--54741409	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
54741321--54741438	31	4.2	25	79	18	110	46	15	18	19	1.84
54741588--54741661	26	2.8	26	83	2	76	39	20	21	18	1.93
54741614--54741679	26	2.6	26	83	7	64	37	19	24	18	1.93
54741820--54741884	22	3.0	22	75	8	69	32	23	24	20	1.98
54742336--54742585	27	9.3	27	84	2	254	26	16	19	37	1.93
54742590--54742787	27	7.3	27	85	2	218	38	8	23	29	1.83
54742590--54742787	81	2.4	81	88	1	281	38	8	23	29	1.83
54745691--54745868	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	26	1.96
54745712--54745867	82	1.9	81	86	3	224	29	27	16	26	1.96
54745691--54745867	54	3.3	54	81	6	196	29	27	15	26	1.96
54753633--54753728	27	3.5	27	85	1	129	31	28	14	26	1.95
54753744--54753818	27	2.8	27	87	0	114	29	26	14	29	1.95
54755883--54756010	6	20.8	6	72	16	93	47	15	17	19	1.82
54755883--54756010	19	6.9	18	70	16	93	47	15	17	19	1.82
54755892--54756033	31	4.5	31	91	0	212	50	14	16	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54756170--54756243	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
54756400--54756463	22	2.9	23	83	6	78	32	21	25	20	1.97
54756910--54757166	81	3.2	80	82	4	268	28	16	19	35	1.94
54756893--54757166	27	10.2	27	81	4	234	29	17	18	34	1.94
54757171--54757354	27	6.8	27	86	2	253	38	7	25	29	1.82
54757171--54757354	54	3.4	54	92	1	289	38	7	25	29	1.82
54763488--54763588	49	2.1	49	96	0	184	34	23	11	29	1.91
54768769--54768822	21	2.3	23	87	12	76	31	5	0	62	1.18
54768900--54768937	18	2.1	18	85	9	51	26	2	0	71	1.00
54769134--54769177	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
54781719--54782207	47	10.1	47	80	10	493	32	8	29	28	1.87
54781932--54781974	16	2.7	16	92	7	70	37	0	27	34	1.57
54781885--54782021	63	2.2	63	96	2	249	34	5	28	31	1.81
54781838--54782068	110	2.1	110	94	1	401	34	6	28	30	1.83
54781791--54782115	157	2.1	157	94	1	562	33	7	29	30	1.85
54781744--54782156	204	2.0	203	95	1	738	32	7	29	30	1.85
54784336--54784432	17	5.9	16	78	13	92	86	6	6	1	0.74
54784329--54784424	25	3.5	28	80	13	96	84	7	6	2	0.85
54784330--54784432	46	2.3	45	86	3	143	85	6	5	1	0.81
54784330--54784425	31	3.1	28	77	21	95	85	7	5	2	0.81
54784336--54784434	26	4.0	23	76	18	92	85	6	7	1	0.77
54784336--54784432	1	97.0	1	72	0	77	86	6	6	1	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54784472--54785708	414	3.0	413	99	0	2447	30	16	17	36	1.92
54786151--54786706	206	2.7	205	87	2	792	32	18	20	28	1.96
54788481--54788647	8	21.5	8	64	18	50	34	6	0	58	1.28
54788488--54788541	21	2.3	23	87	12	76	31	5	0	62	1.18
54788564--54788638	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
54793698--54793856	43	3.7	43	77	5	160	30	24	16	28	1.96
54799100--54799232	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
54800619--54801309	47	14.6	47	92	2	1150	33	8	29	29	1.86
54800619--54801309	143	4.9	143	94	1	1169	33	8	29	29	1.86
54807669--54807783	61	1.9	61	98	0	221	51	4	16	27	1.63
54810759--54810924	40	4.2	40	93	0	262	27	27	22	22	1.99
54812300--54812325	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
54812688--54812863	27	6.5	27	81	1	172	36	15	17	30	1.91
54812761--54812905	27	5.3	26	76	11	98	37	15	17	30	1.90
54812688--54812884	54	3.6	55	78	4	159	37	14	17	30	1.90
54814801--54814845	23	2.0	23	100	0	90	17	17	8	55	1.67
54815135--54815194	29	2.1	29	93	0	102	23	23	16	36	1.94
54815463--54815569	53	2.0	53	83	3	135	27	25	12	35	1.91
54824173--54824205	16	2.1	16	94	0	57	33	15	12	39	1.84
54833093--54833132	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
54840406--54840450	18	2.6	18	89	6	67	60	20	4	15	1.52
54845325--54845494	46	3.6	46	82	8	152	28	21	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54845367--54845493	47	2.7	48	83	6	154	29	19	28	22	1.98
54845225--54845494	140	1.9	141	81	3	330	29	20	28	22	1.98
54848236--54848419	67	2.8	64	77	8	194	28	16	31	23	1.96
54867612--54867643	13	2.5	13	100	0	64	21	40	25	12	1.88
54869453--54869500	18	2.7	18	87	3	71	54	22	6	16	1.65
54876853--54876898	20	2.3	20	88	0	65	52	2	10	34	1.49
54881097--54881661	47	11.9	47	95	1	986	32	8	29	29	1.87
54881097--54881661	143	4.0	141	96	0	986	32	8	29	29	1.87
54881779--54881857	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
54883722--54883824	43	2.4	43	96	0	188	24	15	33	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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