genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58154880--58154922	22	2.0	22	90	9	70	20	13	27	37	1.91
58157846--58157883	8	4.8	8	86	0	58	42	21	21	15	1.89
58157846--58157892	16	2.9	16	83	0	58	40	21	23	14	1.90
58158120--58158196	29	2.7	29	89	0	109	25	19	28	25	1.99
58158112--58158217	29	3.8	28	82	7	108	27	16	29	27	1.97
58161139--58161164	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
58162312--58162366	16	3.5	16	85	2	67	43	21	20	14	1.87
58162317--58162379	8	7.9	8	77	7	56	47	20	19	12	1.81
58162317--58162366	24	2.1	24	88	7	75	42	22	20	16	1.89
58162602--58162703	29	3.6	29	83	1	125	27	16	29	26	1.97
58169153--58169335	40	4.6	39	80	9	176	24	20	27	28	1.99
58169153--58169332	79	2.3	81	84	8	228	23	20	27	27	1.99
58169233--58169382	39	3.8	40	80	8	137	25	21	28	25	1.99
58169153--58169372	79	2.8	78	78	7	219	25	20	27	27	1.99
58175535--58175599	34	1.9	34	83	0	85	27	16	21	33	1.95
58177255--58177474	75	2.8	79	83	10	265	25	21	28	25	1.99
58177255--58177474	40	5.6	39	85	7	261	25	21	28	25	1.99
58192356--58192559	40	5.1	40	90	2	295	21	23	28	25	1.99
58198423--58198614	40	4.8	40	90	1	208	28	27	20	23	1.99
58203065--58203288	40	5.7	40	81	7	233	25	21	27	25	1.99
58203065--58203286	79	2.8	78	82	6	241	25	21	27	25	2.00
58203145--58203321	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58211005--58211229	40	5.7	37	76	13	146	24	20	28	27	1.99
58211004--58211229	80	2.8	79	85	3	292	23	20	28	26	1.99
58211004--58211262	80	3.3	80	82	5	206	25	20	28	25	1.99
58222239--58222362	6	20.7	6	79	0	113	21	5	15	57	1.59
58222399--58222567	48	3.5	48	87	0	232	25	13	17	43	1.85
58224542--58224760	43	5.2	43	89	4	315	26	9	21	42	1.83
58224542--58224760	84	2.6	85	88	4	329	26	9	21	42	1.83
58225450--58225503	21	2.6	21	90	0	81	27	44	5	22	1.75
58225902--58226040	59	2.4	59	91	0	215	30	19	12	36	1.90
58226588--58226626	20	2.0	20	90	10	62	0	43	0	56	0.99
58227738--58227771	16	2.1	16	100	0	68	26	14	17	41	1.88
58232782--58232855	34	2.2	34	95	0	130	29	12	17	40	1.86
58233605--58233646	10	4.3	10	77	17	52	64	0	0	35	0.94
58235610--58235637	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
58244054--58244097	17	2.4	18	81	11	54	50	0	11	38	1.39
58256513--58256595	19	4.3	19	72	14	62	33	1	2	62	1.16
58257702--58257733	14	2.3	15	89	10	50	46	3	0	50	1.17
58258211--58258431	88	2.5	89	84	3	275	33	9	19	38	1.84
58258520--58258557	19	2.1	19	85	9	53	36	2	0	60	1.11
58259967--58260000	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
58262796--58262836	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
58265618--58265669	24	2.2	25	83	13	65	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58265618--58265669	25	2.0	26	85	14	72	51	0	0	48	1.00
58272118--58272144	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
58276474--58276521	5	9.6	5	100	0	96	81	0	0	18	0.70
58277661--58277716	26	2.2	26	83	6	69	41	16	1	41	1.58
58281632--58281667	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
58285536--58285637	35	2.9	35	82	2	134	26	16	26	30	1.97
58288013--58288076	20	3.3	20	89	4	87	10	25	39	25	1.88
58292195--58292268	35	2.0	38	92	7	127	28	14	6	50	1.69
58292340--58292403	27	2.4	26	82	5	74	50	6	6	37	1.53
58302634--58302703	28	2.5	28	88	4	97	31	27	14	27	1.95
58309148--58309205	22	2.6	22	86	0	80	27	27	32	12	1.92
58310441--58310564	45	2.7	45	85	9	144	24	29	20	26	1.99
58310343--58310562	93	2.4	93	77	12	229	23	28	20	27	1.99
58314148--58314208	28	2.2	28	93	0	104	8	8	19	63	1.47
58316754--58316795	22	1.9	23	85	9	61	30	21	16	30	1.95
58319421--58319638	40	5.5	40	88	4	293	22	22	28	26	1.99
58322521--58322614	42	2.2	42	83	3	109	27	24	18	29	1.98
58324906--58325104	77	2.6	76	84	7	226	32	10	12	44	1.76
58325076--58325131	27	2.1	27	93	0	94	33	10	12	42	1.77
58333865--58334042	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
58333865--58334042	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
58333886--58334041	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58341724--58341901	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
58341724--58341901	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
58341745--58341900	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
58345583--58345760	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58345604--58345759	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58357704--58357785	40	2.0	40	97	0	155	21	19	8	50	1.74
58359876--58359943	12	5.5	12	73	16	59	61	2	7	27	1.37
58359869--58359954	38	2.3	37	76	11	95	63	2	5	27	1.29
58360756--58360795	18	2.2	19	86	4	55	82	10	2	5	0.91
58360756--58360795	19	2.2	17	86	8	53	82	10	2	5	0.91
58361777--58361864	44	2.0	44	82	4	106	28	23	14	32	1.94
58362613--58362685	35	2.1	35	97	0	137	41	19	4	35	1.70
58366616--58366783	58	2.9	57	93	3	284	28	29	19	22	1.98
58366623--58366780	29	5.5	29	70	13	112	29	27	20	22	1.98
58366951--58367221	43	6.3	43	94	0	452	31	32	24	11	1.91
58366954--58367276	129	2.6	129	86	6	456	30	33	23	12	1.91
58367192--58367251	30	2.0	30	96	0	111	28	36	21	13	1.91
58368671--58368742	35	2.1	35	100	0	144	40	19	5	34	1.75
58371523--58371690	44	3.8	44	89	7	261	29	25	14	30	1.95
58373162--58373336	40	4.4	40	91	0	269	29	29	19	21	1.98
58384202--58384562	181	2.0	181	96	0	668	17	29	14	38	1.89
58387776--58387820	4	11.0	4	81	13	56	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58387774--58387819	9	5.4	9	80	15	62	73	0	0	26	0.83
58387774--58387817	16	3.0	15	87	12	65	72	0	0	27	0.85
58389108--58389140	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
58393096--58393132	13	2.5	15	87	12	51	21	0	8	70	1.13
58395082--58395333	129	2.0	129	85	3	346	27	15	26	29	1.96
58395079--58395343	43	6.2	43	83	5	311	26	15	27	30	1.96
58395513--58395556	18	2.3	18	84	7	52	50	2	13	34	1.55
58399488--58399578	28	3.2	28	80	11	105	36	23	21	18	1.95
58420711--58420757	22	2.3	20	82	13	60	70	8	4	17	1.29
58422432--58422601	41	4.2	40	73	15	141	28	27	21	22	1.99
58422434--58422581	41	3.6	41	78	10	142	27	28	21	22	1.99
58424869--58424926	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
58424905--58425030	19	6.9	19	87	8	183	35	14	12	37	1.84
58424905--58425022	35	3.3	36	89	7	177	35	14	13	36	1.85
58424905--58425030	54	2.3	54	95	0	225	35	14	12	37	1.84
58424905--58425025	17	6.8	17	86	5	161	35	14	13	37	1.84
58425427--58425485	31	1.9	30	85	3	73	27	33	10	28	1.89
58425382--58425524	76	1.9	76	88	0	214	25	30	12	31	1.93
58425568--58425937	78	4.7	78	87	3	512	25	24	17	32	1.97
58425568--58425937	156	2.4	156	92	0	596	25	24	17	32	1.97
58425967--58426331	87	4.2	87	91	0	577	32	26	14	26	1.95
58426293--58426638	44	7.9	44	78	7	326	28	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58426206--58426638	219	2.0	219	88	0	650	29	27	15	28	1.96
58426339--58426655	175	1.8	175	92	0	535	28	26	15	29	1.96
58432665--58432711	22	2.3	20	82	13	60	70	8	4	17	1.29
58437167--58437344	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
58437168--58437323	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
58437164--58437344	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58439455--58439647	98	2.0	98	93	0	332	39	11	13	34	1.81
58450544--58450648	43	2.5	42	78	7	122	34	17	18	30	1.93
58454914--58454973	7	8.6	7	74	20	54	51	1	15	31	1.53
58455846--58455889	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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