genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54377296--54377550	55	4.8	53	78	9	238	36	15	24	22	1.93
54377303--54377552	108	2.4	110	79	10	297	36	16	24	23	1.94
54379796--54379874	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
54379993--54380242	47	5.3	47	93	0	392	28	29	9	33	1.88
54380214--54380281	35	2.0	34	91	5	111	30	25	11	32	1.91
54380249--54380469	47	4.7	47	97	0	415	29	28	9	32	1.88
54380073--54380418	176	2.0	176	98	0	665	30	28	9	32	1.88
54380044--54380465	223	1.9	223	97	0	808	30	28	8	32	1.87
54383330--54383503	45	3.8	45	81	9	217	28	30	20	20	1.98
54383337--54383507	46	3.7	45	79	11	177	28	30	20	21	1.98
54383337--54383507	93	1.8	92	96	1	315	28	30	20	21	1.98
54386038--54386213	46	3.8	46	75	10	178	22	19	27	30	1.98
54386034--54386206	93	1.9	93	92	0	292	22	20	28	28	1.98
54389990--54390029	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
54399104--54399166	33	1.9	33	84	12	85	0	47	0	52	1.00
54402988--54403068	39	2.1	39	100	0	162	28	17	12	41	1.85
54405561--54405589	15	1.9	15	100	0	58	41	31	0	27	1.56
54406055--54406103	17	3.1	17	66	22	52	26	28	22	22	1.99
54406039--54406107	30	2.3	30	92	0	120	28	31	20	18	1.96
54410093--54410213	48	2.5	46	79	7	134	35	28	16	19	1.94
54413390--54413488	39	2.5	39	85	4	128	24	28	22	25	1.99
54413378--54413538	40	4.1	40	80	10	152	24	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54436752--54436901	42	3.5	41	82	7	165	29	22	14	33	1.94
54445549--54445583	17	1.9	19	88	11	56	25	17	40	17	1.90
54445650--54445764	29	4.0	29	86	2	144	26	15	29	27	1.96
54445663--54445773	57	1.9	57	88	1	168	27	16	29	27	1.97
54448534--54448626	26	3.6	25	84	5	114	25	27	9	36	1.88
54452100--54452322	40	5.7	40	86	7	271	25	27	22	24	2.00
54452100--54452322	117	1.9	120	83	8	296	25	27	22	24	2.00
54459853--54459977	40	3.1	40	97	0	232	24	30	24	21	1.99
54469915--54469953	21	1.9	20	85	15	53	46	2	2	48	1.29
54470150--54470239	20	4.5	20	67	20	71	36	1	15	46	1.53
54470035--54470292	60	4.4	59	79	9	269	37	1	14	46	1.52
54470036--54470292	119	2.2	116	83	6	306	38	1	14	46	1.52
54470193--54470294	29	3.4	29	69	17	77	41	0	12	45	1.49
54473832--54473970	36	3.9	36	92	1	201	28	30	15	25	1.96
54476212--54476297	30	3.0	30	70	24	85	16	45	12	25	1.83
54478603--54478653	25	2.0	25	100	0	102	35	7	21	35	1.83
54480451--54480519	9	8.0	9	70	23	51	55	20	0	24	1.44
54480451--54480504	23	2.5	21	81	6	63	53	18	0	27	1.45
54480473--54480503	10	2.9	11	90	9	55	45	19	0	35	1.51
54480452--54480521	37	2.0	33	86	10	95	52	20	0	27	1.46
54493414--54493460	21	2.3	20	82	10	51	4	23	4	68	1.26
54493538--54493653	57	2.1	57	95	1	207	35	20	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54494423--54494449	14	1.9	14	100	0	54	22	14	3	59	1.51
54494493--54494531	12	2.9	13	85	14	53	20	10	7	61	1.52
54495303--54495514	83	2.5	81	76	13	205	33	23	14	28	1.94
54495287--54495650	28	13.0	27	70	8	147	32	23	14	29	1.94
54495439--54495734	115	2.6	113	79	4	333	32	25	12	29	1.93
54497027--54497140	29	4.0	29	82	1	140	28	28	16	26	1.97
54497027--54497170	29	5.0	29	81	1	139	29	27	15	27	1.96
54497393--54497423	16	1.9	16	93	0	53	19	25	9	45	1.81
54498653--54498684	16	2.1	16	94	5	57	12	9	34	43	1.75
54503727--54503761	18	2.0	18	88	5	54	28	8	20	42	1.81
54504765--54504798	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
54506658--54506712	23	2.6	21	83	13	60	60	1	3	34	1.25
54511326--54511453	40	3.2	40	81	5	152	23	21	27	27	1.99
54519246--54519413	40	4.2	40	83	3	223	23	21	27	26	1.99
54521095--54521149	24	2.3	24	80	0	65	27	29	23	20	1.99
54535242--54535417	46	3.8	45	79	10	194	21	21	29	28	1.98
54535239--54535409	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	27	1.98
54540513--54540677	44	3.6	44	76	13	165	24	27	18	29	1.98
54540472--54540682	44	4.6	45	75	14	155	22	28	18	30	1.97
54540514--54540682	93	1.8	90	88	6	259	23	28	18	29	1.98
54554687--54554875	55	3.5	53	84	5	236	21	24	18	34	1.96
54554985--54555070	45	1.9	45	92	0	145	19	26	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54559259--54559463	38	4.9	38	71	22	151	30	25	14	29	1.95
54559304--54559437	48	2.8	49	87	5	186	30	23	14	30	1.95
54559217--54559463	133	1.9	131	84	6	338	30	24	14	29	1.95
54562145--54562186	15	2.8	15	85	0	57	52	11	16	19	1.74
54563288--54563319	11	3.1	11	82	17	50	46	18	0	34	1.49
54565432--54565506	38	2.0	38	91	0	123	29	28	14	28	1.95
54565486--54565609	47	2.6	47	81	10	137	33	25	11	29	1.91
54568920--54569257	50	6.9	50	83	6	413	27	17	30	24	1.97
54574355--54574480	39	3.2	39	90	0	189	23	19	28	28	1.98
54576069--54576100	14	2.3	14	94	0	55	56	3	0	40	1.15
54581182--54581233	26	2.0	26	100	0	104	34	23	7	34	1.83
54584116--54584173	22	2.8	21	76	7	64	24	3	5	67	1.27
54584129--54584173	22	2.1	22	87	4	65	22	2	4	71	1.15
54589461--54589539	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
54591182--54591393	28	7.5	28	71	5	165	18	18	33	29	1.95
54591212--54591368	29	5.5	28	73	8	147	17	17	35	29	1.93
54591180--54591423	57	4.2	57	91	4	366	19	17	33	29	1.95
54592826--54592867	19	2.2	19	100	0	84	38	4	4	52	1.44
54594533--54594749	40	5.5	40	90	3	307	24	29	23	22	1.99
54597454--54597481	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
54598896--54599221	40	8.2	40	90	0	492	24	21	25	28	1.99
54603230--54603308	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54606790--54606881	18	5.1	17	67	20	53	78	5	7	8	1.09
54606799--54606875	25	3.1	24	76	14	68	77	5	7	9	1.10
54607952--54608143	64	3.0	64	90	0	294	30	17	13	38	1.88
54608363--54609062	180	3.9	180	85	4	834	29	17	25	27	1.98
54608321--54609082	356	2.1	356	81	6	866	29	17	25	27	1.97
54609141--54609235	43	2.2	45	82	3	122	30	14	25	29	1.95
54608770--54609404	323	2.0	322	86	1	894	30	15	26	27	1.96
54609078--54609481	176	2.3	175	82	5	487	30	15	25	28	1.96
54620991--54621117	48	2.6	48	86	0	173	23	29	19	27	1.98
54620861--54621106	130	1.9	130	86	1	350	23	30	19	26	1.98
54627732--54627871	37	3.8	37	93	3	246	25	31	20	22	1.98
54627732--54627871	74	1.9	74	98	0	271	25	31	20	22	1.98
54628012--54629156	48	23.9	48	96	0	1903	29	27	7	34	1.84
54628495--54628569	24	3.1	24	62	27	59	28	29	8	34	1.85
54632463--54632781	40	8.0	40	93	0	512	27	28	22	21	1.99
54634273--54634582	48	6.5	48	93	1	505	30	28	7	33	1.85
54634265--54634866	96	6.4	96	81	11	746	30	27	6	34	1.83
54634265--54634866	144	4.3	144	83	9	821	30	27	6	34	1.83
54634558--54634608	25	2.0	25	92	0	84	33	23	9	33	1.88
54634620--54634648	11	2.7	11	94	5	51	41	24	0	34	1.55
54634631--54634866	48	5.0	48	95	1	415	31	27	6	35	1.82
54634355--54634855	275	1.8	274	94	1	887	31	26	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54638149--54638427	40	7.0	40	93	0	441	27	29	21	21	1.99
54639597--54639699	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
54639840--54640565	48	14.9	48	87	6	983	30	27	6	35	1.83
54639840--54640565	96	7.4	96	90	4	1130	30	27	6	35	1.83
54639840--54640565	144	5.0	144	89	5	1116	30	27	6	35	1.83
54640134--54640160	13	2.1	13	100	0	54	37	22	0	40	1.54
54640086--54640208	61	2.0	61	93	0	210	32	26	4	36	1.78
54644607--54644752	31	4.7	31	96	0	249	28	24	17	29	1.97
54644776--54644866	42	2.2	41	96	2	164	31	20	15	31	1.94
54645014--54645083	25	2.8	26	82	4	81	27	21	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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