genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56852552--56852695	50	3.0	50	75	13	167	21	19	32	26	1.97
56852622--56852706	43	2.0	43	80	0	98	27	20	28	24	1.99
56857061--56857130	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
56861489--56861567	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
56861690--56862071	47	8.0	47	95	0	629	30	29	7	31	1.86
56865618--56865799	40	4.6	40	80	8	194	23	26	24	25	2.00
56866105--56866183	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
56866165--56866353	43	4.4	43	97	0	360	26	35	14	23	1.93
56868203--56868281	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
56868505--56868743	47	5.1	47	96	0	433	29	29	8	32	1.87
56868404--56868743	141	2.3	144	90	4	542	29	30	8	32	1.86
56875850--56875925	28	2.7	27	86	9	100	27	14	25	32	1.94
56890352--56890540	27	7.0	27	86	2	263	24	14	20	40	1.90
56890354--56890524	81	2.1	81	94	2	299	26	14	18	40	1.89
56893156--56893265	34	3.2	34	81	2	105	30	23	18	27	1.97
56893964--56894007	22	2.0	23	82	13	56	18	0	20	61	1.35
56894636--56894738	37	2.7	38	77	7	93	14	8	32	44	1.76
56894944--56895012	34	2.0	34	94	0	120	26	1	20	52	1.55
56895750--56895845	42	2.3	42	76	5	97	26	20	29	23	1.99
56897395--56897437	16	2.7	16	85	0	59	51	18	20	9	1.74
56897648--56897762	29	4.0	28	82	2	131	26	13	28	30	1.94
56897663--56897771	57	1.9	57	86	1	155	25	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56898265--56898315	21	2.7	20	77	14	54	33	7	1	56	1.39
56901573--56901687	29	4.0	29	82	6	128	27	15	27	28	1.96
56903147--56903178	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
56906589--56906670	10	8.0	10	74	12	51	65	0	31	2	1.05
56907744--56907787	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
56910476--56910514	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
56912583--56912626	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
56915100--56915156	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
56917736--56917913	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
56917757--56917912	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
56925922--56926099	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
56925943--56926098	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
56932426--56932505	28	2.9	27	80	12	99	26	13	25	35	1.93
56939913--56939985	28	2.8	26	82	14	87	27	15	24	32	1.95
56944903--56944951	26	1.9	25	84	12	64	48	24	4	22	1.67
56948241--56948294	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
56953631--56953684	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
56955911--56955946	16	2.2	16	90	0	54	47	11	25	16	1.79
56957911--56958074	40	4.1	40	82	6	208	22	20	28	28	1.99
56965883--56966058	40	4.4	40	81	5	207	23	23	27	25	2.00
56969268--56969307	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
56975394--56975598	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56983618--56983822	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
56990521--56990631	28	3.9	28	89	2	152	27	15	29	27	1.96
56990519--56990629	56	2.0	57	89	5	172	27	15	29	27	1.96
56995183--56995345	27	6.1	27	80	2	141	33	21	23	21	1.97
56995184--56995328	54	2.7	53	80	3	164	33	22	22	21	1.97
57003328--57003422	34	2.8	34	82	1	111	28	22	22	27	1.99
57007980--57008018	19	2.1	19	100	0	78	20	5	48	25	1.70
57024932--57025016	32	2.6	31	78	7	80	37	23	14	24	1.92
57025522--57025622	27	3.7	27	82	2	105	25	22	17	33	1.96
57025610--57025834	54	4.2	53	77	10	206	31	11	19	37	1.87
57025583--57025834	27	9.4	26	76	10	174	30	13	19	36	1.90
57025640--57025834	53	3.7	52	77	12	198	31	10	18	38	1.86
57025616--57025834	80	2.7	82	85	4	295	31	11	18	38	1.86
57027825--57027886	22	2.8	23	80	7	74	30	19	25	24	1.98
57028034--57028153	41	2.9	41	88	0	168	29	27	20	23	1.98
57029717--57029811	27	3.4	28	88	2	120	32	27	13	26	1.94
57030929--57031200	136	2.0	136	99	0	535	31	24	11	31	1.91
57031920--57032245	27	12.0	27	79	5	228	32	7	17	42	1.78
57031900--57032288	54	7.2	53	75	6	248	31	8	18	41	1.81
57031929--57032245	81	3.9	80	76	6	282	31	7	17	42	1.77
57031900--57032296	27	14.7	27	76	8	173	32	8	18	41	1.80
57032290--57032387	27	3.6	27	86	5	135	27	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57033805--57033839	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
57039711--57039823	43	2.7	43	78	12	133	31	26	17	23	1.97
57045004--57045100	28	3.5	28	79	0	95	39	11	20	28	1.87
57045127--57045206	27	2.9	28	73	14	76	31	8	28	31	1.87
57048044--57048098	18	3.1	19	84	10	71	45	12	20	21	1.84
57049599--57049810	40	5.3	40	81	2	223	25	25	22	25	2.00
57051710--57051933	27	8.3	27	82	3	209	38	16	15	29	1.89
57051757--57051934	81	2.2	81	85	2	250	38	16	15	29	1.89
57055413--57055584	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57055406--57055581	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57056912--57057053	57	2.5	58	81	7	166	29	18	19	32	1.96
57064273--57064369	6	15.8	6	69	16	56	47	14	17	20	1.82
57064282--57064384	31	3.3	31	88	0	143	50	13	16	19	1.78
57064529--57064630	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
57064789--57064853	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
57065239--57065299	27	2.3	26	73	18	61	40	21	18	19	1.91
57067007--57067190	40	4.6	41	88	4	243	25	23	26	24	2.00
57075073--57075255	40	4.6	39	90	2	249	25	23	26	24	2.00
57077234--57077361	41	3.3	38	78	14	138	26	29	21	21	1.99
57077234--57077411	37	4.6	39	76	15	151	25	29	21	23	1.99
57085913--57086092	39	4.5	39	84	5	220	26	28	21	24	1.99
57085915--57086092	79	2.3	79	85	6	236	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57095024--57095228	27	7.6	27	86	3	250	26	15	27	29	1.96
57095025--57095228	109	1.9	108	88	3	311	26	15	27	29	1.96
57112989--57113071	6	13.5	6	71	14	53	48	13	18	20	1.81
57112999--57113071	31	2.4	31	88	0	101	46	13	19	20	1.83
57113509--57113914	27	15.0	27	87	2	492	40	6	21	31	1.78
57113924--57114200	27	10.3	27	83	1	151	30	9	20	40	1.83
57113924--57114200	54	5.1	54	89	0	277	30	9	20	40	1.83
57113924--57114192	81	3.3	80	83	1	304	30	9	20	39	1.84
57113968--57114200	27	8.6	27	86	0	331	30	9	19	40	1.83
57113968--57114200	54	4.3	54	92	0	367	30	9	19	40	1.83
57116120--57116213	6	15.3	6	70	20	61	48	13	18	19	1.80
57116120--57116184	25	2.7	23	83	11	78	49	13	18	18	1.80
57116141--57116213	31	2.4	31	88	0	101	49	13	17	19	1.80
57116332--57116391	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57116718--57117149	27	16.0	27	86	2	528	41	7	20	30	1.80
57117159--57117251	27	3.4	27	80	2	107	31	9	20	38	1.85
57117203--57117408	27	7.6	27	88	1	279	30	7	20	41	1.80
57117155--57117408	81	3.1	81	84	1	294	30	7	20	41	1.81
57117468--57117890	211	2.0	211	98	0	819	27	30	19	21	1.98
57118563--57118589	12	2.2	12	100	0	54	70	22	0	7	1.12
57119928--57119977	26	2.0	26	88	4	75	42	0	6	52	1.26
57119953--57120095	58	2.4	59	80	9	166	51	3	1	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57119942--57120095	61	2.6	58	80	9	170	50	3	1	44	1.29
57120003--57120118	28	4.2	26	76	15	90	49	3	2	44	1.33
57133358--57133401	17	2.6	17	79	13	63	43	0	22	34	1.54
57133348--57133399	23	2.2	24	80	12	56	40	0	21	38	1.53
57133550--57133658	23	4.7	23	83	7	123	11	5	35	46	1.64
57133550--57133663	46	2.5	46	85	2	149	12	5	35	46	1.64
57136137--57136393	40	6.4	40	88	4	335	22	23	28	26	1.99
57138134--57138208	37	2.0	37	97	0	141	30	20	21	28	1.98
57140407--57140499	28	3.3	28	93	0	150	34	25	7	32	1.84
57140605--57140695	28	3.2	28	89	4	130	19	24	24	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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