genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67806762--67806883	47	2.6	47	93	0	208	36	11	25	27	1.90
67806862--67807030	55	3.1	53	78	7	180	35	14	26	23	1.94
67806862--67807069	54	3.9	54	78	8	190	35	17	25	22	1.95
67806870--67807068	108	1.8	109	81	5	251	34	17	25	22	1.96
67806870--67807093	108	2.1	109	80	5	249	36	17	24	21	1.94
67809672--67809756	45	1.9	44	85	2	116	27	14	21	37	1.91
67818951--67819448	47	10.5	47	94	1	852	32	8	29	29	1.87
67820376--67820430	29	1.9	29	85	3	76	12	20	49	18	1.79
67832654--67832691	12	3.2	12	100	0	76	68	7	0	23	1.16
67833993--67834046	5	10.6	5	84	11	74	18	1	3	75	1.03
67836326--67836370	23	2.0	23	82	8	56	28	2	13	55	1.50
67838226--67838313	45	2.0	45	90	0	140	40	23	11	23	1.87
67838244--67838317	21	3.4	21	66	23	53	41	25	10	21	1.85
67839761--67840022	54	4.9	54	84	3	312	23	21	16	38	1.93
67840001--67840169	47	3.6	47	95	0	302	26	23	14	36	1.93
67840141--67840383	91	2.6	92	88	3	337	22	24	19	33	1.97
67840396--67840482	44	2.0	44	84	4	113	25	26	12	35	1.92
67844101--67844145	23	2.0	23	86	8	65	28	2	0	68	1.01
67854512--67854729	40	5.6	40	81	7	250	25	27	22	24	2.00
67854512--67854729	79	2.8	79	84	6	257	25	27	22	24	2.00
67854512--67854729	119	1.8	117	89	3	339	25	27	22	24	2.00
67862836--67863018	40	4.6	40	85	6	246	24	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67867620--67867799	40	4.5	40	81	4	186	15	30	17	36	1.91
67867620--67867799	78	2.3	80	81	7	206	15	30	17	36	1.91
67868176--67868208	17	1.9	17	93	0	57	36	3	15	45	1.61
67876993--67877022	15	1.9	16	93	6	53	33	13	0	53	1.40
67879229--67879589	102	3.6	103	89	5	522	30	29	20	19	1.97
67879466--67879515	26	1.9	26	91	0	82	28	34	24	14	1.93
67886765--67887129	102	3.6	102	94	2	610	30	29	20	19	1.97
67887000--67887051	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
67887457--67887520	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
67887464--67887520	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
67890376--67890414	19	2.1	19	85	0	51	38	7	20	33	1.81
67893048--67893153	13	8.2	13	79	0	86	40	2	20	35	1.67
67893051--67893139	39	2.3	39	84	3	117	41	2	20	35	1.65
67893439--67893490	22	2.5	22	84	6	63	28	9	21	40	1.84
67929719--67929776	29	2.0	29	86	6	82	31	25	5	37	1.78
67931556--67931596	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
67934156--67934520	48	7.6	47	78	9	235	25	29	17	27	1.97
67934190--67934419	95	2.4	96	81	6	288	25	30	16	27	1.96
67934394--67934504	49	2.3	49	100	0	222	25	26	20	27	1.99
67936078--67936105	12	2.3	12	100	0	56	46	0	7	46	1.30
67936338--67936395	29	1.9	29	86	6	80	39	18	10	31	1.85
67936338--67936402	31	2.2	29	83	5	76	41	20	9	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67939166--67939213	21	2.3	21	96	0	87	0	58	20	20	1.40
67944713--67944840	9	13.6	9	73	12	96	32	1	19	46	1.59
67944746--67944823	39	2.0	39	92	0	129	32	1	20	46	1.59
67944713--67944840	57	2.2	57	84	0	166	32	1	19	46	1.59
67945020--67945472	241	1.9	241	96	0	836	32	15	17	35	1.91
67950127--67950428	81	3.7	80	79	7	265	27	21	13	37	1.92
67950250--67950428	81	2.2	82	89	4	281	28	22	13	35	1.92
67950820--67950937	7	16.6	7	68	13	62	44	35	0	18	1.56
67950859--67950937	35	2.3	35	84	8	99	44	35	0	20	1.52
67951227--67951501	41	6.7	41	91	0	417	19	26	26	28	1.99
67951227--67951518	122	2.4	122	87	2	417	18	25	26	29	1.98
67951227--67951559	41	8.2	39	86	5	346	18	24	24	31	1.98
67951614--67951639	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
67959735--67959949	94	2.3	94	79	3	227	25	26	19	27	1.99
67959779--67959951	46	3.7	47	77	7	156	26	27	18	27	1.98
67974131--67974180	25	2.0	25	92	0	82	18	22	26	34	1.96
67979042--67979070	15	1.9	15	100	0	58	37	27	13	20	1.91
67989068--67989093	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
67990106--67990145	21	1.9	21	89	0	62	32	17	30	20	1.95
67991074--67991100	14	1.9	14	100	0	54	48	14	14	22	1.81
67995665--67995710	24	1.9	24	90	0	74	17	13	0	69	1.19
68000703--68000826	55	2.2	55	85	4	160	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68005503--68005582	26	3.1	26	90	0	124	17	21	25	36	1.95
68005652--68005681	5	6.0	5	92	0	51	0	0	56	43	0.99
68009507--68009727	46	4.7	48	77	12	201	23	27	19	29	1.98
68009504--68009727	94	2.4	91	82	11	249	22	27	20	29	1.98
68012706--68012826	43	2.8	43	88	0	179	25	16	25	32	1.96
68012711--68012851	43	3.3	42	80	9	160	28	14	24	31	1.95
68015842--68016051	40	5.3	40	86	6	239	23	20	27	28	1.99
68023966--68024176	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
68028806--68028947	40	3.5	40	87	1	151	24	21	28	25	1.99
68028850--68028957	40	2.7	40	91	0	162	23	23	31	22	1.98
68032083--68032138	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
68050038--68050130	40	2.3	40	88	0	132	25	20	25	27	1.99
68050115--68050146	16	2.0	16	100	0	64	25	25	37	12	1.91
68050074--68050185	56	2.0	56	94	3	199	24	23	29	23	1.99
68050130--68050223	40	2.3	40	90	0	143	24	24	27	23	2.00
68050033--68050223	96	2.0	96	83	4	242	24	21	27	25	2.00
68058641--68058778	45	3.2	44	86	5	192	31	27	18	23	1.97
68059872--68059900	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
68065517--68065642	47	2.7	47	85	2	164	31	28	15	24	1.95
68067935--68067979	19	2.5	17	79	13	54	17	2	6	73	1.15
68068394--68068536	48	3.0	47	81	8	146	28	20	25	25	1.99
68068588--68068742	42	3.5	47	74	10	132	27	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68068575--68068742	90	1.9	90	84	2	230	27	20	26	24	1.99
68080644--68080769	47	2.7	47	83	2	155	31	27	15	24	1.96
68083058--68083102	19	2.5	17	79	13	54	17	2	6	73	1.15
68083517--68083659	48	3.0	47	81	8	146	28	20	25	25	1.99
68083711--68083865	42	3.5	47	74	10	132	27	21	27	23	1.99
68083698--68083865	90	1.9	90	84	2	230	27	20	26	24	1.99
68096692--68096817	47	2.7	47	82	2	137	31	26	15	26	1.95
68099110--68099154	19	2.5	17	79	13	54	17	2	6	73	1.15
68099569--68099711	48	3.0	47	81	8	146	28	20	25	25	1.99
68099763--68099917	42	3.5	47	74	10	132	27	21	27	23	1.99
68099750--68099917	90	1.9	90	84	2	230	27	20	26	24	1.99
68111763--68111807	20	2.2	20	84	7	56	48	0	15	35	1.45
68112693--68112816	61	2.0	61	98	0	239	32	11	21	34	1.89
68120055--68120095	19	2.2	19	86	0	55	24	2	7	65	1.30
68122967--68123128	42	3.8	42	80	4	166	30	24	14	30	1.95
68124726--68124894	46	3.6	45	76	12	148	24	28	18	28	1.98
68125004--68125061	26	2.3	27	80	17	70	43	15	6	34	1.74
68131990--68132031	18	2.4	18	84	4	50	50	4	14	30	1.63
68133418--68133473	21	2.7	21	80	0	67	23	30	26	19	1.98
68141874--68142058	40	4.7	40	89	2	266	27	21	27	24	1.99
68146797--68146918	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
68146769--68147114	47	7.3	47	92	2	500	27	30	9	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68161778--68161951	47	3.7	47	75	14	162	24	29	18	27	1.98
68161777--68161951	94	1.9	94	86	4	255	24	29	18	26	1.98
68167394--68167566	47	3.7	46	74	15	140	24	28	19	28	1.98
68178553--68178845	40	7.3	40	85	6	344	23	20	26	29	1.99
68178554--68178825	80	3.4	80	89	4	379	23	20	26	28	1.99
68181471--68181683	46	4.6	45	80	9	207	26	20	30	23	1.98
68181466--68181787	46	6.8	50	74	11	173	27	20	29	22	1.99
68184354--68184387	15	2.3	15	100	0	68	29	26	0	44	1.55
68186264--68186629	48	7.6	48	70	13	254	27	18	28	26	1.98
68186250--68186630	96	4.0	96	87	4	493	27	17	28	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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