genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52208088--52208239	40	3.8	40	87	2	189	26	27	21	25	1.99
52213654--52213826	47	3.7	46	82	10	217	23	27	19	29	1.98
52213654--52213828	94	1.9	95	87	3	264	23	28	19	29	1.98
52239977--52240029	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
52241520--52241601	26	3.2	26	92	0	146	35	24	8	31	1.86
52249517--52249598	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
52256344--52256402	16	3.7	16	84	4	75	52	20	20	6	1.69
52256344--52256402	8	7.4	8	77	7	57	52	20	20	6	1.69
52256639--52256725	29	3.0	29	81	8	106	29	13	26	29	1.94
52268219--52268262	22	2.0	22	82	13	54	34	9	15	40	1.79
52277662--52277719	28	2.1	28	96	0	107	31	3	18	46	1.66
52286619--52286657	18	2.2	19	90	9	64	5	23	10	61	1.48
52287729--52287767	18	2.2	18	86	9	53	7	23	10	58	1.56
52289216--52289286	26	2.7	26	84	4	81	18	19	23	38	1.93
52293116--52293331	117	1.8	119	93	2	382	27	27	23	21	1.99
52293116--52293331	39	5.5	39	90	1	342	27	27	23	21	1.99
52293324--52293455	39	3.4	39	89	2	176	27	25	17	30	1.97
52297309--52297343	17	2.1	18	89	10	56	5	22	11	60	1.52
52297302--52297346	15	2.9	15	84	12	56	4	22	13	60	1.51
52298549--52298602	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
52304123--52304176	27	2.0	27	82	7	65	29	22	18	29	1.97
52313272--52313492	40	5.6	40	80	2	241	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52321328--52321548	40	5.6	40	82	2	250	24	26	24	24	2.00
52328121--52328242	45	2.7	45	83	5	156	40	16	21	21	1.91
52328215--52328421	45	4.5	46	73	4	159	46	10	20	22	1.81
52328220--52328398	91	2.0	91	82	2	216	48	10	19	21	1.79
52330102--52330199	27	3.5	28	86	5	119	33	28	12	25	1.92
52338077--52338173	27	3.5	28	86	8	119	32	27	13	25	1.93
52339977--52340017	21	2.0	21	90	0	64	19	36	29	14	1.92
52342323--52342356	17	2.0	17	88	11	52	23	17	14	44	1.86
52361321--52361560	38	6.2	39	87	6	312	22	22	27	27	1.99
52361321--52361560	77	3.1	78	85	10	339	22	22	27	27	1.99
52361309--52361560	117	2.2	115	88	7	366	22	22	27	27	1.99
52368521--52368764	40	6.1	40	91	1	366	23	20	27	29	1.99
52372557--52372762	53	3.8	54	76	1	207	19	25	17	36	1.94
52378951--52379121	46	3.7	46	78	14	208	21	21	28	28	1.98
52386457--52386674	46	4.7	46	82	7	253	23	22	26	28	1.99
52400371--52400435	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
52400367--52400435	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
52402566--52402659	49	1.9	48	91	2	152	22	19	29	28	1.98
52408816--52408959	46	3.1	44	69	21	107	30	28	19	21	1.98
52412820--52412867	23	2.1	23	96	0	87	25	25	6	43	1.77
52415279--52415324	10	4.6	10	80	17	51	54	28	0	17	1.43
52416769--52416811	20	2.4	17	81	14	50	62	20	4	11	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52420055--52420152	39	2.5	39	91	0	151	26	20	22	30	1.98
52426820--52426969	43	3.5	43	79	5	144	27	19	26	27	1.99
52426819--52426977	85	1.9	85	80	5	187	27	19	25	28	1.99
52434162--52434283	43	2.9	44	76	14	130	30	18	22	27	1.98
52434181--52434283	42	2.4	42	82	6	118	31	18	21	29	1.97
52434184--52434301	42	2.8	42	75	13	107	27	19	23	28	1.98
52437783--52437902	43	2.8	43	81	3	136	28	15	23	33	1.94
52438668--52438768	43	2.3	43	84	3	123	19	28	27	23	1.99
52440262--52440294	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
52445597--52445643	6	7.8	6	85	0	58	14	2	6	76	1.08
52445589--52445643	12	4.7	11	80	14	58	14	3	5	76	1.10
52448650--52448866	40	5.5	40	85	5	264	25	28	23	23	2.00
52452624--52452666	18	2.4	18	81	11	54	4	18	9	67	1.36
52467933--52468125	97	2.0	99	95	2	354	15	22	22	39	1.91
52468309--52469026	47	15.3	47	91	0	1148	27	29	9	34	1.88
52468642--52468719	25	3.2	25	65	17	74	30	29	5	34	1.79
52477061--52477100	21	2.0	21	85	5	55	32	20	20	27	1.97
52481514--52481682	46	3.7	46	75	10	182	31	28	18	21	1.97
52484417--52484473	30	1.9	29	92	3	96	56	15	15	12	1.68
52487396--52487562	46	3.6	46	75	10	178	29	28	19	22	1.98
52487404--52487573	93	1.8	93	89	0	268	29	27	20	22	1.98
52488869--52489085	56	3.9	56	93	1	346	34	24	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52494960--52495133	45	3.8	45	77	9	172	28	29	20	21	1.98
52494967--52495137	93	1.8	92	89	1	270	28	29	20	21	1.98
52495561--52495617	30	1.9	30	85	0	78	28	22	7	42	1.80
52504784--52504834	26	2.0	26	100	0	102	39	1	23	35	1.66
52508894--52508948	27	2.2	25	77	20	62	30	16	5	47	1.69
52509948--52510014	27	2.5	27	85	2	100	19	16	20	43	1.88
52513237--52513272	17	2.1	17	100	0	72	33	11	5	50	1.61
52514102--52514235	39	3.4	39	84	3	162	25	31	24	18	1.98
52514102--52514253	39	3.9	39	85	5	157	26	31	23	18	1.97
52517734--52517768	4	8.8	4	100	0	70	0	22	0	77	0.78
52519654--52519689	17	2.1	17	100	0	72	33	11	5	50	1.61
52520519--52520652	39	3.4	39	93	0	232	23	30	26	19	1.98
52520519--52520709	39	4.9	39	86	3	192	25	29	24	20	1.99
52520519--52520691	78	2.2	78	84	2	231	24	30	24	20	1.99
52522906--52523078	46	3.7	46	75	13	183	21	20	27	29	1.98
52522903--52523073	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.98
52530552--52530729	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
52530553--52530708	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
52530549--52530729	82	2.2	81	82	2	220	27	16	28	28	1.97
52530634--52530740	27	3.9	27	81	1	79	26	15	28	28	1.96
52534899--52534959	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
52538340--52538561	56	4.0	56	83	1	221	36	23	11	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52538340--52538561	112	2.0	112	81	1	266	36	23	11	28	1.90
52542370--52542522	39	3.9	39	92	0	252	25	21	25	27	1.99
52546037--52546073	18	2.1	19	85	10	51	27	16	10	45	1.80
52548194--52548305	40	2.8	41	84	2	138	26	27	22	23	1.99
52550839--52550880	23	1.9	22	85	9	59	59	0	11	28	1.33
52551008--52551060	16	3.4	17	73	21	53	64	0	1	33	1.05
52550997--52551044	12	4.2	12	81	7	64	68	0	0	31	0.90
52551004--52551077	30	2.4	31	82	17	91	64	0	2	32	1.07
52553425--52553518	28	3.3	28	80	2	116	29	29	13	26	1.94
52553739--52553786	16	3.0	16	87	0	78	10	22	20	45	1.81
52562520--52562578	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
52565468--52565609	44	3.3	43	77	13	166	31	26	16	25	1.96
52565420--52565626	85	2.4	85	91	4	317	31	24	16	27	1.96
52569849--52569923	28	2.8	26	74	13	71	40	21	22	16	1.91
52579148--52579214	27	2.4	27	78	11	73	43	14	14	26	1.85
52582385--52582520	43	3.2	41	79	10	112	33	22	16	27	1.95
52587606--52587649	14	3.0	14	80	6	52	43	6	0	50	1.29
52595320--52595417	43	2.3	43	83	3	117	32	20	15	31	1.93
52600293--52600547	55	4.8	55	82	7	255	21	24	17	36	1.95
52602208--52602384	46	3.9	44	80	11	203	22	20	28	28	1.99
52602206--52602376	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
52604379--52604516	68	2.0	69	98	1	269	42	7	19	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52608015--52608190	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
52608012--52608182	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
52611091--52611133	15	2.9	15	80	16	54	11	16	13	58	1.64
52613475--52613650	46	3.8	46	80	15	209	21	20	29	28	1.98
52613472--52613642	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
52616569--52616624	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
52618895--52619070	46	3.8	46	75	18	193	21	19	28	30	1.97
52626715--52626773	29	2.0	31	80	12	70	40	0	18	40	1.51
52633418--52633454	15	2.4	16	86	13	51	35	13	2	48	1.57
52633418--52633461	16	2.8	15	83	16	54	36	13	2	47	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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