genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12631059--12631106	23	2.1	23	84	7	62	60	0	6	33	1.22
12631104--12631143	17	2.4	17	86	0	53	57	2	10	30	1.45
12633192--12633230	21	1.9	20	84	5	51	38	0	0	61	0.96
12644305--12644766	69	6.7	69	75	4	360	19	20	21	38	1.94
12657457--12657493	18	2.1	18	90	5	58	56	10	10	21	1.64
12657551--12657605	25	2.3	26	78	15	64	38	3	3	54	1.36
12660460--12660528	29	2.4	29	81	11	79	28	1	10	59	1.39
12662535--12662574	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
12662520--12662586	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
12662514--12662590	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
12666000--12666034	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
12675029--12675080	2	26.0	2	96	0	95	50	48	0	1	1.12
12675730--12675840	44	2.6	42	79	14	120	32	27	17	23	1.96
12684630--12684669	20	2.0	20	100	0	80	30	20	25	25	1.99
12691928--12692095	40	4.2	40	82	3	214	27	27	22	23	1.99
12692052--12692156	51	2.1	51	100	0	210	22	28	21	26	1.99
12693947--12694528	210	2.8	209	83	5	648	31	17	22	29	1.96
12696481--12696548	20	3.3	20	80	12	66	35	5	0	58	1.22
12696503--12696569	35	2.0	33	85	11	91	31	4	1	62	1.24
12699011--12699049	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
12700057--12700322	47	5.7	48	76	7	212	22	30	19	27	1.98
12700067--12700322	140	1.8	140	81	5	320	23	30	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12701577--12701611	18	1.9	18	88	0	52	51	2	2	42	1.31
12703548--12703579	15	2.1	15	100	0	64	50	0	6	43	1.27
12711380--12711436	30	1.9	30	88	0	87	8	19	38	33	1.82
12712119--12712180	31	2.0	31	100	0	124	48	9	9	32	1.69
12713279--12713360	6	13.3	6	89	5	119	80	2	1	15	0.88
12713991--12714050	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
12715227--12715264	13	2.6	14	88	12	51	76	0	7	15	1.01
12718648--12718834	6	30.8	6	75	16	154	48	13	17	20	1.80
12718648--12718834	85	2.2	85	95	0	329	48	13	17	20	1.80
12718952--12719017	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
12718952--12719034	27	3.1	27	78	11	82	37	25	21	15	1.93
12719189--12719246	22	2.7	22	81	2	64	32	22	24	20	1.98
12719334--12719415	27	3.1	26	85	5	101	37	19	21	20	1.94
12719443--12719473	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
12719615--12719810	27	7.3	27	86	0	230	26	20	18	35	1.95
12719815--12720174	27	13.3	27	81	5	404	41	8	21	28	1.83
12719820--12720174	108	3.3	107	87	3	480	40	8	21	28	1.83
12720388--12720431	17	2.6	17	88	0	61	15	29	31	22	1.95
12722189--12722369	6	29.8	6	75	16	160	48	13	17	20	1.81
12722167--12722369	85	2.4	85	91	3	302	48	13	17	20	1.81
12722487--12722560	27	2.8	27	76	13	73	35	21	24	18	1.96
12722725--12722783	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12722871--12722953	27	3.1	26	84	5	94	37	21	20	20	1.95
12723152--12723347	27	7.3	27	84	0	203	26	18	18	36	1.94
12723152--12723347	54	3.6	54	82	2	232	26	18	18	36	1.94
12723352--12723775	27	15.3	27	73	16	235	40	9	21	27	1.84
12723352--12723775	54	8.1	54	74	15	329	40	9	21	27	1.84
12723471--12723591	64	1.9	64	91	0	197	41	9	21	28	1.83
12723449--12723619	91	1.9	91	86	4	247	40	9	21	28	1.84
12723438--12723755	118	2.8	112	80	9	360	41	9	22	27	1.83
12723363--12723701	172	2.0	173	86	3	486	41	8	21	28	1.83
12723395--12723775	145	2.7	143	82	7	451	40	9	21	28	1.84
12723540--12723763	83	2.7	81	84	5	281	40	9	22	27	1.85
12723535--12723770	110	2.2	108	85	1	319	41	9	21	27	1.84
12723540--12723775	27	8.7	27	85	4	269	39	10	22	27	1.86
12725187--12725219	17	1.9	17	88	11	50	39	0	15	45	1.46
12748941--12748988	24	2.0	24	100	0	96	50	4	20	25	1.66
12755578--12755627	6	8.2	6	97	2	91	64	0	0	36	0.94
12760636--12760702	33	2.0	33	94	0	116	20	19	20	38	1.93
12762755--12762788	16	2.1	16	100	0	68	32	41	5	20	1.76
12764160--12764259	44	2.3	43	80	8	114	34	23	18	25	1.96
12766624--12766657	16	2.1	16	88	0	50	35	20	0	44	1.52
12766782--12766952	29	5.8	30	75	5	150	50	13	16	19	1.78
12766782--12766951	60	2.9	59	82	4	193	50	13	16	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12766786--12766952	89	1.9	90	82	3	212	50	13	15	20	1.77
12767382--12767448	33	2.1	33	82	2	82	38	4	16	40	1.69
12775493--12775559	34	2.0	34	100	0	134	23	16	32	26	1.96
12776606--12776637	16	2.0	16	93	0	55	28	25	15	31	1.96
12778650--12778677	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
12780363--12780575	108	2.0	108	90	1	338	50	8	8	32	1.64
12782815--12782850	17	2.1	17	94	0	63	52	13	5	27	1.63
12785270--12785329	30	2.0	30	96	0	111	68	18	6	6	1.35
12790927--12790967	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
12793990--12794031	20	2.2	19	83	12	50	16	23	2	57	1.51
12795176--12795448	46	6.0	46	89	1	379	21	23	14	40	1.90
12801303--12801351	17	2.8	16	79	14	53	57	0	8	34	1.29
12803052--12803163	44	2.5	44	97	0	206	25	30	23	20	1.98
12803254--12803290	13	2.8	13	91	0	56	64	0	16	18	1.29
12803270--12803436	74	2.2	75	86	2	228	39	19	17	23	1.92
12803421--12803453	17	1.9	17	93	0	57	66	6	12	15	1.42
12803270--12803679	166	2.5	161	80	11	447	36	18	18	26	1.94
12803442--12803605	75	2.2	77	80	7	192	34	18	18	28	1.95
12803514--12803704	89	2.2	87	84	5	258	38	16	18	27	1.92
12809061--12809179	61	2.0	61	100	0	238	22	19	19	38	1.93
12816056--12816093	3	12.7	3	94	0	67	68	2	0	28	1.03
12816416--12816474	31	1.9	30	86	3	82	49	6	8	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12827953--12827983	15	2.1	15	93	0	53	35	6	22	35	1.80
12828073--12828119	20	2.5	20	79	6	53	63	2	4	29	1.25
12829584--12829679	49	1.9	50	85	2	131	65	1	2	31	1.11
12831331--12831363	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
12835505--12835534	15	1.9	16	93	6	53	53	16	10	20	1.71
12836850--12836878	8	3.6	8	100	0	58	86	0	0	13	0.58
12839467--12839630	49	3.5	47	78	8	156	26	28	18	26	1.98
12839609--12839823	48	4.6	47	79	4	193	23	26	20	29	1.99
12839468--12839818	48	7.5	46	75	8	183	24	27	19	28	1.99
12839609--12839781	94	1.8	94	86	0	247	21	28	20	28	1.98
12839609--12839823	94	2.3	93	81	3	243	23	26	20	29	1.99
12840474--12840512	20	2.0	20	85	10	53	33	20	2	43	1.65
12841719--12841758	16	2.6	16	84	4	55	57	2	10	30	1.45
12842549--12842579	7	4.4	7	100	0	62	61	0	12	25	1.32
12854387--12854424	13	2.9	14	84	11	53	36	5	21	36	1.76
12857971--12858016	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
12858099--12858136	20	1.9	20	100	0	76	50	2	0	47	1.15
12858122--12858178	28	2.0	28	93	0	96	36	1	3	57	1.26
12859701--12859747	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
12859718--12859796	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
12859718--12859790	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
12860619--12860758	41	3.4	40	70	19	124	20	23	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12860534--12860893	84	4.3	84	91	2	555	25	21	22	30	1.99
12861846--12861893	7	6.9	7	84	15	64	0	14	0	85	0.60
12861843--12861885	13	3.2	14	90	3	63	0	11	0	88	0.52
12861844--12861895	22	2.4	22	90	6	79	0	13	0	86	0.57
12866508--12866602	27	3.5	27	81	5	111	41	21	8	29	1.82
12866607--12866668	27	2.3	27	97	0	115	33	24	6	35	1.81
12866620--12866733	27	4.2	27	79	2	104	35	25	7	30	1.85
12866620--12866735	54	2.1	54	82	3	135	35	25	8	31	1.86
12866717--12867034	27	11.8	27	87	6	414	33	20	20	25	1.97
12867592--12867960	27	13.7	27	86	0	506	33	20	21	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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