genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.338.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112455777--112455905	50	2.5	51	87	5	181	34	17	21	26	1.95
112455883--112456077	31	6.3	31	90	0	291	29	20	26	23	1.99
112456129--112456254	47	2.7	48	85	4	159	29	15	25	30	1.95
112457499--112457585	40	2.1	41	85	2	113	22	2	9	65	1.33
112459116--112459244	45	2.9	45	79	9	138	38	17	20	23	1.93
112459774--112459819	22	2.0	24	87	8	69	0	28	0	71	0.86
112461857--112461896	20	2.0	21	85	5	55	25	5	2	67	1.23
112461878--112461911	17	1.9	18	94	5	61	20	5	0	73	1.04
112461875--112461917	17	2.5	17	84	3	59	25	4	0	69	1.07
112462051--112462103	13	4.1	13	80	9	72	32	9	24	33	1.87
112465452--112465483	13	2.5	13	95	5	57	6	6	9	78	1.10
112472044--112472080	19	2.0	19	85	15	51	40	2	8	48	1.47
112475472--112475508	15	2.4	16	90	4	58	64	0	0	35	0.94
112479011--112479041	15	2.1	15	100	0	62	19	32	6	41	1.77
112487854--112487944	35	2.6	35	91	0	155	24	14	16	45	1.84
112487854--112487956	35	2.9	34	87	5	152	28	12	16	42	1.84
112500059--112500121	25	2.6	25	80	7	67	57	0	0	42	0.99
112502897--112502972	32	2.4	31	82	8	91	43	9	7	39	1.66
112514720--112514760	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
112519159--112519220	31	2.0	30	90	9	99	51	8	1	38	1.41
112520151--112520202	25	2.1	25	85	0	68	69	3	7	19	1.29
112523866--112523893	13	2.2	13	100	0	56	28	35	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112525889--112526113	99	2.2	98	80	12	240	51	2	1	44	1.22
112527009--112527039	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
112527665--112527706	18	2.3	19	87	4	59	23	0	9	66	1.21
112529971--112530010	20	1.9	20	85	10	53	57	2	5	35	1.34
112533301--112533367	22	3.0	21	89	8	98	26	0	5	67	1.14
112533503--112533564	29	2.2	28	86	8	83	30	8	4	56	1.49
112536058--112536127	31	2.3	31	82	0	77	27	10	7	55	1.58
112544273--112544343	31	2.2	32	85	7	92	18	14	11	56	1.67
112544372--112544414	21	2.0	21	100	0	86	46	9	4	39	1.57
112550523--112550614	47	1.9	48	88	2	141	38	30	5	26	1.79
112555731--112555759	13	2.2	13	100	0	58	6	13	0	79	0.93
112555868--112555892	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
112555891--112555937	22	2.1	23	84	11	62	36	2	0	61	1.08
112569350--112569437	31	2.8	31	98	0	167	31	10	13	44	1.77
112570507--112570545	19	2.1	19	100	0	78	20	10	15	53	1.70
112570508--112570554	19	2.7	18	87	9	53	21	10	17	51	1.75
112572447--112572488	19	2.2	20	91	4	68	40	19	4	35	1.72
112600434--112600493	26	2.3	27	82	8	79	63	3	3	30	1.27
112602554--112602587	14	2.4	14	95	0	59	67	5	8	17	1.37
112602607--112602663	25	2.3	24	80	14	62	3	33	0	63	1.12
112603432--112603463	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
112603541--112603589	23	2.1	23	96	0	89	36	14	10	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112607906--112607938	9	3.7	9	100	0	66	12	0	9	78	0.95
112608016--112608064	23	2.1	23	96	0	89	36	14	10	38	1.80
112610355--112610412	26	2.2	27	84	3	73	18	24	22	34	1.96
112610404--112610466	26	2.3	26	86	5	81	14	19	30	36	1.91
112614576--112614634	18	3.5	17	71	20	52	50	0	0	49	1.00
112617480--112617563	42	2.0	44	85	4	118	58	21	7	13	1.59
112628686--112628741	16	3.5	16	69	9	51	55	33	3	7	1.45
112633115--112633194	30	2.7	29	79	12	90	42	1	6	50	1.35
112635713--112635784	30	2.4	29	77	11	83	54	2	12	30	1.52
112635891--112635950	18	3.2	18	81	9	75	60	0	8	31	1.27
112637539--112638014	87	5.5	87	90	0	729	24	25	21	27	1.99
112639065--112639111	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
112639307--112639342	8	4.4	8	96	3	63	11	0	11	77	0.99
112645656--112645727	30	2.4	29	77	11	83	54	2	12	30	1.52
112645834--112645893	18	3.2	18	81	9	75	60	0	8	31	1.27
112648140--112648176	17	2.2	17	90	4	58	29	0	0	70	0.88
112653555--112653948	168	2.4	164	77	9	433	35	7	12	44	1.71
112655309--112655727	138	3.0	136	81	7	463	38	10	12	38	1.77
112661362--112661401	17	2.3	18	83	12	57	22	2	0	75	0.93
112665251--112665289	10	3.9	11	75	25	50	66	0	33	0	0.92
112665741--112665794	28	1.9	27	92	7	90	3	3	20	72	1.16
112666618--112666679	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112666415--112666957	88	6.4	86	71	14	299	37	18	16	27	1.92
112666790--112667386	77	7.7	76	73	13	380	33	18	17	29	1.95
112666829--112667044	79	2.7	78	87	5	283	33	17	18	30	1.94
112666885--112667189	170	1.8	167	87	3	450	30	20	19	29	1.97
112666450--112667285	254	3.4	245	84	7	950	35	18	16	28	1.94
112667038--112667389	74	4.7	74	87	4	440	32	19	17	31	1.94
112667038--112667389	151	2.4	147	86	3	472	32	19	17	31	1.94
112667343--112667438	49	2.0	49	95	0	174	32	19	16	31	1.94
112667271--112667510	121	2.0	121	94	0	426	33	18	16	31	1.93
112667392--112667616	72	3.0	72	84	10	283	33	18	16	30	1.94
112667580--112667684	53	2.0	54	84	5	142	40	20	12	27	1.88
112667664--112667697	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
112667719--112667824	54	1.9	54	85	9	144	38	19	14	27	1.90
112667536--112668022	140	3.5	140	96	1	879	37	20	16	24	1.93
112667859--112667964	54	1.9	54	81	9	126	38	18	15	27	1.91
112667955--112667979	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
112667995--112668239	120	2.0	124	90	3	390	38	22	13	24	1.91
112668118--112668292	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
112669698--112669754	14	4.1	13	82	13	60	66	0	1	31	1.02
112669890--112669954	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
112669964--112670033	22	3.1	23	79	8	63	61	1	2	34	1.20
112669977--112670033	24	2.3	26	82	11	66	59	1	3	35	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112669969--112670045	26	2.9	26	78	5	82	57	2	5	35	1.35
112670065--112670110	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
112670590--112670733	30	4.8	30	91	3	220	21	2	49	26	1.63
112670590--112670733	61	2.4	60	91	3	229	21	2	49	26	1.63
112671531--112671718	72	2.6	71	82	9	211	34	22	14	29	1.93
112672029--112672064	14	2.6	14	90	0	54	63	2	11	22	1.39
112672069--112672442	76	5.1	75	77	18	276	36	18	16	28	1.93
112672287--112672419	70	1.9	68	90	3	212	33	18	15	32	1.93
112672170--112672523	154	2.4	144	81	10	374	37	17	15	28	1.91
112672533--112672809	75	3.9	72	83	9	297	32	21	15	29	1.95
112672867--112673258	132	3.1	125	74	14	334	35	21	14	27	1.93
112673115--112673663	74	7.5	75	83	9	672	32	20	16	30	1.95
112673136--112673677	148	3.7	146	88	7	743	33	19	16	30	1.94
112674354--112674381	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
112674988--112675043	25	2.2	26	84	15	73	62	0	1	35	1.06
112675269--112675355	23	3.7	23	74	15	72	55	4	3	36	1.38
112675871--112676006	29	4.9	28	81	15	149	21	3	47	27	1.68
112676736--112676785	15	3.5	15	83	8	59	64	4	12	20	1.43
112676748--112676785	14	2.7	14	88	8	51	65	5	13	15	1.43
112676766--112676992	78	3.0	73	82	7	244	33	21	16	29	1.95
112676802--112677005	78	2.7	74	84	5	252	32	22	15	29	1.94
112677333--112677572	77	3.2	73	82	9	258	36	20	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112677375--112677727	77	4.8	71	76	18	282	35	20	15	28	1.93
112677449--112677788	153	2.3	146	82	12	388	33	20	16	29	1.94
112677577--112677702	64	1.9	67	87	10	190	30	21	15	32	1.95
112677852--112678101	71	3.5	73	86	8	345	31	22	14	31	1.94
112678111--112678255	72	2.0	73	90	5	233	37	23	15	22	1.93
112678402--112678934	74	7.5	73	86	11	754	30	21	17	30	1.96
112678402--112678948	141	3.9	143	90	7	843	31	21	16	30	1.96
112678952--112679121	66	2.5	68	83	5	195	32	22	15	29	1.95
112682864--112682928	32	2.0	32	100	0	130	18	27	29	24	1.98
112687438--112687467	7	4.1	7	91	8	51	70	0	0	30	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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