genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25984784--25984899	57	2.0	57	100	0	232	15	25	8	50	1.73
25985838--25985925	27	3.3	27	80	0	113	27	12	20	39	1.88
26000816--26001036	40	5.6	40	84	8	265	22	22	28	26	1.99
26000816--26001036	80	2.8	80	87	2	295	22	22	28	26	1.99
26020898--26020945	18	2.7	18	81	18	64	72	0	4	22	1.01
26032779--26032937	30	5.3	30	83	3	97	23	22	12	40	1.88
26032838--26033032	60	3.3	58	74	14	191	21	25	13	39	1.90
26032808--26033000	90	2.1	90	81	5	212	22	25	13	38	1.91
26032958--26033030	29	2.5	29	88	2	110	17	31	12	38	1.87
26040414--26040467	20	2.7	20	88	0	90	11	27	38	22	1.88
26041480--26041523	22	2.0	22	100	0	88	31	22	4	40	1.74
26043633--26043754	43	2.9	43	79	7	151	28	25	14	31	1.95
26045202--26045316	43	2.7	43	81	6	144	27	24	14	33	1.95
26048713--26048737	9	2.8	9	100	0	50	60	12	8	20	1.57
26053476--26053651	46	3.8	45	76	12	178	23	21	26	28	1.99
26053473--26053643	93	1.8	93	91	0	279	23	22	26	27	1.99
26057009--26057040	11	3.0	11	95	4	57	43	0	0	56	0.99
26058258--26058412	42	3.7	42	81	5	156	18	18	25	38	1.93
26058272--26058392	42	2.9	42	88	1	163	15	18	25	40	1.90
26066007--26066190	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
26065988--26066190	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
26073733--26073917	40	4.7	40	82	6	216	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26073733--26073917	79	2.3	82	84	7	238	24	27	22	25	2.00
26085380--26085569	40	4.7	41	83	5	228	24	23	26	25	2.00
26085380--26085592	80	2.7	79	81	5	196	25	23	26	25	2.00
26117535--26117672	39	3.5	39	89	1	186	26	23	26	23	2.00
26125367--26125510	40	3.7	40	83	2	175	25	25	26	22	2.00
26128096--26128231	69	2.0	69	98	0	263	27	18	22	31	1.97
26129943--26129986	23	1.9	23	95	0	79	20	25	13	40	1.89
26133037--26133143	34	3.2	34	82	1	108	30	26	18	24	1.98
26140965--26141146	40	4.6	40	90	2	287	24	23	26	25	2.00
26148475--26148623	40	3.7	40	93	2	255	23	23	26	26	2.00
26148475--26148623	81	1.9	80	94	1	262	23	23	26	26	2.00
26160888--26160913	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
26170803--26170832	10	3.0	10	100	0	60	40	10	40	10	1.72
26172250--26172345	40	2.4	41	84	6	117	25	29	17	28	1.98
26175861--26176033	47	3.7	48	81	11	223	23	31	17	27	1.97
26175861--26176076	94	2.4	90	85	8	269	22	30	19	27	1.98
26180133--26180187	29	1.9	28	96	3	101	14	20	29	36	1.92
26192135--26192405	49	5.6	49	71	6	176	24	26	20	28	1.99
26192089--26192309	97	2.3	97	89	0	345	24	27	21	26	1.99
26192289--26192456	46	3.6	45	74	10	131	24	26	17	31	1.97
26194875--26194981	27	3.9	27	82	9	128	37	21	23	17	1.94
26194874--26194978	54	1.9	54	88	3	158	38	20	22	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26201379--26201550	46	3.7	46	76	13	181	28	27	21	22	1.99
26201384--26201554	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
26201974--26202033	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
26204483--26204514	16	2.0	16	93	0	55	25	9	12	53	1.68
26205475--26205581	27	4.0	27	79	8	110	39	22	20	17	1.93
26205475--26205581	54	2.0	54	83	3	135	39	22	20	17	1.93
26208622--26208647	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
26210017--26210213	55	3.6	54	78	7	204	21	22	19	36	1.95
26210192--26210312	47	2.6	47	95	0	215	24	24	13	37	1.91
26211010--26211067	30	1.9	31	89	3	91	29	24	10	36	1.88
26222473--26222515	22	1.9	23	90	4	70	16	25	30	27	1.97
26223470--26223576	43	2.5	43	73	4	108	33	25	14	27	1.94
26235090--26235203	43	2.7	43	81	6	142	32	24	17	25	1.97
26239800--26239883	23	3.4	25	79	9	77	32	17	23	26	1.97
26239846--26239891	24	1.9	24	86	0	65	36	21	21	19	1.95
26243358--26243481	46	2.7	46	87	5	180	24	19	25	31	1.98
26248953--26249004	25	2.1	24	85	3	68	21	17	21	40	1.91
26250631--26250703	37	2.0	37	94	0	128	24	20	23	31	1.98
26252004--26252047	22	2.0	22	82	8	54	31	20	4	43	1.72
26253063--26253127	24	2.9	21	75	18	51	32	16	27	23	1.96
26262238--26262336	46	2.2	45	82	7	112	26	29	15	29	1.96
26262263--26262430	46	3.6	45	78	9	151	23	27	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26268099--26268148	23	2.1	24	85	3	66	36	2	4	58	1.29
26268773--26268842	28	2.5	29	73	15	74	58	4	2	34	1.32
26270774--26270875	48	2.1	48	90	0	159	28	23	20	27	1.99
26270796--26270953	48	3.4	47	73	15	132	29	23	19	27	1.98
26282136--26282326	40	4.8	40	87	4	244	24	25	28	21	1.99
26290351--26290538	40	4.7	40	85	7	231	24	25	28	22	1.99
26301023--26301146	48	2.6	48	85	0	176	25	23	23	27	2.00
26303936--26304022	19	4.6	18	72	16	50	28	6	1	63	1.28
26303982--26304021	19	2.2	19	86	8	57	30	2	0	67	1.04
26304047--26304107	10	6.3	10	75	5	54	31	3	0	65	1.09
26304040--26304079	19	2.1	20	90	9	66	27	5	0	67	1.11
26304048--26304101	19	2.8	19	77	11	56	31	3	0	64	1.11
26304073--26304144	37	1.9	37	83	10	94	38	1	1	58	1.15
26304142--26304181	9	4.3	9	87	3	53	12	2	0	85	0.71
26304140--26304169	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
26304212--26304412	88	2.3	87	82	6	235	32	10	20	36	1.87
26309025--26309161	54	2.5	54	97	0	265	26	18	24	30	1.98
26309244--26309552	46	6.7	46	93	0	476	38	15	23	22	1.92
26309198--26309552	138	2.6	137	88	4	510	38	15	23	22	1.92
26316160--26316236	26	3.0	26	80	0	91	18	22	23	36	1.95
26317958--26317994	19	1.9	19	100	0	74	32	21	16	29	1.95
26318522--26318548	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26324389--26324490	27	3.8	27	80	5	100	46	15	11	26	1.81
26333079--26333116	20	1.9	20	84	10	51	52	5	5	36	1.47
26334668--26334841	55	3.2	54	76	5	163	40	22	8	29	1.82
26334674--26334827	27	5.7	28	74	8	113	39	23	8	28	1.84
26334668--26334841	54	3.2	55	76	5	176	40	22	8	29	1.82
26334821--26335716	27	33.2	27	85	0	1121	30	22	6	40	1.79
26335953--26336003	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
26336227--26336357	6	21.3	6	66	16	54	19	20	12	46	1.83
26336227--26336348	37	3.5	34	78	10	115	19	21	12	46	1.82
26336227--26336303	31	2.5	31	86	0	109	20	18	12	48	1.81
26337132--26337165	18	1.9	17	88	5	50	35	0	23	41	1.55
26339516--26339563	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
26339607--26339664	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
26339611--26339664	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
26339717--26339789	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
26339716--26339810	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
26340004--26340067	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
26341422--26341555	39	3.4	39	92	2	216	27	4	21	46	1.71
26341867--26341892	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
26343250--26343344	40	2.4	40	87	7	131	28	16	26	28	1.97
26346142--26346186	22	2.0	22	91	0	72	31	20	17	31	1.96
26350610--26350688	27	2.9	27	92	0	140	29	18	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26350909--26350953	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
26357722--26357797	15	5.0	15	76	7	73	55	15	14	14	1.70
26367636--26367697	31	2.0	31	100	0	124	41	22	0	35	1.54
26367802--26368039	49	4.8	49	83	4	271	29	27	16	26	1.97
26367802--26368047	101	2.5	99	81	3	298	29	28	16	26	1.97
26371485--26371539	24	2.3	24	93	0	92	34	27	16	21	1.95
26381696--26381749	28	1.9	28	100	0	108	31	14	22	31	1.94
26384286--26384324	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
26384286--26384325	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
26384365--26384415	25	2.0	25	84	0	66	29	19	21	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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