genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37437296--37437362	17	4.1	16	74	11	55	58	1	5	34	1.32
37437390--37437441	21	2.3	23	84	15	74	71	0	0	28	0.87
37439150--37439935	206	3.8	206	87	1	1105	29	21	18	31	1.96
37439157--37439935	411	1.9	411	90	1	1247	29	21	17	30	1.96
37451535--37451593	29	2.0	29	83	6	75	61	0	8	30	1.26
37451886--37451983	28	3.4	28	75	18	85	58	0	5	36	1.20
37451918--37451961	19	2.2	19	88	8	61	56	0	4	38	1.20
37451912--37451987	14	5.5	14	72	18	54	57	0	3	38	1.17
37451946--37452015	17	4.2	17	73	10	56	58	0	7	34	1.25
37452040--37452091	21	2.3	23	84	15	74	71	0	0	28	0.87
37454823--37454874	6	8.8	6	87	4	70	17	0	5	76	0.97
37454823--37454872	23	2.2	23	88	0	73	16	0	6	78	0.95
37464869--37465088	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	25	2.00
37467948--37467987	17	2.4	17	100	0	80	35	27	0	37	1.57
37468630--37468674	21	2.1	21	83	0	54	33	24	0	42	1.55
37475522--37475698	40	4.5	40	87	4	227	24	29	23	22	1.99
37476956--37476989	16	2.0	18	88	11	54	0	17	0	82	0.67
37483535--37483752	40	5.5	40	89	2	298	25	28	23	22	1.99
37485009--37485045	6	6.5	6	81	12	51	0	16	0	83	0.64
37485009--37485045	17	2.2	17	90	0	56	0	16	0	83	0.64
37486620--37486646	9	3.0	9	100	0	54	33	33	0	33	1.58
37491575--37491716	67	2.1	69	88	5	207	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37494461--37494718	40	6.5	40	88	4	346	26	28	22	22	1.99
37502777--37503031	40	6.5	40	89	5	346	25	28	22	22	1.99
37502777--37503031	118	2.2	118	86	8	342	25	28	22	22	1.99
37507777--37508181	47	8.6	47	93	3	661	33	8	29	29	1.86
37514804--37514865	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
37515524--37515576	27	2.0	26	85	3	70	30	20	24	24	1.99
37518463--37518543	28	2.9	28	84	0	81	32	30	11	25	1.91
37518534--37518627	40	2.3	40	85	0	116	36	28	13	21	1.92
37521276--37521320	20	2.2	20	84	0	54	40	13	2	44	1.56
37543643--37543679	19	1.9	19	88	0	56	43	24	0	32	1.55
37556022--37556067	20	2.5	18	86	10	58	32	0	28	39	1.57
37568202--37568377	46	3.8	46	75	12	189	21	20	28	29	1.98
37568199--37568370	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
37584617--37584723	43	2.5	43	86	6	137	24	18	24	32	1.97
37589402--37589659	68	3.9	64	75	13	168	25	29	15	29	1.96
37590320--37590380	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
37596976--37597092	46	2.5	45	85	9	139	23	21	26	29	1.99
37598609--37598651	21	2.0	21	86	0	59	20	44	13	20	1.86
37600847--37600883	18	2.1	18	100	0	74	37	0	16	45	1.47
37601412--37601480	34	2.0	35	97	2	131	31	18	8	40	1.81
37607384--37607560	40	4.4	40	94	2	304	24	30	23	22	1.99
37615577--37615744	40	4.2	40	93	0	284	25	29	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37621861--37621988	43	3.0	43	79	6	136	35	26	15	22	1.94
37628747--37628859	55	2.1	55	83	6	140	15	25	27	30	1.96
37633768--37633840	37	2.0	37	97	0	137	34	13	19	32	1.91
37639124--37639290	43	3.9	42	79	6	158	26	15	26	31	1.96
37642167--37642292	42	2.9	43	80	6	130	30	26	17	24	1.97
37643406--37643430	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
37647537--37647824	47	6.1	47	94	0	495	25	28	11	34	1.91
37647587--37647708	22	5.3	22	63	27	65	24	29	13	32	1.93
37653244--37653294	17	2.9	17	85	5	66	37	17	5	39	1.74
37656026--37656068	19	2.3	19	80	4	52	39	9	34	16	1.80
37661877--37661938	27	2.3	27	77	2	70	46	14	1	37	1.54
37662521--37662681	84	1.9	83	85	8	218	28	18	21	31	1.97
37666918--37666965	25	1.9	25	91	0	78	31	25	18	25	1.98
37667013--37667068	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
37667002--37667068	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
37667117--37667235	23	5.0	24	89	5	172	27	20	21	30	1.98
37667119--37667214	47	2.1	47	94	2	167	28	19	20	31	1.97
37667429--37667492	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
37675011--37675058	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
37675095--37675161	20	3.3	20	89	0	107	35	11	19	32	1.88
37675216--37675351	23	5.8	23	91	3	202	26	21	20	31	1.98
37675545--37675608	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37695308--37695523	39	5.5	39	90	1	333	28	28	22	19	1.98
37695516--37695647	39	3.4	39	92	2	203	25	25	18	29	1.98
37695310--37695563	78	3.2	80	85	3	304	27	27	22	22	1.99
37695310--37695572	117	2.2	119	85	4	363	27	28	21	22	1.99
37695310--37695611	78	3.8	80	84	4	296	27	27	21	22	1.99
37703617--37703685	34	2.0	34	94	0	120	28	10	37	23	1.87
37705055--37705295	48	5.0	48	88	2	358	26	28	19	25	1.99
37705055--37705295	96	2.5	96	92	2	396	26	28	19	25	1.99
37705263--37705328	33	2.0	33	90	0	105	27	27	19	25	1.99
37708687--37708784	37	2.6	37	80	0	106	31	27	13	27	1.94
37710415--37710504	45	2.0	45	100	0	180	44	6	15	33	1.73
37711382--37711407	8	3.2	8	100	0	52	53	23	11	11	1.69
37712505--37712685	94	1.9	93	83	3	229	39	6	18	35	1.77
37712734--37712906	69	2.5	69	84	5	208	46	5	13	34	1.66
37713187--37713243	19	2.8	21	79	17	66	59	0	0	40	0.97
37716043--37716146	8	12.5	8	72	20	56	60	0	1	36	1.14
37716085--37716137	18	3.1	17	79	12	56	60	0	1	37	1.08
37716093--37716146	26	2.1	25	89	3	81	57	0	1	40	1.09
37716097--37716146	25	2.0	25	88	7	66	60	0	2	38	1.09
37716039--37716143	10	11.1	10	74	18	66	61	0	1	35	1.13
37716046--37716173	46	3.0	45	78	12	110	60	1	3	34	1.22
37717738--37717823	43	2.0	43	84	13	115	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37723115--37723292	94	1.9	94	85	2	250	25	30	17	25	1.97
37724909--37725132	46	4.8	45	78	8	207	29	19	29	21	1.98
37728164--37728248	24	3.6	24	82	3	100	35	23	20	21	1.96
37736109--37736155	23	2.0	23	95	0	85	34	23	25	17	1.96
37741793--37742013	49	4.7	46	75	10	171	22	28	20	28	1.99
37741890--37742016	47	2.8	45	81	8	150	23	29	20	26	1.99
37742355--37742411	30	1.9	30	85	0	78	29	22	12	35	1.91
37746170--37746226	30	1.9	30	85	0	78	26	24	5	43	1.75
37748854--37749025	48	3.6	48	92	0	281	25	29	18	26	1.98
37759145--37759422	48	5.8	48	86	1	369	26	27	17	28	1.98
37765667--37765956	50	5.9	50	82	6	342	28	18	28	23	1.98
37765667--37765938	95	2.8	98	82	7	320	29	19	27	23	1.98
37765675--37765999	50	6.7	49	78	8	227	28	19	28	24	1.98
37770379--37770461	41	2.0	41	97	0	157	33	18	12	36	1.87
37770392--37770478	41	2.1	41	82	4	104	40	19	6	33	1.78
37770587--37770649	31	2.0	31	100	0	126	46	19	6	28	1.74
37771631--37771777	41	3.6	41	92	1	224	37	23	20	18	1.94
37774041--37774137	27	3.6	27	92	0	149	43	19	8	28	1.80
37774041--37774196	54	2.9	54	75	9	129	42	21	8	28	1.81
37774122--37774192	27	2.6	27	77	0	70	43	22	7	26	1.78
37774196--37774406	27	7.9	27	90	0	298	31	22	5	40	1.77
37774196--37774406	81	2.6	81	90	0	334	31	22	5	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37774847--37774952	6	17.3	6	71	11	81	19	16	12	50	1.76
37774847--37774931	37	2.3	37	83	4	100	20	17	11	50	1.77
37774841--37774950	43	2.6	43	80	0	112	20	18	11	50	1.78
37776906--37777056	27	5.6	27	80	6	162	40	21	7	30	1.82
37776906--37777129	27	8.3	27	74	5	134	39	21	8	30	1.84
37777110--37777382	27	10.1	27	90	0	368	30	23	7	39	1.82
37777643--37777702	27	2.3	26	82	2	66	23	21	18	36	1.95
37777821--37777920	6	16.3	6	73	8	76	20	16	12	52	1.75
37777821--37777911	37	2.5	37	83	0	110	18	16	12	52	1.74
37777908--37777941	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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