genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19173598--19173641	18	2.4	18	92	0	70	50	0	22	27	1.50
19173598--19173641	12	3.7	12	84	0	61	50	0	22	27	1.50
19180198--19180244	18	2.5	20	80	16	64	53	0	0	46	1.00
19180346--19180386	21	2.0	21	85	0	55	48	0	4	46	1.23
19181462--19181561	39	2.5	40	70	8	96	23	21	27	29	1.99
19183333--19183469	31	4.4	32	72	15	117	44	10	18	26	1.82
19185456--19185515	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
19186439--19186482	20	2.2	20	84	8	54	29	2	2	65	1.16
19187953--19188017	29	2.2	29	100	0	130	21	41	21	15	1.90
19201351--19201479	49	2.6	50	86	8	176	30	28	17	24	1.97
19212299--19212356	19	2.7	22	84	10	68	36	6	15	41	1.74
19217241--19217377	41	3.3	42	86	8	167	19	18	24	37	1.94
19217241--19217377	43	3.3	40	85	8	170	19	18	24	37	1.94
19223892--19224029	41	3.3	41	84	7	181	19	18	23	37	1.94
19230133--19230183	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
19230055--19230276	103	2.2	103	93	1	374	18	18	31	31	1.95
19230196--19230346	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
19232302--19232455	47	3.3	47	92	0	263	29	29	7	34	1.84
19234306--19234330	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
19235069--19235119	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
19235091--19235149	22	2.7	21	87	7	82	35	3	18	42	1.67
19236107--19236137	16	1.9	16	93	0	53	58	0	3	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19238066--19238100	18	1.9	18	94	0	61	42	11	14	31	1.81
19238483--19238515	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
19238522--19238554	16	1.9	18	88	11	52	36	0	15	48	1.45
19241562--19241753	72	2.7	71	88	4	287	23	5	16	55	1.61
19243259--19243284	12	2.2	12	100	0	52	26	0	42	30	1.56
19243536--19243585	20	2.5	20	83	3	64	50	10	12	28	1.71
19244346--19244452	41	2.6	40	84	7	119	32	7	4	55	1.49
19247967--19248006	21	1.9	21	85	10	55	37	2	32	27	1.70
19250968--19250993	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
19256495--19256555	14	4.6	13	77	4	52	63	3	0	32	1.10
19256534--19256586	21	2.5	21	84	9	72	62	1	0	35	1.06
19266773--19266817	21	2.2	21	88	7	67	60	0	6	33	1.23
19270683--19270833	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
19270753--19270975	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
19271303--19271366	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19271310--19271366	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19278220--19278272	26	2.0	26	92	0	88	28	33	20	16	1.95
19278232--19278417	72	2.6	70	85	9	232	31	30	17	20	1.96
19278300--19278522	103	2.2	104	93	2	378	31	31	19	17	1.95
19278850--19278913	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19278857--19278913	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19292590--19292668	25	3.3	25	69	16	85	36	2	29	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19292565--19292718	47	3.3	47	91	0	263	34	6	29	29	1.83
19295227--19295304	39	2.0	39	94	0	138	26	19	12	41	1.87
19295366--19295414	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
19311747--19311794	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
19311831--19311893	20	3.2	20	93	0	108	36	14	19	30	1.91
19311835--19311901	20	3.3	20	91	0	107	34	13	22	29	1.92
19311947--19312089	23	6.0	24	82	10	177	30	18	21	29	1.97
19311947--19312068	47	2.6	48	92	3	194	31	18	20	30	1.96
19312282--19312345	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
19315324--19315395	25	2.9	23	75	20	56	34	4	4	56	1.37
19316137--19316453	127	2.5	127	84	3	388	26	15	21	36	1.93
19324088--19324237	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
19324068--19324237	41	4.2	40	74	18	152	22	21	27	28	1.99
19332429--19332578	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
19332409--19332578	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
19338618--19339278	89	7.4	89	86	0	867	29	18	26	25	1.98
19339562--19339599	18	2.2	18	90	4	60	52	36	5	5	1.47
19339944--19340040	46	2.1	46	100	0	194	11	21	10	56	1.64
19340838--19340899	29	2.1	29	100	0	124	29	6	3	61	1.37
19341581--19341897	127	2.5	126	82	2	357	28	17	18	36	1.93
19346556--19346736	40	4.5	40	80	6	204	27	15	24	33	1.95
19346556--19346736	80	2.2	81	83	2	240	27	15	24	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19347956--19348103	43	3.4	43	83	3	156	25	15	26	32	1.95
19350761--19350786	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
19351657--19351928	46	5.8	49	80	9	250	28	18	30	22	1.97
19354962--19355005	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
19357395--19357615	46	4.8	46	81	8	227	28	18	30	22	1.97
19363322--19363452	58	2.2	58	81	4	138	24	25	6	43	1.77
19363381--19363471	29	3.1	29	62	22	73	21	26	7	43	1.79
19363351--19363471	58	2.1	58	98	0	233	21	26	6	45	1.76
19363553--19363626	9	8.2	9	77	14	64	62	2	4	31	1.28
19363569--19363626	19	3.2	19	78	11	68	60	1	5	32	1.29
19363619--19363655	11	3.5	11	82	14	51	40	0	0	59	0.97
19364097--19364137	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
19373550--19373913	48	7.7	47	74	13	171	24	30	18	26	1.98
19373556--19373958	46	8.5	48	74	13	245	24	29	18	27	1.98
19373548--19373958	47	8.7	48	73	14	254	24	29	18	27	1.98
19373556--19373961	94	4.3	96	75	12	342	24	29	18	27	1.98
19377118--19377227	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
19378847--19378986	27	5.2	27	85	2	165	18	24	22	34	1.96
19380904--19380930	6	4.5	6	100	0	54	33	18	0	48	1.49
19396768--19396862	7	14.0	7	67	18	58	64	0	6	29	1.18
19396810--19396889	19	4.2	18	69	27	58	65	1	2	31	1.14
19396813--19396865	26	2.0	26	89	7	81	66	0	3	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396824--19396865	12	3.3	12	84	12	57	66	0	2	30	1.04
19398459--19398766	44	7.0	44	84	2	370	27	27	14	30	1.95
19398513--19398773	86	3.0	86	85	3	362	27	27	14	29	1.95
19410699--19410793	7	14.0	7	67	18	58	64	0	6	29	1.18
19410741--19410820	19	4.2	18	69	27	58	65	1	2	31	1.14
19410744--19410796	26	2.0	26	89	7	81	66	0	3	30	1.10
19410755--19410796	12	3.3	12	84	12	57	66	0	2	30	1.04
19425349--19425593	47	5.2	47	93	0	382	27	28	9	33	1.89
19425403--19425524	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
19425288--19425593	141	2.1	141	83	5	393	28	29	9	33	1.88
19433386--19433544	43	3.7	43	79	9	171	29	14	23	32	1.94
19438598--19438622	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
19442927--19443189	47	5.6	46	75	7	203	28	20	27	23	1.99
19442927--19443183	140	1.8	140	86	1	372	29	19	27	23	1.99
19446804--19447190	40	9.7	40	94	2	672	21	26	20	31	1.98
19455619--19456004	40	9.7	40	95	1	668	22	26	20	31	1.98
19475110--19475158	21	2.2	23	82	10	66	61	2	0	36	1.08
19475903--19475953	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
19479323--19479854	44	12.1	44	85	2	656	27	29	14	29	1.95
19486748--19486924	40	4.5	40	90	4	254	23	28	24	24	2.00
19494527--19494744	40	5.5	40	92	2	343	24	27	23	23	2.00
19504140--19504346	40	5.5	40	77	13	206	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19504200--19504329	69	1.9	69	91	0	215	34	26	18	20	1.95
19512355--19512506	40	3.8	40	90	0	241	27	28	21	22	1.99
19514356--19514662	131	2.3	131	77	4	305	35	19	17	27	1.94
19517673--19517779	26	3.8	29	67	29	72	57	1	2	38	1.24
19525530--19525616	43	2.0	43	80	12	99	26	29	19	24	1.98
19532503--19532610	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
19534999--19535114	40	2.9	39	91	6	171	34	15	11	38	1.83
19535976--19536009	17	2.1	16	89	10	52	0	32	0	67	0.91
19536234--19536264	8	3.9	8	100	0	62	61	0	0	38	0.96
19539590--19539841	130	1.9	131	87	0	371	28	18	18	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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