genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24473668--24473895	48	4.9	47	75	9	214	25	19	24	30	1.98
24485632--24485761	47	2.8	47	86	0	197	23	15	26	35	1.94
24487978--24488227	116	2.2	116	84	5	344	19	30	26	24	1.98
24489095--24489180	43	2.0	43	88	4	129	24	22	1	52	1.54
24490412--24490467	27	2.1	27	96	0	103	25	17	0	57	1.41
24494081--24494119	18	2.2	18	85	0	51	35	25	12	25	1.92
24496609--24496639	12	2.6	12	94	0	53	32	19	41	6	1.77
24500701--24500755	27	2.0	27	96	0	101	27	20	38	14	1.91
24500707--24500767	27	2.3	27	88	0	86	29	21	32	16	1.95
24501238--24501283	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
24505289--24505334	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
24505355--24505498	60	2.4	62	81	10	172	25	19	26	28	1.99
24508340--24508410	27	2.6	27	81	2	79	42	9	4	43	1.57
24509193--24509249	28	2.0	28	96	0	105	26	10	12	50	1.72
24509201--24509299	28	3.5	26	81	12	99	29	9	9	52	1.64
24509387--24509420	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
24513810--24513978	44	3.7	46	83	7	184	25	20	30	23	1.99
24513810--24513978	48	3.7	47	83	7	179	25	20	30	23	1.99
24514838--24514960	55	2.3	55	84	1	167	24	13	27	34	1.93
24515298--24515634	50	6.9	50	75	10	252	29	18	27	24	1.98
24515298--24515565	95	2.7	98	75	11	271	29	17	28	24	1.98
24519365--24519588	119	1.9	120	85	2	317	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24519361--24519611	40	6.3	40	83	5	244	24	23	27	24	2.00
24519409--24519611	79	2.6	79	84	5	250	24	23	27	25	2.00
24521880--24521922	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
24527493--24527716	40	5.6	40	85	4	249	23	23	27	25	2.00
24527532--24527716	79	2.3	80	86	2	248	23	23	27	25	2.00
24527493--24527718	119	1.9	120	82	2	276	23	23	27	25	2.00
24527533--24527749	79	2.7	79	80	4	224	24	23	27	25	2.00
24538836--24538872	15	2.5	15	86	0	56	10	18	10	59	1.59
24540230--24540308	40	2.0	40	95	2	142	54	8	11	25	1.65
24540760--24540840	31	2.8	30	87	9	114	34	20	25	18	1.96
24540750--24540840	27	3.2	27	81	14	112	35	23	24	17	1.95
24542440--24542547	26	4.2	26	95	0	189	36	23	7	33	1.83
24548427--24548585	27	5.9	27	81	5	155	34	20	24	20	1.96
24548427--24548582	81	1.9	80	82	6	190	34	20	24	20	1.96
24548445--24548588	54	2.7	54	90	2	218	34	22	25	18	1.96
24549730--24549837	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
24550645--24550682	20	2.0	19	85	10	51	18	5	10	65	1.41
24559265--24559334	31	2.3	31	97	0	131	32	25	18	22	1.97
24559365--24559454	42	2.1	42	93	0	153	34	20	14	31	1.92
24560431--24560495	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
24560611--24560843	27	8.7	27	79	5	222	29	7	20	42	1.80
24560525--24560857	27	12.3	27	76	6	183	31	8	19	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24560809--24560958	54	2.8	54	83	0	147	40	7	18	33	1.78
24560835--24560965	27	4.9	27	89	0	172	41	6	22	29	1.79
24566410--24566717	53	5.8	53	84	6	342	34	18	24	22	1.96
24566584--24566668	27	3.2	26	65	15	66	35	17	25	21	1.95
24570808--24570845	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
24573290--24573420	43	3.1	42	82	7	158	28	32	16	23	1.96
24573542--24573570	11	2.7	11	94	5	51	41	10	0	48	1.37
24577489--24577532	18	2.4	18	85	7	54	38	0	38	22	1.55
24578019--24578069	21	2.4	21	83	6	59	37	43	0	19	1.51
24578064--24578102	15	2.7	14	84	7	51	46	30	0	23	1.53
24578057--24578103	22	2.2	21	88	3	67	48	29	0	21	1.50
24578061--24578102	14	2.9	14	82	6	57	45	33	0	21	1.52
24578253--24578367	7	16.1	7	71	10	63	38	38	1	21	1.64
24578306--24578377	22	3.4	20	75	16	65	37	41	1	19	1.60
24578313--24578380	21	3.2	22	74	14	70	38	44	0	17	1.49
24578819--24578906	39	2.2	39	87	2	122	25	21	20	32	1.97
24578774--24578906	40	3.4	39	78	5	133	26	20	21	32	1.97
24578912--24578937	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
24579564--24579706	42	3.4	42	79	7	164	31	23	14	30	1.95
24584922--24585144	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
24584920--24585144	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
24589945--24590114	40	4.3	40	90	2	254	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24589945--24590169	80	2.8	80	84	5	260	26	27	21	24	1.99
24589947--24590169	119	1.9	120	81	6	274	26	27	21	25	1.99
24594255--24594322	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
24594424--24594501	29	2.7	29	84	11	106	28	30	15	25	1.96
24601287--24601508	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
24601285--24601508	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
24615780--24615934	42	3.7	42	79	6	170	29	23	16	31	1.96
24619022--24619046	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
24620086--24620259	49	3.6	47	77	14	160	24	28	18	28	1.98
24626450--24626489	21	2.0	21	90	5	64	22	22	40	15	1.91
24627677--24627844	49	3.5	49	79	7	161	23	27	22	26	1.99
24643573--24643614	21	2.0	21	95	0	75	26	14	35	23	1.93
24654718--24654950	48	4.9	48	72	11	219	28	19	24	28	1.98
24658215--24658294	42	1.9	42	87	5	117	22	37	23	16	1.93
24662320--24662369	26	1.9	26	83	0	64	42	10	16	32	1.81
24664421--24664504	27	2.8	30	77	15	102	23	14	13	48	1.78
24665251--24665277	6	4.5	6	100	0	54	37	14	0	48	1.45
24665610--24665696	25	3.5	25	87	0	120	27	14	24	33	1.95
24665981--24666010	14	2.1	14	93	0	51	23	30	23	23	1.99
24666162--24666194	16	2.0	17	88	5	50	24	27	21	27	1.99
24671759--24671926	47	3.6	47	83	8	159	23	30	19	27	1.98
24671763--24672017	139	1.8	140	82	7	331	23	28	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24679403--24679621	45	4.8	45	82	8	237	24	29	18	27	1.98
24679400--24679617	94	2.4	91	82	7	246	24	29	18	27	1.98
24685483--24685519	17	2.2	17	95	0	65	48	0	2	48	1.15
24686058--24686109	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
24686142--24686175	16	2.1	16	89	10	52	41	2	0	55	1.15
24686211--24686241	16	1.9	16	100	0	62	51	3	0	45	1.17
24686829--24686870	19	2.4	17	81	18	50	30	2	0	66	1.04
24686830--24686871	18	2.3	19	88	12	61	28	2	0	69	1.01
24686994--24687037	17	2.4	19	81	7	56	63	0	9	27	1.24
24689437--24689492	24	2.3	24	78	6	69	32	1	1	64	1.14
24691404--24691447	17	2.8	15	83	16	54	54	2	2	40	1.25
24693106--24693190	42	2.0	42	97	0	161	9	25	16	48	1.76
24696527--24696592	29	2.2	29	84	7	80	48	24	4	22	1.69
24697500--24697526	13	2.1	13	100	0	54	55	22	0	22	1.44
24697523--24697597	20	3.7	19	70	20	62	53	17	4	25	1.61
24697599--24697965	12	27.8	13	70	18	163	56	18	2	22	1.54
24697654--24697992	53	6.6	49	74	17	149	57	18	2	21	1.52
24697667--24697995	49	6.4	51	73	19	222	57	18	2	21	1.52
24697721--24697965	65	3.6	66	82	14	241	57	18	2	21	1.52
24697725--24697822	35	3.2	28	71	27	90	61	17	2	19	1.45
24697816--24698024	28	7.7	29	71	17	148	56	18	3	21	1.56
24699110--24699152	22	2.0	22	100	0	86	32	4	4	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24701404--24701557	43	3.7	41	77	14	154	24	18	25	31	1.98
24703742--24703895	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
24705788--24705848	30	2.0	30	83	0	77	39	4	22	32	1.76
24706357--24706528	67	2.6	67	82	9	176	33	17	27	21	1.96
24708452--24708602	41	3.7	40	85	2	176	35	21	21	21	1.96
24708452--24708602	81	1.9	81	80	2	178	35	21	21	21	1.96
24708786--24708832	7	6.7	7	80	0	58	27	0	25	46	1.53
24708781--24708832	14	3.7	14	84	0	68	28	0	23	48	1.51
24708870--24709005	7	19.1	7	72	10	80	22	0	38	38	1.55
24708885--24708974	28	3.2	27	78	10	92	22	0	36	41	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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