genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11489340--11489375	7	5.1	7	100	0	72	13	13	0	72	1.13
11489512--11489628	10	12.4	9	71	15	69	55	3	5	35	1.39
11489569--11489630	19	3.2	20	80	13	58	56	0	6	37	1.25
11489588--11489628	19	2.3	19	87	8	59	58	0	4	36	1.20
11496344--11496441	49	2.0	49	100	0	196	40	22	14	22	1.90
11499212--11499274	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
11499241--11499270	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
11500849--11500894	5	9.6	5	77	17	53	76	0	2	21	0.90
11500849--11500892	13	3.1	14	87	6	63	77	0	2	20	0.88
11500853--11500894	22	2.0	20	90	9	66	76	0	2	21	0.90
11503915--11504011	30	3.2	30	70	8	81	28	26	15	28	1.96
11508959--11508999	20	2.0	20	85	0	55	60	2	7	29	1.36
11509001--11509063	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
11509030--11509059	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
11514671--11514727	26	2.2	26	100	0	114	35	26	7	31	1.83
11518833--11518858	8	3.2	8	100	0	52	11	11	0	76	1.01
11519708--11519998	158	1.9	156	97	2	550	37	5	23	34	1.77
11519712--11520032	158	2.1	151	90	7	502	35	6	22	35	1.80
11520884--11520934	21	2.4	22	80	3	59	78	5	0	15	0.93
11522472--11522505	2	17.5	2	87	6	52	47	0	0	52	1.00
11523234--11523290	7	7.6	7	77	13	51	63	0	1	35	1.05
11523955--11524030	31	2.5	31	80	6	84	30	11	9	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11524808--11524844	19	1.9	19	88	0	56	81	0	18	0	0.70
11535569--11535768	20	9.9	20	73	9	111	20	20	8	51	1.73
11535550--11535736	40	4.7	41	73	12	156	18	18	8	55	1.67
11535572--11535720	60	2.4	61	80	2	156	19	18	10	52	1.73
11536210--11536279	21	3.4	20	79	13	88	20	18	5	55	1.62
11536198--11536289	42	2.2	41	84	7	125	19	18	8	53	1.70
11536829--11536897	35	2.0	35	97	2	131	34	20	21	23	1.96
11537522--11537560	9	4.3	9	86	0	51	25	28	0	46	1.53
11540446--11540560	48	2.3	50	89	5	189	36	6	14	42	1.71
11541116--11541217	47	2.2	47	94	1	179	45	12	14	27	1.82
11541488--11541795	138	2.2	139	87	0	447	39	21	21	17	1.93
11541755--11541816	21	3.0	21	81	13	74	37	17	29	16	1.92
11544434--11544475	14	2.8	15	82	10	50	47	28	0	23	1.52
11545382--11545447	26	2.5	26	78	4	71	42	18	1	37	1.59
11549514--11549552	3	13.3	3	89	5	62	66	0	2	30	1.05
11550582--11550606	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
11551213--11551325	42	2.7	43	83	5	140	27	16	24	30	1.97
11551213--11551367	43	3.7	42	80	6	143	29	16	23	30	1.96
11555163--11555195	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
11556332--11557269	81	11.6	81	81	5	995	31	19	23	26	1.98
11556424--11557269	162	5.2	162	96	0	1478	30	19	24	25	1.98
11566634--11567125	99	5.0	99	95	0	858	19	36	12	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11575171--11575526	177	2.0	177	100	0	712	29	10	20	39	1.85
11575905--11575947	21	2.0	22	81	4	52	32	34	23	9	1.87
11576728--11576827	50	2.0	50	100	0	200	36	26	12	26	1.91
11578115--11578382	46	5.8	46	74	15	246	29	27	20	23	1.99
11578169--11578335	47	3.6	47	78	8	214	28	27	19	23	1.99
11578130--11578386	93	2.8	93	96	0	469	28	28	20	22	1.99
11579998--11580054	29	1.9	29	82	10	71	57	15	14	12	1.65
11583011--11583231	46	4.8	45	81	11	259	29	26	21	22	1.99
11583017--11583185	93	1.8	93	90	2	277	29	26	21	22	1.99
11585616--11585770	56	2.8	56	88	2	222	26	15	23	34	1.95
11592767--11592808	21	2.0	21	100	0	84	33	23	14	28	1.94
11593649--11593678	15	2.0	15	100	0	60	20	13	13	53	1.72
11593747--11593906	79	2.0	80	100	0	306	21	23	16	39	1.92
11598690--11598729	20	2.0	20	85	0	53	37	10	0	52	1.35
11611997--11612042	24	2.0	23	83	12	58	58	30	4	6	1.43
11612459--11612518	23	2.6	23	76	5	59	28	0	3	68	1.05
11612717--11612753	17	2.2	17	90	9	58	70	0	2	27	1.01
11612718--11612753	18	2.1	17	89	5	54	72	0	2	25	0.98
11613716--11613775	26	2.1	30	82	11	74	21	15	18	45	1.86
11613975--11614024	22	2.1	25	82	10	61	62	2	0	36	1.07
11614409--11614619	106	2.0	106	99	0	413	24	7	17	50	1.71
11618471--11618496	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11619244--11619307	33	1.9	33	100	0	128	57	6	20	15	1.59
11619622--11619656	17	2.1	17	100	0	70	51	11	20	17	1.75
11623008--11623072	30	2.1	30	86	13	89	3	56	0	40	1.15
11624015--11624042	14	2.0	14	100	0	56	7	14	14	64	1.48
11630302--11630368	26	2.6	26	82	0	71	31	23	22	22	1.98
11637699--11637804	53	2.0	53	100	0	212	39	24	15	20	1.91
11641139--11641441	160	1.9	157	83	4	394	30	12	16	40	1.86
11641419--11641464	23	2.0	23	100	0	92	30	8	26	34	1.86
11641943--11641996	26	2.1	26	100	0	108	38	7	20	33	1.80
11642698--11642750	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
11644038--11644067	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
11647829--11647854	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
11648520--11648570	25	2.0	25	85	7	68	43	1	1	52	1.23
11667521--11667693	68	2.5	69	82	4	181	30	13	22	32	1.93
11667589--11667817	122	1.9	123	85	1	316	29	15	20	33	1.94
11667697--11667993	71	4.1	71	93	2	443	29	16	19	34	1.94
11667992--11668361	69	5.2	73	78	15	366	25	18	21	34	1.96
11667693--11668916	142	8.0	155	75	16	943	28	17	19	34	1.95
11667697--11668965	294	4.2	290	74	19	931	28	17	19	34	1.95
11668274--11668706	84	5.0	87	71	17	312	27	17	18	36	1.93
11668641--11668964	72	4.5	72	84	8	394	30	17	20	31	1.96
11668641--11668964	147	2.3	143	85	6	408	30	17	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11670034--11670071	19	2.1	19	85	5	51	68	7	18	5	1.34
11671174--11671207	15	2.4	14	90	5	50	38	2	2	55	1.30
11673348--11673407	30	2.0	30	83	3	77	46	0	33	20	1.51
11673373--11673412	21	1.9	21	85	10	55	47	0	30	22	1.52
11673450--11673486	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
11673536--11673568	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
11673536--11673570	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
11674076--11674131	22	2.7	21	89	10	89	64	12	12	10	1.51
11683679--11683761	41	2.0	41	97	0	157	24	24	25	26	2.00
11684976--11685032	26	2.3	26	82	8	75	68	3	5	22	1.25
11685226--11685291	19	3.6	18	78	13	73	66	0	33	0	0.92
11685226--11685289	15	4.3	15	79	15	53	67	0	32	0	0.91
11685236--11685280	15	3.2	14	85	14	58	66	0	33	0	0.92
11686239--11686419	90	2.0	90	95	0	326	25	18	21	33	1.96
11690049--11690106	30	1.9	30	93	6	100	18	29	31	20	1.97
11690124--11690245	60	2.0	60	90	1	190	13	23	18	45	1.84
11701635--11701774	55	2.5	55	77	2	138	26	30	25	17	1.98
11702286--11702331	23	2.0	23	82	0	56	23	32	8	34	1.86
11707801--11707827	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
11708557--11708606	6	8.2	6	93	2	82	18	0	2	80	0.82
11713211--11713367	43	3.7	43	81	1	172	24	15	30	29	1.96
11713206--11713372	86	1.9	86	85	2	228	25	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11723252--11723335	42	2.0	42	100	0	168	33	9	19	38	1.84
11724233--11724355	38	3.2	38	84	3	167	34	19	21	23	1.96
11736039--11736084	20	2.3	20	82	17	60	50	2	4	43	1.34
11736215--11736296	39	2.0	40	88	4	121	39	1	4	54	1.29
11736370--11736403	14	2.4	14	95	0	59	58	0	0	41	0.98
11736677--11736701	7	3.6	7	100	0	50	32	16	40	12	1.84
11738672--11738723	19	2.7	20	81	3	61	59	1	3	34	1.27
11738681--11738731	19	2.7	19	82	11	61	64	1	1	31	1.15
11738681--11738781	10	10.7	9	70	15	62	64	2	0	31	1.15
11738681--11738781	39	2.6	37	73	13	89	64	2	0	31	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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