genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36581084--36581303	38	5.7	38	88	1	305	33	25	21	19	1.97
36594466--36594522	27	2.1	27	93	0	96	49	8	12	29	1.70
36597142--36597173	16	2.0	16	100	0	64	37	18	0	43	1.51
36597383--36597715	50	6.7	50	79	2	364	30	25	16	27	1.97
36597384--36597715	99	3.3	100	85	2	434	30	25	16	27	1.97
36602745--36602900	6	25.8	6	74	15	117	48	11	17	22	1.79
36603257--36603314	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
36603405--36603484	27	3.0	26	88	3	106	37	21	21	20	1.94
36603683--36603871	27	7.0	27	87	0	207	25	19	18	35	1.95
36603685--36603871	81	2.3	81	83	0	230	26	19	17	36	1.94
36603699--36603878	54	3.3	54	87	3	236	27	17	18	36	1.93
36603882--36604211	27	12.2	27	85	2	421	40	9	21	27	1.84
36606206--36606346	36	4.2	34	73	21	129	48	14	17	19	1.80
36606227--36606358	6	21.8	6	78	16	139	49	15	17	18	1.80
36606500--36606573	27	2.8	27	85	2	87	37	20	24	17	1.93
36606524--36606581	27	2.1	27	83	0	71	37	25	20	15	1.92
36606739--36606796	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
36606899--36606962	27	2.4	27	84	5	76	35	23	18	21	1.95
36606916--36606966	27	1.9	26	92	4	84	33	23	21	21	1.97
36607165--36607352	27	7.3	26	76	12	147	26	20	18	35	1.95
36607191--36607237	19	2.5	20	86	6	62	23	25	17	34	1.96
36607216--36607352	54	2.5	54	85	2	186	27	18	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36607362--36607656	27	10.9	27	83	0	311	40	8	22	28	1.83
36607361--36607655	81	3.6	81	86	2	360	41	8	22	28	1.83
36607362--36607689	54	6.1	54	80	1	289	39	8	22	28	1.84
36611833--36611880	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
36612011--36612081	24	2.8	25	87	4	108	25	22	22	29	1.99
36612011--36612094	24	3.4	23	80	12	89	27	20	23	28	1.99
36612011--36612106	49	1.9	50	83	10	126	26	21	23	28	1.99
36615391--36615422	15	2.1	15	100	0	64	21	18	25	34	1.96
36619971--36620011	11	3.9	11	78	12	50	36	9	19	34	1.85
36619970--36620026	20	2.8	20	89	0	87	35	10	21	33	1.87
36620075--36620145	24	2.8	25	91	4	117	25	23	22	28	2.00
36620075--36620158	24	3.4	23	84	12	98	27	21	23	27	1.99
36620386--36620413	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
36626419--36626460	15	2.7	16	85	10	52	54	4	4	35	1.42
36628073--36628166	49	1.9	49	84	0	125	25	25	17	31	1.97
36628075--36628183	49	2.2	49	80	3	121	24	25	17	32	1.97
36628221--36628387	46	3.6	45	80	8	167	23	29	18	28	1.98
36637413--36637451	16	2.4	17	86	4	53	38	15	0	46	1.46
36648104--36648308	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
36648105--36648308	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
36657982--36658137	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
36657981--36658134	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36657982--36658137	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
36657974--36658158	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
36657974--36658158	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
36665877--36666032	82	1.9	81	84	3	206	26	16	27	28	1.97
36665876--36666029	55	2.9	52	81	5	173	27	16	27	28	1.97
36665877--36666032	27	5.7	27	79	6	154	26	16	27	28	1.97
36665869--36666053	27	6.8	27	74	9	92	26	16	27	29	1.97
36665869--36666053	82	2.3	81	77	2	201	26	16	27	29	1.97
36682322--36682387	6	10.8	6	78	15	55	45	12	19	22	1.83
36682306--36682397	31	3.0	31	74	4	89	47	11	18	21	1.80
36682548--36682648	27	3.7	27	82	5	105	37	19	23	18	1.94
36683317--36683574	27	9.6	27	87	0	363	25	21	19	33	1.97
36683558--36683845	27	10.7	27	81	4	176	31	8	21	38	1.83
36683619--36683845	81	2.8	82	82	5	212	31	8	19	40	1.82
36683692--36683845	27	5.7	27	87	0	218	32	7	19	40	1.79
36686560--36686600	18	2.3	18	91	0	64	17	19	17	46	1.85
36686625--36686702	39	2.0	39	100	0	156	28	17	23	30	1.97
36700799--36700906	38	2.8	39	85	2	141	33	26	21	18	1.96
36702050--36702104	2	27.5	2	92	0	92	49	47	1	1	1.23
36705013--36705122	31	3.5	31	93	0	193	27	27	18	27	1.98
36705150--36705230	41	2.0	41	92	0	135	37	13	14	34	1.86
36705356--36705427	25	3.0	23	86	10	90	27	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36706378--36706489	27	3.9	30	80	12	110	36	8	15	39	1.78
36706415--36706489	30	2.6	29	87	6	98	34	5	16	44	1.70
36706473--36706569	27	3.6	27	94	2	160	28	5	23	42	1.76
36706473--36706602	54	2.4	54	81	2	163	30	8	20	40	1.82
36706601--36706692	27	3.4	27	82	5	114	42	7	22	27	1.80
36706592--36706717	54	2.3	53	77	11	130	38	9	22	30	1.86
36718246--36718305	11	5.7	11	84	9	81	36	13	18	31	1.89
36718353--36718447	25	3.8	25	92	0	154	26	24	23	26	2.00
36718666--36718750	31	2.8	31	91	7	138	32	16	24	25	1.96
36729932--36729986	27	2.0	27	96	0	101	30	9	10	49	1.69
36730052--36730338	142	2.0	137	84	8	367	38	13	13	34	1.83
36738374--36738504	64	2.0	64	98	0	253	24	21	15	38	1.92
36742742--36742999	40	6.5	40	94	1	412	24	23	27	24	2.00
36747909--36747934	8	3.2	8	100	0	52	65	23	11	0	1.25
36748916--36748967	27	1.9	27	84	7	70	19	23	25	32	1.97
36752333--36752522	9	20.6	9	72	11	107	37	1	13	47	1.52
36752333--36752495	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
36752369--36752553	96	2.0	90	86	9	259	38	2	11	47	1.53
36752309--36752522	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
36752369--36752553	87	2.1	87	84	7	234	38	2	11	47	1.53
36752627--36752656	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
36752853--36752951	29	4.2	23	62	23	62	63	4	6	26	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36752784--36753017	71	3.3	71	98	1	452	61	4	5	27	1.38
36752953--36754046	275	4.0	275	98	0	2120	39	11	13	35	1.81
36752953--36754046	549	2.0	549	98	0	2118	39	11	13	35	1.81
36754308--36754336	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
36754537--36755088	183	3.0	183	97	0	1034	42	15	15	27	1.86
36759916--36760125	77	2.7	76	78	12	191	25	27	20	27	1.99
36759958--36760080	37	3.2	37	81	13	126	23	28	22	25	1.99
36760733--36760875	41	3.5	39	80	10	128	26	21	25	25	2.00
36760810--36760917	41	2.7	41	89	4	157	25	23	26	24	2.00
36775552--36775838	42	7.0	41	72	14	200	34	18	24	22	1.96
36775684--36775780	43	2.3	41	79	11	108	26	18	28	25	1.98
36775552--36775838	81	3.5	80	76	12	226	34	18	24	22	1.96
36775559--36775797	41	5.7	43	75	12	130	33	19	24	23	1.97
36775938--36775964	13	2.1	13	100	0	54	18	0	51	29	1.46
36776543--36776590	25	2.0	25	87	4	71	18	50	0	31	1.48
36778306--36778527	39	5.6	39	77	10	186	24	27	21	26	1.99
36778306--36778528	79	2.8	77	78	8	209	25	27	21	26	1.99
36785830--36785884	24	2.3	25	93	6	96	32	20	27	20	1.97
36789878--36789941	30	2.2	29	80	20	73	75	7	7	9	1.21
36803672--36804032	94	3.9	95	77	11	318	22	29	19	28	1.98
36803776--36803991	47	4.6	48	71	17	141	20	30	20	29	1.98
36804374--36804431	30	1.9	30	92	0	98	29	25	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36808744--36808772	12	2.3	13	94	5	51	34	0	10	55	1.34
36809810--36809849	19	2.1	19	95	0	71	52	10	20	17	1.72
36817525--36817586	19	3.4	19	74	17	76	43	9	14	32	1.78
36817518--36817590	36	2.0	36	100	0	146	43	10	13	31	1.79
36831845--36832028	67	2.8	64	75	10	178	28	16	30	23	1.97
36835942--36836071	42	3.1	42	80	2	161	29	13	26	30	1.94
36835942--36836063	43	2.9	42	81	2	136	29	14	25	30	1.95
36836146--36836192	20	2.3	20	92	0	85	31	0	29	38	1.58
36838539--36838712	46	3.8	45	80	10	201	20	21	29	28	1.98
36838536--36838705	91	1.9	91	94	0	304	20	21	30	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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