genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103522886--103522935	20	2.5	20	90	6	75	58	30	2	10	1.42
103523566--103523595	10	3.1	10	95	4	53	26	0	0	73	0.84
103525298--103525391	45	2.1	45	97	0	179	38	18	20	23	1.93
103530907--103530931	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
103530929--103530953	4	6.2	4	100	0	50	24	48	0	28	1.52
103531094--103531330	118	2.0	117	88	4	352	41	8	21	28	1.82
103535567--103535599	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
103540320--103540371	27	1.9	27	96	0	95	48	1	28	21	1.61
103542578--103542838	131	2.0	131	94	0	459	37	19	16	26	1.93
103544482--103544577	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
103544960--103545016	15	3.8	15	88	6	89	50	12	0	36	1.40
103544963--103545020	29	2.1	27	93	6	98	53	12	0	34	1.38
103548522--103548626	34	3.1	34	82	6	135	40	0	15	44	1.46
103548720--103549237	126	4.2	124	85	3	621	38	16	14	29	1.89
103548720--103549237	125	4.2	125	84	3	627	38	16	14	29	1.89
103554070--103554112	18	2.4	18	88	0	59	39	11	27	20	1.88
103559941--103559986	24	1.9	24	83	16	60	47	17	0	34	1.48
103560725--103560779	25	2.4	21	77	14	56	49	1	1	47	1.23
103568990--103569071	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
103569507--103569531	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
103575759--103575866	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
103576301--103576325	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103579600--103579773	6	28.3	6	72	15	124	48	14	17	19	1.80
103579621--103579707	37	2.4	37	88	0	120	50	13	16	19	1.78
103579675--103579767	19	4.6	19	75	21	100	46	15	19	19	1.84
103579672--103579735	25	2.5	26	87	7	105	46	14	18	20	1.83
103579666--103579773	31	3.5	31	74	14	123	48	14	17	19	1.82
103579632--103579773	62	2.3	62	88	0	221	47	14	18	19	1.82
103579694--103579773	37	2.2	37	88	4	126	46	16	18	18	1.85
103580276--103580448	27	6.1	27	82	9	193	38	6	25	30	1.81
103580444--103580571	27	4.7	27	78	6	116	28	9	22	39	1.85
103580445--103580595	54	2.8	53	77	7	142	27	8	23	40	1.84
103580590--103580660	27	2.6	27	84	0	97	26	25	18	29	1.98
103582473--103582628	6	25.3	6	71	17	106	50	14	17	17	1.79
103582496--103582628	31	4.3	31	76	11	128	49	15	17	18	1.80
103582518--103582600	37	2.2	37	91	0	130	51	15	15	16	1.76
103582549--103582628	25	3.2	25	82	5	101	48	16	17	17	1.81
103582747--103582806	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
103582774--103582911	67	2.0	67	87	5	195	29	22	28	18	1.98
103582845--103582896	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
103583132--103583324	27	7.2	26	82	4	197	39	5	22	31	1.78
103583132--103583324	54	3.6	54	84	0	242	39	5	22	31	1.78
103583320--103583416	27	3.6	26	80	5	113	30	8	20	40	1.82
103583132--103583324	81	2.4	81	91	0	314	39	5	22	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103583303--103583420	54	2.2	54	81	6	148	31	10	19	38	1.85
103583411--103583480	27	2.6	27	83	0	86	28	25	15	30	1.96
103584202--103584424	71	3.1	71	91	2	349	26	15	26	31	1.96
103587388--103587441	20	2.8	19	81	8	74	35	0	3	61	1.14
103599590--103599633	12	3.8	12	76	11	56	65	20	6	6	1.39
103599559--103599620	33	1.9	32	87	9	90	62	24	6	6	1.43
103599549--103599633	32	2.6	31	81	7	98	63	23	5	7	1.42
103599598--103599661	22	2.9	22	82	11	85	59	29	4	6	1.42
103599549--103599650	34	3.1	31	78	10	105	61	26	4	6	1.42
103601207--103601242	18	2.0	18	88	0	54	38	13	19	27	1.90
103602642--103602670	14	2.0	15	93	6	51	79	6	13	0	0.93
103623783--103623819	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
103625409--103625434	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
103625780--103625842	23	2.7	23	80	0	63	22	17	17	42	1.89
103625807--103625882	21	3.7	20	77	7	64	14	19	25	40	1.89
103627414--103627526	57	2.0	58	87	1	165	27	19	7	45	1.78
103631029--103631201	47	3.7	47	85	7	228	28	28	19	23	1.98
103636939--103637203	46	5.7	46	73	15	249	29	29	19	21	1.98
103636946--103637211	93	2.9	93	92	0	451	28	28	19	22	1.98
103636993--103637160	47	3.6	46	77	13	200	30	27	19	22	1.98
103639658--103639715	30	1.9	30	92	0	98	24	24	25	25	2.00
103641677--103641713	18	2.1	18	89	0	56	81	2	13	2	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103653486--103653531	19	2.3	20	77	3	58	2	52	0	45	1.13
103660462--103660578	40	2.9	40	85	0	108	31	21	22	24	1.98
103660486--103660582	40	2.4	40	91	0	149	25	22	23	27	2.00
103660640--103660783	40	3.6	40	83	0	162	29	20	20	29	1.98
103660476--103660864	195	2.0	195	88	3	577	31	19	20	29	1.97
103661146--103661340	14	13.7	14	73	10	110	23	0	29	46	1.56
103661209--103661283	7	10.6	7	86	2	96	20	0	29	50	1.48
103661146--103661297	21	7.1	21	70	15	64	24	0	27	47	1.57
103661271--103661378	50	2.2	49	80	5	117	23	0	36	39	1.61
103661235--103661382	7	20.9	7	74	10	59	20	0	35	43	1.57
103662005--103662058	18	3.0	18	91	0	90	11	33	0	55	1.35
103664370--103664400	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
103666319--103666432	43	2.7	43	86	2	158	24	14	28	32	1.95
103666455--103666493	15	2.9	14	88	11	55	5	17	33	43	1.72
103674408--103674442	16	2.2	16	94	0	61	42	14	2	40	1.60
103675805--103675838	17	1.9	17	88	5	50	58	2	0	38	1.13
103676578--103676619	12	3.6	12	77	6	50	11	14	4	69	1.34
103677736--103677784	15	3.3	15	79	0	62	38	18	18	24	1.93
103677718--103677787	30	2.3	30	87	0	95	41	18	15	24	1.89
103688527--103688557	13	2.3	14	94	5	55	58	16	0	25	1.38
103689107--103689178	25	2.8	25	79	8	74	55	5	4	34	1.42
103689133--103689186	26	2.1	25	82	3	63	57	1	7	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103691752--103691776	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
103692848--103692920	38	1.9	38	83	5	94	27	30	23	19	1.98
103693589--103693632	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
103694079--103694126	19	2.6	18	81	15	53	47	2	4	45	1.33
103694604--103694636	15	2.1	16	88	5	50	42	9	0	48	1.35
103694670--103694717	5	9.6	5	82	13	55	58	2	0	39	1.10
103694670--103694728	21	2.6	23	78	21	70	57	1	0	40	1.09
103694673--103694728	11	5.3	11	75	25	50	57	1	0	41	1.09
103695098--103695277	89	2.0	89	100	0	360	40	17	12	30	1.86
103700974--103701027	26	2.1	25	86	10	74	74	3	14	7	1.18
103701009--103701062	16	2.9	20	73	21	71	79	1	18	0	0.82
103700974--103701047	25	2.9	25	80	7	78	77	4	13	5	1.10
103701720--103701789	30	2.3	30	97	0	131	37	0	24	38	1.56
103704143--103704200	26	2.2	26	87	0	80	18	25	18	36	1.95
103704154--103704281	25	5.2	25	70	10	84	21	24	19	34	1.96
103705616--103705652	17	2.1	18	90	5	58	13	45	27	13	1.81
103715783--103715851	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
103716178--103716211	14	2.4	14	85	14	52	73	14	11	0	1.10
103720308--103720345	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
103722244--103722469	46	5.0	46	91	1	330	39	15	23	21	1.91
103726341--103726409	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
103726396--103726426	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103747570--103747658	39	2.2	40	84	5	110	55	5	1	38	1.31
103760150--103760191	19	2.1	19	86	8	57	35	2	4	57	1.33
103764837--103764873	2	18.5	2	88	0	56	0	48	5	45	1.25
103769771--103769810	2	20.0	2	94	0	71	52	0	47	0	1.00
103772974--103773009	17	2.0	17	89	10	54	58	0	0	41	0.98
103773019--103773055	20	1.9	18	89	10	56	59	0	0	40	0.97
103772971--103773125	47	3.2	47	70	17	120	56	2	1	38	1.24
103773107--103773139	15	2.1	16	88	5	50	69	3	0	27	1.03
103773637--103773689	18	3.0	18	78	10	56	37	0	1	60	1.08
103777286--103777334	25	2.0	25	84	8	64	38	0	2	59	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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